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2019년 부가가치세와 법인세 관련 예규 변경

이철재, 2019.11.01
국세청은 예규가 서로 상충되는 되는 경우에는 2개의 해석 중 잘못된 예규를 삭제하기도 하고, 대법원 판례나 조세심판원의 심판례를 반영한 새로운 예규가 기존의 예규와 달리진 경우 기존의 예규를 삭제하기도 한다. 이번 원고에서는 2019년 초부터 2019년 9월말까지 부가가치세와 법인세와 관련된 예규 중 변경된 내용을 집중분석하려고 한다.
부가가치세 관련 예규의 변경
국내사업자 간에 외국에서 임가공용역을 제공하는 경우 부가가치세 과세여부
국내사업자 간에 외국에서 임가공용역을 제공하는 경우에 부가가치세 과세대상인가? 예를 들어, 국내사업자 甲이 국내사업자 乙과 임가공계약을 체결한 후 원단을 국내에서 구입하여 乙이 지정하는 베트남 업체에 甲 명의의 수출면장에 의해 원단을 반출하고, 베트남 업체가 임가공하여 甲의 명의의 수입면장에 의해 완제품을 반입하여 국내에서 판매하는 경우가 있다. 이 경우 乙은 甲에게 제공한 임가공용역에 대하여 부가가치세가 과세되는지 여부와 관련 증빙서류로 세금계산서, 계산서, 영세율세금계산서 중 어떤 것을 발급해야 하는가?

2018년 국세청은 국내사업자 甲과 국내사업자 乙 간의 임가공 거래는 국내거래이므로 일반 세금계산서를 발급하는 것이라는 예규(서면-2017-부가-2411, 2018.5.14.)를 발표하였다. 그런데, 국세청은 종전에는 이와 유사한 사례에서 국내사업자(乙)가 국내에서 수출업체인 내국법인(甲)과 임가공계약을 체결하고 국내에 사업장이 없는 외국법인으로 하여금 국외에서 내국법인(甲)이 현지구매하거나 내국법인(甲) 명의로 국외 반출한 주요자재를 직접 인도받아 임가공하게 한 후 내국법인(甲)로부터 임가공용역의 대가를 받는 경우 그 대가에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니한다(서면3팀-1325, 2008.6.26.)고 해석한 바 있다.
부가가치세법 제20조는 용역의 공급장소가 국내인 경우에만 과세하고 국외인 경우에는 과세하지 아니하도록 규정하고 있으므로 국내사업자 간의 국외에서 제공한 임가공용역을 과세대상으로 해석한 2018년의 예규는 문제가 있는 것으로 보인다. 이에 따라 국세청은 2019년에 다른 예규와 상충되고 부가가치세법과도 맞지 않는 2018년의 예규를 삭제하고 2008년의 예규는 유지하기로 하였다.

국내사업자 간의 국외에서의 임가공용역의 제공
구 분 삭제 사례 유지 사례
예 규 (서면-2017-부가-2411, 2018.5.14.) (서면3팀-1325, 2008.6.26.)
부가가치세 과세여부 부가가치세 과세대상 부가가치세 과세대상 아님
증빙서류 세금계산서 발급 계산서 발급
국외이동 재화에 대한 선하증권을 국내에서 양도하는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부
국외에서 국외로 이동하는 재화에 대한 선하증권을 국내에서 양도하는 경우에 부가가치세 과세대상인가? 예를 들어, 내국법인 甲이 내국법인 乙에게 물품을 공급하는 계약을 체결하고, 甲은 물품을 일본 A사로부터 구입하여 국내에 반입하지 않고 일본 A사에서 乙의 해외자회사인 베트남의 B사로 인도하고 대금은 乙로부터 받기로 하였다. 甲은 A사로부터 교부받은 선하증권을 乙에게 양도하고 乙은 이를 B사에 양도하여 B사가 A사에 선하증권을 제시 후 물품을 인도하는 경우에 甲이 乙에게 양도한 선하증권은 부가가치세 과세대상인가?

국세청은 국내사업자 甲이 국외사업자 A로부터 물품을 매입하면서 발급받은 선하증권을 국내사업자 乙에게 양도하고, 국내사업자 乙은 해당 선하증권을 국외사업자 B에게 다시 양도함으로써 실질적으로 물품의 이동이 국외사업자 A로부터 B에게 직접 인도되는 경우, 국내사업자 甲과 乙 간의 선하증권 양도거래는 부가가치세 과세거래이며, 국내사업자 乙과 국외사업자 B의 선하증권 양도거래는 외국인도수출에 해당하여 영세율이 적용된다고 해석하였다(부가가치세과-153, 2012.2.13. 외 다수).
부가가치세법 제19조에 따르면, 재화의 이동이 필요한 경우 이동개시지를 공급장소로 한다. 국내사업자 간에 국외에서 재화를 공급하는 경우에는 공급장소가 국외이므로 부가가치세 과세대상이 아니다. 선하증권의 양도는 그 선하증권에 기재된 재화를 공급한 것과 같으므로 선하증권에 기재된 재화의 이동개시지로 공급장소를 판단하여야 한다. 따라서 재화의 이동개시지가 국외인 선하증권을 국내사업자 간에 양도하는 것은 부가가치세 과세대상이 아니라고 해석하여야 한다. 국세청은 2019.5.31.에 국내사업자 “甲”이 국외사업자 “A”로부터 물품을 매입하면서 교부받은 선하증권을 국내에서 국내사업자 “乙”에게 양도하고 “乙”은 해당 선하증권을 국외사업자 “B”에게 다시 양도함으로써 실질적으로 물품의 이동이 “A”로부터 “B”에게 직접 인도되는 경우에 “甲”과 “乙”의 선하증권 양도거래는 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다(기준-2019-법령해석부가-0445)는 새로운 예규를 발표하고 종전의 예규는 삭제하였다.

국내사업자 간의 국외 이동 재화에 대한 선하증권 양도
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면-2017-법령해석부가-1588, 2018.6.15.)
(기준-2015-법령해석부가-0180, 2015.10.2.)
(법규부가 2013-132-2, 2013.5.14.)
(부가가치세과-153, 2012.2.13.)
(기준-2019-법령해석부가-0445, 2019.5.31.)
부가가치세 과세여부 부가가치세 과세대상 부가가치세 과세대상 아님
증빙서류 세금계산서 발급 계산서 발급
정육매장과 식당 간 구획 및 계산대가 별도로 분리된 경우 정육매출의 면세여부
정육식당은 고기를 판매하는 정육매장과 그 고기를 구워먹을 수 있는 음식점을 모두 갖춘 식당이다. 정육매장에서 고기를 팔면 손님은 고기를 집에 가져갈 수도 있고 그 정육식당의 식당에 가져가서 상차림비만 부담하면 고기를 구워 먹을 수도 있다. 사업자가 미가공식료품인 고기를 파는 것은 부가가치세 면세대상이나 음식용역을 제공하는 것은 부가가치세 과세대상이다. 그런데 정육매장에서 고기를 판매하고, 그 손님이 고기를 정육식당의 식당에 가져가서 구워먹는 경우 정육매장에서 판매한 고기에 대하여 부가가치세가 면세되는가?
국세청은 2012년에 “육류소매업을 영위하는 자가 동일 건물 바로 윗층에 접객시설을 갖추고 소비자에게 육류와 음식부재료 등을 각각 판매하여 동 소비자가 당해 접객시설에서 함께 소비하도록 하는 경우, 당해 육류 및 음식부재료 등의 공급에 대하여는 부가가치세가 과세된다”고 해석하였다(부가-489, 2012.4.30.).
그러나 대법원은 1층 정육매장과 2층 식당은 출입문이 별도로 구분되어 있고 각 층마다 별도의 계산대를 설치하여 계산이 이루어지고 있으며 2층 식당의 메뉴는 기본 상차림비, 양념비, 된장찌개, 공기밥, 냉면류, 주류 및 음료 등으로 정육을 제외한 음식부재료 등으로만 이루어져 있는 사실이 인정되므로 1층 정육매장과 2층 식당을 구분하여 운영하였던 것으로 보이고, 고객들이 1층 정육매장에서 쇠고기를 구입하고 계산함으로써 1층 정육매장에서 쇠고기를 구입한 즉시 2층 식당으로 가서 별도로 구입한 음식 부재료와 함께 이를 조리하여 먹었다거나 원고가 단일한 사업자로서 1층 정육매장과 2층 식당을 함께 운영하였다는 등의 사정만으로는, 원고가 고객들에게 음식점 용역을 제공한 것으로 볼 수 없으므로 1층 정육매장에서 판매한 쇠고기에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다고 판단하였다(대법원 2012두28636, 2015.1.29.). 국세청의 예규가 대법원의 판례와 상충됨에 따라 국세청은 2019년 6월에 국세청의 예규를 삭제하였다.
유의하여야 할 점은 대법원 판례는 1층 정육매장과 2층 식당은 출입문이 별도로 구분되어 있고 각 층마다 별도의 계산대를 설치하여 계산이 이루어지고 있으며 2층 식당의 메뉴는 기본 상차림비, 양념비 등 정육을 제외한 음식부재료 등으로만 이루어져 있으므로 1층 정육매장의 고기 판매는 면세대상이라는 것이므로 식당에서 고기를 주문하거나, 정육점과 식당의 출입문이 동일하거나 계산대를 같이 사용하는 경우에는 정육매장과 식당이 별도의 사업장으로 구분되지 않으므로 식당에서 소비한 고기는 부가가치세 과세대상이 될 수 있다.

정육매장과 식당 간 구획 및 계산대가 분리된 경우 고기 매출이 면세대상인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규ㆍ판례 (부가가치세과-489, 2012.4.30.) (대법원 2012두28636, 2015.1.29.)
고기 매출 과 세 면 세
에어로빅 강습이 부가가치세 면세대상인지 여부
부가가치세법 제12조 제1항 제5호 및 동법 시행령 제30조에 의하면, 부가가치세가 면세되는 교육용역은 주무관청의 허가ㆍ인가 또는 승인을 얻어 설립하거나 주무관청에 등록 또는 신고한 학원ㆍ강습소 등으로서의 교육ㆍ훈련 용역이어야 한다. 에어로빅장은 종전에는 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따른 신고ㆍ등록대상이었으나, 2006년 3월 체육시설업의 건전한 육성ㆍ발전과 행정규제 완화를 위하여 자유업으로 전환되어 신고ㆍ등록 없이 자유롭게 설치 운영할 수 있게 되었다. 사업자가 주무관청에 신고ㆍ등록을 하지 않고 에어로빅장 영업을 하는 경우 부가가치세 면세대상인가?

주무관청에 신고ㆍ등록 대상이었다가 관련 법령의 개정에 따라 신고ㆍ등록제도가 없어진 에어로빅장에 대하여 종전과 같이 부가가치세를 면세할 것인지 아니면 신고ㆍ등록대상이 아니므로 부가가치세를 과세할 것인지 여부가 문제가 된다.

국세청은 2007년 3월에 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 의거 신고한 학원 등에서 실제 교육ㆍ훈련에 필요한 인적ㆍ물적시설 등을 갖추고 교육과정을 정하여 수강생에게 에어로빅에 관한 이론ㆍ지식ㆍ기술 등을 교육ㆍ훈련하는 경우에는 부가가치세가 면제된다고 해석하였다(서면3팀-848, 2007.3.21.). 그러나 2007년 11월에는 “주무관청에 등록 또는 신고하지 아니한 학원ㆍ강습소 등에서 지식ㆍ기술 등을 가르치고 받는 대가는 부가가치세가 면제되는 교육용역에 해당되지 아니한다(인터넷방문상담3팀-3079, 2007.11.12.)는 당초의 예규와 상반된 내용의 예규를 발표하였다. 두 예규가 상충되므로 두 예규 중 잘못된 예규인 2017년 3월 예규를 삭제하고 2007년 11월에 발표한 예규는 유지하는 것으로 하였다.

에어로빅 강습이 면세대상인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규ㆍ판례 (서면3팀-848, 2007.3.21.) (인터넷방문상담3팀-3079, 2007.11.12.)
에어로빅강습 면세도 될 수 있음 과 세
임차인 승계 없이 공실상태에서 부동산을 양도하는 것이 사업양도인지 여부
부동산 임대사업자가 양도일 현재 세입자가 없는 공실상태에서 당해 임대사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키고 양수인이 다른 업종으로 변경하는 경우에도 사업의 포괄양도에 해당하는가?
국세청은 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 사업의 양도인이 양수인에게 모든 사업시설뿐만 아니라 그 사업에 관한 일체의 인적ㆍ물적권리와 의무를 양도하여 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계시키는 것으로, 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우에도 사업양도에 해당한다고 해석하였다(부가-395, 2011.4.14, 서면3팀-2336, 2007.8.21, 서면3팀-1868, 2007.7.2.).

이러한 해석은 사업양도 전에는 임대업이었는데, 사업양수인이 임대업을 승계 받은 후 다른 업종으로 변경한 것으로 보아 포괄양도로 해석한 것이다. 그러나 부동산임대업자가 세입자가 없는 공실상태에서 임대사업을 양도하고 사업양수인이 그 건물에서 다른 사업을 하는 경우에는 양도시점을 기준으로 보면, 양도 직전에는 부동산임대업이나 양도 직후에 다른 사업을 한 것이고 임대업을 승계 받은 후 업종을 변경한 것이 아니다.
이에 따라 국세청은 2011년 11월에는 집합건물 내에 2개 이상의 구분점포를 소유한 자가 이를 하나의 사업장으로 하여 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하다가 그 중 임대차계약기간이 만료되어 공실 상태인 하나의 구분점포를 양도하는 경우에는 사업의 양도에 해당하지 아니한다는 당초 예규와 상반된 예규를 발표하였다(법규부가 2011-0450 2011.11.15.). 두 개의 예규가 상충되므로 2019년 6월 두 개의 예규 중 잘못된 예규는 삭제하였다.

부동산임대업자가 공실상태인 부동산을 양도하는 것이 포괄양도인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (부가가치세과-395, 2011.4.14.)
(서면3팀-2336, 2007.8.21.)
(서면3팀-1868, 2007.7.2.)
(법규부가 2011-0450, 2011.11.15.)
포괄양도여부 포괄양도임 포괄양도 아님
토지와 건물을 제외하고 사업을 양도하는 경우에도 사업양도에 해당하는지 여부
제조업을 영위하는 개인사업자가 법인으로 전환하기 위하여 법인을 설립한 후 토지와 건물을 제외한 사업 전부를 양도하고 토지와 건물은 그 법인에게 임대하는 경우에도 포괄양도에 해당하는가? 국세청은 처음에는 제조업을 영위하는 사업자가 토지와 건물을 제외하고 사업 전부를 전체로서의 동일성이 상실됨이 없이 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우에는 사업양도로 본다고 해석하였다(부가 22601-1510, 1992.10.5.). 사업용 자산 중 토지와 건물은 중요한 자산이므로 개인사업자가 토지와 건물을 제외하고 사업을 양도하는 것을 포괄양도로 보는 것에 문제가 있었다. 이에 따라 국세청은 또 다른 예규에서는 사업장용 토지와 건물을 제외하고 사업을 양도하는 경우에는 포괄양도에 해당하지 않는다는 예규(소비 46015-51, 1997.2.12., 법규부가 2013-20, 2013.2.7.)를 발표하였다.
두 개의 예규가 상충됨에 따라 2019년 3월에 토지와 건물을 제외하고 포괄양도하는 경우에도 포괄양도에 해당한다는 예규를 삭제하고, 포괄양도에 해당하지 않는다는 예규를 유지하기로 하였다.

토지와 건물을 제외하고 법인전환하는 것이 포괄양도인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (부가 22601-1510, 1992.10.5.) (소비 46015-51, 1997.2.12.)
(법규부가 2013-20, 2013.2.7.)
부가가치세 면세여부 포괄양도에 해당함 포괄양도에 해당하지 않음
여행사가 외국인관광객 여행경비를 부담한 경우 매입세액 공제 여부
국내여행사가 외국여행사와의 계약에 따라 숙박시설, 판매점, 관광지, 식당 등이 포함된 국내여행일정을 기획하여 외국여행사에 전달하고 외국여행사는 항공권 정도의 가격만이 포함된 여행상품을 판매하고 모집한 외국관광객을 국내여행사에 송출하는 역할을 수행하고, 국내여행사는 판매점과의 계약에 따라 판매점에 외국관광객을 유치하여 주는 대가로 판매점으로부터 수취하는 외국관광객에 대한 매출액의 일정수수료(통상 20% ~ 50%)를 받는 경우가 있다. 이 경우 국내여행사가 외국관광객의 국내여행에 소요되는 식사비, 호텔비, 전세버스 대절료, 관광지 입장료, 고속도로 통행료 등 여행경비를 지출하는 경우 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는가?
종전에 국세청은 국내여행사가 국내상품 판매점(이하 “판매점”)과의 계약에 따라 판매점에 외국관광객을 유치하여 주고 판매점으로부터 해당 외국관광객에 대한 매출액의 일정수수료를 수취하는 경우 외국관광객의 국내 여행경비(식사비, 숙박비, 운송비, 입장료 등)를 대신 지출하면서 부담하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다(서면법령부가-2670, 2016.11.16., 기준-2018-법령해석부가-0004, 2018.5.17.)고 해석하였다.

이러한 해석은 외국인여행객이 부담할 성격의 매입세액을 국내여행사가 대신 부담하였으므로 그 매입세액은 사실과 다른 매입세액에 해당하거나 사업과 무관한 매입세액이라고 본 것에 근거한 것이다. 그러나 국내여행사가 외국인여행객에 대한 비용을 부담한 것은 외국인여행객을 국내판매점에 유치하고 국내판매점으로부터 수수료를 받기 위한 것이므로 국내여행사가 부담한 비용은 매출에 대응하는 비용이다.
따라서 국내여행사가 부담한 매입세액은 매출을 창출하기 위하여 계약에 따라 부담할 것을 부담한 것이므로 해외여행객을 대신해서 부담한 것도 아니고 사업과 무관한 것도 아니다. 기획재정부는 외국인관광객을 모집하여 국내 상품판매점에 데려다 주는 서비스(이하 송객서비스)를 제공하고 해당 판매점으로부터 수수료를 받는 사업을 영위하는 여행사가 송객서비스 공급을 위하여 사전약정에 따라 외국인관광객의 숙박비ㆍ교통비ㆍ식비 등을 부담하면서 발생한 부가가치세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액이라는 예규를 발표하였다. 국세청은 2019년 9월에 기획재정부의 해석과 상충되는 국세청의 예규를 삭제하였다.

여행사가 외국인관광객 여행경비를 부담한 경우의 매입세액 공제 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면-2016-법령해석부가-2670, 2016.11.16.)
([자문]기준-2018-법령해석부가-0004, 2018.5.17.)
(기획재정부 부가가치세제과-390, 2019.6.24.)
매입세액공제 여부 매출세액에서 공제하지 않음 매출세액에서 공제
입주자대표회의가 단지 내 주차장 등 부대시설이용료를 입주자로부터 받는 경우 부가가치세 과세여부
집합건물인 상가나 아파트의 소유자들이 관리단(또는 상가번영회)이나 입주자대표회의를 구성하여 자치적으로 집합건물을 관리하고 그 관리에 소요된 비용만을 각 입주자들에게 분배하여 징수하는 경우에는 자기들이 부담한 비용을 배분한 것일 뿐 재화나 용역을 공급한 것이 아니므로 부가가치세를 과세하지 아니한다. 그러나 관리단 등의 주차장관리수입, 건물 개ㆍ보수수입, 아파트옥상에 통신중계기를 설치하게 하고 받는 사용료수입, 아파트 내 광고물을 부착하게 하고 받는 광고수입, 자판기의 음료수 판매수입 등은 재화와 용역의 공급대가이므로 부가가치세 과세대상이다(서면3팀-3288, 2007.12.6.; 국심 2003중2732, 2003.11.17.; 재소비 46015-260, 1996.9.3.). 아파트 입주자대표회의가 입주민에게 1가구당 1차량은 주차장 이용료를 받지 않고, 1가구 2차량 이상 사용 시 1차량을 초과하는 차량에 대해서는 주차장 이용료를 받는 경우가 있다. 이 경우 입주민들로부터 1차량을 초과하는 차량에 대하여 받는 주차장 이용료가 부가가치세가 과세대상인가?

국세청은 입주자대표회의가 입주자들로부터 관리에 관한 사항을 일임 받아 단지 내 주차장을 입주민에게 사용하게 하면서 1차량을 초과하여 주차하는 세대에 대하여 주차료를 받는 경우 부가가치세가 과세된다고 해석(서면법령부가-358, 2017.3.9.)하였다. 그러나 기획재정부는 공동주택의 입주자대표회의가 단지 내 주차장 등 부대시설을 운영ㆍ관리하면서 입주자들로부터 실비상당의 이용료를 받고, 외부인으로부터도 이용료를 받는 경우 외부인의 이용료만 부가가치세 과세대상이 된다고 해석 (부가가치세제과-631, 2017.12.4.)하였다. 이에 따라 국세청도 기획재정부와 예규와 같은 내용의 예규(서면-2017-법령해석부가-0917, 2017.12.7.)를 발표하고, 2019년 9월에 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청의 종전 예규를 삭제하였다.

입주민으로부터 받은 1차량 초과 세대의 주차장이용료가 부가가치세 과세대상인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면-2017-법령해석부가-0358, 2017.3.9.) (기획재정부 부가가치세제과-631, 2017.12.7.)
(서면-2017-법령해석부가-0917, 2017.12.7.)
부가가치세 과세여부 부가가치세 과세대상 부가가치세 과세대상이 아님

기획재정부는 비영리법인인 아파트 입주자대표회의가 1차량을 초과하여 주차하는 세대에 아파트 관리비 외 주차장 유지ㆍ보수 등 관리목적으로 별도 징수하는 주차료는 법인세법상 수익사업에도 해당하지 않는다는 예규(기획재정부 법인세제과-765, 2018.7.2.)도 발표하였다. 이에 따라 1차량을 초과하여 주차하는 세대로부터 받는 주차장 이용료에는 부가가치세는 물론 법인세도 과세되지 아니한다.
금융보험업 외의 사업을 하는 사업자가 주된 사업에 부수하여 금융보험용역과 유사한 용역을 제공하는 경우 면세 여부
거래처에 종합적인 금융컨설팅을 제공하고 수수료를 받는 것이 주된 사업인 금융컨설팅 회사가 보험설계사와 계약을 하여 거래처에 금융컨설팅을 제공하면서 필요하면 보험설계사를 통해 보험상품을 제안하여 판매하고 보험설계사에 수당을 지급하고 있는 경우 주된 사업인 금융컨설팅업에 부수적으로 제공하는 보험상품의 공급은 부가가치세 면세대상인가?
국세청은 사업자가 보험업법의 규정에 의하여 허가를 받지 아니하고 보험업무를 대리하는 용역은 면세되는 보험용역에 해당하지 아니한다(서면부가-0263, 2018.4.30.)고 해석하였다. 이러한 해석은 면세대상인 금융보험업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 금융ㆍ보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 부가가치세 면세대상인 금융ㆍ보험 용역에 포함되는 것으로 본다는 부가가치세법 시행령 제40조 제2항에 위배된다. 또한 여신전문금융업법에 의한 시설대여업을 영위하지 아니하는 사업자가 주된 사업에 부수하여 여신전문금융업법에 의한 시설대여용역과 동일 또는 유사한 용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제된다는 기획재정부의 예규(기획재정부 부가가치세제과-188, 2012.4.12.)와도 상충된다. 국세청 2019년 6월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청 예규를 삭제하였다.

금융보험업 외의 사업을 하는 사업자가 주된 사업에 부수하여 금융보험용역과 유사한 용역을 제공하는 경우 부가가치세 면세 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면-2018-부가-0263, 2018.4.30.) (기획재정부 부가가치세제과-188, 2012.4.12.)
부가가치세 면세여부 부가가치세 과세대상 부가가치세 면세대상임
지점에서 재화를 공급하고 본점에서 세금계산서 발급 시 본점에 대한 가산세
총괄납부사업자도 사업자단위과세사업자도 아닌 법인이 지점사업장에서 재화를 공급하면서 본점사업장의 사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 발급하고 본점 사업장에서 그 세금계산서 발급분에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부한 경우로서 지점사업장에 대해서는 세금계산서 미발급가산세를 적용하고, 본점에 대해서도 세금계산서 기재 불성실가산세를 적용하는가?
국세청은 처음에는 지점에서 재화를 공급하고 본점에서 세금계산서를 발급한 경우 지점에는 세금계산서 미발급가산세를 부과하고, 본점에는 세금계산서 기재 불성실가산세를 부과한다고 해석하였다(서면3팀-1818, 2009.6.26., (자문)법규과-1791, 2010.12.1.).

이러한 해석은 부가가치세법은 세금계산서 미발급가산세(부법 제60조 제2항 제2호)가 적용되는 부분에 대해서는 세금계산서 부실기재가산세(부법 제60조 제2항 제5호)를 적용하지 않는다는 규정에 위배된다. 이에 따라 국세청은 2019년에 “둘 이상의 사업장이 있는 법인사업자가 지점에서 재화를 공급하고 본점에서 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고ㆍ납부한 경우로서 지점에 대하여 세금계산서 미발급가산세가 적용되는 경우 본점에 대하여 세금계산서 기재불성실가산세를 적용하지 아니한다(기준-2019-법령해석부가-0027 [법령해석과-610], 2019.3.12.)는 새로운 예규를 발표하였다. 국세청에서는 2019년 9월에 본점에 가산세를 부과한다는 예규를 삭제하고, 가산세를 부과하지 아니한다는 예규를 유지하는 것으로 하였다.

지점 재화 공급분에 대하여 본점명의의 세금계산서 발급 시 본점에 대한 가산세 적용여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면3팀-1818, 2009.6.26.)
(법규과-1791, 2010.12.1.)
(기준-2019-법령해석부가-0027, 2019.3.12.)
포괄양도여부 본점에 가산세를 부과함 본점에 가산세를 부과하지 않음
법인세
국외거래에 대하여 영세율세금계산서 발급 시 계산서 미교부가산세 적용여부
내국법인 간에 국외에서 재화를 공급한 경우에는 계산서를 발급하여야 한다. 만일, 내국법인이 국외 거래에 대하여 공급받는 자로부터 구매확인서를 교부받고 영세율세금계산서를 발급한 경우에도 계산서 미발급가산세를 부과하는가?
국세청에서는 이에 대하여 계산서 미발급가산세가 적용된다고 해석(기준-2018-법령해석법인-0039, 2018.6.18.)하였다. 그러나 기획재정부는 영세율세금계산서 매출과 관련한 매입세액을 공제받지 않는 등 제세 신고 시 과세표준 및 납부세액을 과소신고한 사실이 없어 조세회피목적이 있다고 보기 어려운 경우에는 계산서미발급가산세는 적용하지 않다고 국세청의 해석을 뒤집었다(기획재정부 법인세제과-893, 2018.7.23.). 국세청은 2019년 6월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청 예규를 삭제하였다.

계산서 발급대상 국외거래에 대하여 영세율세금계산서를 발급한 경우 가산세 적용여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (기준-2018-법령해석법인-0039, 2018.6.18.) (기획재정부 법인세제과-893, 2018.7.23.)
계산서 미발급 가산세 부과 여부 계산서 미발급 가산세를 부과함 계산서 미발급 가산세를 부과하지 않음
중소기업의 최다출자자인 외국법인의 자산총액 판단방법
중소기업이 되려면 실질적 독립성 요건을 구비하여야 하는데, 「중소기업기본법 시행령」 은 그 요건을 "소유와 경영의 실질적인 독립성이 [별표 2]의 기준에 맞는 기업"으로 규정하고 있다(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호). 중소기업기본법 시행령 [별표 2] 제1호 요건에 "제3조 제1항 제1호 나목에는 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의 2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업은 실질적 독립성 요건을 구비하지 못한 것으로 본다(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목)고 규정하고 있다.
중소기업기본법 시행령은 자산총액을 직전 사업연도 말일 현재 재무상태표상의 자산총계로 한다(중소기업기본법 시행령 제7조의 2 제1항)고 규정하고 있다. 외국인 투자기업의 주주인 외국법인의 자산총액은 어떻게 계산해야 하는가?
국세청은 중소기업기본법 시행령에 따라 "외국법인의 직전사업연도 말일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 원화로 환산한 금액"으로 판단한다(법인세과-1172, 2009.10.20.)고 해석하였다. 그러나 조세특례제한법은 중소기업을 판정할 때 중소기업기본법을 준용하지만, 매출액, 자산총액 등은 모두 해당 사업연도의 것을 기준으로 한다. 이에 따라 기획재정부는 외국주주법인의 자산총액은 해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등으로 환산하여 계산한다(기획재정부 조세특례제도과-584, 2019.9.3.)는 새로운 예규를 발표하였다. 국세청은 2019년 9월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청의 예규를 삭제하였다.

최다출자자인 외국법인의 자산총액 5천억원의 계산방법
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (법인세과-1172, 2009.10.20.) (기획재정부 조세특례제도과-584, 2019.9.3.)
자산총액 계산방법 직전 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액을 원화로 환산한 금액 해당 과세연도 종료일 현재 재무상태표 상 외화로 표시된 자산총액을 해당 과세연도 종료일 현재의 매매기준율 등으로 환산하여 계산
국외 연구기관에 지출한 위탁연구개발비에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 요건
법인이 조세특례제한법 제10조의 "연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제"를 적용함에 있어서 해외에 있는 대학ㆍ기업ㆍ연구소 등에 과학기술개발의 연구를 위탁하고 연구비를 지급한 경우 해외대학 등이 조세특례제한법 시행령 [별표 6]에서 규정한 구분 1. 나목(위탁 및 공동기술개발)의 1)-라), 마)의 기관에 해당하는가?
조세특례제한법 시행령 【별표 6의 3】 나. 위탁 및 공동연구개발 1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용 (전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학
나) 국공립연구기관
다) 정부출연연구기관
라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)
바) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합
사)「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업
아)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단
자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업
2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

국세청은 라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) 및 마) 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다)이란 기술개발촉진법(기술개발촉진법은 2011.5.24.에 폐지되고 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」로 대체됨) 제7조 제1항 제7호 및 제9호의 규정에 의한 비영리법인 및 국내외 연구기관을 말한다고 해석하였다(서면2팀-425, 2004.3.11, 서면2팀-1227, 2006.6.28, 서면2팀-845, 2006.5.15.). 예규에서는 국외연구기관까지 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 연구기관으로 해석하고 있으나, 국외연구기관은 우리나라의 법률을 적용할 수 없으므로 그 해석에는 문제가 있었다. 이에 따라 기획재정부는 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 ‘국내외 기업의 연구기관’은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제7호의 ‘그 밖의 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 국내외 연구기관’에 한정하는 것은 아니며, ‘국내외 기업의 연구기관’에 해당하는지 여부는 해당 기관의 연구 인력ㆍ시설현황, 연구실적 등 구체적인 사실관계를 고려하여 종합적으로 판단할 사항이다(조세특례제도과-423, 2019.5.30.)라는 새로운 예규를 발표하였다. 국세청은 2019년 6월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청의 예규를 삭제하였다.

국외 연구기관에 지출한 위탁연구개발비에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 요건
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (서면2팀-425, 2004.3.11.)
(서면2팀-1227, 2006.6.28.)
(서면2팀-845, 2006.5.15.)
(조세특례제도과-423, 2019.5.30.)
국외연구기관 기술개발촉진법(현행 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」) 의한 비영리법인 및 국내외 연구기관을 말함 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제7호의 ‘그 밖의 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 국내외 연구기관’에 한정하는 것은 아님
도시환경정비사업구역으로 지정된 토지를 취득하여 준비작업을 착수하였으나 도시계획을 변경하는 등의 사유로 사용하지 못한 경우 업무 무관 부동산에 해당하지는 여부
내국법인이 본점 사옥을 매각한 후 본점 부서가 여러 빌딩에 산재해 있어 유기적인 업무 협조에 어려움이 있어서 본점 건물을 신축할 필요성이 대두되어 도시환경정비사업구역으로 지정된 부동산을 취득하였으나 「도시 및 주거환경정비법」 제4조에 따라 도시환경정비사업구역으로 지정된 토지를 취득한 후 관할구청에서 해당 사업구역 내 용적율, 건폐율, 높이, 층수 등의 건축시설계획과 공원면적 등의 토지이용계획을 변경하는 등의 사유로 건축물의 착공에 이르지 못하여 유예기간 내에 해당 부동산을 업무에 사용하지 못한 경우 그 부동산은 업무 무관 부동산에 해당하는가?
국세청은 해당 토지가 「법인세법 시행규칙」 제26조 제5항 제30호에 따른 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산에 해당하는지 여부는 부동산의 취득목적에 비추어 건축물 착공에 걸리는 준비기간의 장단, 건축물 착공을 할 수 없는 장애사유, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이다(사전법령법인-844, 2018.2.19.)라고 해석하였다.
그러나 기획재정부는 내국법인이 「도시 및 주거환경정비법」(법률 제14567호, 2017.2.8. 전부개정 전) 제4조에 따라 도시환경정비사업구역으로 지정된 토지를 취득한 후 건축물의 착공에는 이르지 못하였으나, 토지상의 가건물 철거, 사업부지 추가매입, 도시ㆍ주거환경정비기본계획변경에 따른 추가적인 인허가 사항에 대한 준비, 사업계획의 변경 및 관할 지자체와의 협의 등 일련의 준비작업을 착수한 해당 토지는 인가된 도시환경정비사업 시행기간 이내에는 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산에 해당하지 않는다(기획재정부 법인세제과-763, 2018.7.2.)는 예규를 발표하였다. 국세청에서는 사실판단사항이라고 했으나, 기획재정부는 내국법인이 부동산을 업무에 사용하려고 노력하였으나 도시계획의 변경 등 부득이한 사유로 사용하지 못한 점을 고려하여 업무무관부동산이 아니라고 해석한 것이다. 국세청은 2019년 6월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청의 예규를 삭제하였다.

도시계획의 변경 등으로 유예기간 내에 사용하지 못한 부동산이 업무 무관 부동산인지 여부
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (사전법령법인-844, 2018.2.19.) (기획재정부 법인세제과-763, 2018.7.2.)
업무 무관 부동산인지 여부 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항임 도시환경정비사업시행기간 이내에는 업무 무관 부동산 아님
대출확약수수료의 손익귀속시기
다른 금융기관(‘대주’)은 차주에 대출실행 시 확약기관의 ‘담보대출확약서’ 제출을 의무화하고 있으며, 차주는 확약기관에 대출확약수수료를 지급하고 확약기관으로부터 ‘담보대출확약서’를 발급받는다.
금융보험업을 영위하는 법인이 차주가 대주로부터 대출을 받을 수 있도록 대출확약서를 발급하고 그에 따른 대가로서 대출실행일에 차주로부터 대출확약수수료를 수취한다. 발급한 담보대출확약서에는 법인이 차주에게 대출을 실행할 의무는 차주의 대출실행 요청이 있고, 대출약정상 미상환 대출원금이 존재하며, 차주가 해당사업에 따른 건물을 준공하여 정식사용승인을 얻을 것 등의 대출선행조건을 충족한 경우에 한하며 차주는 어떠한 경우에도 지급한 대출확약수수료의 반환을 청구할 수 없다. 금융보험업을 영위하는 법인이 대출확약수수료를 받아 결산상 기간경과분을 수익으로 계상한 경우 손익귀속시기는 언제인가?

국세청은 금융보험업을 영위하는 내국법인이 차주가 다른 금융기관으로부터 대출을 받음에 있어 대출만기일까지 대출금을 상환하지 못하는 경우 해당 내국법인(‘확약기관’)이 미상환 금액만큼 차주에게 대출할 것을 차주 및 대주에게 확약하는 약정을 체결하고 대출구비서류로서 대출확약서를 교부함에 따라 대출실행일에 차주로부터 대출확약수수료를 지급받으며, 차주는 대출확약수수료의 반환을 청구할 수 없는 경우 해당 대출확약수수료는 실제로 수입된 날이 속하는 사업연도에 익금산입한다고 해석하였다(기준법령법인-210, 2018.11.12.)고 해석하였다. 국세청은 대출확약용역을 일시에 제공하고 대가를 받았으므로 실제 수입된 날에 익금에 산입한다고 해석한 것이다.

그러나 기획재정부는 금융보험업을 영위하는 내국법인이 대출확약용역을 제공하고 수취하는 대출확약수수료는 대출기간 동안 용역을 제공하는 것이므로 결산을 확정함에 있어 이미 경과한 기간에 대응하는 대출확약수수료 상당액으로 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다(기획재정부 법인세제과-330, 2019.3.7.)는 예규를 발표하였다. 국세청은 2019년 6월 기획재정부의 예규와 상충되는 국세청의 예규를 삭제하였다.

대출확약수수료 중 이미 경과한 기간분을 수익으로 계상한 경우의 귀속시기
구 분 삭제 사례 유지 사례
관련 예규 (기준법령법인-210, 2018.11.12.) (기획재정부 법인세제과-330, 2019.3.7.)
대출확약수수료의 귀속시기 실제 수입된 날이 속하는 사업연도의 익금 이미 경과한 기간에 대응하는 대출확약수수료를 수익으로 계상한 경우 익금으로 함
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