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부가가치세 조기환급 개별검증대상 및 공통매입세액의 안분계산 시 유의사항

이현범, 2019.10.01
2019년 2기 부가가치세 예정신고는 7월 1일부터 9월 30일까지의 사업실적에 대하여 10월 1일부터 10월 25일까지 신고하여야 한다. 또한, 국세청 홈택스를 통하여 미리채움 서비스를 받기 위해서는 전자세금계산서 등의 자료가 구축된 후인 10월 11일 이후에 인터넷 홈택스를 통하여 신고서를 작성하면 신고 항목별로 미리채움 서비스를 이용하여 간편하게 신고서를 작성할 수 있다. 법인사업자는 반드시 부가가치세 예정신고를 하여야 하고, 개인사업자는 일반적으로 직전 과세기간에 대한 납부세액의 50%를 관할세무서장이 예정고지한다. 다만, 징수하여야 할 세액이 30만원 미만이거나 간이과세자의 경우에는 제외한다. 개인사업자 중 일반과세자가 기계장치 등 고정자산을 취득하거나 수출 등 영세율이 적용되는 경우, 사업부진 등으로 직전 과세기간의 과세표준 또는 납부세액의 1/3에 미달하는 경우에는 예정신고를 할 수 있다.

이번 호에서는 부가가치세 조기환급 개별검증 대상 및 절차의 유의사항에 대하여 알아보고, 부가가치세 예정ㆍ확정신고된 내용에 대하여 국세청에서는 빅데이터를 이용하여 사후검증을 하고 신고내용이 불성실한 경우 해명안내를 통하여 수정신고 권장 등을 하고 있는데 최근에 사후검증 자료로 활용한 오픈마켓 등을 이용한 통신판매업자의 매출 과소신고 혐의 내용에 대하여 살펴보고자 한다. 또한, 건설업자가 제공하는 과세 또는 면세 건설용역과 관련된 공통매입세액의 안분계산과 아파트 신축판매업자의 공통매입세액 안분계산 시 실수하기 쉬운 내용 및 면세사업과 부동산임대용역을 겸업하는 경우 공통매입세액 안분계산에 대하여 심도 있게 다루어 보고자 한다.
부가가치세 조기환급 개별검증 대상 및 절차의 유의사항
부가가치세 환급이란 각 과세기간의 매입세액이 매출세액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 환급세액으로 하여 사업자에게 되돌려 주는 제도이다. 환급의 종류에는 조기환급과 일반환급으로 분류되고 조기환급 대상은 수출 등 영세율 적용대상과 사업설비 등 고정자산 신설?취득?확장?증축 및 재무구조개선계획 이행 중인 경우이다. 일반환급 대상은 조기환급 대상 이외의 환급으로 일반매입 과다에 따른 환급을 말한다. 조기환급 신고시 유의할 사항은 월별조기환급을 받은 경우에는 예정신고할 때 이를 제외한 금액을 기재하여 신고하여야 한다는 것이다.

예정신고기간 조기환급 대상
예정신고기간에는 수출 등 영세율과 고정자산 구입 등의 조기환급 대상만 환급해주며, 일반환급 대상은 예정신고기간에는 환급하지 아니하고 확정신고할 때 “예정신고 미환급세액”란에 기재하여 납부세액에서 뺀다. 주의하여야 할 사항은 부동산매매업자가 매매목적의 건물을 신축하는 경우 신축관련 매입세액은 일반환급 대상으로 예정신고기간에는 환급되지 아니한다*는 것이다.

* 사업자가 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때에는 조기환급 대상이 되는 것이나, 부동산 매매업을 영위하는 사업자가 매매목적의 건물을 신축하는 경우 신축과 관련된 매입세액은 조기환급대상에 해당되지 아니한다(부가46015-1732, 1998.07.28.).
조기환급 시 개별검증 대상으로 분류되는 기준 및 절차상 유의사항
고정자산을 구입하거나 재화를 수출하는 경우 조기환급 대상으로 분류되어 예정신고기한이 지난 후 15일 이내에 부가가치세를 환급하여야 한다(부법 §48). 하지만 국세청에서는 일반적으로 예정신고기한으로부터 10일 내에 일괄환급하여 준다. 조기환급으로 신고하는 경우 계좌계설신고를 하여야 하는데 환급세액이 2,000만원 미만은 신고서상의 “국세환급금 계좌신고”란에 기재하면 되고 그 이상의 환급세액은 별도의 계좌계설신고서를 작성하여 제출하여야 한다.
제출된 신고서상 환급금액이 1,000만원 이상인 사업자에 대하여는 환급적정 여부를 개별검토하고 그 이하 금액에 대하여는 특별한 혐의가 없는 경우 일괄환급하여 준다. 다만, 총괄납부사업자, 월별 조기환급자, 폐업자나 자료상 등으로부터 받은 세금계산서가 있는 사업자에 대하여는 관할세무서장은 개별환급 검토자료로 분류하여 환급현진확인을 거쳐 혐의가 없는 경우에 환급결정하는 경우도 있다.
오픈마켓 등을 이용한 통신판매자료 사후검증 집중분석
국세청은 통신판매업자가 지마켓, 옥션, 11번가, 인터파크, 게임아이템 등 오픈마켓을 통하여 판매한 매출자료를 분기마다 수집하여 사업자 통신판매 회원과 개인 통신판매 회원으로 구분하여 분석한다. 사업자 통신판매 회원은 사업자등록번호로 관리하고, 개인 통신판매 회원은 사업자등록번호가 없는 자로서 계속적ㆍ반복적으로 판매하는 경우 누적 관리한다. 특히, 인터넷 온라인 게임이 성행하면서 개인 통신판매 회원 중 게임 아이템 판매자는 별도 관리하고 있다. 사업자 통신판매 회원은 판매대행 자료와 신용카드 자료, 결제대행 자료 등의 합계액이 신고금액 보다 적은 경우에는 과소신고 혐의자료로 분류하여 사후검증을 하고 있다. 또한, 개인 온라인 통신판매 회원으로서 통신판매 금액이 상대적으로 큰 경우에는 미등록사업자 혐의자로 사후검증 자료로 분류된다.
이렇게 수집된 자료와 신고금액이 차이나는 원인은 귀속시기의 차이나 마일리지 금액이 포함되어 있을 수 있고, 현금영수증 발급과 중복 발급될 수도 있으며 오픈마켓 운영자가 집계오류에 따른 차이가 있을 수 있다. 또한, 다른 판매자로부터 수탁받아 판매하였거나 판매자의 거래를 중개하는 경우가 있을 수 있다. 구체적으로 오픈마켓 등에서 국세청에 통보된 신용카드 등 매출자료와 실제 부가가치세 신고한 내용에 대하여 서면검토 결과 매출신고 누락혐의가 있는 사업자에 대하여 다음과 같은 내용을 해명 안내문을 발송한다. 관할 세무서에서 과세자료 해명을 요구할 경우에는 조사대상으로 분류될 수 있으므로 차이금액에 대한 성실한 소명이 필요하다.

[오픈마켓 등을 통해 통신 판매한 자료 해명 안내문 유형 ]
신용카드 등 매출자료 매출신고금액
합계 신용카드 현금영수증 구매전용카드 기타 합계 과세 면세
세금계산서 기타 계산서 기타
 
사업형태에 따른 공통매입세액 안분계산 시 유의사항
과세사업과 면세사업을 겸영사업자가 해당 과세기간의 실지귀속이 불분명한 공통매입세액이 발생한 경우로서 공통매입세액과 관련된 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있는 경우에는 도축업을 영위하는 사업자가 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 제외하고는 다음 계산식에 따라 면세사업 등과 관련된 매입세액을 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다(부령 §81 ①, 부칙 §54 ①). 2018.2.13. 이후부터는 국고보조 사업 등을 영위하는 겸영사업자가 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액에 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 등이 포함되도록 하였다.
공통매입세액 안분계산 시 최근에 이슈화 되고 있는 것은 국민주택 건설용역 공급업자로서 「건설산업기본법」 등에 의하여 등록한 사업자가 그 자격의 범위에서 공급하는 건설용역에 대하여 면세하므로 관련법에 따라 등록?신고하지 아니한 자가 공급하는 국민주택 건설용역은 면세대상이 아니라는 것이다(조특령 §106 ④, 서삼 46015-11107, 2003.7.11.).
면세사업 등 관련된 매입세액 (매입세액 불공제분) = 공통매입세액 ×  당기 면세공급가액
당기 총공급가액

아파트 건설용역 공급업자의 매입세액 안분계산 시 유의사항
일반적으로 건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세를 과세한다. 다만, 「건설산업기본법」에 의하여 등록한 사업자가 국민주택 건설용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 면제한다. 「건설산업기본법」에 등록한 사업자가 과세ㆍ면세 건설용역 제공과 관련하여 귀속이 불분명한 매입세액에 대하여는 안분계산하여야 한다. 여러 개의 건설업은 건설현장이 있는 사업자의 공통매입세액은 해당 건설현장 단위의 공통매입세액과 관련된 사업부문별로 구분하여 안분계산하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 안분계산한다(서면3팀-2329, 2004.11.16.). 사업자단위과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고한다(부가-814, 2009.6.15.).
또한, 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 관련성에 따라 안분계산하여야 한다. 예를 들어, 신문사가 한 건물에서 신문판매사업(면세), 광고사업(과세), 사무실임대업(과세)을 같이 하는 경우 엘리베이터수리비와 관련된 매입세액은 신문판매수입, 광고수입, 임대료수입의 비율로 안분계산해야 하지만, 신문용지 구입액에 대한 매입세액은 신문판매사업과 광고사업의 공통매입세액이므로 사무실 임대수입을 안분계산기준 공급가액에 포함해서는 아니된다. 신문용지 구입과 임대사업은 관련성이 없기 때문이다.

아파트 건설업의 안분계산 사례
개인사업자 甲은 「건설산업기본법」에 등록한 건설업자로 당기에 2개의 아파트 건설현장에서 건설용역을 제공하고 있다. A현장은 국민주택초과분이고, B사업장은 국민주택규모 이하와 초과주택을 건설하고 있으며 이와 관련된 매입세액이 다음과 같은 경우 공제받지 못할 면세사업 관련 매입세액을 계산하시오.

① 건설현장별 공급가액
구 분 A현장 B현장
과세사업 면세사업 과세사업
공급가액 5억원 3억원 2억원 10억원

② 세금계산서 수취분 매입세액
본사 매입세액       10,000,000원
A현장 매입세액     20,000,000원
B현장 매입세액     30,000,000원


해답
ㆍ본사 매입세액 : 10,000,000 × 3억원/10억원 =  3,000,000
ㆍA현장 매입세액 -
ㆍB현장 매입세액 : 30,000,000 × 3억원/5억원 =  18,000,000
21,000,000
아파트 신축판매업자의 매입세액 안분계산 시 유의사항
아파트 건설에 따른 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 또한, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련되는 매입세액은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산한다(서면인터넷방문상담3팀-2256, 2006. 09.25.). 건물신축 관련 매입세액에 대하여 아파트를 신축분양하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 제공할 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우, 부가가치세 매입세액의 안분계산은 “예정사용면적의 비율”에 의한다(재소비46015-171, 2002.06.21.).
종전에는 예정사용면적비율로 매입세액을 안분계산 하던 중 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되는 경우는 공급가액비율로 안분계산하도록 해석하였으나(재부가-28, 2008.1.21), 2011.1.1. 이후부터는 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 사용면적 비율에 따라 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적 비율에 따라 공통매입세액을 정산하도록 개정되었다(부령 §81 ). 따라서 과세기간의 예정신고시 공통매입세액에 대하여 예정사용면적으로 안분계산한 후 확정신고 시 과세ㆍ면세 공급가액이 모두 있게 됨에 따라 예정사용면적과 공급가액에 대한 비율이 모두 있는 경우에도 예정신고와 같이 사용면적 비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산한다(재부가-342, 2011.5.30.). 주의하여야 할 사항은 안분계산에 대한 정산이 동일 과세기간에 이루어지지 않는 경우가 많은데, 안분계산이 확정되는 시점에 그 동안의 예정사용면적(공급가액)으로 안분계산한 금액에 대하여 최종 정산을 하여야 함에도 이를 하지 아니하여 국세청 기획점검 등을 통하여 과세되는 사례가 종종 있다는 것이다.

[매입세금계산서 유형별 매입세액 공제 여부]
구분 매입세금계산서 유형
1) 토지 조성 등 자본적 지출 관련 매입세액 건물 신축목적 구입한 구건물과 그 철거비용, 토지 형질 변경공사비, 토목설계비, 토지 취득 전 토지적성평가용역ㆍ환경영향평가용역, 부지 개발 타탕성 조사용역 등
2) 건물 신축 관련 매입세액 건물설계비, 건물공사비, 감리비, 교통평가용역
3) 건물 분양 관련 매입세액 모델하우스 설치비, 모델하우스 운영비 등
4) 건물 및 토지 분양 관련 매입세액 광고선전비, 일반관리비, 분양대행수수료, 시행대행수수료 등

사례
법인사업자 ㈜영화는 아파트 신축판매업자로 건설업자 甲으로부터 아파트 신축과 관련된 매입세액(토지 관련 매입세액 제외)과 과세ㆍ면세 분양가액이 다음과 같을 때 공제받지 못할 면세사업 관련 매입세액을 계산하시오.
  • 총 공사금액 : 1,000억원(부가가치세 100억원), 다만, 토지 관련 매입세액은 제외
  • 총 예정분양가액 : 1,600억원(과세 600억원, 면세 1,000억원), 다만, 토지 관련 공급가액은 제외
  • 공사기간 : 2017. 1. 5 ~ 2019. 6. 30.
  • 과세ㆍ면세면적 비율 : 예정면적(과세 60%, 면세 40%), 확정면적(과세 65%, 면세 35%)

(억원)
구분 2017.1기 2017.2기 2018.1기 2018.2기 2019.1기 합계
공통 매입세액 20 30 10 20 20 100
공급가액* 과세 200 100 300 600
면세 300 200 500 1,000
예정사용면적비율(면세) 40% 40% 40% 40% 35%
* 공급가액에는 총 분양가액에서 토지분 수입금액을 제외한 금액임
해답
(억원)
구분 2017.1기 2017.2기 2018.1기 2018.2기 2019.1기
안분기준 사용면적 기준
안분계산 산식 20 × 40% 30 × 40% 10 × 40% 20 × 40% 00 × 35%-32
매입세액 불공제 8 12 4 8 3
안분기준은 공급가액이 없으므로 사용면적기준으로 안분하고, 매입세액 중 면세 사용면적 비율을 곱하여 매입세액 불공제하고 준공되는 시점인 2019.1기에 확정되는 사용면적 비율로 최종 정산하여 매입세액 불공제한다.
부동산임대업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액 안분계산 시 유의사항
면세사업자가 사업장 이전 목적으로 건축물을 취득하거나 신축하면서 발생된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다. 하지만 면세사업과 부동산임대업을 겸영하고자 하는 경우에는 부가가치세법에 따라 사업자등록하여 부동산 취득 관련 매입세금계산서 중 부가가치세 과세대상인 부동산임대 관련 매입세액에 대하여만 매출세액에서 공제된다.
이러한 매입세액의 안분계산 순서는 먼저 실지귀속이 분명한 경우 총사용면적 중 과세사업 면적비율은 매입세액 공제하고, 총사용면적 중 면세사업 면적비율은 매입세액 불공제한다. 다음으로 공통매입세액의 안분계산은 총공급가액 중 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 매입세액 불공제한다. 마지막으로 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액은 건축물의 전체 사업에서 발생된 총공급가액 중 면세공급가액의 비율에 대하여 매입세액 불공제한다.(부집 40-81-6 ②?③). 따라서 부동산 취득에 따른 과세ㆍ면세사업자의 공통매입세액 안분계산은 1차적으로 과세ㆍ면세 사용면적을 기준으로 안분한 후 2차적으로 과세ㆍ면세 공급가액비율로 안분계산한다.

건물 신축 관련 매입세액 안분계산 사례
사업자 甲이 2019.1.1.에 사옥을 신축하여 2019.4.10.에 준공하였으며, 건물 신축관련 매입세액은 3억원이다. 甲이 사옥을 다음과 같이 건설업, 부동산임대업, 학원업에 사용하는 경우 2019년 제1기 과세기간에 공제받을 수 있는 매입세액은?
층별구분 면적 용 도 공급가액(2019년 제1기)
과세 면세
5층 200㎡ 학원업(면세) 1억원
3∼4층 300㎡ 임대업(과세) 1억원
1∼2층 400㎡ 건설업(과세ㆍ면세겸업) 5억원 3억원
지층 100㎡ 주차장과 보일러실 - -
1,000㎡ 6억원 4억원

해답
층별 1차 안분계산(면적비율) 2차 안분계산(공급가액비율) 매입세액 불공제
5층 3억원 × 200/1,000 = 60,000,000(불공제) - 60,000,000
3∼4층 3억원 × 300/1,000 = 90,000,000(공제) - -
1∼2층 3억원 × 400/1,000 = 120,000,000(안분계산) 120,000,000 × 3억원/8억원 = 45,000,000 45,000,000
지 층 3억원 × 100/1,000 = 30,000,000(안분계산) 30,000,000 × 4억원/10억원 = 12,000,000 12,000,000
117,000,000
건물의 사용면적(실지귀속)이 확인되므로 건물의 매입세액을 먼저 사용면적에 따라 안분계산하여, 3∼4층은 공제하고, 5층은 불공제한다. 1∼2층은 과세건설업과 면세건설업의 공통분이므로 건설업의 총공급가액에 대한 면세건설업의 공급가액 비율로 안분계산하고, 지층은 전체의 공통분이므로 건축물 전체의 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한다.
나가며
지금까지 국세청 홈택스를 통하여 부가가치세 전자신고 서비스를 제공하였으나 최근에는 홈택스 뿐만 아니라 모바일 휴대폰을 이용하여 부가가치세를 신고ㆍ납부할 수 있는 서비스를 확대 시행하고 있다. 또한, 국세청에서 수집한 자료를 바탕으로 각종 미리채움 서비스를 제공하여 납세자로 하여금 간편하게 부가가치세 신고할 수 있도록 하였다는 것이다. 앞으로 더욱 더 질 높은 서비스가 제공될 것으로 예상된다.
이렇게 미리채움 형식으로 전자신고서를 작성하여 편리하기는 하지만 그에 따른 단점도 노출되었다. 그 대표적인 예로는 매입세금계산서에 대한 매입세액에 대하여 사업과 관련 없는 매입세액이나 면세 관련 매입세액을 불공제하여야 함에도 부당공제를 받는 경우가 많아 졌다. 특히, 공통매입세액 안분계산에 의해 매입세액 불공제를 하여야 함에도 이를 인지하지 못하거나 불공제하는 방법을 잘 몰라서 안분계산을 하지 아니하는 경우가 많다. 그런데 국세청에서는 이러한 공통매입세액에 대하여는 기획점검을 통하여 추징되는 사례가 있다는 것이다.
따라서 공통매입세액에 대하여는 반드시 안분계산을 통하여 매입세액을 불공제하여야 한다. 이와 같이 부가가치세 신고내용에 대하여 국세청에서 수집된 자료를 바탕으로 AI기능을 이용하여 신고성실도를 분석하고 자료상 혐의자를 추출하는 등 성실납세자가 기업하기 좋은 경제환경을 조성할 것으로 예상된다.
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