임대용 건물도 재화에 해당하므로 부가가치세가 발생하는 것이 원칙이다. 다만, 토지의 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다.

계속임대하는 경우에는 환급이 가능하나, 신축용으로 매입하는 경우에는 환급이 되지 않는다. 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 부가가치세는 토지 관련 매입세액에 해당하여 환급이 되지 않기 때문이다(부가가치세법 집행기준 39-80-1).

전체 가액 50억원에 건물의 기준시가 비율(3억원/20억원)을 곱하면 건물의 공급가액은 7억 5천만원이 된다. 그 결과 부가가치세는 7,500만원이 된다.

그렇다. 부가가치세법 제29조 제9항에서는 토지와 건물의 공급가액이 구분되지 않은 경우에는 부가가치세법 시행령 제64조를 적용하도록 하고 있기 때문이다. 이 경우 감정평가액이 기준시가보다 우선 적용된다. 조문을 통해 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. 위의 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액”은 “감정평가액, 기준시가”순으로 계산한 금액을 말한다. 다음 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호를 참조하기 바란다.

렇지 않다. 위 부가가치세법 제29조 제9항 제2호를 보면 임의구분가액이 “감정평가, 기준시가”로 계산한 것에 비해 30% 이상 차이가 발생하면, 감정평가나 기준시가의 비율로 안분하도록 하고 있기 때문이다. 다만, 구입 후 멸실예정이라면 건물가액을 0원으로 해도 된다.
부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호에서는 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 사업자가 임의로 구분한 가액을 인정하기 때문이다(2022.2.15. 이후 공급분부터 적용). 참고로 위에서 이때 “토지만 사용하는 경우"란 건축물이 있는 토지를 취득함에 있어서 기존건축물을 철거하고 해당 토지의 전부를 새로운 건축물의 대지 또는 다른 용지로 사용하기 위한 것을 말하는 것으로 보인다(법인 22601-887, 1989.3.9.).

앞에서 본 기준시가 30%룰이 적용되어 부가가치세가 추징될 가능성이 높다.

취득 후 바로 멸실에 들어갈 경우에는 건물가액을 0원으로 해도 된다. 다만, 이때 주의할 것은 건물이 일부라도 임대 등에 사용된다면 앞의 30%룰이 적용된다는 것이다.

이 경우에는 토지의 양도에 해당하므로 부가가치세가 발생하지 않는다. 다만, 매도자의 경우 임대업을 폐지하는 것이므로 폐업 시 잔존재화에 대한 부가가치세(10년 미경과 시 부가가치세 발생), 철거비용 등에 대한 매입세액 불공제(부가가치세과-552, 2009.4.21.) 등의 문제가 발생한다.

이때에는 토지와 건물의 일괄공급에 해당하므로 건물의 공급가액에 대해 부가가치세가 발생한다. 따라서 이때에는 아래와 같은 방법을 사용한다.
첫째, 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수도 하는 계약을 맺어 부가가치세를 아예 발생시키지 않는다.
둘째, 부가가치세 발생여부가 중요하지 않으면 기준시가 비율로 안분하여 건물의 공급가액을 정한다.
셋째, 부가가치세의 최소화가 필요한 경우에는 임의로 건물가액을 구분하되 기준시가 30%룰을 준수한다.
넷째, 위의 내용들을 신뢰할 수 없다면 감정평가를 받아 건물의 공급가액을 정할 수도 있다.