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과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산과 재계산

이철재, 2022.06.01

목 차

Ⅰ. 공통매입세액의 안분계산
Ⅱ. 공통매입세액의 재계산(납부ㆍ환급세액의 재계산)

백화점, 대형마트, 건설회사, 신문사, 방송국 등은 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자이다. 과세ㆍ면세 겸영사업자에게 부가가치세 신고 시 가장 중요한 이슈는 공통매입세액의 안분계산 및 재계산이다. 이번 호에서는 공통매입세액의 안분계산과 재계산에 대하여 집중적으로 살펴보려고 한다.

Ⅰ. 공통매입세액의 안분계산

1. 의의

과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자는 매입세액이 과세사업과 면세사업등 중 어느 사업에 실제 귀속되는지를 구분하여 과세사업에 귀속되는 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 면세사업등에 귀속되는 매입세액은 공제하지 아니한다. 그러나 실지귀속이 불분명한 매입세액 중 접대비 등 본래 매입세액 불공제대상은 불공제하고, 본래 매입세액 공제대상은 일정한 방법으로 안분계산해야 한다.
공통매입세액이라고 무조건 안분계산하는 것이 아니라, 먼저 발생 건별로 구분하여 그 매입세액이 어떤 사업과 관련된 것인지를 판단해야 하고, 어떤 사업에 귀속되었는지 구분할 수 없는 것만 안분계산을 해야 한다(부집 40－81－2). 따라서 공통매입세액의 실지귀속을 파악하지 않고 안분계산하는 것은 잘못된 것이다.

구분	매입세액 공제 여부
과세사업과 관련된 것	매입세액 공제(단, 접대비 등 본래 불공제대상은 불공제)
면세사업등과 관련된 것	전부 불공제
실지귀속을 구분할 수 없는 것	공통매입세액의 안분계산(단, 접대비 등 본래 불공제대상은 안분계산하지 않고 직접 불공제)

2. 공통매입세액의 안분계산 요건

공통매입세액은 다음의 요건을 모두 충족하는 경우에 안분계산한다(부집 40－81－3).

① 과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)을 겸영하는 사업자일 것
과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)을 겸영하는 사업자이어야 한다. 과세사업만 하거나 면세사업만 하는 경우에는 공통매입세액의 안분계산의 대상이 아니다.
② 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되었거나 사용될 것
사업을 위하여 취득한 재화와 용역이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되었거나 사용될 예정이어야 한다.
③ 실지귀속이 불분명한 매입세액일 것
재화나 용역의 실지귀속이 분명한 경우에는 해당 사업분으로 구분하여 과세사업분은 매입세액을 공제하고, 면세사업분은 불공제하므로 실지귀속이 불분명한 매입세액만 공통매입세액의 안분계산대상이다.
④ 불공제대상 매입세액이 아닐 것
공통매입세액이라도 접대비 등 본래 매입세액 불공제대상인 경우에는 직접 불공제하므로 공통매입세액의 안분계산대상이 아니다.

3. 공통매입세액의 안분계산방법

(1) 해당 과세기간의 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있는 경우

과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우 실지귀속이 불분명한 공통매입세액이 있는 경우로서 공통매입세액과 관련된 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있는 경우에는 도축업을 영위하는 사업자가 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우(2016.1.1. 이후 공급받는 분부터 적용)를 제외하고는 다음 계산식에 따라 면세사업등과 관련된 매입세액을 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.
이하 공통매입세액의 안분계산, 공통매입세액의 정산과 납부세액 또는 환급세액의 재계산에서 같다)의 비율로 안분계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다(부령 §81 ①, 부칙 §54 ①). 2018.2.13. 「부가가치세법 시행령」 개정 시 국고보조 사업 등을 영위하는 겸영사업자가 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액에 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 등이 포함되도록 하였다(납부세액ㆍ환급세액 재계산 시에도 면세사업 관련 국고보조금 등 포함하도록 규정 명확화).

면세사업등 관련된 매입세액(매입세액 불공제분) = 공통매입세액 ×	면세공급가액
	총 공급가액

위의 계산식에서 총공급가액이란 공통매입세액에 관련된 과세사업의 공급가액과 면세사업(비과세사업 포함)의 수입금액의 합계액을 말한다. 과세사업의 공급가액은 재화ㆍ용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말하며, 면세사업(비과세사업 포함)의 공급가액은 면세사업의 수입금액 합계액을 말한다.
총괄납부사업자가 판매목적으로 타 사업장에 반출한 과세재화와 면세재화는 공통매입세액의 안분계산 시 공급가액에 포함하나, 공통매입세액과 관련이 없는 고정자산의 매각액은 공급가액에 포함하지 아니한다(서삼 46015-11127, 2002.7.5.; 부가 1265-1604, 1984.7.28.).

I 예정신고와 확정신고 시 공통매입세액의 안분계산 사례 I

구분

7.1~9.30.

10.1.~12.31.

공통매입세액

5,000,000원

25,000,000원

과세사업공급가액

2억원

4억원

면세사업수입금액

3억원

9억원

총공급가액

5억원

13억원

공통매입액 중 면세사업분

[예정신고]

5,000,000 ×	3억원	＝ 3,000,000
	5억원

[확정신고]

(5,000,000 +25,000,000) ×	3억원 + 9억원	- 3,000,000 = 17,000,000
	5 억 원 + 1 3억원

□ 여러 개의 사업을 겸영하고 있는 경우의 안분계산 단위

① 여러 개의 사업장(건설업은 건설현장)이 있는 사업자의 경우 사업장(건설업은 건설현장) 단위의 공통매입세액은 관련된 사업부별로 구분하여 안분계산하고, 전체 사업장에 공통되는 매입세액은 사업장별 공급가액의 비율로 안분계산한다(서면3팀-2329, 2004.11.16.). 사업자 단위 과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고한다(부가-814, 2009.6.15.).
② 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 관련성에 따라 안분계산하여야 한다. 예를 들어, 신문사가 한 건물에서 신문판매사업(면세), 광고사업(과세), 사무실임대업(과세)을 같이 하는 경우 엘리베이터수리비와 관련된 매입세액은 신문판매수입, 광고수입, 임대료수입의 비율로 안분계산해야 하나, 신문용지 구입액에 대한 매입세액은 신문판매사업과 광고사업의 공통매입세액이므로 사무실임대수입을 안분계산기준 공급가액에 포함해서는 아니 된다. 신문용지 구입과 임대사업은 관련성이 없기 때문이다.

□ 공통매입세액의 안분계산 기준 공급가액에 포함하지 않는 것

① 금융기관이 아닌 사업자의 외화환산이익과 지분법평가이익
금융기관에 해당하지 아니하는 과ㆍ면세 겸영사업자가 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 외화환산이익과 지분법평가이익은 총공급가액 및 면세공급가액에 포함하지 아니하며, 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금은 총공급가액에 포함하지 아니한다(부가가치세과-596, 2009.4.27.).
② 지주회사가 자회사로부터 받는 배당금
「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조에 따른 지주회사가 재화 또는 용역의 공급과 무관하게 자회사로부터 받는 배당금은 공통매입세액 안분계산의 적용대상에 포함되지 아니한다(기획재정부, 부가가치세과-23, 2012.1.17.).
③ 지분법평가손익과 수입배당금
재화 또는 용역의 공급과 무관한 지분법평가손익과 수입배당금은 공통매입세액 안분계산의 적용대상에 포함되지 아니한다(부가가치세과-838, 2012.8.1.).

사례 건설업의 안분계산 사례
건설업을 영위하는 개인사업자 甲의 다음 자료에 의하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하시오.

① 건설현장별 공급가액

구분	A현장	B현장		계
구분	과세사업	면세사업	과세사업	계
공급가액	5억원	3억원	2억원	10억원

② 세금계산서 수취분 매입세액
• 본사 매입세액 : 10,000,000원(전체 공통분)
• A현장 매입세액 : 20,000,000원(과세사업분)
• B현장 매입세액 : 30,000,000원(B현장의 과세사업과 면세사업의 공통분)

해답

• 본사 매입세액 : 10,000,000 × 3억원/10억원 ＝	3,000,000
• A현장 매입세액 :	－
• B현장 매입세액 : 30,000,000 × 3억원/5억원 ＝	18,000,000
계	21,000,000

과세ㆍ면세 사용면적이 있는 건축물의 매입세액 계산방법(부집 40－81－6) 매입세액의 계산은 먼저 실지귀속에 따라 산정하며, 사업자가 건축물을 취득하거나 신축하면서 발생된 매입세액과 관련하여 과세사업과 면세사업에 사용될 면적 및 과세ㆍ면세사업에 공통으로 사용될 면적이 객관적으로 구분되어 있는 경우 다음과 같이 매입세액을 안분계산한다.
① 건축물의 취득관련 매입세액에 대하여 과세사업에만 전적으로 사용되는 면적이 전체 면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 공제하고, 면세 사업에만 전적으로 사용되는 면적이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 전액 불공제한다. ② 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 면적에 관련된 매입세액에 대하여는 그 사업부문에서 발생된 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한 가액을 불공제한다. ③ 해당 건축물에서 운영하는 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액이 있는 경우 불공제되는 매입세액의 계산은 전체 사업에서 발생된 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산한다.

매입세액의 계산은 먼저 실지귀속에 따라 산정한다.

사례 건물 신축 관련 매입세액 안분계산 사례
사업자 甲이 2022.1.1.에 사옥을 신축하여 2022.4.10.에 준공하였으며, 건물 신축 관련 매입세액은 3억원이다. 甲이 사옥을 다음과 같이 건설업, 부동산임대업, 학원업에 사용하는 경우 2022년 제1기 과세기간에 공제받을 수 있는 매입세액은?

층별구분	면 적	용 도	공급가액(2022년 제1기)
층별구분	면 적	용 도	과 세	면 세
5층	200㎡	학원업(면세)		1억원
3~4층	300㎡	임대업(과세)	1억원
1~2층	400㎡	건설업(과세 ㆍ 면세겸업)	5억원	3억원
지 층	100㎡	주차장과 보일러실	-	-
계	1,000㎡		6억원	4억원

※ 지층은 주차장(이용료 무료)과 보일러실(건축물 난방용)이다.
※ 층별 면적과 용도는 사업계획서 및 건축물대장에 의하여 객관적으로 확인되었으며 실제 준공 후 당초 계획에 따라 사용되었고 공급가액은 준공 후 해당 과세기간에 발생된 부가가치세 공급가액과 면세수입금액이다.
해답

층 별	1차 안분계산(면적비율)	2차 안분계산(공급가액비율)	매입세액 불공제
5층	3억원 × 200/1,000 ＝ 60,000,000(불공제)	-	60,000,000
3~4층	3억원 × 300/1,000 ＝ 90,000,000(공제)	-	-
1~2층	3억원 × 400/1,000 ＝ 120,000,000(안분계산)	120,000,000 × 3억원/8억원 ＝ 45,000,000	45,000,000
지 층	3억원 × 100/1,000 ＝ 30,000,000(안분계산)	30,000,000 × 4억원/10억원 ＝ 12,000,000	12,000,000
계			117,000,000

건물의 사용면적(실지귀속)이 확인되므로 건물의 매입세액을 먼저 사용면적에 따라 안분계산하여, 3~4층은 공제하고, 5층은 불공제한다. 1~2층은 과세건설업과 면세건설업의 공통분이므로 건설업의 총공급가액에 대한 면세건설업의 공급가액비율로 안분계산하고, 지층은 전체의 공통분이므로 건축물 전체의 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한다(부집 40-81-6).

(2) 전기통신사업자와 한국철도공사에 대한 특례

「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자 및 「한국철도공사법」에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서는 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다(부령 §81 ③).

공통매입세액 중 면세사업분(매입세액 불공제분) ＝ 공통매입세액 ×	해당 과세기간의 전 사업장의 면세공급가액
	해당 과세기간의 전 사업장의 총공급가액

위 산식의 ‘전 사업장의 총공급가액’이란 모든 사업장(전기통신사업자는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, ‘전 사업장의 면세공급가액’이란 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업자는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다(부칙 §54 ④).

(3) 해당 과세기간에 구입한 재화를 그 과세기간에 공급한 경우

① 신규사업자인 경우 : 신규사업자가 사업을 시작한 과세기간에 재화를 구입한 후 그 과세기간에 공급한 경우 공급가액의 안분계산을 생략하고 전부 과세하므로 그 재화의 공통매입세액의 안분계산도 생략하고 전부 공제한다(부령 §81 ② 3호).

② 계속사업자인 경우 : 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 공급하여 공급가액을 안분계산한 경우 그 재화의 공통매입세액 안분계산은 공급가액 안분계산 방법에 의한다(부칙 §54 ③). 따라서 공급 시 직전 과세기간의 비율로 공급가액을 안분계산한 경우에는 그 재화의 공통매입세액도 직전 과세기간의 공급가액비율에 의하는데, 이를 계산식으로 표시하면 다음과 같다.

공통매입세액 중 면세사업분 ＝ 공통매입세액 ×	직전 과세기간의 면세공급가액
	직전 과세기간의 총공급가액

재화 공급 시 공급가액의 안분계산을 생략한 경우에는 공통매입세액의 안분계산도 생략한다.

4. 공통매입세액 안분계산의 생략

다음의 경우에는 안분계산의 경제성이 없으므로 안분계산을 생략하고 공통매입세액을 전액 공제한다(부령 §81 ②).
① 해당 과세기간의 공통매입세액 합계액이 5만원 미만인 경우
② 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만인 경우. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 안분계산을 해야 한다.
※ 면세사용면적비율이 5% 미만인 경우에 공통매입세액의 안분계산을 생략할 수 없다(소비 46015-229, 1996.8.5.). ③ 해당 과세기간에 신규로 사업을 시작한 사업자가 해당 과세기간에 공통으로 사용하던 재화를 공급하여 공급가액의 안분계산을 생략한 재화의 매입세액

5. 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 하나의 사업의 공급가액이 없는 경우의 공통매입세액 안분계산과 정산

(1) 공급가액이 없는 경우의 공통매입세액의 안분계산

과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 다음 순서에 따라 안분계산한다(부령 §81 ④).

I 공통매입세액 중 면세사업분 I

• (1순위) 매입가액비율 : 공통매입세액 ×	면세사업등 관련 매입가액
	총매입가액(공통매입가액 제외)

• (2순위) 예정공급가액비율 : 공통매입세액 ×	면세사업등 관련 예정공급가액
	총 예정공급가액
※ 예정공급가액이란 과거의 사업실적ㆍ현황ㆍ사업계획서 등에 따라 합리적으로 추정한 금액을 말한다.

• (3순위) 예정사용면적비율 : 공통매입세액 ×	면세사업등 관련 예정사용면적
	총 예정사용면적

다만, 건물 또는 구축물에 대하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적의 비율을 우선 적용한다. 이에 따라 건물 및 구축물에 대하여 예정사용면적비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 공급가액비율로 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 예정사용면적비율을 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 실제사용면적비율에 따라 공통매입세액을 정산한다(부령 §81 ⑤).

(2) 공통매입세액의 정산

해당 과세기간의 공급가액이 없어서 매입가액비율, 예정공급가액비율 또는 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산한 경우에는 안분계산이 정확하게 된 것이 아니므로 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간에 공통매입세액을 정산한다. 공통매입세액 정산은 다음 계산식에 의한다(부령 §82).

당초 매입가액이나 예정공급가액에 의하여 안분계산한 경우에는 정산 시에도 공급가액비율에 의하며, 당초 예정사용면적비율에 의한 경우에는 정산 시에도 면적비율에 의한다. 따라서 당초 면적비율로 안분계산하고 정산 시 가액비율에 의할 수는 없으며, 그 반대의 경우도 허용되지 아니한다.

6. 공통매입세액을 안분계산하지 아니하고 신고한 경우

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 사업 개시 전에 당해 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 알 수 없는 감가상각자산을 구입 또는 신축하면서 발생된 공통매입세액을 안분계산하지 아니하고 전액 불공제하여 신고한 경우 「국세기본법」에 의한 경정 등의 청구를 하여 「부가가치세법 시행령」에 따라 안분계산할 수 있다(부가가치세과-4805, 2008.12.15.).

7. 건물을 신축하여 분양하는 경우 공통매입세액 안분계산

사업자가 주택과 상가 등을 분양하는 경우에 발생하는 매입세액은 다음과 같이 나눌 수 있다.

구분	매입세액 사례
1) 토지 조성 등 자본적 지출 관련 매입세액	건물 신축목적 구입한 구건물과 그 철거비용, 토지 형질 변경공사비, 토목설계비, 토지 취득 전 토지적성평가용역ㆍ환경영향평가용역, 부지 개발 타당성 조사용역 등
2) 건물 신축 관련 매입세액	건물설계비, 건물공사비, 감리비, 교통평가용역
3) 건물 분양 관련 매입세액	모델하우스 설치비, 모델하우스 운영비 등
4) 건물 및 토지 분양 관련 매입세액	광고선전비, 일반관리비, 분양대행수수료, 시행대행수수료 등

1) 토지 조성 등 자본적 지출 관련 매입세액
건물 신축목적 구입한 구건물과 그 철거비용, 토지 형질 변경공사비, 토목설계비, 토지 취득 전 토지적성평가용역ㆍ환경영향평가용역, 부지개발 타당성 조사용역 등의 토지 조성 등 자본적 지출 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2) 건물 신축 관련 매입세액
건물 설계비, 건물공사비, 감리비, 교통평가용역 등은 건물 신축과 관련된 매입세액은 그 실지귀속에 따라 구분하여 국민주택과 관련된 매입세액은 불공제하고, 그 외의 건물(상가, 국민주택 초과 주택)과 관련된 매입세액은 공제한다. 귀속이 불분명한 공통매입세액은 해당 과세기간의 공급가액이 있으면 건물의 공급가액비율로 안분계산하되, 공급가액이 없으면 건물의 예정면적비율로 안분계산한다.
분계산 기준에는 건물만 포함하고 토지를 포함하지 않는다는 점에 주의해야 한다. 건물 신축 관련 매입세액은 토지와는 관련이 없기 때문이다.

3) 모델하우스 설치비와 모델하우스 운영비 등
모델하우스는 건물 내부 구조를 보여주기 위한 견본주택이므로 건물의 분양과 관련된 것이다. 따라서 실지 귀속에 따라 국민주택의 모델하우스의 매입세액은 불공제하고, 그 외의 국민주택 초과 주택 모델하우스의 매입세액은 공제한다.
러나 모델하우스의 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 위 ‘2)’의 건물 신축 관련 매입세액과 동일하게 안분계산한다.

4) 건물 및 토지 분양과 관련된 매입세액
광고선전비, 일반관리비, 분양대행수수료, 시행대행수수료와 같이 분양하는 건물과 토지 관련된 매입세액은 토지를 포함한 전체 공급가액의 비율로 안분계산한다. 주의할 점은 건물 및 토지 분양과 관련된 매입세액은 건물과 토지의 면적비율을 기준으로 안분계산할 수 없다는 것이다(서면3팀-674, 2007.3.2.). 토지의 분양단가와 건물의 분양단가가 달라서 전체 분양과 관련된 공통매입세액을 면적으로 안분계산하는 것은 비합리적이므로 반드시 공급가액비율로 안분계산하여야 한다. 공급가액이 없으면 매입가액비율, 예정공급가액비율의 순서로 안분계산하고, 공급가액이 확정되면 정산한다.

8. 과세사업, 면세사업 및 비과세사업을 함께 경영하는 경우

(1) 비과세사업의 범위

부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 부가가치세 비과세사업이라고 한다. 부가가치세 비과세사업은 「부가가치세법」에서 부가가치세를 과세하지 않는다고 명시적으로 규정한 사업과, 「부가가치세법」에서 명시적으로 규정하지는 않았지만 부가가치를 창출하는 사업이 아니므로 비과세사업으로 보는 사업이 있다. 명시적인 비과세사업에는 용역의 무상공급사업이 있고, 비명시적인 비과세사업에는 카지노의 도박사업이 있다.
그러나 방송프로그램 공급사업자가 방송프로그램을 제작하여 방송사업자에게 공급하고 방송사업자에게 공급한 방송프로그램 또는 인터넷 홈페이지 등에 안내된 ARS번호 및 후원계좌를 통해 불특정 다수인으로부터 후원금을 받는 경우, 해당 후원금은 재화 또는 용역에 대한 대가가 아닌 것으로서 비과세공급가액에 해당하지 아니한다(서면부가-476, 2015.05.14.).

(2) 부가가치세 비과세사업의 취급

종전에는 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 공통매입세액을 안분계산해야 하는지에 대한 명문규정이 없었다. 대법원은 카지노사업자의 카지노수입은 고객으로부터 카지노시설물 입장의 대가로 받는 입장료수입과 카지노시설물에 입장한 고객이 도박을 하기 위해 건 돈에서 고객이 받아간 돈을 제외한 도박수입으로 대별될 수 있는데, 입장료수입은 부가가치세 과세대상이나, 도박수입은 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 카지노사업은 부가가치세 비과세사업이라고 전제하고, 부가가치세 비과세사업은 면세사업과 같으므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없으므로 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 공통매입세액의 안분계산규정이 적용된다고 판결하였다(대법원 2004두13288, 2006.10.27.). 이 판결에 따라 비과세사업은 면세사업과 동일하게 취급하게 되었다.

Ⅱ. 공통매입세액의 재계산(납부ㆍ환급세액의 재계산)

1. 개요

사업자가 과세ㆍ면세사업에 공통으로 사용하는 감가상각자산에 대하여 매입세액 공제, 공통매입세액의 안분계산, 공통매입세액의 정산 또는 과세사업 전환을 하여 매입세액 공제를 받은 후 그 이후 과세기간의 면세비율이 증감되는 경우 공통매입세액의 재계산(또는 납부ㆍ환급세액의 재계산이라고도 한다)을 하여야 한다. 과세사업과 면세사업에서 공통으로 사용하는 감가상각자산은 그 후 면세비율이 변동되면 공통매입세액을 재계산하여 매출세액과 매입세액의 적절한 대응을 도모하고 있다.

2. 공통매입세액의 재계산 요건

다음의 요건을 모두 충족한 경우에 공통매입세액을 재계산한다(부령 §83 ①).

① 과세사업과 면세사업의 공통사용되는 감가상각자산일 것 : 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 감가상각자산으로서 공통매입세액의 안분계산의 생략대상이라서 매입세액 공제를 받은 경우이거나 공통매입세액 안분계산이나 공통매입세액의 정산을 한 경우일 것. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 감가상각자산을 취득하였으나 안분계산 생략기준에 해당하여 안분계산을 하지 않은 경우에도 재계산대상이 되는 점에 유의하여야 한다.
② 면세비율이 5% 이상 증감된 경우일 것 : 재계산하는 과세기간의 면세비율과 과거 최종적으로 재계산한 과세기간(재계산하지 않은 경우에는 취득일이 속하는 과세기간)의 면세비율과의 차이를 말한다. 논리의 일관성을 유지하기 위하여 당초 공급가액비율을 사용한 경우에는 그 이후 과세기간에도 공급가액비율을 사용해야 하며, 당초 면적비율을 사용한 경우에는 그 후 과세기간에도 면적비율을 사용해야 한다.

I 면세비율 증감 계산 사례 I
20x1년 1기 중에 과세사업과 면세사업의 공통분 기계 구입

구분	20×1년 1기(공통분 구입)	20×1년 2기(공통사용)	20×2년 1기(공통사용)	20×2년 2기(공통사용)
면세비율	20%	23%	27%	40%
면세비율 증감	공통매입세액 안분계산	23% － 20% ＝ 3% (재계산 생략)	27% － 20% ＝ 7% (재계산)	40% － 27% ＝ 13% (재계산)

□ 공통매입세액의 안분계산을 생략한 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 감가상각자산의 매입세액을 취득일이 속하는 과세기간의 면세공급가액비율이 5% 미만에 해당하여 전액 공제를 받은 경우에는 그 다음 과세기간의 면세비율 증감률을 계산할 때 취득일이 속하는 과세기간의 면세공급가액 적용비율이 0%인 것으로 보아 증가율을 계산한다(서삼 46015-10542, 2003.4.2.).

구분	20×1년 1기(공통분 구입)	20×1년 2기(공통사용)	20×2년 1기(공통사용)	20×2년 2기(공통사용)
면세비율	3%	23%	27%	40%
면세비율 증감	공통매입세액 안분계산 생략 → 전액 공제(면세비율 0%로 간주)	23% － 0% ＝ 23%	27% － 23% ＝ 4% (재계산 생략)	40% － 23% ＝ 17% (재계산)

3. 재계산 시기

공통매입세액의 재계산은 확정신고 시에만 재계산하며, 예정신고 시에는 재계산하지 아니한다(부법 §41).

4. 재계산방법

공통매입세액은 다음 계산식에 의하여 재계산한다(부령 §83 ②).

공통매입세액 × (1 － 상각률 × 경과된 과세기간의 수) × 증감된 면세비율

① 공통매입세액 : 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 감가상각자산의 취득과 관련하여 발생한 공통매입세액을 말한다.
② 상각률과 경과된 과세기간의 수 : 간주공급의 과세표준 계산에서 설명한 것과 같다.
③ 증감된 면세비율 : 해당 과세기간의 면세비율과 최종적으로 재계산한 과세기간(재계산하지 않은 경우에는 취득일이 속하는 과세기간)의 면세비율과의 차이를 말한다. 논리의 일관성을 유지하기 위하여 당초 공급가액비율을 사용한 경우에는 그 이후 과세기간에도 공급가액비율을 사용해야 하며, 당초 면적비율을 사용한 경우에는 그 후 과세기간에도 면적비율을 사용하여 증감된 면세비율을 계산해야 한다.

5. 재계산 배제

과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하던 재화를 공급(재화의 공급과 간주공급)한 경우 그 과세기간에는 납부ㆍ환급세액을 재계산하지 아니한다(부령 §83 ④, 부칙 §55 ③).

사례 납부환급세액 재계산
과세ㆍ면세 겸영사업자가 2020년 1기에 공통분 기계장치를 1,000만원(공통매입세액 100만원)에 구입하여 과세사업과 면세사업에 함께 사용한 경우 공통매입세액의 안분계산과 납부환급세액 재계산은?

(단위 : 만원)

과세기간	과세공급가액	면세공급가액	합계	면세공급가액비율
2020년 1기	8,000	2,000	10,000	20%
2020년 2기	8,300	1,700	10,000	17%
2021년 1기	7,000	3,000	10,000	30%
2021년 2기	7,900	2,100	10,000	21%
2022년 1기	6,000	4,000	10,000	40%

해답

(단위 : 만원)

과세기간	면세공급가액비율	계산대상	계산내역
2020년 1기	20%	공통매입세액의 안분계산	[공통매입세액 중 면세분] 100 × 20% ＝ 20
2020년 2기	17%	납부환급세액 재계산	면세공급가액비율이 5% 미만 변동하였으므로 계산 생략
2021년 1기	30%		100 × (1 － 25% × 2) × (30% － 20%) ＝ 5(납부)
2021년 2기	21%		100 × (1 － 25% × 3) × (21% － 30%) ＝ △2.25(환급)
2022년 1기	40%		4기째이므로 납부환급세액 재계산 세액은 0(영)임.

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