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감면 신청을 취소하는 수정신고가 허용되는지 여부

BY 최문진   2020-12-07
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1. 감면 신고의 법적 성격

이번 컬럼에서는 당초 신고시 적법하게 신청된 감면을, 납세자의 선택에 따라 수정신고를 통해 취소하는 것이 허용되는지 여부를 검토해 보고자 합니다. 먼저 감면 신고의 법적 성격을 보자면, 감면 신고는 일반적으로 공제/감면의 필수 요건에 해당하지 않습니다. 좀 더 상세히 보자면, 원칙적으로 소득세 또는 법인세의 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아닙니다. 그 감면신청에 관한 규정은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 법 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 등을 감면하여야 합니다(대법원 2003두773, 2004.11.12. 참조). 다음에서는 각 특례별로 감면신청을 협력의무로 본 사례를 정리해 보았습니다.

● 법 제7조 중소기업 특별세액감면의 감면요건을 충족하는 경우 당초 신청이 없어도 수정신고나 경정청구에 의하여 감면이 가능하며 감면의 종류를 변경하는 경정청구나 수정신고도 가능하다(서면법규과-72, 2014.1.27.).
● 법 제10조의 2 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례에서 내국법인이 출연금등익금불산입명세서를 제출하지 아니한 경우에도 본 과세특례를 적용받을 수 있다(법인세과-935, 2011.11.21.). 또한 내국법인이 연구개발출연금 등을 지급받은 사업연도에 익금산입하여 법인세의 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 경정청구를 통하여 익금불산입할 수 있다(법인세과-455, 2011.7.11.).
● 법 제11조 연구인력개발비 세액공제의 세액공제신청서등의 제출의무는 단순한 협력의무에 불과하므로, 공제신청을 하지 않음으로써 신고한 세액이 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에는 경정청구를 통해 공제 가능하다(법인 46012-1919, 1999.5.21.). 세액공제액이 최저한세 적용 등으로 이월된 경우, 세액공제 방법을 당기분 방식에서 증가분 방식으로 변경하여 경정청구할 수 있다(서이 46012-11806, 2003.10.17.).
● 법 제18조 외국인기술자 소득세 감면에서 조세감면신청은 감면의 필수적 요건이 아닌 협력의무이므로, 당해 소득이 감면대상임이 확인되면 감면한다(서면2팀-462, 2004.3.16.).
● 법 제63조 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 적용받은 법인이 감면요건 미비로 감면이 배제됨에 따라 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우, 경정결정 시 감면신청서를 제출하고 감면요건이 충족된다면 동 세액감면을 적용받을 수 있다(법인-3087, 2008.10.24.). 법 제6조 창업중소기업 세액감면 요건을 충족하지 못하여 중소기업 특별세액감면을 적용받고자 하는 경우에도 동일하다(서면2팀-229, 2005.2.1.).

참고로 경정청구기한이 경과하였으나 이월공제기간 내의 것으로서 공제요건이 충족되었음이 확인된 때에는 공제대상 여부를 과세관청의 결정 또는 경정에 의합니다(서면2팀-1772, 2005.11.4.). 경정청구기한이 경과한 경우에도 과세관청의 경정 등에 따라 공제 받을 수 있음에 유의하여야 합니다. 반면에 조특법 제30조의 5 창업자금에 대한 증여세 과세특례, 제30조의 6 가업 승계 증여세 과세특레 및 제32조 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 특례 등에서 감면 신청은 협력의무가 아닌 필수요건입니다. 이월과세특례에서는 조세부담이 개인에서 법인으로 전가되므로 납세자의 명확한 의사표시가 요구됩니다. 따라서 특례신청이 단순한 협력의무라 할 수 없고, 그 신청이 특례를 적용받기 위한 필수요건이 됨에 유의하여야 합니다(국심 2005중3473, 2006.6.26.).

2. 감면 신청의 취소 여부

감면 신청은 원칙적으로 공제감면을 위한 필수요건이 아니라 협력의무에 불과하지만, 납세자가 동 감면 신청을 자유롭게 취소할 수 있는지 여부가 문제됩니다.

(1) 종전 삭제된 예규

종전 예규(제도46012-11123, 2001.5.15.)에서는 감면 취소가 수정신고 사유에 해당하지 않고, 적법한 납세자의 신청을 취소하는 것은 납세자의 임의적 선택에 따르므로 허용될 수 없다고 보았습니다. 이와 유사하게 과세관청에서는 합병법인 및 피합병법인이 적격합병에 따른 과세특례를 신청한 후 과세특례를 적용받지 않는 것으로 경정청구 및 수정신고를 할 수 없다고 해석하였습니다(서면법규-336, 2014.4.9.).
[삭제된 예규] (제도46012-11123, 2001.5.15.)
국세기본법 제45조 규정에 의한 수정신고는 같은법 같은조 제1항 각호의 사유가 발생하였을 경우에만 적용하는 것이므로 당초 신고시 적법하게 신청된 조세특례제한법상의 조세감면을 임의로 취소하고 다른 조세지원을 변경 적용받을 수는 없는 것이며, 조세특례제한법 제63조 및 같은법 제63조의 2의 규정을 적용함에 있어서 같은 조문에서 정한 요건을 갖춘 경우에 같은 법률에 의해 법인세를 감면받을 수 있는 것이므로 이에 해당되는 지에 대하여는 실질내용에 따라 판단할 사항임.

(2) 존속 예규

그러나 과세관청은 위의 예규를 2018년 6월에 삭제하고, 수정신고를 통한 세액감면신청의 전부 취소를 허용하는 유권해석(서면법령기본-2003, 2017.9.8.)을 유지하기로 하였습니다. 필자의 의견으로는 첫째, 감면 신청 여부가 납세자의 선택이므로 감면 취소 여부도 납세자가 선택할 수 있다고 보아야 하며, 둘째, 감면을 취소하게 되면 세액이 증가하므로 국세기본법상 수정신고 사유에 당연히 포함된다고 판단됩니다. 따라서 당초 선택한 감면 규정보다 절세 혜택이 높은 감면 제도를 선택하려는 목적으로, 감면을 전부 취소하거나 일부 취소할 수 있다고 봅니다.
[존속 예규] (서면법령기본-2003, 2017.9.8.)

<사실관계>
○ 질의법인은 ’14년도에 조세특례제한법을 적용해 석유제품 전자상거래 세액공제신청을 하였고 그에 따른 감면세액은 전액 ’15년도로 이월됨 - ’15년도에 위 이월된 감면세액을 실제로 감면받으면서 이에 따라 농어촌특별세를 납부하였으나, 이월감면액을 우선적으로 적용하여 감면받은 관계로 농어촌특별세 납부의무가 없는 외국납부세액공제를 적용받지 못함
○ 질의법인은 ’14년도의 세액감면신청을 전부 취소(수정신고)하고 기납부한 농어촌특별세를 환급받은 후, 수정신고에 따라 증가한 ’15년도 과세표준에 대해 농어촌특별세의 부담이 없는 외국납부세액공제를 적용하여 경정청구 하고자 함

<질의>
○ ’14년도에 적법하게 신청한「조세특례제한법」상의 세액감면신청을 전부 취소하는 수정신고가 가능한지 여부

<회신>
과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 법인이 차기 사업연도에「법인세법」제57조의 외국납부세액공제를 적용하기 위하여 당해 사업연도에 적용하였던「조세특례제한법」제104조의25의 석유제품 전자상거래 세액공제를 취소하고자 하는 경우에는「국세기본법」제45조의 수정신고를 할 수 있는 것임.

(3) 최근 관련 예규

또한 최근 예규(재조특-411, 2019.5.23.)에서도 창업중소기업세액감면과 관련하여 일반기업에 적용되는 세액감면을 취소하고, 납세자의 선택에 따라 벤처기업에 적용되는 세액감면을 적용할 수 있도록 하였습니다.
[최근 관련 예규] (재조특-411, 2019.5.23.)

조세특례제한법 제6조제1항의 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받은 기업이 조세특례제한법 제6조제2항의 벤처기업으로 확인받은 경우로서, 당초 감면받은 세액에 대하여 국세기본법 제45조에 따른 수정신고를 하는 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면받을 수 있는 것임.
위의 예규를 좀더 자세히 살펴보자면, 당초 조특법 제6조 제1항의 창업중소기업 세액감면을 적용하였으나, 같은 조 제3항의 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하는 것이 당사자의 세무담 측면에서 유리한 경우입니다. 예를 들어, 2012년에 창업하고 2014년에 벤처기업으로 확인 받은 경우에 2012년에 최초 소득이 발생하면 2014년과 2015년에 결손이 발생한 경우에도 조특법 제6조 제1항의 창업중소기업 세액감면기간은 2016년으로 종료합니다. 실질적으로 소득이 발생한 2012년, 2013년, 2016년만 감면이 가능합니다. 그러나 조특법 제6조 제3항의 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하면, 2014년부터 감면이 적용되지만, 창업벤처중소기업 감면 요건 충족 후의 최초 소득발생이 지연되므로 감면개시연도는 2016년으로 하며, 2020년까지 감면을 적용할 수 있습니다. 이러한 절세안을 실행하기 위하여 당초 조특법 제6조 제1항의 창업중소기업 세액감면을 수정신고를 통하여 취소할 수 있는 지 여부에 대하여 과세관청에서는 긍정적으로 해석하였습니다(같은 뜻 서면법령법인-2915, 2019.5.24.).

3. 사후관리 규정의 회피

위의 사례는 종전 신고한 조세특례보다 납세자에게 더 유리한 조세특례가 있는 경우, 보다 유리한 조세특례를 적용하기 위한 목적으로 당초 신고한 조세특례를 취소하는 수정신고를 허용한 해석입니다. 다만 조세특례제한법상 다수 감면 규정에 존재하는 사후관리 규정을 회피하기 위한 감면 신청의 취소가 가능하지 여부는 위의 사례와는 또 다른 판단이 필요하다고 봅니다.
예를 들어 조특법 제63조의 2 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면을 적용 받았으나, 임원수 비율 미달로 사후관리 규정이 적용되어 당초 감면세액을 추징당하고 이자상당가산액을 납부할 위험이 발생할 수 있습니다. 이때 회사가 당초 신청한 법 제63조의 2 감면을 취소하고, 그 사업연도에 신청하지 않았던 투자세액공제를 적용할 수 있는지가 쟁점입니다. 참고로 조특법 제63조의 2와 투자세액공제는 세액공제 규정과 세액감면 규정의 중복지원 배제 규정(조특법 제127조)에 따라 동일한 사업연도에 적용할 수 없습니다. 사후관리 규정을 회피하기 위하여 당초 신청한 공제감면을 취소할 수 있는지 여부에 관하여 과세관청의 유권해석은 없습니다. 이를 처리하는 방법으로 다음과 같은 세가지 방안을 생각해 볼 수 있습니다.

첫째, 수정신고를 불허하고 당초 감면세액과 이자상당가산액을 추징하는 방안입니다. 수정신고를 허용하게 되면 사후관리 규정을 형해화하여 사후관리 규정의 존재 의의를 무력화하기 때문에 수정신고를 허용하지 않으며 이에 따라 추징세액등을 추징합니다.
둘째, 수정신고를 허용하지만 추징세액 등을 추징하는 방안입니다. 과세표준 또는 세액을 증가시키긴 위한 신고로서 국세기본법 제45조 수정신고의 요건을 충족하므로 당연히 수정신고를 허용하여야 한다는 논거입니다. 다만 사후관리 규정의 취지가 훼손되므로 그 규정의 존재 의의를 보호하기 위하여 당초 감면세액 등을 추징하여야 한다는 주장입니다.
셋째, 수정신고를 허용하고 당초 감면세액 등을 추징하지 않는 방안입니다. 조특법상 추징세액은 법인세법상 납부할 세액으로 보기 때문에 본세인 법인세와 동일하게 보아야 합니다. 그런데 법인세는 기간과세로서 사후관리 위반 사유, 예컨대 임원수 비율 미달 사유가 발생하더라도 해당 사업연도 말이 되어 법인세가 성립하기 전에는 아직 추징세액이 성립하였다고 볼 수 없습니다. 따라서 사업연도 말이 도래하기 전에 수정신고를 한다면, 성립하지 아니한 추징세액, 즉 사후관리 규정이 침해되지 않는다는 논리입니다.

필자의 의견으로는 세 번째 방안이 타당하다고 봅니다. 사후관리 규정의 취지가 훼손되는 단점이 있으나, 엄격해석의 원칙에 따라 국세기본법 제45조 및 법인세 성립요건을 문리적으로 해석하면 수정신고를 허용하여야 하며 따라서 추징세액 등을 추징할 수 없습니다. 사후관리 규정의 취지가 훼손될 우려는 별도 입법으로 해결해야 한다고 보며, 현행법의 해석으로 이를 해결할 수 없다고 봅니다. 다만 이에 관한 과세관청 등의 유권해석이 없으므로 세무상 위험을 줄이기 위해서는 과세관청에 질의하여 해결할 필요성 있습니다.
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