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급여 실무자가 알아야 하는 주요 예규 해설

박교원, 2019.11.06
급여 실무자는 연말정산, 법인세 결산을 앞두고 개정세법, 연말정산 세액 계산 프로그램 변경, 지급명세서 전산매체 제출 방법 등을 미리 검토하고 연말정산, 법인세 실무를 준비하고 있을 시기이다.
이와 더불어 중요한 것이 급여 관련 주요 최신 예규 등 해석 사례일 것이라 판단되어 최근 생산된 예규 등에 대해 실무자 입장에서 살펴보고자 한다.
1. 연말정산 소득에 대해 다른 이에게 기타소득으로 소득처분한 경우 후발적 경정청구 사유인지 여부
1) 사 례
① 근로소득으로 신고하였으나 세무조사에 의해 다른 이의 기타소득으로 소득이 변동됨
A는 9년간 ㈜○○에서 근로소득이 있었던 것으로 신고하였으나 세무조사에 의해 경정을 받은 결과(부과제척기간 10년 적용) A의 근로소득을 감하고 동 인건비를 B의 기타소득으로 하는 처분으로 소득금액 변동 통지를 받았다.
② 경정청구하였으나 5년 경과로 각하 결정이 됨
소득금액 변동 통지와 관련하여 원천징수 수정신고 및 종합소득세 수정신고를 하면서 A는 경정청구에 의한 환급신청을 하였고, B는 납부세액을 증가시키는 수정신고를 하였다.
과세관청은 A의 경정청구에 대하여 경정청구기한 5년을 경과를 사유로 각하 결정하여 통지를 하였다.
2) 쟁 점
과세관청의 소득금액 변동통지 등 사유가 A의 소득세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부
3) 관련 법령 및 예규
① 경정 등 청구 후발적 사유 관련 규정
과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내의 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다(국세기본법 제45조의 2).
  • 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
  • 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
  • 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
  • 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
  • 위 ㉮부터 ㉱까지와 유사한 사유로서 다음에 해당하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때(국세기본법 시행령 제25조의 2)
    • 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
    • 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
    • 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
    • 위의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
② 급여에 대해 다른 사람에게 상여처분한 경우 경정청구 가능 여부
  • 사례 및 질의 내용법인은 세무조사 결과 사장A의 급여 중 일부를 법인의 손금에서 부인*하고 회장B의 인건비로 상여처분하는 내용의 결정문을 수령하여 사장의 급여는 각 과세기간마다 근로소득으로 신고하였다.
    * 과세기간에 대하여 사장A의 급여가 법인손금에서 부인되고 회장B의 소득으로 처분됨
    법인은 소득처분에 의해 증가한 회장B의 소득세를 원천징수하여 원천징수이행상황신고서 및 세액을 납부하였다.
    이와 관련하여 처분청이 사장A의 급여가 세무조사결과 손금에서 부인되고 소득처분은 회장B의 인건비로 보아 회장B에게 상여로 처분한 경우에 정청구기한을 초과하는 사장A의 소득이 감소한 과세연도에 대해 후발적 사유에 의한 경정청구가 가능한지 여부
  • 회신내용
    과세관청이 당초 근로소득으로 연말정산된 사장A의 급여에 대하여 회장B의 인건비로 보아 회장B에게 상여로 소득처분한 경우, 사장A의 ‘근로소득으로 연말정산된 급여’ 소득감소에 대하여는 국세기본법 제45조의 2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다(서면법규과-1310, 2014.12.15.).
4) 검토 내용
후발적 경정 등의 청구는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 인해 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 하여 납세자의 권리구제를 확대하기 위한 것으로,
후발적 경정 청구 사유는 국세기본법 제45조의 2 제2항에서 열거하고 있는 데 근로소득으로 연말정산 세액 신고하였으나 세무조사에 의해 다른 이의 기타소득으로 소득처분한 경우는 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때에 해당하지 아니한 것으로 보아
당초 근로소득으로 신고하였으나 세무조사에 의해 다른 이의 기타소득으로 소득처분된 것은 후발적 경정 청구에 해당하지 아니한다고 해석하였다(서면징세-1277, 2019.04.23.)[징세과-2984].
2. 임원 퇴직금 한도 계산 시 ‘지급받은 총급여’에 무보수 기간 동안의 급여 상당액 포함 여부
1) 사 례
법인은 2011년 11월부터 이사회와 주주총회를 통해 임원의 월급여액이 정해져 있으며 해당 법인은 경영상의 어려움으로 인해 주주총회 의결을 거쳐 임원 보수(월 1억원)를 일정기간 지급하지 아니하였다.
* 무보수 기간 동안 지급되지 아니한 급여상당액에 대하여 원천징수를 하지 아니하였으며, 연말정산 시 실제로 지급된 급여에 대해서만 과세대상 총급여에 포함하여 소득세를 과세하였음음
2) 쟁 점
이와 같이 회사 경영상의 어려움으로 주주총회 의결을 거쳐 임원에게 급여를 지급하지 아니하기로 한 경우 소득세법 제22조 제3항에 따른 임원 퇴직소득금액 한도 계산 시 ‘퇴직 전 3년 동안 지급받은 총급여’에 급여를 지급받지 아니한 기간 동안의 급여 상당액을 포함시킬 수 있는지 여부
3) 관련 법령 검토
① 퇴직소득의 범위
퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음의 소득으로 한다.
  • 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금
    이 경우 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.
  • 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득
  • 그 밖에 위 ㉮ 및 ㉯와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득
② 퇴직소득금액 산출
퇴직소득금액은 위 ①에 따른 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외)으로 한다.
다만, 임원의 퇴직소득금액(위 ①의 ㉮의 금액은 제외하며, 2011년 12월 31일에 퇴직하였다고 가정할 때 지급받을 퇴직소득금액이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액을 말함)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 위 ①에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.
이 경우 그 계산식을 적용할 때 근무기간과 총급여는 다음의 방법으로 산정한다.
  • 근무기간
    개월 수로 계산한다. 이 경우 1개월 미만의 기간이 있는 경우에는 이를 1개월로 본다.
  • 총급여
    봉급ㆍ상여 등 소득세법 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 근로소득(소득세법 제12조에 따른 비과세소득은 제외)을 합산한다.
4) 검토 내용
주주총회 의결을 통해 임원에 대한 급여를 지급하지 않기로 함에 따라 실제로 지급되지 아니하였으며, 이에 대한 소득세가 과세되지 아니한 무보수 기간 동안의 급여 상당액은 소득세법 제22조 제3항의 ‘퇴직한 날부터 소급하여 3년 동안 지급받은 총급여’에 포함되지 아니한다(서면법령소득-3095, 2018.10.29.)[법령해석과-2847].
3. 휴업수당의 손금 귀속시기
1) 사 례
2017년 6월 지방고용노동청으로부터 노동관계법에 따라 시정지시를 받아 근로자의 휴업수당을 지급하게 되었으며, 해당 휴업수당은 2014년 3월 9일 ~ 2017년 2월 24일의 기간에 해당하는 수당으로 2017년 1월 ~ 6월 동안 분할하여 지급하였다.
2017년 상반기 귀속으로 원천징수이행상황신고서를 제출하였고 휴업수당을 2017년 귀속 해당근로자의 근로소득으로 보아 연말정산 및 근로소득지급명세서를 제출하고자 한다.
2) 쟁 점
노동부의 시정지시에 의하여 지급하는 수당과 관련하여 이 경우 법인은 해당 휴업수당을 근로자에게 지급한 2017사업연도 손금으로 보아야 하는지 여부
3) 관련 법령 및 사례 검토
① 손익의 귀속사업연도
내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(법인세법 제40조).
② 기타 손익의 귀속사업연도
법인세법 시행규칙 제36조에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
③ 생리휴가보상금 지급액의 법인세법상 손익귀속시기
법인이 단체협약의 관련 규정상 여성근로자가 생리휴가를 사용하지 아니하고 근로한 경우 “생리휴가 근로수당”의 지급여부가 불분명하여 동 수당을 지급하지 아니하다가, 법원의 판결에 의하여 당해 수당을 지급하는 경우, 동 “생리휴가 근로수당”은 그 법원 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입한다(서면2팀-484, 2008.03.19.).
④ 통상적인 야간근로에 대하여 노사합의에 의한 시간외수당을 추가로 지급하는 경우
통상적인 야간근로에 대하여 노사합의에 의한 시간외수당을 추가로 지급하는 경우 동 지급액에 대한 법인세법상의 손금의 귀속시기는 임금협상이 체결되어 그 지급의무가 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하는 것이며,
근로소득의 귀속 시기는 소득세법 시행령 제49조의 규정에 의하여 당해 근로자가 근로를 제공한 연도가 되는 것으로 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다.
당해 종업원이 종합소득 과세표준 확정 신고를 한 자로서 소득세를 추가 납부하여야 하는 때에는 추가지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 이 경우 신고불성실가산세는 적용하지 아니한다(서면2팀-990, 2006.05.30.).
⑤ 당초 급여지급규정에 없던 제수당을 ○○지방노동청장의 시정지시에 의거 지급하는 경우
법인이 당초 급여지급규정에 없던 제수당을 ○○지방노동청장의 시정지시에 의거 지급하는 경우에는 그 지급의무가 확정된 사업연도의 손금으로 처리한다(법인46012-102, 1995.01.12.).
4) 검 토
법인이 지방노동청의 시정지시에 따라 근로자의 휴업수당을 지급하는 경우에는 법인세법 제40조에 따라 그 지급의무가 확정된 사업연도의 손금으로 한다(서면법인-773, 2018.05.31.)[법인세과-1326].
4. 법원 판결에 따라 지급하는 임금 차액 등의 손금 귀속시기
1) 사 례
법인은 ○○○제품 및 그 부품의 제조ㆍ판매를 주된 목적으로 하며, 법인과 사내 협력업체와 ‘제품의 부품 생산 또는 일부 제품 생산공정’에 관한 업무위탁계약(이하 ‘이 사건 위탁계약’)을 체결하고 쟁점공장의 업무 일부를 위탁하여 처리하고 있다.
이와 관련하여 법인과 위탁계약을 체결한 사내협력업체에 소속되어 쟁점공장에서 근무하여 온 근로자들은 당사를 상대로 아래의 금전을 청구하는 소송을 제기하였다.
  • 정규직 근로자의 임금과 사내협력업체에서 받은 임금 차액
  • 위 ①에 대한 지연손해금
  • 민사상 불법행위(정규직 근로자와의 차별)로 인한 손해배상으로 정규직 근로자의 임금과 사내협력업체에서 받은 임금 차액
  • 위 ③에 대한 지연손해금
  • 고용의무 불이행으로 인한 손해배상으로 정규직 근로자의 임금과 사내협력업체에서 받은 임금 차액
  • 위 ⑤에 대한 지연손해금
    위 청구 소송에 대해 2심 판결 선고 후, 법인은 대법원에 상고하여 현재 재판 진행 중에 있다.
2) 쟁 점
법인이 근로자들에게 소송결과에 따라 임금, 지연손해금 등을 지급하는 경우 법인세법상 손금의 귀속시기
3) 관련 법령 및 사례 검토
① 법원판결에 의하여 지급되는 손해배상금 등의 손익귀속시기
법원의 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. 이 경우 “법원의 판결이 확정된 날”이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날로 한다(법인세법 기본통칙 40-71…20).
② 법원 판결에 의하여 사간전보가 취소에 따른 회수금액에 대한 손익귀속
물적분할에 의하여 신설된 법인이 사간전보 발령에 따라 분할법인으로부터 전입처리한 종업원에게 급여를 지급하였으나,
법원 판결에 의하여 사간전보가 취소되고 사간전보된 기간 동안의 급여지급의무가 전입전 분할인에게 있는 것으로 확정됨에 따라 당해 종업원으로부터 회수하여야 하는 금액은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금에 해당하는 것이며,
전입전 분할법인이 소급하여 지급할 급여는 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 해당한다.
이 경우 “법원의 판결이 확정된 날”이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음 날을 말한다(법인세과-1389, 2009.12.08.).
③ 법원의 판결에 의하여 지급받는 부당이득금
법인이 법원의 판결에 의하여 지급받는 부당이득금 등은 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것으로,
이 경우 “법원의 판결이 확정된 날”이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음 날을 말한다(법인-993, 2009.09.14.).
④ 관계회사 전출이 무효가 되는 경우
거주자가 관계회사(A, B) 간 전출에 따라 전출기간 동안 B법인으로부터 급여를 지급받았으나, 해당 전출이 무효로 판결됨에 따라 A법인으로부터 부당해고기간의 급여를 지급받고 B법인으로부터 지급받은 급여는 부당이득금으로 확인되어 회수되는 경우,
B법인은 회수되는 급여에 대하여 근로소득세액의 연말정산을 재정산하여야 한다(법규과-409, 2009.11.11.).
⑤ 부당해고기간의 급여에 대한 소득구분과 귀속연도
근로자가 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당해고기간의 급여를 일시에 지급받는 경우에는 해고기간에 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로 본다.
이 경우 근로소득에 대하여 당해 원천징수의무자가 다음의 규정에 따라 원천징수를 하는 경우에는 기한 내에 원천징수한 것으로 본다.
  • 법원의 판결이 당해 과세기간 경과 후에 있는 경우에는 그 판결이 있는 날의 다음달 말일까지 소득세법 제137조 제1항의 규정에 의하여 연말정산하는 때
  • 법원의 판결이 당해 근로소득이 귀속하는 과세기간의 종료일 전에 있는 경우에는 소득세법 제134조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 원천징수하는 때
4) 검 토
내국법인이 법원의 판결에 의하여 지급하는 손해배상금 등은 법인세법 제40조에 따라 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이며,
이 경우 “법원의 판결이 확정된 날”이라 함은 대법원 판결일자 또는 당해 판결에 대하여 상소를 제기하지 아니한 때에는 상소제기의 기한이 종료한 날의 다음날을 말한다(서면법인-1410, 2018.04.13.)[법인세과-871].
5. 특수관계법인의 직원 전입시 인건비 정산 기준
1) 사실 관계
법인(이하 ‘당사’ 또는 ‘전입법인’)은 영업활동을 위하여 국내 관계사(이하 ‘전출법인’)에서 근무하던 외국인 근로자들이 관계사 전입형태로 이동하였다.
전입 외국인 근로자들은 전입법인 및 전출법인으로부터 소득세(이하 지방소득세 포함)를 차감한 후의 고정된 순지급액을 지급받는 조건으로 근로계약이 체결됨에 따라 동일한 순지급액을 지급하는 경우에도 개별 외국인 근로자들의 공제항목 등에 따라 총 근로소득금액은 차이가 발생하게 된다.
전입법인 및 전출법인은 외국인 근로자들의 인건비와 관련하여 순 지급액과 소득세 원천징수세액을 합산한 총 근로소득을 비용(매출원가)으로 회계처리하고 있으며, 양사는 해외 관계회사에 국내에서 발생한 총 비용(쟁점 외국인 급여 포함)에 일정 이윤을 가산한 금액을 청구하고 이를 매출로 인식한다.
위와 같은 근로소득 부담 조건 하에서 소득세의 실질적인 부담주체가 전입법인과 전출법인이므로 연말정산을 통하여 소득세의 추가 납부 또는 환급이 발생하는 경우에도 해당 추가 납부세액 또는 환급세액은 양사가 부담 또는 귀속되어야 한다.
2) 쟁 점
전입한 외국인 근로자의 연말정산 수행으로 추가 납부 또는 환급세액 발생 시 전출법인과 전입법인 간 적용하여야 할 안분기준
3) 관련 사례
① 특수관계에 있는 다른 법인이 부담하여야 할 비용을 대신 부담한 경우
법인이 특수관계에 있는 다른 법인이 부담하여야 할 비용을 대신 부담한 경우에는 법인세법 제52조의 규정에 의한 부당행위계산부인 규정이 적용된다(법인세과-393, 2016.02.25.).
② 공동광고계약에 따라 공동으로 광고를 행한 경우
법인이 자신이 수입하여 판매하는 상품 등의 판매촉진을 위하여 그 상품을 전문적으로 판매하는 모든 총판들과 동일한 조건으로 체결한 공동광고계약에 따라 공동으로 광고를 행하고 그 광고선전의 효과를 감안하여 광고선전비를 분담하기로 한 경우에 그 계약의 내용에 따라 당해 법인이 분담한 금액은 각 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하는 것이나,
이 경우 법인의 판매활동과 관련하여 법인에게 광고선전의 효과가 있다고 인정될 수 있는 것인지 또는 그 분담액이 광고효과를 감안하여 사회통념상 타당한 것인지, 아니면 총판 등의 경비를 지원할 목적으로 지출된 것인지 여부를 그 실질내용에 따라 사실판단하여야 한다(법인46012-3702, 1998.11.30.).
③ 사용인을 다른 법인에 파견하여 업무를 수행하도록 하고 그 사용인에 대한 인건비를 부담하는 경우
법인이 당해 법인에 소속된 사용인을 다른 법인에 파견하여 업무를 수행하도록 하고 그 사용인에 대한 인건비를 부담하는 경우 당해 법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 때에는 손금산입할 수 있는 것이나, 사용 사업자의 업무를 수행하는 경우에는 그러하지 아니하다(서이46012-12254, 2002.12.16.).
4) 검 토
전출법인과의 인건비 정산 목적이 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생하는 공동경비를 분담하는 것이 아니라 전입 직원의 인건비를 전출법인과 단순히 정산하는 데 있는 경우에는 법인세법 제26조 및 같은 법 시행령 제48조의 공동경비의 손금불산입 규정을 적용하지 아니한다.
다만, 그 인건비 정산액이 정상적인 사인간의 거래, 건전한 사회통념 내지 상관행을 벗어난 경우에는 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산의 부인 대상인지를 별도 판단하여야 한다(서면법인-6115, 2017.12.25.)[법인세과-3414].
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