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부가가치세 매입세액 불공제

이철재, 2019.06.01
Ⅰ. 들어가며
사업자가 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 재화나 용역을 구입하거나 재화를 수입하면서 세금계산서(수입시는 수입세금계산서)를 수취한 경우에는 그 세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제한다. 다만, 부가가치세법에 매입세액 불공제 대상으로 열거된 경우에는 매입세액을 공제받지 못한다. 매입세액 공제 여부가 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소 중의 하나이므로 매입세액 불공제 대상을 해석에 맡겨두지 아니하고 제한적ㆍ열거적으로 규정하고 있다(대법원 94누1449, 1995.12.21.). 월간조세 6월호에서는 세금계산서(또는 수입세금계산서)를 발급받은 경우에도 매입세액을 공제받을 수 없는 경우를 살펴보려고 한다.
Ⅱ. 매입세액 불공제 대상
부가가치세법상 매입세액 불공제 대상은 다음과 같다(부법 39 ①).
1. 필요적 기재사항이 부실기재 된 세금계산서 또는 수입세금계산서의 매입세액 2. 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액 3. 개별소비세 과세대상 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 4. 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액 5. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 6. 면세사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함하며, 이하 “면세사업 등”)에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액 포함) 7. 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액 8. 매입처별 세금계산서합계표의 미제출 또는 부실기재와 관련된 매입세액

1. 세금계산서 또는 수입세금계산서의 필요적 기재사항이 부실기재 된 경우
사업자가 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 아니한다(부법 9 ① 2호). 세금계산서의 필요적 기재사항은, ① 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, ② 공급받는 자의 등록번호, ③ 공급가액과 부가가치세액, ④ 작성 연월일의 네 가지이다. 필요적 기재사항은 거래파악에 필요한 필수요소이므로 사실대로 적도록 유도하기 위하여 세금계산서에 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우에는 제재하는 것이다. 다만, 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제 받을 수 있다(부령 75 2호)

‘사실과 다르게 적힌 경우’란 세금계산서에 적힌 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체, 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 말한다(대법원 96누617, 1996.12.10.).
(1) 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우
1) 공급시기가 지난 후에 발급된 세금계산서 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하여야 한다. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급해도 세금계산서 발급특례규정에 따라 적법한 것으로 본다(부법 4 ③).
  • 거래처별로 1역월(曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
  • 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
  • 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

세금계산서 발급특례규정은 공급시기에 바로 세금계산서를 발급할 수 없는 납세현실을 감안하여 공급받는 자가 공급자에게 거래징수당한 매입세액을 공제받지 못하게 되는 문제를 완화시키는데 그 취지가 있다. 세금계산서 발급특례규정은 과세기간에 따라 그 적용 범위를 제한하고 있지 아니하고 있으므로 6월 1일 거래에 대하여 7월 10일에 6월 1일을 작성연월일로 하는 세금계산서를 발급한 경우에도 매입세액 공제를 받을 수 있다.
재화 또는 용역의 공급시기 이후에 세금계산서를 발급받은 경우에는 매입세액공제를 하지 아니하나, 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내에는 매입세액을 공제를 하되, 가산세를 부과한다. 공급시기가 지난 후 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액 공제 및 가산세에 관한 내용은 다음과 같다.

구 분 발급시기가 지난 후 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우
(지연발급)
확정신고기한의 다음 날부터 6개월 이내에 세금계산서를 발급받은 경우
(사후발급)
확정신고기한의 다음 날부터 6개월이 지난 후에 세금계산서를 발급받은 경우
(미발급)
공급자 가산세 가산세(공급가액의 1%) 가산세(공급가액의 2%)
공급받는 자 매입세액공제여부 공제 공제 불공제
가산세 가산세(공급가액의 0.5%) 가산세(공급가액의 0.5%) 가산세 없음
공제절차 신고시 매입세액공제
(신고 누락시 경정청구, 수정신고, 기한후 신고, 경정시 공제 가능)
경정청구, 수정신고, 경정시 공제 해당 없음

2) 공급시기가 되기 전에 발급받은 세금계산서 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 그 세금계산서를 발급받은 경우에는 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액을 공제 받을 수 없다. 다만, 다음의 경우에는 공급시기 전에 세금계산서를 발급받아도 적법한 것으로 보므로 매입세액을 공제 받을 수 있다.

  • 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급받은 경우. 이 경우대가에는 현금 외에 수표ㆍ어음ㆍ신용카드ㆍ전자화폐ㆍ전자채권ㆍ현물 인도도 포함한다(부집 34-0-1 ④). 종전에는 대가를 받고 ‘이와 동시에’ 세금계산서 또는 영수증을 발급한 경우에는 그 발급하는 때를 공급시기로 본다고 규정하였으나, 대가를 지급받고 ‘이와 동시에’ 세금계산서를 발급하지 않았더라도 공급시기 전에 세금계산서를 발급하면 적법한 것으로 본다고 유권해석(서면3팀-1980, 2004.9.24.)하고 있는 점을 고려하여 2017년 말 「부가가치세법」 개정시 “이와 동시에”라는 문구를 삭제하였다.
  • 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급받고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급하는 경우
  • 위 ②에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급받고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 공급시기로 본다. ㉮ 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말함)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우 ㉯ 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하고 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우
  • 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우로서 경우의 공급시기가 되기 전에 세금계산서을 발급하는 경우
    ㉮ 장기할부판매로 재화를 공급하거나 장기할부조건부로 용역을 공급하는 경우의 공급시기
    ㉯ 전력이나 그밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우
    ㉰ 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기

선발급세금계산서의 요건을 갖추지 못하고 공급시기 전에 발급받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 매입세액을 공제 받을 수 없다. 다만, 2019년 2월 12일 이후 재화나 용역 공급받는 분부터 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 거래사실이 확인되어 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우에는 매입세액을 공제하도록 부가가치세법 시행령을 개정하였다(부령 75 8호). 이 경우 공급자에는 공급가액의 1%의 가산세가 부과되고, 공급받는 자는 공급가액의 0.5%의 가산세가 부과된다(부령 108 ⑤).
(2) 공급자나 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 경우
1) 발급받은 세금계산서에 기재된 공급자가 실제 공급자와 다른 경우 세금계산서에 기재된 공급자와 실제 공급자가 다른 경우에는 공급받는 자가 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한, 매입세액을 공제받을 수 없다. 공급받는 자의 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액 공제를 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 2002두2277, 2002.6.28.). 일반적으로 사업자가 그 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 발급받은 경우 거래상대방이 관계기관의 조사에 의하여 명의위장사업자로 밝혀졌다고 하더라도 당해 사업자가 그와 같은 사실을 모르고 거래하였고, 또 모르는데 과실이 없었다면 그 거래상대방으로부터 발급받은 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다(대법원 84누136, 1984.7.10.).

2) 사업자등록정정신고를 하지 않은 상태에서 세금계산서를 발급받은 경우 공급자나 공급받는 자에게 사업자등록 사항의 변경사유가 발생하였으나 사업자등록사항을 변경하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에도 해당 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 매입세액은 공제를 받을 수 있다(부가가치세과-1601, 2010.12.3., 부가가치세과 1265.2-3030, 1982.12.1.).

3) 위탁매매를 일반매매로 보거나, 일반매매를 위탁매매로 보아 세금계산서를 발급받은 경우 위탁매매란 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 물품을 구입 또는 판매하고 보수를 받는 것을 말하고, 대리인에 의한 매매라 함은 사용인이 아닌 자가 일정한 상인을 위하여 상시 그 사업부류에 속하는 매매의 대리 또는 중개를 하고 보수를 받는 것을 말하며, 이것들은 모두 재화의 공급이 아니고 위탁자 또는 본인에 대한 용역의 공급에 해당할 뿐이므로, 이러한 경우 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받는 것으로 보게 된다(대법원 97누20359, 1999.4.27. 선고 등 참조). 거래가 위탁매매인지 일반매매인지에 대한 구별기준은 ‘타인의 위험과 계산’에 의한 것인지는 상품(재화)에 대한 가격결정권의 주체, 상품의 가격등락에 따른 손익, 멸실, 훼손 등에 대한 위험부담의 귀속주체, 거래에서 발생한 금전수수가 매매차익인지 수수료인지 여부, 관련 계약의 문언 및 거래관행 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(인천지방법원-2015-구합-52740, 2016.6.9.).

실무상 위탁매매와 일반매매 간의 구별이 어려운 경우도 있어서 위탁매매를 일반매매로 보아 세금계산서를 발급받거나 일반매매를 위탁매매로 보아 세금계산서를 발급받는 사례가 있다. 이 경우 매입세액을 불공제하면 납세자의 사업에 막대한 타격이 있는 점을 고려하여 다음에 해당하면 매입세액을 공제하는 규정을 신설하여 2019.2.12. 이후 공급분부터 적용하도록 하였다(부령 74 9호ㆍ10호).
  • 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
  • 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우
(3) 세금계산서의 공급가액이 과다기재된 경우
세금계산서의 공급가액이 사실과 다르게 과다기재된 경우에는 실지거래분에 대한 매입세액은 공제하나, 과다기재분에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다. 예를 들어, 실제 공급가액이 6,000,000원인데 세금계산서의 공급가액을 10,000,000원으로 기재된 세금계산서를 발급받은 경우에는 실제 공급가액인 6,000,000원에 대한 매입세액은 공제하나, 과대계상분 4,000,000원에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다. 이 경우 세금계산서에 과다기재된 공급가액 4,000,000원의 2%인 80,000원의 가산세를 공급자와 공급받는 자에게 각각 과세한다(부법 60 ③ 5ㆍ6호).
2. 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액
(1) 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 범위
토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다(부령 80 본문). 토지의 공급은 면세거래로서 매출세액을 발생시키지 못하므로 그에 대응하여 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액을 공제하지 않는 것이다. 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이란 토지의 가치를 증가시키는 것을 말하며, 그 범위는 다음과 같다(부령 80).
  • 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지조성 등을 위한 매입세액
  • 건축물이 있는 토지를 취득하여 건축물을 철거하고 토지만을 사용하거나, 취득한 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(재소비-208, 2004.2.24.)
  • 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득가액을 구성하는 비용에 관련된 매입세액사업자의 지출이 토지의 취득가액을 구성하면 그 매입세액은 공제받을 수 없으나, 건물이나 구축물의 취득가액을 구성하면 매입세액을 공제받을 수 있다.
(2) 토지 관련 매입세액이지만 매출세액에서 공제되는 사례
1) 토지의 수익적 지출 관련 매입세액 토지의 수익적 지출과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있다. 예를 들어, 토양환경보전법 규정에 의한 특정토양오염유발시설 설치사업자가 동 시설의 토지를 동 법에서 규정한 토양오염의 우려기준 이내로 하기 위한 토양오염검사 및 오염된 토지의 원상회복을 위한 복원공사를 하는 경우 동 검사 및 복원공사와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제된다(서면인터넷방문상담3팀-1744, 2004.8.25.).

2) 타인 소유 토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액 사업자가 토지소유자로부터 토지를 임차하여 자기의 비용으로 골프장 등으로 조성ㆍ개발하여 일정기간 동안 별도의 차임 없이 사용ㆍ수익하고 사용ㆍ수익기간 종료 후 그 골프장을 토지소유자에게 이전하는 경우가 있다. 임차인은 임대인에게 해당 토지의 조성ㆍ개발용역을 공급하고 토지소유자는 임차인에게 토지임대용역을 제공하는 교환거래에 해당하므로 각각 부가가치세 과세거래에 해당한다(기획재정부 부가가치세제과-786, 2011.12.13.). 임차인이 부담한 토지 조성 등 자본적 지출과 관련된 매입세액은 자신의 토지에 대한 것이 아니므로 매출세액에서 공제할 수 있다(재부가-72, 2010.2.4.). 그러나 임대인이 임차인으로부터 제공받은 토지조성용역에 대한 매입세액은 임대인 자신의 토지의 가치를 증가시킨 지출과 관련된 매입세액이므로 공제받을 수 없다.

3) 토지 양도와 관련된 매입세액 부동산 임대업을 영위하던 사업자가 과세사업에 사용하던 건물과 그 부속 토지를 양도하기 위하여 부동산컨설팅 및 중개수수료를 지급하면서 부담한 매입세액은 매출세액에서 공제된다(서면인터넷방문상담3팀-309, 2008.2.12.; 부가가세과-284, 2011.3.22.; 부가가치세과-1174, 2013.12.26).
(3) 구건물의 철거비용
토지의 취득가액을 구성하는 지출과 관련된 매입세액은 공제받을 수 없다. 토지의 취득가액이란 토지를 의도하는 상태로 만드는데 소요된 모든 지출인 토지구입비용, 중개수수료, 토지 취득 관련 자문비용 등이 모두 토지의 취득가액을 구성한다. 건물 신축용 토지인 경우 건축공사를 위한 굴착 이전단계에 발생한 지출은 모두 토지의 취득가액으로 처리한다.
토지와 건물을 구입하여 건물을 철거하는 경우 건물의 취득가액과 철거비용을 토지의 취득가액에 포함하므로 매입세액을 불공제하나, 사용하던 건물을 철거한 경우에는 구건물의 장부가액과 철거비용은 당기비용으로 처리하므로 매입세액을 공제한다.

| 구건물 철거시 장부가액과 철거비용의 처리 |
구 분 구건물의 장부가액과 철거비용 매입세액
토지만 사용하거나 건물신축용으로 구입한 경우 토지의 취득가액 불공제
기존에 사용하던 건물인 경우 당기비용 공 제

사업자가 부동산개발업과 부동산임대업을 사업목적으로 사업자등록을 한 후 부동산개발을 위해 철거 예정 건축물을 취득하고 바로 철거한 경우에는 매입세액을 공제받을 수 없으나, 부동산개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산임대에 사용하면서 실제 임대차계약 내용대로 임대업에 사용하는 경우, 상당기간 임대업에 사용하였으므로 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있다(부가가치세과-313, 2013.4.9.).
(4) 도로개설비
도로는 일정기간마다 포장공사를 다시 해야 하므로 내용연수가 영구적인 것이 아니다. 따라서 사업장 내부의 도로공사비는 구축물로 회계처리해야 한다. 그러나 공장이나 골프장 진입도로를 개설하여 국가나 지방자치단체에 기부하는 경우 그 도로로 인하여 보유 토지의 가치가 증가하므로 도로개설과 관련된 지출을 토지에 대한 자본적 지출로 회계처리해야 한다.

| 도로개설비 |
구 분 내 용 매입세액
사업장 내부에 도로를 개설한 경우 구축물의 취득가액 공 제
진입도로를 개설하여 국가 등에 기부하는 경우 토지의 취득가액 불공제
(5) 그 밖에 토지 관련 매입세액 사례
| 토지 관련 매입세액 사례(부집 39-80-1) |
토지 관련 매입세액 사례
(매입세액 불공제)
토지 관련 매입세액이 아닌 것
(매입세액 공제)
① 토지의 취득을 위한 직접적인 비용으로 발생한 매출주선 수수료 등 토지의 취득에 소요된 것이 명백한 대출금 관련 매입세액 ② 사업자가 금융자문용역을 공급받고 발급받은 세금계산서상의 매입세액 중 토지의 취득과 관련된 매입세액 ③ 공장건물 신축을 위하여 임야에 대지조성공사를 하는 경우 해당 공사비용 관련 매입세액 ④ 토지의 조성과 건물ㆍ구축물 등의 건설공사에 공통으로 관련되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 총공사비(공통비용 제외)에 대한 토지의 조성 관련 공사비용의 비율에 따라 계산한 매입세액 ⑤ 토지의 취득을 위하여 지급한 중개수수료, 감정평가비, 컨설팅비, 명의이전비용에 관련된 매입세액 ① 공장 또는 건물을 신축하면서 건축물 주변에 조경공사를 하여 정원을 만든 경우 해당 공사 관련 매입세액 ② 과세사업에 사용하기 위한 지하건물을 신축하기 위하여 지하실 터파기에 사용된 중기사용료, 버팀목 및 버팀 철근 등에 관련된 매입세액 ③ 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액 ④ 공장 구내의 토지 위에 콘크리트 포장공사를 하는 경우 해당 공사 관련 매입세액 ⑤ 과세사업에 사용하여 오던 자기 소유의 노후 건물을 철거하고 신축하는 경우 해당 철거비용과 관련된 매입세액
3. 개별소비세 과세대상 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
(1) 개별소비세법 과세대상 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 공제하지 아니한다(부법 39 ① 5호). 개별소비세 과세대상 자동차는 사업을 위하여 사용되는 경우도 있으나 사업과 직접 관련 없이 사적인 목적으로 사용되는 경우도 있는데, 과세기술상 이를 구별하여 매입세액 공제 여부를 판단하기가 매우 어렵다. 이에 따라 승용차와 관련된 매입세액을 일률적으로 공제하지 않는 것이다. 다만, 운수업의 운수용 자동차, 자동차판매업의 재고자산인 자동차, 자동차 임대업의 임대용 자동차, 기계경비업의 출동차량 또는 그밖에 이와 유사한 업종에 직접 영업으로 사용되는 승용차의 매입세액은 매출세액에서 공제한다(대법원 2006두10559, 2006.8.25.).
「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차는 다음과 같다(개소령 [별표 1]).
  • 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 승용자동차로 구분되는 자동차(정원 8명 이하의 자동차로 한정하되, 배기량이 1,000cc 이하의 것으로서 길이가 3.6m 이하이고 폭이 1.6m 이하인 것은 제외)
  • 「환경친화적 자동차의 개발 및 보급촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 전기자동차로서 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 승용자동차로 구분되는 자동차(정원 8명 이하의 자동차로 한정하되, 길이가 3.6m 이하이고 폭이 1.6m 이하인 것은 제외)
  • 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 이륜자동차로 구분되는 자동차(내연기관을 원동기로 하는 것은 그 총배기량이 125cc를 초과하는 것으로 한정하며, 내연기관 외의 것을 원동기로 하는 것은 그 정격출력이 1㎾를 초과하는 것으로 한정). 다만, 국방용 또는 경찰용으로서 해당 기관의 장이 증명하는 것은 제외한다.
  • 「자동차관리법」 제3조에 따른 구분기준에 따라 캠핑용자동차로 구분되는 자동차(캠핑용 트레일러를 포함)
(2) 개별소비세법 과세대상 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 관련 사례
개별소비세 과세대상 자동차 관련 매입세액 사례
(매입세액 불공제)
개별소비세 과세대상 자동차 관련 매입세액이 아닌 것
(매입세액 공제)
① 차량용 네비게이션 등을 제조하는 사업자가 제품의 성능을 시험하기 위한 승용자동차(부가가치세과-1277, 2010.9.29.) ② 개별소비세 과세대상 자동차 전용주차장을 임차하여 사용한 경우 주차장임차료 또는 주차장관리비에 대한 매입세액(부가 22601-290, 1989.2.28.) ③ 사업자가 개별소비세 과세대상 자동차(법인 소유 차량 또는 종업원 소유 차량)의 유지를 위하여 대리운전업체로부터 대리운전용역을 제공받은 경우의 매입세액(부가가치세과-870, 2009.6.25.) ④ 소형승용차를 호텔구내에서 고객전용으로 사용하는 경우 동 소형승용차의 임차와 관련한 매입세액(재소비-177, 2004.2.17.) ⑤ 자동차정비업을 하는 사업자가 정비고객의 차량수리기간 동안 대차용으로 사용할 배기량 2,000cc 정도의 자동차를 구입하는 경우 차량 구입과 관련된 매입세액(법규부가 2014-480, 2014.10.22.) ⑥ 여행업을 영위하는 자가 관광객과의 계약에 따라 교통ㆍ음식ㆍ숙박 등 여행용역을 일괄 제공하면서 자동차대여사업자로부터 개별소비세가 과세되는 승용자동차를 임차하여 관광객에게 제공하는 경우 해당 승용자동차 임차에 관한 매입세액(부가가치세과-627, 2012.5.31.). ① 자동차 제동장치 제조업을 영위하는 사업자가 자기제품의 성능을 시험하기 위한 시험연구용 자동차(부가 46015-666, 1995.4.3.) ② 승용자동차를 판매하는 사업자가 당해 차량의 판매촉진을 위하여 시승 및 전시용으로 구입한 승용 자동차와 관련된 매입세액(서삼 46015-11912, 2002.11.7.) ③ 음식점을 영위하는 사업자가 음식점 이용 고객의 주차를 대행하는 과정에서 차량을 망실하여 해당 사업자의 책임과 계산하에 수리하여 주고 세금계산서를 받은 경우의 매입세액(부가 46015-3861, 2000.11.28.) ④ 해운대리점업을 하는 사업자가 자동차 대여업자로부터 개별소비세 과세대상 자동차를 임차하여 타인에게 대여하고(자기가 업무용으로 사용하는 경우 제외) 그 대가를 받는 경우 동 임차료에 대한 매입세액(서면3팀-120, 2008.1.15.) ⑤ 사업자가 승용자동차를 임차하여 호텔 및 웨딩업체와 체결한 업무제휴계약에 따라 거래처의 고객에게 운전자가 포함된 승용자동차로 운송용역을 제공하는 경우로서 해당 사업이 한국표준산업분류상 운수업으로 분류되는 경우에는 해당 승용자동차의 임차 및 유지에 관한 매입세액(사전-2018-법령해석부가-0397, 2018.6.29.)
4. 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액
(1) 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액의 범위
「소득세법」 제35조 및 「법인세법」 제25조에 따른 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다(부법 39 ① 6호, 부령 79). 접대비란 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고, 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는데 있는 지출을 말하며, 광고선전비는 지출의 상대방이 불특정다수인이고, 지출의 목적이 구매의욕을 자극하는 데에 있는 지출을 말한다(대법원 2000두2990, 2002.4.12.).
(2) 골프회원권 관련 매입세액
1) 복리후생용으로 취득한 골프회원권의 매입세액 회원권의 사용실태 등을 고려하여 사업상 종업원의 복리후생을 목적으로 취득한 경우에는 매입세액을 공제한다(서면3팀-721, 2005.5.26.).

2) 접대용으로 구입한 골프회원권 관련 매입세액 접대용 자산의 취득비용은 접대비와 마찬가지로 사업과 직접 관련이 있는 지출에 해당한다고 보기 어려운 점, 부가가치세법에서 접대비와 관련된 매입세액을 불공제하는 것은, 접대비 등의 지출에 소요된 매입세액을 사업자가 부담하도록 함으로써 소비성 경비의 하나인 접대비 등의 지출을 억제하도록 하고자 함에 있고, 그 문언도 ‘접대비 및 이와 유사한 비용’으로 규정하고 있어 이를 회계학상 비용으로만 국한하여 볼 것은 아닌 점 등에 비추어 보면 이 사건 매입세액이 매입세액 불공제대상에 해당한다고 본 원심의 판단은 정당하고, 거기에 매입세액 불공제대상에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다(대법원 2013두14887, 2013.11.28.).

3) 접대, 사내행사, 임직원 복리후생 등의 용도로 광범위하게 사용한 골프회원권의 매입세액 원고가 오로지 접대에 사용할 목적으로 취득한 골프회원권이라면 업무와 관련하여 지출한 금액을 접대비로 볼 수 있을 것이나, 이 사건 골프회원권이 접대뿐 아니라 사내 행사, 임직원 복리후생 등의 용도로 광범위하게 이용되었음은 앞서 본 바와 같고 원고가 오로지 또는 주로 접대에 이용할 목적으로 이 사건 골프회원권을 취득하였다고 볼 만한 자료가 없으므로, 이 사건 골프회원권 매입이 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이 사건 매입 세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다(인천지법 2013구합1045, 2013.10.10.).

4) 임원 사용 목적으로 취득한 골프회원권의 매입세액 골프회원권을 직원들은 이용한 실적이 없고, 대표이사, 감사 및 상무이사가 이용한 것으로 볼 때 골프회원권을 종업원들이 사용하도록 하기 위하여 취득하였다는 주장은 받아들이기 어렵다. 그렇다면 법인의 골프회원권 취득 및 사용과 관련하여 해당 회원권이 사업에 직접 사용되는 사업용 자산에 해당하지 않는 경우와 해당 회원권을 사용하여 거래처 등에 접대를 하는 경우의 지출과 관련한 부가가치세는 매입세액 공제대상이 아닌 바, 청구법인이 당초 쟁점 골프회원권을 임직원의 복리후생 목적으로 취득하였다 하더라도 동 골프회원권의 이용실태를 조회한 결과 접대목적으로 사용하고 있는 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없다(조심 2008서3811, 2009.4.20.).
5. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
(1) 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액의 범위
사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다(부법 39 ① 4호). 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 다음과 같다(부령 77).
  • 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제49조 제3항 및 제50조에 따른 업무무관비용(법령 49 ③, 50, 소령 78)
  • 「법인세법 시행령」 제48조에 따른 공동경비의 손금불산입액(법령 48)

사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2010두15902, 2013.5.9.).
(2) 사업장 신설 관련된 매입세액
법인이 다른 지역에 사업장을 신설하는 경우 신설사업장의 사업내용에 불구하고 신설사업장과 관련된 재화ㆍ용역에 대하여 기존사업장의 명의로 세금계산서를 발급받아도 매입세액을 공제 받을 수 있다(부집 38-0-3 ①). 법인은 하나의 인격체로서 정관상의 사업목적을 수행하므로 신설사업장도 법인의 사업목적과 관련된 것으로 보기 때문이다.
반면에, 개인사업자는 신설사업장의 사업내용이 기존사업장과 관련된 경우에는 기존사업장에서 매입세액을 공제받을 수 있으나, 사업내용과 관련이 없는 경우에는 기존사업장에서 매입세액 공제를 받을 수 없다. 개인사업자인 경우에는 사업장별로 각각 별개의 사업으로 보므로 신설사업장의 사업내용이 기존사업장과 다르면 기존사업장의 입장에서는 신설사업장 관련 매입세액은 사업과 무관한 매입세액이기 때문이다. 예를 들어, 부동산임대업자가 사업규모의 확장목적으로 다른 장소의 부동산을 매입하여 임대에 사용할 경우 기존사업장에서 매입세액 공제를 받을 수 있으나, 약국을 운영하는 사업자가 상가를 분양받아 부동산임대업을 하기 위하여 기존 약국의 명의로 세금계산서를 발급받은 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없다(국심 2007전122, 2007.4.27.; 부가 1265-2183, 1982.8.18.).
(3) 주식 관련 매입세액
국세청은 과세사업자가 주식을 매매하거나 주식을 발행하여 자금을 조달하는 것과 관련된 매입세액은 주식이 부가가치세 과세대상이 아니므로 사업과 관련이 없다고 해석하고 있다(부가-3066, 2008.9.16.; 법규과-915, 2009.7.6.; 서삼-2640, 2007.9.19.). 이러한 해석은 주식은 부가가치세 과세대상 재화가 아니어서 주식을 발행하거나 매각해도 매출세액이 발생하지 않으므로 그 주식의 발행이나 매매와 관련된 매입세액을 사업과 관련이 없는 매입세액으로 본 것이다.

그러나 법원에서는 과세사업자의 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될” 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 부가가치세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제대상으로 하되 「부가가치세법」에 불공제대상으로 열거된 경우에만 공제하지 아니한다고 보고 있다. 조세심판원에서도 주식과 관련된 매입세액이라도 사업과 관련된 경우에는 매입세액을 공제한다고 결정하고 있는데, 관련 내용은 다음과 같다.

| 주식 관련 매입세액 공제 사례 |
구 분 내 용
주식 취득 관련 매입세액 ① 자신이 영위하는 의류 및 잡화 판매업 등을 위하여 다른 법인의 경영권 인수를 추진하면서 자문과 조언 및 법률자문 등의 용역을 공급받은 것이므로 이 사건 법률수수료의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있음(서울고등법원 2011누32166, 2012.10.26., 대법원은 ‘대법원 2012두28407, 2013.4.26.’에서 원심판결은 정당하다고 판결함). ② 주식의 소유를 통하여 다른 법인의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 지주회사일 경우 그 사업목적 수행을 위해 다른 법인의 주식을 취득하면서 지출한 매입세액은 과세대상 사업과 관련된 매입세액으로서 공제됨(서울고등법원 2016누54574, 2017.6.21., 대법원은 ‘대법원2017두52320, 2017.10.26.’으로 원심이 정당하다고 판결함) ③ 쟁점 주식을 취득한 목적은 합병을 하기 위한 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점부가가치세는 매입세액공제대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심 2013구4276, 2014.7.16.).
주식 보유 관련 매입세액 쟁점소송수임료는 청구법인이 소유한 주식에 대한 경영권 분쟁 소송에 따른 것으로 청구법인이 소송당사자로 지출한 비용인 점, ○○○ 주식이 청구법인 자산의 상당부분(약 13%)을 차지하고 있고, 청구법인이 법적대응을 하지 않을 경우 회복할 수 없는 손해가 발생할 가능성이 있었던 점, 쟁점소송수임료가 업무와 관련 없는 지출을 열거하고 있는 「법인세법 시행령」 제49조 제3항 및 제50조에 해당하지 않는 점, 청구법인의 주된 목적사업이 종합사업컨설팅 및 사업지원 서비스업 등으로서 투자와 관련이 있고 과세사업에 해당하는 점 등을 감안할 때, 쟁점소송수임료를 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출 보아 당해 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 잘못된 것으로 판단됨(조심 2013서0148, 2013.5.10.)
주식매각 관련 매입세액 쟁점자문료의 경우 원래 주업종인 패션사업의 해외진출을 위하여 ○○○를 인수하는 과정에서 현지에서 발생하는 법률문제 등을 해결하기 위하여 지급한 것이므로, 특별한 사정이 없는 이들은 청구법인의 과세사업과 관련된 것으로 봄이 상당하고, 단순히 주식 자체에 대한 거래(투자)에 관한 중개수수료로 보기는 어려우므로, 처분청이, 청구법인이 쟁점수수료와 쟁점자문료를 지급하고 제공받은 주식매각 자문용역과 법률자문용역을 부가가치세 대리납부의무가 있는 용역의 공급으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심 2012서3417, 2014.1.22.).
(4) 금융 관련 매입세액
구 분 내 용
금융자문용역에 대한 매입세액 금융자문용역에 있어 사업관련성 여부는 금융자문용역의 결과로 조달되는 자금의 성격에 의하여 정해지고, 조달자금의 성격은 자금의 용도에 따라 정해진다고 할 것이며(조심 2009서423, 2010.7.8.), 조달자금이 부가가치세가 면세되는 사업에 사용되었다거나 개인적으로 유용한 사실이 확인되지 않는 한, 동 자금 조달과 관련하여 제공된 금융자문용역을 부가가치세가 면세되는 용역으로 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2010중393, 2011.1.20.; 조심 2011중2000, 2012.10.29.; 조심2016중3427, 2017.2.14.)
발주한 쟁점사업에 참여하기 위한 자금조달 관련 금융자문용역의 매입세액 청구법인은 ○○○이 발주한 쟁점사업에 참여하기 위한 선결조건인 공사자금 조달계획을 수립하고 막대한 자금을 조달하기 위하여 쟁점거래처와 금융주선 자문계약을 체결한 점, 청구법인은 동 자문계약에 따라 쟁점거래처에게 쟁점자문수수료를 지급한 점, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2010두15902, 2013.5.9. 선고, 같은 뜻임)이지 청구법인이 쟁점사업의 입찰에서 탈락하였다고 하여 쟁점자문수수료를 달리 볼 것은 아닌 점, 청구법인은 변전소 설비제작 및 설치 외의 다른 업종은 영위하지 않아 모두 과세사업을 영위하고 있고 면세 관련 사업은 영위하고 있지 아니한 점 등에 비추어 쟁점자문수수료를 청구법인의 사업과 직접 관련성이 없다고 보아 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨(조심 2017중112, 2017.3.13.).
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액
(1) 면세사업 등 관련 매입세액
부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 포함)에 관련된 매입세액은 공제되지 아니한다. 면세사업에 대해서는 부가가치세 납부의무가 없으므로 재화나 용역을 공급받거나 재화를 수입할 때 부담한 매입세액은 공제받지 못하므로 면세사업자는 매입세액은 해당 지출의 부대비용으로 회계처리하여야 한다. 따라서 비용에 대한 매입세액은 비용으로, 자산 취득에 대한 매입세액은 자산으로 회계처리한다.
(2) 면세거래와 관련된 매입세액
면세사업과 관련된 매입세액은 불공제하나, 과세사업자의 면세거래와 관련된 매입세액은 공제한다. 예를 들어, 제분공장과 관련된 매입세액은 제분업이 면세사업이므로 불공제한다. 그러나 제과공장에서 국가에 무상으로 공급한 과자가 면세거래인 경우 그 과자 제조 관련 매입세액은 공제된다. 이는 국가에 무상 공급한 과자만 면세될 뿐 제과업은 과세사업이기 때문이다(부가 46015-583, 1994.3.28.). 다만, 사업자가 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 취득한 재화가 사업과 관련이 없으므로 매입세액을 공제받을 수 없다(부통 38-0-6).
(3) 부동산 무상 임대 관련 매입세액
‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’은 비과세사업에 대한 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없다. 부가가치세법은 대가를 받지 아니하고 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 따라서 부동산을 무상임대하는 사업을 하는 경우에 부가가치세가 과세되지 않는다면 그 사업은 비과세사업에 해당하므로 매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 없다(조심 2014중0325, 2014.4.11.).
8. 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액
사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 공제하지 아니한다. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다(부법 39 ① 8호). 종전에는 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 공제하였으나, 납세자 편의를 제고하기 위하여 2013년 2월 15일 이후 신고하는 분부터 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 그 과세기간 내 매입세액은 공제할 수 있도록 하였다. 이 경우 과세기간 개시일은 1월 1일 또는 7월 1일을 말한다.

사업자등록 전의 거래분은 개인사업자(법인은 대표자)의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서나 신용카드매출전표 등을 수취해야만 매입세액 공제를 받을 수 있다.
9. 매입처별 세금계산서합계표의 미제출 또는 부실기재와 관련된 매입세액
매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액은 공제하지 아니한다. 다만, 다음의 매입세액은 제외한다(부법 39 ① 1호, 부령 74).

  • 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함한다)를 「국세기본법 시행령」 제25조 제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
  • 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 「부가가치세법 시행령」 제102조에 따른 경정기관이 경정하는 경우
  • 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우
  • 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
  • 「부가가치세법」 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 발급받은 세금계산서 또는 발급받은 신용카드매출전표 등을 같은법 시행령 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우(이 경우 공급가액의 0.5%의 가산세가 부과됨)
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