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실무해설

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이관(현물출자)이 매각에 해당되는지 여부와 부동산의 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 시 정당한 사유가 있는 경우 추징대상인지 여부

박광현, 2019.07.02
1. 쟁점 사항
부동산을 취득하고 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 농협경제지주에 이관한 것이 현물출자한 이상, 이는 추징 조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당하는지 여부와 취득세 추징사유에 해당한다는 이유로 취득세 등의 추징대상이 되는지 여부
2. 관련법령
□ 구 「지방세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것)
제78조 【산업단지 등에 대한 감면】
  • 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
    • 1. (생 략)
    • 2. 감면 내용
      • 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
      • 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
      • 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
  • 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
    • 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
    • 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

□ 구 「농업협동조합법」(2016.12.27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것)
제134조의 2 【농협경제지주회사】
  • 중앙회는 제134조 제1항 제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 농협경제지주회사를 설립한다. 이 경우 사업의 분리는 「상법」 제530조의 12에 따른 회사의 분할로 보고, 사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의 3 제1항, 제2항 및 제4항, 제530조의 4부터 제530조의 11까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제530조의 3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중 “출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식 총수의 3분의 1 이상의 수”는 “대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원 3분의 2 이상의 찬성”으로 본다.
  • ~⑤(생략)
  • 농협경제지주회사 및 그 자회사가 중앙회의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.

□ 구 「농업협동조합법」 부칙(2011.3.31. 법률 제10522호)

제2조 【농협경제지주회사등의 설립 등에 관한 준비행위】
  • 중앙회는 이 법 공포 후 지체 없이 농협경제지주회사등의 설립 등에 필요한 절차에 착수하여야 한다.
  • ~④ (생략)

□ 구 「농업협동조합법」(2016.12.27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것)

제6조 【경제사업의 이관 및 자회사 설립에 따른 출자 특례】
  • 중앙회는 이 법 시행일부터 3년 이내에 판매ㆍ유통 관련 경제사업을 농협경제지주회사에 이관한다.
  • ~③ (생략)

□ 구 「농업협동조합법 시행령」(2017.6.27. 대통령령 제28152호로 개정되기 전의 것)

제15조의 4 【농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업】
법 제134조의 2 제6항에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 별표 4의 사업을 말한다.

[별표 4] <개정 2015.2.23.>
농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업(제15조의 4 관련)
  • 1. 법 제57조의 2 제1항 제1호(제107조 또는 제112조에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따른 조합과의 공동사업
  • 2. 법 제134조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 사업 중 다음 각 목의 사업
    가.~타. (생 략)
3. 관련해석 등
(1) 매각 시 정당한 사유가 있더라도 추징대상이라는 사례
「지방세특례제한법」 제87조에서는 신용협동조합이 신용사업, 복지사업 및 조합원 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서는 ⅰ) 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우, ⅱ) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것인바[(대법원2003두7392, 2004.05.28.) 판결], 비록, 부동산 소유자의 의사에 반하여 ‘수용’이 이루어진다 하더라도 수용의 경우 수용물건에 대한 반대급부로서 보상금이 지급되므로 이를 매각과 달리 볼 수 없으며, 일반적 추징 조건을 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제178조 제2호에서 매각의 경우에는 정당한 사유를 명시하고 있지 않아 유예기간 이내 매각으로 소유권이 이전되는 경우 수용에 의한 것인지 여부는 추징을 판단하는 고려사항이 아니라 할 것이다. 따라서 신용협동조합의 감면받은 부동산이 도시계획 결정에 따라 수용되었다면 이는 매각과 달리 볼 수 없으며, 감면 유예기간 내에 매각된 이 건 부동산의 경우 정당한 사유를 불문하고 추징대상이라 할 것이다(지방세특례제도과-1532, 2016.07.05.).

이 유권해석은 구 「지방세법」 제276조 제1항 단서에 “그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다”라고 규정되어 있었는데, 이 규정에서 “정당한 사유 없이”라는 문구도 후단에도 연결되어 “정당한 사유 없이 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우”로 해석되어 적용하여 왔었다.

그런데 현행 규정에서는 ⅰ) 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우, ⅱ) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나* 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다라고 규정되어 있어서 후단에는 “정당한 사유 없이”라는 문구가 없다는 점에서 위와 같이 해석하여 적용하였었다.
* 고유목적에 직접 사용하다가 매각ㆍ증여하는 경우와 유예기간 중에 고유목적에 직접 사용함이 없이 매각ㆍ증여하는 경우 모두 포함되는 것으로 해석되어진다. 그 이유는 전혀 직접 사용하지 아니한 것도 넓게 해석하면 직접 사용 기간이 2년 미만에 해당되는 것이고, 이렇게 해석되지 아니하면 유예기간 중에 매각 등을 하는 경우에는 추징이 불가능할 수도 있기 때문이다.

 
[사례] 매각한 정당한 사유가 있는 경우에도 추징대상에 해당됨[(조심2018지376, 2018.07.09.), (조심2016지1276, 2017.03.16.)] 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있을 뿐 정당한 사유가 있는 경우에는 추징대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니하므로 청구인이 쟁점토지를 매각한 정당한 사유가 있는 경우에도 추징대상에서 제외할 수 없음.
(2) 매각 시 정당한 사유가 있는 경우 추징대상이 아니라는 사례
이 사건에서 문제되는 추징은 당초 취득세를 감면받은 자가 그 감면 취지에 합당한 사용을 하지 않을 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후관리의 측면에서 감면 취지와 다른 용도로 사용하여서는 안 될 의무가 있음에도 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 「행정법」상의 의무 위반에 대한 제재의 성격을 가진다[(대법원2002두516, 2003.09.26.) 판결 등 참조]. 그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정 목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의ㆍ과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다[(대법원2002두5177, 2003.09.02.) 판결 등 참조]. 따라서 추징에 관하여 ‘정당한 사유 없이’라는 명문의 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다[(대법원98두922, 2003.09.02) 판결 등 참조][(수원행법2017구합71230, 2018.07.05); (서울고법2018누56208, 2018.11.06) 대법원 심리불속행 기각].
4. 검토 해설
(1) 추징사유에 해당하는지 여부:문언상 추징대상 해당되는 것으로 규정되어 있음.
농업협동조합이 어느 부동산을 업무에 ‘직접 사용’한다고 함은 농업협동조합이 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 농업협동조합의 업무에 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다[(대법원2014두43097, 2015.03.26.) 판결).

따라서 부동산을 농협경제지주에 현물출자하고 그 대가로 주식을 교부받아 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 해당 부동산이 업무에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없으므로, 부동산을 그 사용일부터 2년 이내에 현물출자한 이상, 이는 추징조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당한다.

또한 농축산물의 제조ㆍ가공 및 도매ㆍ소매사업을 수행하는 농협경제지주를 의제하는 구 「농업협동조합법」 제134조의 2 제6항, 구 「농업협동조합법 시행령」 제15조의 4 [별표 4] 제2호의 규정이 「지방세특례제한법」상 과세요건의 해석에까지 영향을 미친다고 볼 근거가 없다.* 농협이 농협경제지주의 1인 주주라고 하더라도 농협과 농협경제지주는 별개의 법인격을 갖는 권리 주체에 해당하므로 추징 규정에 해당한다고 보아야 한다.
* 의제하는 규정에 대한 해석 등은 이 판례의 취지와 동일하다. 「기업도시개발특별법」 제13조 제1항에서는 국토교통부장관이 기업도시개발계획 승인 시 기업도시개발사업 시행자는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업도시개발사업 시행자 지정을 받은 것으로 보도록 규정하고 있으나, 어떠한 법률에서 주된 인ㆍ허가가 있으면 다른 법률에 의한 인ㆍ허가가 있는 것으로 보는 데 그치는 것이고, 더 나아가 다른 법률에 의하여 인ㆍ허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니다[(대법원2013두11338, 2015.04.23.) 판결 참고]할 것이고, 또한 「지방세특례제한법」 제3조 제1항에서는 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있으므로, 다른 법률에 따라 산업단지시행자로 의제된다 하여도 지방세 과세에 관한 특례를 별도로 규정하지 않는 한 산업단지에 대한 감면규정까지 적용하여 지방세를 감면할 수 없을 것이다(지방세특례제도과-709, 2016.04.07.).
(2) 정당한 사유 유무 적용 여부:부과처분 위법
추징은 당초 취득세를 감면받은 자가 그 감면 취지에 합당한 사용을 하지 않을 것을 요건으로 하는 처분으로서 본래의 취득세 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 처분이고, 그 실질은 사후관리의 측면에서 감면 취지와 다른 용도로 사용하여서는 안 될 의무가 있음에도 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 「행정법」상의 의무 위반에 대한 제재의 성격이다[(대법원2002두516, 2003.09.26.) 판결 등 참조].

그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재조치는 행정 목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의ㆍ과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에까지 부과할 수 있는 것은 아니다[(대법원2002두5177, 2003.09.02.) 판결 등 참조].

따라서 추징에 관하여 ‘정당한 사유 없이’라는 명문의 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 추징이 허용될 수 없다[(대법원98두922, 2000.10.06.) 판결 등 참조].
  • 개정 「농업협동조합법」은 경제사업을 활성화하기 위한 취지로 이를 구현하기 위하여, 법 시행일부터 3년 이내에 원고로 하여금 판매ㆍ유통 관련 경제사업을 농협경제지주에 이관하도록 의무를 부과하였으며, 이관의 성격은 기존에 수행하던 경제사업 부문의 관할을 농협경제지주로 옮김으로써 경제사업의 수행 주체를 농협경제지주로 변경하기 위하여 이전하는 것을 의미한다. 따라서 경제사업의 수행주체가 변경될 뿐 사업의 목적이나 내용은 동일하게 유지된다고 보아야 한다.
  • 비록 추징 조항이 규정한 추징사유인 ‘매각’에 해당하는 현물출자의 형식으로 이관이 이루어졌으나, 이는 개정 「농업협동조합법」 시행에 따라 불가피하게 선택할 수밖에 없는 방법으로 보이며 이관의 형식이 이관의 성격에 영향을 미친다고 할 수 없다.
  • 이관을 통하여 농협은 당초의 부동산을 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니라 오히려 개정 「농업협동조합법」에 따라 신설된 농협경제지주로 하여금 부동산 취득 당시 목적하였던 사업계획을 계속 수행하도록 한 것이므로, 감면 규정의 취지를 벗어났다고 할 수도 없다. 따라서 직접 사용 기간이 2년 미만인 상태에서의 매각 금지라는 법령상의 의무를 위반한 데 대하여 그 의무 위반을 탓할 수 없다.
5. 대상 판결의 취지 등
현행 「지방세특례제한법」에서는 각 조문마다 개별적인 추징 규정과 조문에 추징 규정이 없는 경우에는 일반적 추징 규정을 적용받도록 규정하고 있다. 또한 대부분의 감면 조문에서는 2개의 유형으로 사후 추징이 규정되어 있으며 정당한 사유 없이 일정기간 내 직접 사용하지 않는 경우(1유형)와 정당한 사유 유무와 관계없이 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우로 단지 의무사용기간만을 규정(2유형) 등으로 조문 구성이 되어 있다. 특히 2유형의 경우 정당한 사유 유무를 판단하지 않고 추징 여부를 결정하여왔으나, 이 판례의 경우 추징 시 정당한 사유가 없더라도 정당한 사유를 인정하도록 판시함에 따라 향후 지방세 감면 사후 추징에 대한 문언 해석과 과세관청의 추징 여부 판단에 혼란이 야기될 소지가 있다.

지방세관계법에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 외부적인 사유는 물론 내부적인 사유도 포함되나 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.* 경제지주회사로 전환되는 과정에서 부동산을 뒤늦게 취득할 경우 2년 동안 직접 사용하지 못할 수도 있다는 사실을 알았거나 알 수 있었음에도 이를 알고 취득한 사실이 과연 정상적인 노력을 다하였음에도 불가피하였는지, 사업재편 과정에서 충분히 고려될 수 있어 사업자의 귀책사유가 있는지에 대해 불명확한 부분이 있는 것으로 해석되어질 수 있으나, 이 사건은 관련 법령에 의하여 이관(매각)을 할 수밖에 없는 것으로 충분히 예견하였다는 것은 의미가 없는 것으로 해석하여야 한다는 점을 간과한 것이라 판단된다.
* 구 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항이 정하는 각 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 함[(대법원2001두229, 2002.09.04.) 판결 참조].

한편, 법 취지상 정당한 사유가 있음에도 매각ㆍ증여 또는 다른 용도로 사용하였다는 이유로 추징하는 것은 분명히 문제가 있는 규정이었다. 당연히 정당한 사유가 있다면 이를 추징하지 아니하는 것이 더 타당한 것으로 이해되어왔었고, 종전 규정에서는 “정당한 사유”가 있는 경우 추징이 되지 아니하여 왔다는 점에서 납세자들에게 혼란을 주고 있었다.

상기 추징규정에 “정당한 사유 없이”라는 문구가 없더라도 매각 등이 피치 못할 경우에는 추징이 되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 법 취지에 더 타당한 것이라 판단될 수 있어서 이에 대하여는 대법원에서 최종 결정을 기다리고 있었는데, 이 판례로 인하여 정당한 사유가 있을 경우에는 추징이 되지 아니하는 것으로 해석하여야 할 것이다,
6. 향후 대책
추징 규정에 “정당한 사유 없이”라는 문구가 없더라도 매각 등이 피치 못할 경우에는 추징이 되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 법 취지에 더 타당하다는 점에서 의미가 있는 판시 내용으로, 정당한 사유가 있는 경우 매각ㆍ증여 또는 다른 용도로 사용하는 경우 추징이 되지 아니하는 것으로 해석하는 것은 납세자 권리를 침해하는 규정을 그 법 취지를 근거로 법조문과 달리 판시한 것은 환영받을 만한 일이라 판단된다.

행정안전부는 정당한 사유가 있음에도 추징하고자 하는 의도로 법조문을 규정하였다는 것은 이해가 되지 아니하나, 매각 등도 피치 못할 사유가 있는데도 불구하고 납세자에게 세금이 추징되는 것은 억울한 것임에도 이를 간과한 것은 법조문을 규정할 때 좀 더 세밀하게 납세자에게 불이익이 없도록 하여야 함을 일깨워주고 있다.

법 취지와 납세자에게 불이익이 없도록 법조문을 제정하여야 한다는 점에서 시사하는 바가 크므로, 이 대법원판례의 취지를 받아들여 법조문을 다음과 같이 개정하여야 할 것이다.
다음 각 호의 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 아니하는 경우
2. 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
이러한 개정 내용은 「지방세특례제한법」 제178조의 일반적 추징 규정을 비롯하여 모든 추징 규정에서도 “정당한 사유 없이”라는 조문을 추가할 필요가 있다고 본다.
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