예정신고기간에는 수출 등 영세율과 고정자산 구입 등의 조기환급 대상만 환급해주며, 일반환급 대상은 예정신고기간에는 환급하지 아니하고 확정신고할 때 “예정신고 미환급세액”란에 기재하여 납부세액에서 뺀다. 주의하여야 할 사항은 부동산매매업자가 매매목적의 건물을 신축하는 경우 신축관련 매입세액은 일반환급 대상으로 예정신고기간에는 환급되지 아니한다*는 것이다.

* 사업자가 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때에는 조기환급 대상이 되는 것이나, 부동산 매매업을 영위하는 사업자가 매매목적의 건물을 신축하는 경우 신축과 관련된 매입세액은 조기환급대상에 해당되지 아니한다(부가46015-1732, 1998.07.28.).

고정자산을 구입하거나 재화를 수출하는 경우 조기환급 대상으로 분류되어 예정신고기한이 지난 후 15일 이내에 부가가치세를 환급하여야 한다(부법 §48). 하지만 국세청에서는 일반적으로 예정신고기한으로부터 10일 내에 일괄환급하여 준다. 조기환급으로 신고하는 경우 계좌계설신고를 하여야 하는데 환급세액이 2,000만원 미만은 신고서상의 “국세환급금 계좌신고”란에 기재하면 되고 그 이상의 환급세액은 별도의 계좌계설신고서를 작성하여 제출하여야 한다.
제출된 신고서상 환급금액이 1,000만원 이상인 사업자에 대하여는 환급적정 여부를 개별검토하고 그 이하 금액에 대하여는 특별한 혐의가 없는 경우 일괄환급하여 준다. 다만, 총괄납부사업자, 월별 조기환급자, 폐업자나 자료상 등으로부터 받은 세금계산서가 있는 사업자에 대하여는 관할세무서장은 개별환급 검토자료로 분류하여 환급현진확인을 거쳐 혐의가 없는 경우에 환급결정하는 경우도 있다.

일반적으로 건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세를 과세한다. 다만, 「건설산업기본법」에 의하여 등록한 사업자가 국민주택 건설용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 면제한다. 「건설산업기본법」에 등록한 사업자가 과세ㆍ면세 건설용역 제공과 관련하여 귀속이 불분명한 매입세액에 대하여는 안분계산하여야 한다. 여러 개의 건설업은 건설현장이 있는 사업자의 공통매입세액은 해당 건설현장 단위의 공통매입세액과 관련된 사업부문별로 구분하여 안분계산하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 안분계산한다(서면3팀－2329, 2004.11.16.). 사업자단위과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고한다(부가－814, 2009.6.15.).
또한, 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 관련성에 따라 안분계산하여야 한다. 예를 들어, 신문사가 한 건물에서 신문판매사업(면세), 광고사업(과세), 사무실임대업(과세)을 같이 하는 경우 엘리베이터수리비와 관련된 매입세액은 신문판매수입, 광고수입, 임대료수입의 비율로 안분계산해야 하지만, 신문용지 구입액에 대한 매입세액은 신문판매사업과 광고사업의 공통매입세액이므로 사무실 임대수입을 안분계산기준 공급가액에 포함해서는 아니된다. 신문용지 구입과 임대사업은 관련성이 없기 때문이다.

아파트 건설에 따른 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 또한, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련되는 매입세액은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산한다(서면인터넷방문상담3팀-2256, 2006. 09.25.). 건물신축 관련 매입세액에 대하여 아파트를 신축분양하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 제공할 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우, 부가가치세 매입세액의 안분계산은 “예정사용면적의 비율”에 의한다(재소비46015-171, 2002.06.21.).
종전에는 예정사용면적비율로 매입세액을 안분계산 하던 중 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되는 경우는 공급가액비율로 안분계산하도록 해석하였으나(재부가-28, 2008.1.21), 2011.1.1. 이후부터는 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 사용면적 비율에 따라 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 사용면적 비율에 따라 공통매입세액을 정산하도록 개정되었다(부령 §81 ). 따라서 과세기간의 예정신고시 공통매입세액에 대하여 예정사용면적으로 안분계산한 후 확정신고 시 과세ㆍ면세 공급가액이 모두 있게 됨에 따라 예정사용면적과 공급가액에 대한 비율이 모두 있는 경우에도 예정신고와 같이 사용면적 비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산한다(재부가-342, 2011.5.30.). 주의하여야 할 사항은 안분계산에 대한 정산이 동일 과세기간에 이루어지지 않는 경우가 많은데, 안분계산이 확정되는 시점에 그 동안의 예정사용면적(공급가액)으로 안분계산한 금액에 대하여 최종 정산을 하여야 함에도 이를 하지 아니하여 국세청 기획점검 등을 통하여 과세되는 사례가 종종 있다는 것이다.

면세사업자가 사업장 이전 목적으로 건축물을 취득하거나 신축하면서 발생된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다. 하지만 면세사업과 부동산임대업을 겸영하고자 하는 경우에는 부가가치세법에 따라 사업자등록하여 부동산 취득 관련 매입세금계산서 중 부가가치세 과세대상인 부동산임대 관련 매입세액에 대하여만 매출세액에서 공제된다.
이러한 매입세액의 안분계산 순서는 먼저 실지귀속이 분명한 경우 총사용면적 중 과세사업 면적비율은 매입세액 공제하고, 총사용면적 중 면세사업 면적비율은 매입세액 불공제한다. 다음으로 공통매입세액의 안분계산은 총공급가액 중 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 매입세액 불공제한다. 마지막으로 전체 사업에 공통으로 사용되는 면적(주차장, 기계실, 보일러실, 관리사무실 등)에 관련된 매입세액은 건축물의 전체 사업에서 발생된 총공급가액 중 면세공급가액의 비율에 대하여 매입세액 불공제한다.(부집 40-81-6 ②?③). 따라서 부동산 취득에 따른 과세ㆍ면세사업자의 공통매입세액 안분계산은 1차적으로 과세ㆍ면세 사용면적을 기준으로 안분한 후 2차적으로 과세ㆍ면세 공급가액비율로 안분계산한다.