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건물의 공급가액 안분 관련 세무리스크 예방법

신방수, 2022.08.01
일반적으로 건물을 양도하거나 취득할 때 건물공급가액에 10%의 부가가치세가 발생한다. 물론 이렇게 발생한 부가가치세는 매수자가 일반과세자의 지위에 있으면 대부분 환급을 받을 수 있으나, 토지에 관련된 매입세액에 해당하면 환급을 받지 못한다. 이렇게 되면 토지의 원가가 높아져 수익률이 떨어진다는 문제점이 있다. 그래서 토지와 건물을 같이 공급하는 경우 건물공급가액을 낮추는 식으로 일을 추진할 수 있다. 그렇다면 이러한 방식을 세법이 인정할까? 사례를 통해 이에 대해 알아보자.
건물의 공급가액 안분 관련 세무리스크 발생 사례
K법인은 아래의 건물을 취득하고자 한다. 물음에 답하면?
<자료> • 임대용건물 매입가액 : 50억원
• 건물 기준시가 3억원, 토지 기준시가 17억원
• 임차인이 있음.
• 부가가치세 별도 계약

Q1. 위의 거래에서 부가가치세가 발생하는가?
임대용 건물도 재화에 해당하므로 부가가치세가 발생하는 것이 원칙이다. 다만, 토지의 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다.
Q2. K법인이 부담하는 매입세액은 환급이 가능한가?
계속임대하는 경우에는 환급이 가능하나, 신축용으로 매입하는 경우에는 환급이 되지 않는다. 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 부가가치세는 토지 관련 매입세액에 해당하여 환급이 되지 않기 때문이다(부가가치세법 집행기준 39-80-1).
Q3. 위의 거래에서 기준시가로 안분하면 과세표준과 부가가치세는?
전체 가액 50억원에 건물의 기준시가 비율(3억원/20억원)을 곱하면 건물의 공급가액은 7억 5천만원이 된다. 그 결과 부가가치세는 7,500만원이 된다.
Q4. 만일 감정평가를 받은 결과 건물가액이 1억원으로 평가되었다면 이의 금액으로 부가가치세를 발생시켜도 되는가?
그렇다. 부가가치세법 제29조 제9항에서는 토지와 건물의 공급가액이 구분되지 않은 경우에는 부가가치세법 시행령 제64조를 적용하도록 하고 있기 때문이다. 이 경우 감정평가액이 기준시가보다 우선 적용된다. 조문을 통해 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.
위의 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액”은 “감정평가액, 기준시가”순으로 계산한 금액을 말한다. 다음 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호를 참조하기 바란다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分)계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다.
Q5. 만일 건물가액을 0원으로 계약하면 문제는 없는가?
렇지 않다. 위 부가가치세법 제29조 제9항 제2호를 보면 임의구분가액이 “감정평가, 기준시가”로 계산한 것에 비해 30% 이상 차이가 발생하면, 감정평가나 기준시가의 비율로 안분하도록 하고 있기 때문이다. 다만, 구입 후 멸실예정이라면 건물가액을 0원으로 해도 된다.
부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호에서는 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 사업자가 임의로 구분한 가액을 인정하기 때문이다(2022.2.15. 이후 공급분부터 적용).
② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.(2022.2.15. 신설) 1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우(2022.2.15. 신설)
2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우(2022.2.15. 신설)
참고로 위에서 이때 “토지만 사용하는 경우"란 건축물이 있는 토지를 취득함에 있어서 기존건축물을 철거하고 해당 토지의 전부를 새로운 건축물의 대지 또는 다른 용지로 사용하기 위한 것을 말하는 것으로 보인다(법인 22601-887, 1989.3.9.).
Q6. Q5처럼 건물가액을 0원으로 하였지만, 매입 후에도 임대가 계속된다면 이 경우에는 어떻게 되는가?
앞에서 본 기준시가 30%룰이 적용되어 부가가치세가 추징될 가능성이 높다.
건물의 공급가액 안분 관련 세무리스크 예방법
토지와 건물의 일괄공급 시 건물의 공급가액은 어떤 식으로 정하는 것이 좋을지 상황별로 알아보자.

바로 멸실에 들어갈 경우
취득 후 바로 멸실에 들어갈 경우에는 건물가액을 0원으로 해도 된다. 다만, 이때 주의할 것은 건물이 일부라도 임대 등에 사용된다면 앞의 30%룰이 적용된다는 것이다.
매도자가 철거하는 조건으로 계약하는 경우
이 경우에는 토지의 양도에 해당하므로 부가가치세가 발생하지 않는다. 다만, 매도자의 경우 임대업을 폐지하는 것이므로 폐업 시 잔존재화에 대한 부가가치세(10년 미경과 시 부가가치세 발생), 철거비용 등에 대한 매입세액 불공제(부가가치세과-552, 2009.4.21.) 등의 문제가 발생한다.
일정기간 사용 후 멸실에 들어갈 경우
이때에는 토지와 건물의 일괄공급에 해당하므로 건물의 공급가액에 대해 부가가치세가 발생한다. 따라서 이때에는 아래와 같은 방법을 사용한다.
첫째, 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수도 하는 계약을 맺어 부가가치세를 아예 발생시키지 않는다.
둘째, 부가가치세 발생여부가 중요하지 않으면 기준시가 비율로 안분하여 건물의 공급가액을 정한다.
셋째, 부가가치세의 최소화가 필요한 경우에는 임의로 건물가액을 구분하되 기준시가 30%룰을 준수한다.
넷째, 위의 내용들을 신뢰할 수 없다면 감정평가를 받아 건물의 공급가액을 정할 수도 있다.
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