원심은 먼저 이 사건 거래가 가공거래라고 판단하면서 이 사건 거래를 통해 원고가 발급받은 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)가 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서라고 판단하였다.
그리고 부과제척기간과 관련하여 원심은 다음과 같은 이유로 법인세, 부가가치세 모두 10년의 장기 부과제척기간이 적용된다고 판단하였다. 즉, 원고가 거래상대방인 A회사 및 B회사와의 합의하에 가공의 세금계산서인 이 사건 각 세금계산서를 발급받았던 것으로 보이고, 위와 같은 행위로 인하여 국가의 조세수입이 감소될 것을 의도 내지 인식하였다고 볼 것인 점에 비추어, 원고가 A회사 및 B회사로부터 가공의 세금계산서를 발급받아 2006년 제2기분 및 2007년 제1기분 부가가치세 매출세액에서 그 매입세액을 공제받고 법인세 신고 시 해당금액을 손금으로 산입한 행위는 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위’로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에 해당한다고 보았다.

대상판결 역시 이 사건 거래가 가공거래이고 그 과정에서 원고가 발급받은 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 대해서는 원심판결과 동일하게 판단하였다. 그러나 대상판결은 장기 부과제척기간의 적용과 관련하여 법인세 부과처분 부분과 부가가치세 부과처분 부분을 다르게 판단하였다.
먼저 법인세 부과처분과 관련하여 대상판결은 다음과 같이 판단하였다.
구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2014두2522, 2015.09.15., 판결 등 참조). 원고는 A회사, B회사로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위로 신고한 사실을 알 수 있다. 여기에 이 사건 거래의 목적과 구조, 이 사건 거래가 계속된 기간, 원고에게 부과된 법인세의 규모 등을 보태어 보면, 원고의 위와 같은 행위는 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다.

반면, 부가가치세 부과처분과 관련하여 대상판결은 다음과 같이 판단하였다.
납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2013두19516, 2014.2.27., 판결 등 참조). 따라서 원고가 A회사로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제 또는 환급받았더라도 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호에서 정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하려면, A회사가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하는 등으로 해당 부가가치세 납부의무를 면탈하였어야 하고, 아울러 원고에게 그에 대한 인식이 있었어야 한다. 원심이 이에 관하여 심리하지 않은 채 원고가 A회사와 합의하에 사실과 다른 세금계산서를 교부받았다는 이유만으로 국가의 조세수입이 감소할 것을 의도 내지 인식하였다고 보아 이 사건 부가가치세 부과처분이 구 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호가 정한 10년의 부과제척기간 내에 이루어져 적법하다고 판단한 점은 국세 부과제척기간 적용에 대한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

국세 또는 지방세를 부과할 수 있는 권리, 즉 부과권은 일정한 기간 안에 행사하여야 하는데, 이를 부과권의 제척기간이라 한다. 국세기본법 제26조의 2는 조세법률관계를 신속히 확정짓기 위하여 세목ㆍ납세신고의 유무와 조세포탈의 유무 등을 기준으로 몇 가지 유형으로 구분하여 국세의 부과제척기간에 관하여 규정하고 있고, 지방세는 지방세기본법 제38조에서 규정하고 있다.
세법상 과세요건이 충족되어 성립된 조세채무도 부과제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 소멸하고, 제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 경정을 할 수 없게 된다. 조세법상의 법률관계 역시 언제까지나 불확정한 상태로 놓는 것은 바람직하지 않으므로 부과권에 관하여 제척기간을 설정하고 그 기간 내에 과세처분이 없으면 조세채무 자체가 소멸하도록 한 것이다. 다만, 민법상의 제척기간은 그 기간 내에 소로서 권리를 행사하여야 하나 부과권의 제척기간은 그러한 제한이 없다.
부과제척기간이 도과된 이후에 이루어진 과세처분 또는 신고ㆍ납부는 당연무효이고, 제척기간의 경과 여부는 법원의 직권조사사항이므로 소송에서 당사자의 원용이 없어도 직권으로 고려하여야 하며, 소멸시효와 달리 중단이나 정지가 있을 수 없다. 다만, 제척기간의 도과 후에 증액경정처분이 있었다 하여도 당초처분이 제척기간의 도과 전에 있었다면 그 증액경정처분이 전부 무효로 되는 것은 아니고 증액된 부분에 한하여 무효로 된다.

국세 부과의 제척기간은 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(국세기본법 제26조의 2 제1항)이고, 과세표준신고서를 제출하지 아니한 무신고의 경우에는 7년간(같은 조 제2항 제1호)이며, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우 등에는 10년간(같은 조 제2항 제2호ㆍ제3호)이다. 다만, 상속세 및 증여세의 경우에는 원칙적으로 10년간이고, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우 및 신고서를 제출하지 않은 경우 등은 15년간(같은 조 제4항)이다.

장기 부과제척기간의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다(국세기본법 시행령 제12조의 2 제1항). 조세범 처벌법 제3조 제6항은 각 호에서 부정행위를 “이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작(제5호), 조세특례제한법 제5조의 2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)”로 규정하고 있다.
국세기본법은 위 규정의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우의 의미에 관하여 별다른 규정을 두고 있지 않다. 그러나 대법원은 위 규정의 입법 취지가 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 해당 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있는바, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다는 입장이다(대법원 2013두7667, 2013.12.12., 판결 등 다수).
그리고 대법원은 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 조세범 처벌법, 지방세기본법, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 등의 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 한다고 판시하였다(대법원 2011두29168, 2014.5.16., 판결).

대법원은 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 사안에서 그러한 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에 해당하여 10년의 장기 부과제척기간이 적용되기 위하여는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다고 판시하였다(대법원 2013두19516, 2014.2.27., 판결). 그리고 대법원은 부가가치세를 본세로 하는 부당과소신고가산세에 대하여도 동일한 취지로 판단하였다(대법원 2014두11618, 2015.1.15., 판결).
즉, 대법원은 국세기본법상 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세의 적용요건인 부정행위를 판단함에 있어 납세자에게 부정행위에 해당한다는 인식에 더하여 부정행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 점에 관한 인식이 필요하다는 입장이다.

납세자가 가공거래를 통해 가공의 비용을 계상하고 이를 손금에 산입하면 과세관청은 법인세를 부과ㆍ징수하기가 불능 또는 현저히 곤란하게 되므로 납세자는 국가의 조세수입이 감소할 것이라는 점을 인식하였다고 볼 수 있다. 따라서 이 경우 납세자가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 법인세를 포탈하거나 법인세액을 과소신고한 것으로 인정할 수 있다.
그런데 동일하게 납세자가 가공거래를 통해 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우라 하더라도, 거래 상대방이 세금계산서상의 매출세액을 모두 납부하였고 이후 세액을 환급받지도 않았다면 국가의 조세수입은 감소하지 않으므로 납세자는 자신의 행위로 인해 국가의 조세수입이 감소할 것이라는 점을 인식할 수 없다. 따라서 이 경우 납세자가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 부가가치세를 포탈하거나 부가가치세액을 과소신고한 것으로 볼 수는 없다.
원심은 A회사가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하는 등으로 해당 부가가치세 납부의무를 면탈하였고 아울러 원고에게 그에 대한 인식이 있었다는 점에 대하여 심리를 다하지 않았음(즉, 피고가 충분한 입증을 하지 않았음)에도 불구하고, 단순히 원고가 A회사와 합의하에 사실과 다른 세금계산서를 교부받았다는 이유만으로 국가의 조세수입이 감소할 것을 의도 내지 인식하였다고 단정하였다. 그러나 대법원은 이러한 원심의 판단이 부가가치세에 장기 부과제척기간이 적용되기 위한 요건에 대한 기존 판례에 반한다고 보았다.

대상판결은 부가가치세 부과처분과 관련하여 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 인정되어 장기 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하다는 기존의 법리를 재확인하면서 과세관청이 그러한 사실을 충분히 입증하지 못한 경우 장기 부과제척기간을 적용할 수 없다는 점을 명확히 하였다.
또한, 포탈의 대상이 되는 세목에 한하여 장기 부과제척기간이 적용된다는 기존의 법리 역시 재확인하면서, 동일한 사실관계 하에서 법인세에 관하여 장기 부과제척기간이 적용된다 하더라도 부가가치세에 관하여는 장기 부과제척기간이 적용되지 않을 수 있다는 점을 명확히 하였다는 점에 의의가 있다.