원고는 1968. O. OO. 제선, 제강 및 압연재의 생산과 판매업을 목적으로 설립된 회사이다. OO지방국세청장은 원고에 대한 2005 내지 2009 각 사업연도 귀속분 법인세 등에 대한 정기세무조사를 실시한 후, 2010. 11. OO. 원고에 대하여 위 각 사업연도 귀속분 법인세 과세예고통지를 하였다.

이에 원고는 2010. 12. OO. 국세청장에게 과세전적부심사(이하 ‘이 사건 과세전적부심사’라 한다)를 청구하였다. 피고는 이 사건 과세전적부심사에 대한 심리가 계속 중이던 2011. 3. OO. 위 각 법인세 중 2005 사업연도 귀속분의 부과제척기간이 임박하였다는 이유로 원고에 대하여 2005 사업연도 귀속분 법인세 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다(위 과세처분을 이하 ‘2005년 법인세 부과처분’이라 한다).

이후 국세청장은 2012. 2. 6. 이 사건 과세전적부심사에 대하여 일부 항목을 채택하고 나머지 항목은 불채택하는 결정을 하였다. 피고는 위 결정의 취지에 따라 이미 부과된 2005년 법인세 중 OOO원을 직권으로 취소하여 원고에게 환급하는 한편, 2012. 3. 2. 원고에 대하여 2006 사업연도 귀속분 법인세(가산세 포함) 부과처분(이하 ‘2006년 법인세 부과처분’이라 하고, 위 2005년 법인세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다) 등을 하였다.

이 사건의 쟁점은, 과세전적부심사청구 심리 중 국세부과 제척기간이 임박하였다는 이유로 부과를 할 수 있는지 여부 및 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호의 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’의 판단기준이 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’인지 아니면 ‘과세처분일’인지 여부이다.

① 피고가 2010. 11. 30. 원고에 대하여 2005년 사업연도 법인세에 관한 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하자, 원고는 2010. 12. 29. 국세청장에게 이 사건 과세전적부심사 청구를 한 사실, ② 피고는 2011. 3. 21. 원고에 대하여 2005년 사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분을 한 후, 2012. 2. 6. 비로소 이사건 과세전적부심사의 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실을 관련 법리에 비추어 보면, 다른 특별한 사정이 없는 한, 피고가 이 사건 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기도 전에 원고에 대하여 2005년 사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분을 한 것은, 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.

이에 대하여 피고는, 구 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호, 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서에 의하면, 과세처분일을 기준으로 부과제척기간까지의 기간이 3개월 미만인 경우에는 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있다고 주장한다. 살피건대, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제1항에 의하면, 법인세 납세의무가 있는 내국법인은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 관할세무서장에게 신고하여야 하므로, 원고의 2005년 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 2011. 3. 31.이다. 앞서 본 바와 같이, 피고는 2011. 3. 21. 원고에 대하여 2005년 사업연도 법인세 부과처분을 하였으므로, 그 과세처분일을 기준으로 할 경우에는 부과제척기간까지의 기간이 3개월 미만인 경우에 해당한다. 그러나 관계 법령의 취지 등을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 과세전적부심사의 청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하는 ‘부과제척기간까지의 기간이 3개월 미만인 경우’인지의 판단 기준일은‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’일 뿐, 피고의 주장과 같이 ‘과세처분일’이라고 볼 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

• ① 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조). 구 국세기본법 제81조의15 제2항, 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 단서는, 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유를 제한적으로 열거하고 있다. 이 사건에서 문제되는 조항인 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호는 그 예외사유로 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’라고 규정하여, ‘부과제척기간까지의 기간이 3개월 미만’이라는 기간산정의 기산일을‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’로 정하고 있을 뿐, 피고의 주장과 같이 ‘과세처분일’로 정하지 않고 있다(그 경우에는, ‘과세처분일로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’라고 규정하였을 것이다).



• ② 과세전적부심사제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법이 개정되면서 도입된 것으로, 과세처분을 하기 전에 과세할 내용을 미리 납세자에게 통지하고 그 내용에 이의가 있는 납세자로 하여금 과세관청에 적법심사를 청구할 수 있도록 함으로써 납세자 권리구제의 실효성을 제고하기 위하여 마련된 절차이다. 납세자는 과세전적부심사를 청구하여 과세처분 전에 자신의 의견을 진술할 기회를 가질 수 있고, 이에 따라 과세관청은 사전에 위법ㆍ부당한 과세처분을 스스로 시정할 수 있게 되는데, 이러한 과세전적부심사제도는 과세처분에 관한 사전적ㆍ예방적 권리구제절차라는 데에 중요한 의미가 있으므로, 함부로 그 예외사유를 유추하거나 확장할 수 없다.



• ③ 원고가 피고로부터 2005년 사업연도 법인세에 관한 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 받은 2010. 11. 30.부터 위 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2011. 3. 31.까지의 기간이 3월을 초과함은 역수상 분명하므로, 이 사건은 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호에서 정한 예외사유에 해당하지 않는다. 과세전적부심사 도중에 과세처분일을 기준으로 부과제척기간 만료일이 3개월 미만으로 임박한 경우에도 위와 같은 예외사유에 해당한다는 피고의 주장은, 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호조문의 문언에 반하는 독자적 견해에 불과하여 받아들일 수 없다.



• ④ 구 국세기본법 제81조의15 제2항 각 호가 정하고 있는 예외사유는, 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 경우 등으로, 그 예외사유에 이른 책임이 납세자에게 있거나 적어도 과세관청에 그 책임을 묻기 어려운 객관적이고 긴급한 사정에 해당한다. 과세관청의 사정만으로 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 사유로 삼거나, 납세자가 가지는 절차적 권리를 무시하면서까지 긴급한 과세처분을 하는 것은 허용될 수 없다. 이 사건과 같이, 당초에는 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하지 아니하여 과세전적부심사 절차가 시작되었으나, 그 과세전적부심사 도중에 과세처분일을 기준으로 부과제척기간 만료일이 3개월 미만으로 임박하게 된 경우는, 과세관청의 사정으로 심사가 지체된 것에 불과하여 이를 이유로 납세자의 절차적 권리를 침해할 수는 없다고 할 것이다.(원고 승)

앞서 설명한 대로, 이 사건의 쟁점은, 과세전적부심사청구 심리 중 국세부과 제척기간이 임박하였다는 이유로 부과를 할 수 있는지 여부 및 과세전적부심사청구에 대한 결정을 하기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호의 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’의 판단기준이 ‘과세처분일’인지 아니면‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’인지 여부이다.

만약 이 사건에서 ① ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’의 판단기준을‘과세처분일’이라고 한다면, 과세전적부심사청구의 심리 중 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만이어서 과세처분을 한 이 사건 처분은 적법하다. 다만, ② ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’의 판단기준을 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’이라고 한다면, (과세처분과는 무관하게) 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지가 이루어진 시점이 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만’이 아닌 이 사건의 경우 피고의 과세처분은 위법하게 된다.

이 사건에서 1심 법원은 위 견해 대립 중 ①을 선택하여 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우’의 판단기준을‘과세처분일’이라고 하여, 과세전적부심사청구의 심리 중 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만이어서 과세처분을 한 이 사건 처분은 적법하다고 판시하였다.

좀 더 구체적으로 살펴보면, 1심 법원은 과세전적부심사청구 관련 국세기본법 및 동법 시행령 규정을 종합적으로 해석하여, 과세전적부심사청구의 심리 중 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우에는 과세를 할 수 있다는 결론을 내렸다. 국세기본법 제81조의15 제1항은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 경우를 규정하고, 제2항 제3호는 그 예외로서 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 규정하며, 제3항은 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장 등은 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하도록 규정하고 있다. 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대하여 국세기본법 제81조의15 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다.”고 규정하면서, 단서에서 “국세기본법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 않다.”고 예외를 규정하고 있다.

즉, 국세기본법은 제척기간이 임박한 경우 등에는 과세전적부심사청구 절차를 생략할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 국세기본법 시행령은 과세전적부심사청구를 받은 경우 과세관청은 과세처분을 유보하여야 하지만, 예외 사유(세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 등)가 있으면 과세처분을 유보하지 않아도 된다고 규정하고 있다.

이러한 법령을 종합적으로 해석하면, 과세관청은 과세전적부심사를 청구하는 경우 세무서장 등은 원칙적으로 과세전적부심사 결정 전까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 하지만, 국세청장이 30일 이내에 청구인에게 결정을 통지하지 않고 있는 동안 국세부과 제척기간이 임박하여 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우’에는 과세전적부심사 결정 전이라도 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 있다고 해석하여야 하는 것이 타당하다.

위와 같은 1심 판결은 조세법률주의 원칙이나 과세전적부심사제도의 취지에 부합하지 않는다는 것이 2심 판결 및 대법원 판결이다.

구체적으로 국세기본법 제81조의15 제2항 제3호는 그 예외사유로 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’라고 규정하여, ‘부과제척기간까지의 기간이 3개월 미만’이라는 기간산정의 기산일을‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’로 정하고 있을 뿐, 과세관청의 주장과 같이 ‘과세처분일’로 정하지 않고 있다. 만약 그 경우라면, ‘과세처분일로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’라고 규정하였을 것이다.

또한 과세전적부심사제도는 과세처분에 관한 사전적ㆍ예방적 권리구제절차라는 데에 중요한 의미가 있으므로, 함부로 그 예외사유를 유추하거나 확장할 수도 없다.

구체적 타당성 측면에서, 법령이 정한 예외사유라는 것은 적어도 과세관청에 그 책임을 묻기 어려운 객관적이고 긴급한 사정에 해당하여야 하는데, 과세전적부심사 절차가 시작되었으나 그 과세전적부심사 도중에 과세처분일을 기준으로부과제척기간 만료일이 3개월 미만으로 임박하게 된 경우는, 과세관청의 사정으로 심사가 지체된 것에 불과하여 이를 이유로 납세자의 절차적 권리를 침해할 수는 없다.

실무상 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우에는 과세전적부심사절차를 생략하고 과세처분에 이르게 되고, 위 기간이 3개월을 초과하는 경우에는 과세전적부심사절차를 진행하게 된다.

그런데 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지 당시에는 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월을 초과하여 과세전적부심사절차를 진행하였는데, 과세전적부심사절차가 지연되어 국세부과 제척기간이 임박하게 되는 경우 과연 과세전적부심사결정 전이라도 과세처분을 할 수 있는지에 대해서는 구체적인 판시내용이 존재하지 않았다.

본 판결로 인하여, 국세부과 제척기간이 임박하였다 하더라도 예외사유에 해당하지 아니하는 한 과세전적부심사제도를 배제한 채 과세할 수 없음이 명백해지게 되었고, 또한 과세전적부심사제도에 대한 대법원의 엄격한 입장에 대해서도 다시 한 번 확인할 수 있게 되었다.