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2019년초부터 적용해야 하는 부가가치세 관련 개정세법

이철재, 2019.03.01
월간조세 3월 이슈파헤치기에서는 2019년초부터 적용해야 하는 부가가치세 관련 개정세법에 대하여 자세하게 살펴보려고 합니다. 본 원고가 부가가치세 업무 담당자와 세무대리인의 실수를 방지하고 적법한 세무처리에 도움이 되길 기대합니다.
1. 공익사업 관련 지역권ㆍ지상권 설정에 대한 과세 제외(부령 3 ① 6호)
보유 토지의 지하에 도시철도가 통과함에 따라 받은 보상금은 부가가치세 과세대상인가? 이에 대하여 종전에 국세청과 기획재정부는 토지소유자가 공익사업인 도시철도 건설사업과 관련하여 사업시행자인 서울특별시에게 토지의 지하 사용에 대한 구분지상권을 설정해 주고 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 도시철도법에 따라 산정한 보상금을 일시불로 받는 경우 부가가치세 과세대상에 해당한다고 해석하였다(기획재정부 부가가치세제과-292, 2014.4.7., 부가가치세과-804, 2014.9.30. 외 다수).

이러한 유권해석은 지상권의 존속기간까지 토지에 대한 임대용역을 사실상 계속적ㆍ반복적으로 제공하는 것이므로 임대사업을 하는 것이라고 본 해석이다. 그러나 서울행정법원은 토지 지하에 지하철을 건설하기 위하여 도시철도의 존속 시까지 구분지상권을 설정된 것이고, 구분지상권을 설정하지 않았다면 도시철도법과 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 강제로 구분지상권을 설정해 주어야 할 지위에 있었으며, 보상금은 토지에 구분지상권이 설정됨으로써 입게 될 손실액을 감정하는 방법으로 산정된 것이므로 구분지상권을 설정해 준 것이 독립적인 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 갖추었다고 보기 어려우므로 부가가치세가 과세되는 용역의 공급이 아니라고 판결(서울행정법원 2017구합52641, 2017.7.14.)하였다.

2019년 2월 12일 부가가치세법 시행령 개정시 납세자와 국세청 간에 불필요한 분쟁을 막기 위하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업을 부가가치세 과세대상인 용역의 범위에서 제외하였다.

사례
(case 1)
갑이 토지에 공익사업과 관련 없이 지상권(지상권 존속기간 : 10년)을 설정해 주고 지상권자로부터 반환의무가 없는 대가 5천만원을 받는 경우 부가가치세 과세여부는?
(case 2)
갑의 토지 지하에 지하철이 통과함에 따라 구분지상권(지상권 존속기간 : 도시철도 존속시까지)을 설정해 준 경우 부가가치세 과세여부는?

| 해답 |
(case 1) 공익사업과 관련이 없으므로 부가가치세 과세대상임
(case 2) 공익사업과 관련하여 지상권을 설정하였으므로 부가가치세 과세대상이 아님
2. 간주공급
(1) 사용인에게 1인당 연 10만원 이하의 선물을 개인적 공급에서 제외(부령19의2 3호)
종전에 국세청은 사업자가 과세사업과 관련하여 복지후생적인 목적으로 종업원에게 증정할 명절선물을 구입하는 경우 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있으며, 매입세액이 공제된 재화를 종업원의 개인적에게 무상으로 공급하는 경우에는 개인적 공급으로 보아 과세한다고 해석하였다(부가가치세과-1399, 2009.9.29., 부가 22601-1622, 1989.11.10.).

그러나 인천지방법원은 ‘복리후생비는 임직원의 근로환경 개선 및 사기진작과 근로의욕의 향상 등을 위하여 지출되는 노무비적 성격을 지닌 비용으로서 그것이 과도하지 않고 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내의 것이면 업무와 관련이 있는 지출로서 그 매입세액은 매출세액에서 공제된다’고 한다고 판결하였다(인천지방법원 2014구합32312, 2015.4.30.). 이 판결이 있은 후 과세관청은 해당 사건의 선물구입비에 대한 매입세액을 공제하되, 선물구입비를 개인적 공급으로 보아 매출세액에 가산하여 재경정하였다. 그러나 서울고등법원은 ‘복리후생비에 해당하는 임직원 선물구입비는 과도하지 않다면 개인적 공급으로 과세할 수 없다’고 판결하였다(서울고등법원 2015누43089, 2016.2.4.).

부가가치세법과 동 시행령 개정시 경조사(설날ㆍ추석, 창립기념일 및 생일 등을 포함한다)와 관련된 재화로서 사용인 1명당 연간 10만원 이하의 재화를 제공하는 경우에는 개인적 공급으로 보지 않도록 하는 규정을 신설하여 2019년 1월 1일 이후 재화를 공급하는 분부터 적용하도록 하였다. 1인당 연간 15만원의 재화를 증정한 경우 15만원 전부를 과세할 것인지, 아니면 10만원까지는 과세하지 않고 5만원만 과세할 것인지는 명확하지 않다. 1명당 연간 10만원 이하인 재화를 제공하는 경우 개인적 공급에서 제외하는 것이므로 연간 15만원인 재화를 제공한 경우에는 개인적 공급에서 제외되는 것이 아니므로 15만원 전부를 과세하는 것이 타당할 것으로 보인다.
(2) 영세율 매입한 재화를 간주공급용으로 사용하는 경우 부가가치세 과세
사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 매입세액공제를 받은 재화(“자기생산ㆍ취득재화”라고 한다)를 면세전용, 비영업용소형승용차와 그 유지, 개인적 공급, 사업상 증여, 폐업시 잔존재화의 용도로 직접 사용하거나 소비하는 경우에는 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하고 있다(부법 10 ①).
사업자가 내국신용장이나 구매확인서에 의하여 수출용 원자재 또는 수출용 완제품을 영세율로 공급받은 후 그 재화를 간주공급의 용도로 사용ㆍ소비한 경우에는 간주공급으로 보는가?종전에는 이에 대하여 명문규정이 없어서 간주공급으로 과세할 수 없었다. 그러나 영세율로 공급받은 재화는 부가가치세를 부담한 것이 없으므로 매입세액을 부담한 후 매입세액공제로 돌려받는 것과 동일한 효과가 있다. 이러한 점을 고려하여 내국신용장이나 구매확인서로 공급받은 재화를 2019년 1월 1일부터 간주공급용으로 사용ㆍ소비하는 경우에는 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하도록 하였다.
3. 일괄 공급된 토지ㆍ건물 등 가액의 안분기준 보완(부법 29 ⑨)
종전에 토지ㆍ건물을 일괄공급하면서 계약서 등에 토지와 건물의 가액을 구분하여 기재한 경우에도 국세청은 그 구분기재 된 가액이 사회통념에 비추어 합리성이 없으면 그 구분된 가액이 불분명하다고 보아 법령이 정하는 방법으로 안분계산 하여 건물의 공급가액을 계산하였다. 그러나 법원에서는 계약서 등에 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 기재내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없다고 판결하였다(서울고등법원 2013누13510, 2013.11.14.; 대법원 2013두25450, 2014.3.14.).

법원의 판결에 따라 납세자가 계약서에 자산별 공급가액을 부가가치세를 회피하는 방향으로 구분기재해도 이를 재제하기 어렵게 됨에 따라, 2019년 1월 1일 이후 공급하는 분부터는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 법령이 정하는 바에 따라 안분계산 한 금액과 100분의30 이상 차이가 있는 경우에는 법령이 정하는 방법에 따라 안분계산 한 금액을 공급가액으로 보도록 하였다.

토지와 건물을 일괄양도 한 경우에 토지와 건물을 구분기장 한 가액과 감정평가가액 등 법령에 따라 안분계산 한 가액이 토지나 건물 중 하나는 30% 이상 차이가 발생하지 않으나, 다른 하나는 30% 이상 차이가 발생하는 경우가 있다. 30% 이상 차이가 발생한다는 것은 토지와 건물 모두 30% 이상 차이가 발생해야 하는 것인지, 아니면 그 중 하나만 30% 이상 차이가 나면 되는 것인지가 문제가 된다. 이에 대한 부가가치세와 관련된 예규는 아직 없다. 그러나 부가가치세법과 동일한 내용이 2015년 말에 양도소득세와 관련하여 소득세법에 신설되었다(소법 100 ③). 양도소득세와 관련하여 국세청에서는 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우에 토지 또는 건물 중 어느 하나의 가액이 법령에 따라 안분계산 한 금액과 30% 이상 차이가 발생하는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 해석하였다(사전-2018-법령해석재산-0011, 2018.2.13.). 따라서 부가가치세도 양도소득세와 같이 어느 한 자산만 30% 이상 차이가 나도 법령에 따라 안분계산 해야 할 것으로 보인다.

사례  토지와 건물의 일괄양도
사업자 갑이 과세사업에 사용하던 토지와 건물을 일괄양도하고 매수인과 합의하여 계약서에 토지 80, 건물 20으로 가액을 구분하여 기재하였다. 토지와 건물을 법령에 따라 안분계산하면 토지는 70이고 건물은 30인 경우 건물의 공급가액은 얼마인가?

| 해답 |
(1) 차이 분석
구 분 구분된 금액 법령에 따라 안분계산 한 금액 차 이
토 지 80 70 (80 - 70) / 70 = 14%
건 물 20 30 (30 - 20) / 30 = 33%
(2) 건물의 공급가액 : 30
건물의 공급가액이 30% 이상 차이가 발생하였으므로 법령에 따라 안분계산 한 금액 30을 건물의 공급가액으로 함
4. 수입신고 수리 전의 물품으로서 보세구역에 보관하는 물품의 외국으로의 반출을 영세율 대상에 추가하고 관련 공급시기 규정 신설 (부령 31 ① 5호, 부령 28 ⑥ 1호)
「관세법」에 따른 수입신고 수리 전의 물품으로서 보세구역에 보관하는 물품의 외국으로의 반출하는 것도 영세율 대상이 되어야 하나, 종전에는 이에 대한 규정이 없었다. 2019년 2월 12일 부가가치세법 시행령 개정시 「관세법」에 따른 수입신고 수리 전의 물품으로서 보세구역에 보관하는 물품의 외국으로의 반출하는 것을 영세율대상에 추가하고 선(기)적일을 공급시기로 규정하였다.
5. 부가가치세 면세 확대
(1) 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 여객운송 용역에 대한 세부 과세근거 마련 (부법 26 ① 7호, 부령 37 2호)
여객운송용역에 대해서는 부가가치세를 면제하되, 법령에 열거된 것만 과세한다. 종전에는 부가가치세법령에 관광 또는 유흥목적의 삭도, 유람선 등이 부가가치세 과세대상에 열거되어 있지 않아서 관광 또는 유흥목적의 운송용역에 대한 부가가치세 과세여부에 대하여 국세청과 납세자 간의 마찰이 많았다.

여객운송용역을 부가가치세 면제대상으로 규정한 것은 그것이 일반 국민의 기초적 생활에 필수적으로 관련되는 용역이라는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001두10011, 2003.4.8.), 삭도, 유람선 등 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 여객운송 용역은 부가가치세가 과세되는 것이 타당하다. 이에 따라 부가가치세법 및 동 시행령을 개정하여 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 다음 중 어느 하나에 해당하는 것은 부가가치세 과세대상임을 명확히 하였다.
  • 궤도운송법에 따른 삭도에 의한 여객운송 용역
  • 「관광진흥법 시행령」 제2조에 따른 관광유람선업, 관광순환버스업 또는 관광궤도업에 제공되는 운송수단에 의한 여객운송 용역 (2019.2.12. 개정)
  • 관광 사업을 목적으로 운영하는 철도건설법에 따른 일반철도에 의한 여객운송 용역(「철도사업법」 제9조에 따라 철도사업자가 국토교통부장관에게 신고한 여객 운임ㆍ요금을 초과해 용역의 대가를 받는 경우로 한정한다)
(2) 국선대리와 후견사무용역의 면세 신설(부령 42 2호 가목, 바목)
영세납세자에 대한 조세불복을 지원하고 피후견인 복리후생을 제고하기 위하여 국세기본법에 따른 국선대리인의 국선대리와 민법에 따른 후견인 및 후견감독인의 후견사무 용역을 부가가치세 면세대상에 추가하여 2019년 2월 12일 이후 용역을 공급하는 분부터 적용하도록 하였다.
(3) 창업기획자가 개인투자조합에 제공하는 자산관리ㆍ운용용역에 대한 부가가치세 면제 신설(부령 40 ① 13호)
창업ㆍ벤처기업 활성화를 지원하기 위하여 창업기획자가 개인투자조합에 제공하는 자산 관리ㆍ운용 용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 규정을 신설하여 2019년 2월 12일 이후 용역을 공급하는 분부터 적용하도록 하였다.
6. 회생계획인가결정에 따른 출자전환 주식의 대손세액 공제대상 명확화 (부령 87 ① 2호)
종전에는 회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액은 대손세액공제대상인가?

종전에 국세청은 대손세액공제대상이 아니라고 해석하였으나, 2013년 9월 11일 조세심판관 합동회의에서 대손세액공제대상이라고 결정한 이후 국세청은 대손세액공제대상으로 보아 업무를 집행하였다. 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할 세무서장은 대손세액 공제사실을 공급받는 자의 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 공급받은 자가 관련 대손세액에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 결정하거나 경정하여야 한다(부령 87 ③). 이에 따라 공급받는 자는 부가가치세를 추징당하고 출자전환은 대손사유로 규정되어 있지 않으므로 출자전환을 대손사유로 보는 것은 위법하다며 불복청구후 행정소송을 제기하는 사례가 많이 발생하였다.

납세자와 국세청 간의 마찰을 방지하기 위하여 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우에 출자전환하는 시점의 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가와의 차액은 대손세액공제대상이라는 명문규정을 신설하였다.
7. 선발급 세금계산서 규정 보완(부법 17 ③ 2호)
종전에는 세금계산서를 발급한 후 30일이 지나서 대가를 받으면 선발급 된 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았다. 그러나 대법원은 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급 받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’도 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 그 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 착오기재로 보아야 하므로 그 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 한다고 판결하였다. 이 판결에 따라 2017년 말에 부가가치세법을 개정하여 세금계산서를 선발급한 경우에도 거래당사자 간에 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적고 과세기간 내에 대가를 받으면 적법한 것으로 보되, 조기환급을 받는 경우에는 30일 이내에 대가를 지급하도록 하였다.

그러나 세금계산서를 선발급 하고 같은 과세기간 내에 대금을 지급받는 경우에는 세금계산서 발급시점에 대금의 지급시기를 정확하게 예측하기 어려우므로 2018년 말에 다시 부가가치세법을 개정하여 2019년 1월 1일부터는 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적어야 하는 요건을 삭제하되 그 과세기간 내에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래해야 한다는 요건을 추가하였다.

종 전 개 정
□ 세금계산서를 선발급 하고 같은 과세기간 내에 대가를 받는 경우에 대한 특례
다음 요건을 모두 충족하는 경우에는 선발급세금계산서를 적법한 것으로 인정
① 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기와 지급시기를 따로 적을 것
② 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우일 것
□ 특례 규정 보완

다음 요건을 모두 충족하는 경우에는 선발급세금계산서를 적법한 것으로 인정
① 삭 제

② 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하고 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우
8. 전자금융거래법에 따른 직불전자지급수단, 기명식선불전자지급수단, 전자금융업자 등을 통한 신용카드 결제시 매입세액공제 및 신용카드매출전표 등 발행공제 적용
(1) 매입세액공제(부법 46 ①, 부령 88 ③ 3호)
사업자가 일반과세자( 목욕ㆍ이발ㆍ미용업 등 일정한 사업자 제외)로부터 재화나 용역을 공급받고 부가가치세가 별도로 구분되는 신용카드매출전표, 직불카드영수증, 기명식선불카드영수증, 현금영수증을 수취한 경우에는 매입세액공제를 받을 수 있다. 신용카드매출전표 등을 받은 경우에 매입세액 공제를 허용하는 것은 신용카드 등으로 결제하면 그 거래가 투명하게 노출되어 세금계산서와 같은 기능을 하는 점을 고려한 것이다.

전자금융거래법에 따른 직불전자지급수단, 기명식 선불전자지급수단, 전자지급결제대행에 관한 업무를 하는 금융회사 또는 전자금융업자를 통해 결제하는 경우 종전에는 매입세액공제대상이 아니었다. 그러나 이는 정부가 자영업자의 수수료부담을 낮추기 위해서 추진하는 정부정책에도 맞지 않으므로 2019년 1월 1일 이후 재화 또는 용역 공급분부터 전자금융거래법에 따른 다음의 것도 매입세액을 공제받을 수 있도록 하였다.

  • 직불전자지급수단 영수증
  • 선불전자지급수단 영수증(실제 명의가 확인되는 것으로 한정한다)
  • 전자지급결제대행에 관한 업무를 하는 금융회사 또는 전자금융업자를 통한 신용카드매출전표하여 대금을 결제하는 경우에도 매입세액을 공제받을 수 있도록 하였다.
(2) 신용카드매출전표 등 발행 세액공제(부법 46 ③, 부령 88 ③ 3호)
간이과세자와 영수증발급대상 사업을 하는 일반과세자(법인과 사업장기준 공급가액 합계액이 10억원 초과인 개인사업자를 제외한다)가 부가가치세 과세대상 재화 또는 용역을 공급하고 신용카드매출전표 등을 발행한 경우에 발행금액(부가가치세를 포함한 공급대가)의 1.3%(음식점업과 숙박업을 경영하는 간이과세자는 2.6%)를 연 1천만원을 한도로 부가가치세 납부세액에서 공제하는 신용카드매출전표 등 발행 세액공제가 있다.
결제수단 간 형평성을 제고하고 자영업자를 지원하기 위하여 전자금융거래법에 따른 결제대행업체를 통한 신용카드매출전표, 직불ㆍ기명식선불전자지급수단 영수증, 금융회사 또는 전자금융업자를 통한 신용카드매출전표를 신용카드매출전표 등 발행공제대상에 추가하여 2019년 1월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용하도록 하였다.
9. 매입세액공제 확대
(1) 지연 발급된 세금계산서 등에 대한 매입세액공제 허용 범위 확대(부령 75 7호)
세금계산서를 발급시기가 지나서 발급받은 경우에는 종전에는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 하지 않았다. 매입세액불공제로 인한 납세자의 불이익이 너무 큰 점을 고려하여 2000년 1월 1일부터 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 지연발급받은 경우에는 매입세액을 공제하되, 공급가액의 1%의 가산세를 부과하도록 하였다. 그 후 2016년 2월 17일 부가가치세법 시행령을 개정하여 공급시기가 속하는 과세기간 내에서 확정신고기한까지 발급받으면 매입세액을 공제하도록 지연발급기간을 25일 연장하였고, 2016년 12월 20일에는 가산세율을 1%에서 0.5%로 인하하였다. 2019년 2월 12일에는 다시 부가가치세법 시행령을 개정하여 공급시기가 속하는 확정신고기한이 지난 경우에도 확정신고기한의 다음 날부터 6개월 이내에 세금계산서를 발급받아 경정청구, 수정신고하거나 경정하는 경우에도 매입세액을 공제를 하되, 공급가액의 0.5%의 가산세를 부과하도록 하였다.

| 세금계산서 지연발급(예 : 공급일 2019.5.1.) |
구 분 2016.6.10.까지 발급 2019.6.11.부터
2019.7.25.까지 발급
세금계산서를 2019.7.26.부터
2020.1.25.까지 발급
종 전 개 정
공급자 정상발급 가산세 1%(지연발급) 가산세 2%(미발급)
공급받는자 정상발급 - 매입세액공제
- 가산세 0.5% 과세
- 매입세액공제 ×
- 가산세 ×
- 매입세액공제 ○
- 가산세 0.5%
(2) 사전 발급된 세금계산서에 대한 매입세액공제 허용(부령 75 8호)
종전에는 공급시기 전에 미리 발급된 세금계산서는 법령에 정하는 선발급 사유에 해당하지 않으면 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 하지 않았다. 매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자의 권익을 제고하기 위하여 공급시기 이전 세금계산서를 발급받았으나, 실제 공급시기가 30일 이내에 도래하고 거래사실을 확인하여 결정 또는 경정하는 경우 매입세액을 공제하되, 공급가액의 0.5%의 가산세를 부과하도록 하였다.
(3) 일반매매-위탁매매 구분 오류 매입세액공제 허용(부령 75 9호ㆍ10호)
사업자 갑이 사업자 을에게 재화를 보내고 사업자 을이 사업자 병에서 판매한 경우, 일반매매인 경우 사업자 갑이 사업자 을에게 공급하고, 사업자 을이 사업자 병에게 공급한 것이므로 사업자 갑은 사업자 을에게, 사업자 을은 사업자 병에게 세금계산서를 발급하여야 한다. 그러나 이 거래가 위탁매매인 경우에는 사업자 갑이 사업자 병에게 공급한 것이므로 세금계산서의 공급하는 자는 갑, 공급받는 자는 병이 되어야 한다. 따라서 거래를 일반매매와 위탁매매 중 어떤 것으로 보는 지에 따라 세금계산서의 공급받는 자가 달라진다.

상품공급자와 중간에 있는 자와의 거래가 위탁매매인지 일반매매인지에 대한 구별기준은 ‘타인의 위험과 계산’에 의한 것 여부이다. 이는 상품(재화)에 대한 가격결정권의 주체, 상품의 가격등락에 따른 손익, 멸실, 훼손 등에 대한 위험부담의 귀속주체, 거래에서 발생한 금전수수가 매매차익인지 수수료인지 여부, 관련 계약의 문언 및 거래관행 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(인천지방법원-2015-구합-52740, 2016.6.9.; 서울고등법원-2016-누-51247, 2016.12.22.).

이와 같이 거래내용을 종합적으로 고려하여 위탁매매와 일반매매 중 어떤 거래인지를 구분해야 한다. 그런데, 실무상 그 구분이 애매한 경우가 많다. 이와 같이 애매한 상황에서 사업자가 위탁매매를 일반매매로 보아 세금계산서를 발급하거나, 일반매매를 위탁매매로 보아 세금계산서를 발급하였다가 국세청에서 추후 그 거래를 다른 형태의 거래로 보면 공급자와 공급받는 자 모두 세금계산서의 위장발급으로 인한 가산세(2%)가 부과되고 매입세액공제를 받지 못하는 불이익을 생길 수 있다.

거래구분의 오류시 매입세액공제를 허용함으로써 납세자의 권익을 제고하기 위하여 2019년 2월 12일 이후 재화나 용역을 공급받는 분부터는, 거래당사자 간 선택한 매매형식(위탁 또는 일반)에 따라 세금계산서 발급ㆍ수취하고 거래사실이 확인되고 예정신고나 확정신고 규정에 따라, 관할 세무서장에서 해당 세액을 신고하고 납부한 경우에는 매입세액공제를 허용하도록 하였다.

이 경우 세금계산서 위장발급가산세(2%)도 면제되는 지에 대하여 명문규정이 없이 단순히 매입세액공제만 된다고 규정하고 있으므로 위장발급가산세는 면제되지는 않는 것으로 보인다.위탁ㆍ일반매매 구분이 명확하나 고의로 잘못 기재한 경우 공급자와 공급받는 자에게 가산세 2%(위장발급)를 부과하고, 매입세액을 불공제하는 점에 유의하여야 한다.
10. 의제매입세액 공제율 및 한도율 인상
(1) 최종소비자 대상 제조업 영위 개인사업자에 대한 의제매입세액 공제율 상향조정 (부법 42 ①)
개인사업자가 음식점업을 경영하는 경우에는 의제매입세액공제율은 9/109이나 제조업을 경영하는 경우에는 4/104를 적용하였다. 이에 따라 개인사업자는 음식점업과 제조업 간에 의제매입공제율의 차이가 많이 나므로 이를 축소하여 업종간의 형평성을 제고하기 위하여 최종소비자를 대상으로 하는 제조업인 과자점업, 도정업, 제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간을 경영하는 개인사업자에 대한 의제매입세액공제율을 4/104에서 6/106으로 인상하여 2019년 1월 1일 이후 재화를 공급받는 분부터 적용하도록 하였다.
(2) 의제매입세액공제액 한도율 인상(부령 84)
종전에는 의제매입세액 공제 한도가 없었으나, 의제매입세액공제의 부당한 과다 공제를 막기 위하여 일반과세자에 대한 의제매입세액 공제 한도를 도입하여 2014년부터 적용하고 있다. 예정신고나 조기환급신고시에는 의제매입세액공제 한도를 적용하지 않고 확정신고시에만 의제매입세액공제 한도를 적용한다. 최근 불경기로 사업자의 경영여건이 어려운 점을 고려하여 2018년 제2기분부터 2019월 12월 31일까지 의제매입세액공제한도율을 각각 5%씩 인상하였다.

| 일반과세자에 대한 의제매입세액 공제 한도율 |
구 분 해당 과세기간의 과세표준 2016년~
2018년 1기분
018년 2기분
~ 2019년
2020년 이후
개인사업자 음식점업 1억원 이하 60% 65% 50%
1억원 초과 2억원 이하 55% 60%
2억원 초과 45% 50% 40%
기타업종 2억원 이하 50% 55% 50%
2억원 초과 40% 45% 40%
법인사업자 모든 법인 35% 40% 30%
11. 부가가치세 절차규정 개선
(1) 부가가치세 대리납부기한의 연장(부법 52 ④)
사업의 포괄양도한 경우에는 부가가치세 과세대상이 아니다. 그런데, 사업이 포괄양도 여부가 불분명한 경우가 있어서 사업양도의 포괄양도로 보아 부가가치세 신고를 하지 않은 경우에 추후 국세청의 조사로 포괄양도가 아닌 것으로 판명되면 거액의 세금을 추징당하는 사례가 있다. 사업양도에 대한 부가가치세 추징에 대한 위험부담을 해소하기 위하여 2014년에 사업의 양도에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 사업장 관할 세무서장에게 납부하면 그 거래를 과세거래로 보아 세금계산서를 발급하는 제도를 도입하였다. 2017년 말에는 사업양도 여부가 분명하지 아니한 경우에도 대리납부를 할 수 있도록 대상을 확대하였다. 납세편의를 제고하기 위하여 2019년 1월 1일부터는 대리납부세액의 납부기한을 대가를 지급한 날이 속하는 달의 다음 달 10일에서 25일로 15일을 연장하였다.
(2) 사업장이 하나인 사업자가 신규사업장 개설시 사업자단위 과세제도 적용방법 개선 (부법 8 ⑤)
사업장이 하나인 사업자가 신규로 사업장을 개설하고 사업자단위과세제도를 적용받으려면 종전에는 신설사업장에 대하여 먼저 사업자등록을 한 후 그 과세기간 개시 20일 전까지 사업자단위과세제도를 신청하였다. 이와 같이 하면 그 다음 과세기간부터 사업자단위과세제도를 적용받을 수 있다. 이에 따라 최대 6개월 정도는 사업장별로 납세의무를 이행해야 하는 불편이 있었다. 납세편의를 도모하기 위하여 2019년 1월 1일부터는 신규사업장의 사업 개시일부터 20일 이내에 사업자단위과세제도의 적용을 신청할 수 있도록 하여 신규사업장의 사업개시일부터 사업자단위과세제도를 적용받을 수 있도록 하였다.
(3) 사업장이 하나인 사업자가 신규사업장 개설시 주사업장 총괄납부제도 적용방법 개선(부령 92)
사업장이 하나인 사업자가 신규로 사업장을 개설하고 주사업장 총괄납부제도를 적용받으려면 종전에는 신설사업장에 대하여 먼저 사업자등록을 한 후 과세기간 개시 20일 전까지 주사업장 총괄납부를 신청하면 그 다음 과세기간부터 주사업장 총괄납부제도를 적용받을 수 있었다. 이에 따라 최대 6개월 정도는 사업장별로 부가가치세를 납부해야 하는 불편이 있었다. 납세편의를 도모하기 위하여 2019년 1월 1일 이후 신청하는 과세기간부터는 신규사업장의 사업개시일부터 20일 이내에 주사업장총괄납부를 신청할 수 있도록 있도록 하여 신규사업장의 사업개시일부터 주사업장총괄납부제도를 적용받을 수 있도록 하였다.
(4) 매입자발행 세금계산서 발행 신청기한 연장(부령 71의2)
매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 제조업자, 도매상 등이 과세표준 노출을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 경우에 매입자가 공급자 대신 세금계산서를 발행하는 매입자발행(self-billing)세금계산서를 두고 있다. 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 일정기간 이내에 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. 종전에는 매입자발행 세금계산서 발행 신청기간이 공급시기가 속하는 과세기간종료일로부터 3개월 이내이었으나 2019년 2월 12일 이후 재화나 용역을 공급받는 분부터는 6개월 이내로 연장하였다.
(5) 부가가치세의 예정고지 제외대상인 기준금액 상향(부법 48 ③, 66 ①)
개인사업자는 예정신고를 하지 않고 세무서에서 고지서를 발부하여 예정신고기간(간이과세자는 예정부과기간)의 부가가치세를 징수하는 것을 원칙으로 한다. 종전에는 고지할 세액이 20만원 미만인 경우 예정고지를 하지 않았으나, 영세 자영업자의 납세편의를 제고하기 위하여 고지서를 미발부기준금액을 20만원 미만에서 30만원 미만으로 인상하여 2019년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 적용하도록 하였다.
12. 부가가치세 가산세 경감
(1) 신용카드매출전표 등을 경정시 제출하여 매입세액공제를 받는 경우의 가산세 인하 (부법 60 ⑤)
사업자가 신용카드매출전표 등을 발급받아 예정신고 또는 확정신고를 할 때에 제출하여 매입세액을 공제받지 아니하고 경정시 발급받은 신용카드매출전표 등을 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우에는 매입세액을 공제하되, 가산세를 부과한다. 종전에는 가산세를 공급가액의 1%로 하였으나, 경정시 세금계산서를 제출하여 매입세액을 공제받는 경우의 가산세가 공급가액의 0.5%인 점을 고려하여 신용카드매출전표 등을 경정시 제출하여 매입세액공제를 받는 경우의 가산세를 공급가액의 1%에서 0.5%로 인하하였다.
(2) 전자세금계산서 발급명세 전송 불성실 가산세(부법 60 ②)
전자세금계산서를 발급한 경우 그 다음 날까지 국세청에 전자세금계산서 발급명세를 제출하여야 한다. 전자세금계산서 발급명세를 전송기한이 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음달 11일까지 발급명세를 전송하는 경우, 지연전송으로 보아 공급가액의 0.5%, 과세기간말의 다음 달 11일까지 전송하지 아니하는 경우, 미전송으로 보아 1%에 해당하는 가산세를 부과하였다. 납세자의 납세협력에 대한 부담을 완화하기 위하여 2019년 1월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 전송하는 경우 0.3%, 전송하지 아니하는 경우 0.5%로 지연전송기한을 연장하고 가산세율을 인하하였다.

| 전자세금계산서 미전송 등 가산세 연도별 비교 |
구 분 내 용 가산세
2013년 2014년
~ 2016년
2017년
~ 2018년
2019년 이후
① 발급일의 다음 날까지 전송 적 법 없 음
② 발급일의 다음 날이 지난 후 그 과세기간에 대한 확정신고기한(2018.12.31. 이전 공급분은 과세기간 말의 다음 달 11일)까지 전송한 경우(지연전송) 지연전송 (개인) 0.1% 0.1% 0.5% 0.3%
(법인) 0.1% 0.5% 0.5% 0.3%
③ 발급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한(2018.12.31. 이전 공급분은 과세기간 말의 다음달 11일)까지 전송하지 않은 경우(미전송) 미전송 (개인) 0.3% 0.3% 1% 0.5%
(법인) 0.3% 1% 1% 0.5%
13. 국외사업자의 과세대상 전자적 용역 중 과세 대상 확대 (부법 53의2, 부령 96의2)
국외사업자가 국내에 앱ㆍ게임ㆍ동영상 파일 등의 전자적용역을 공급하는 경우에는 종전에는 부가가치세를 과세하지 않았으나, 국내사업자와 국외사업자 간의 형평성을 제고하기 위하여 2015년 7월 1일부터 부가가치세를 과세하는 제도를 시행해 오고 있다. 2019년 7월 1일부터 과세대상 전자적용역의 범위를 확대하여 다음의 전자적 용역에도 부가가치세를 과세하도록 하였다.

  • 광고를 게재하는 용역
  • 「클라우드컴퓨팅 발전 및 이용자 보호에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 클라우드컴퓨팅서비스
  • 재화 또는 용역을 중개하는 용역으로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 것. 다만, 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 중개 용역의 대가가 포함되어 납세의무자가 부가가치세를 신고하고 납부하는 경우는 제외한다.
    ㉮ 국내에서 물품 또는 장소 등을 대여하거나 사용ㆍ소비할 수 있도록 중개하는 것
    ㉯ 국내에서 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받을 수 있도록 중개하는 것
14. 정기예금이자율의 인상
부동산임대용역을 제공하고 임대보증금이나 전세금을 받은 경우에는 이자상당액을 임대료로 보아 과세하는데 이를 간주임대료라고 한다. 간주임대료 계산시 부가가치세법 시행규칙에 정한 정기예금이자율을 사용하는데, 정기예금이자율은 시중금리의 추이를 고려하여 정기적으로 조정한다. 정부는 부가가치세법 시행규칙을 입법예고하면서 간주임대료 계산에 사용하는 정기예금이자율을 연 1.8%에서 연 2.1%로 인상하여 2019년 제1기 예정신고분부터 적용한다고 발표하였다.

구 분 2016년 제1기
예정신고부터 적용
2017년 제1기
예정신고부터 적용
2018년 제1기
예정신고부터 적용
2019년 제1기
예정신고부터 적용
정기예금이자율 1.8% 1.6% 1.8% 2.1%
15. 납부불성실ㆍ환급불성실 가산세 및 대리납부 가산세율 등의 인하 (국기령 27의4)
연체대출금리의 인하 등을 고려하여 세금납부지연으로 인한 가산세부담을 덜어주기 위하여 2019년 2월 12일부터 납부불성실ㆍ환급불성실가산세 및 대리납부 가산세율을 1일 0.03%에서 0.025%로 인하하였다. 다만, 2019년 2월 12일 전에 납부기한이 지났거나 환급받은 경우로서 2019년 2월 12일 이후 납부 또는 부과하는 경우 그 납부기한 또는 환급받은 날의 다음 날부터 2019년 2월 12일 전일까지의 기간에 대한 이자율은 영 27조의4의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다(2019.2.12. 개정 국기령 부칙 9조).
16. 신용카드업자를 통한 부가가치세 대리납부제도 시행(조특법 106의10)
(1) 개 요
유흥업소의 경우 최종소비자는 유흥업소에서 부가가치세를 포함한 금액을 신용카드 등으로 결제해도 사업자는 바지사장 등을 내세워서 부가가치세를 체납하고 도주하여 국세청에서 부가가치세를 징수하지 못하는 사례가 많다. 유흥주점에서 고객이 신용카드로 결제하면 신용카드업자가 사업자에게 대금을 지급할 때 카드결제금액의 4/110을 공제한 잔액만 지급하고 징수한 금액은 신용카드업자의 관할 세무서에 직접 납부하는 “신용카드업자를 통한 대리납부제도”를 2017년 말에 도입하여 1년간의 준비기간을 거쳐 2019년 1월 1일부터 시행하였다.
(2) 대리납부대상
다음에 해당하는 사업자(간이과세자를 제외하며, 이하 “특례사업자”라고 한다)가 2019년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급(여신전문금융업법 제2조에 따른 신용카드ㆍ직불카드 또는 선불카드를 사용한 거래로 한정한다)하고 그 신용카드업자로부터 공급대가를 받는 경우에는 대리납부대상이다(조특법 106의10 ①)

① 일반유흥 주점업(「식품위생법 시행령」 제21조 제8호 다목에 따른 단란주점영업 포함)
② 무도유흥 주점업을 영위하는 사업자

| 업종별 세부 적용범위 및 대상자 여부 |
구 분
<주점업>
업종분류 적용범위(예시) 대상자
여부
일반유흥주점업 룸싸롱 독립된 객실에서 고급주류(양주, 맥주 등)와 그에 따른 안주를 제공하고 접객원으로 하여금 고객을 유흥케 하는 고급주점 해당
유흥종사자가 있는 서양식 주점으로서 싸롱이 아닌 곳 해당
스탠드 빠 과세유흥장소에 해당하는 스탠드 빠 해당
극장식 식당 유흥종사자를 두고 주류와 음식물을 제공하며 노래, 연주 및 춤 등을 감상할 수 있는 음식점 해당
외국인 전용 유흥음식점 유흥종사자를 두고 주류와 음식물을 제공하는 외국인 전용 유흥음식점 해당
기타 유흥주점 독립된 객실에서 주류와 그에 따른 안주를 제공하고 접객원으로 하여금 고객을 유흥케 하는 유흥음식점 또는 유흥주점 허가를 받지 않고 유흥주점과 유사한 영업을 하는 음식점 해당
무도유흥 주점업 카바레, 나이트클럽, 디스코클럽, 고고클럽 주류와 음식물을 제공하며 노래, 연주 등을 감상하거나 손님이 직접 춤을 출 수 있는 음식점 해당
단란주점업 단란주점 주로 주류를 조리ㆍ판매하는 영업으로서 손님이 노래를 부르는 행위가 허용되는 업 해당
위의 영업을 제외한 음주 허용 영업 호프전문점, 소주방 맥주, 소주 등 저가의 주류와 안주를 제공하는 주점 제외
기타 서양식 주점 독립된 객실과 접객원이 없이 양주(맥주 포함)와 그에 따른 안주를 제공하는 카페 등의 서양식 주점 제외
간이주점 대포집, 선술집 및 기타 간이 생맥주 등 달리 분류되지 않은 주점 제외
( 자료출처 : 국세청 보도자료, 신용카드사를 통한 부가가치세 대리납부 제도 시행)
(3) 대리납부할 금액
신용카드업자는 부가가치세가 과세되는 재화나 용역의 공급대가의 110분의4를 대리납부하여야 한다.
대리납부세액 = 공급대가* ×  4
100
* 신용카드매출전표를 발행할 때 공급가액과 봉사료가 구분 기재하여 교부하는 경우 봉사료는 대리납부대상이 아니나, 신용카드매출전표에 공급가액과 봉사료가 구분 기재되지 않은 경우에는 신용카드 결제금액 전부에 대하여 대리납부해야 한다.
(4) 대리납부를 담당하는 신용카드업자
대리납부의무를 지는 신용카드업자는 「여신전문금융업법」 제2조 제2호의2에 따른 신용카드업자로서 부가가치세 대리납부를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 자를 말한다. 국세청에서는 대리납부를 담당하는 신용카드사로 ㈜KB국민카드, 농협은행(주), 롯데카드(주), 비씨카드(주), 삼성카드(주), 신한카드(주), 하나카드(주), 현대카드(주)의 8개사를 고시하였다(국세청 고시 제2018-46호, 2018.12.11.).
(5) 대리납부세액의 납부기한
신용카드업자가 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 대리납부신고서와 함께 신용카드업자의 관할 세무서장에게 납부하여야 한다(조특법 106의10 ①).
(6) 유흥업소의 부가가치세 신고
1) 기납부세액으로 공제
신용카드업자가 납부한 부가가치세액은 특례사업자가 부가가치세 예정신고나 확정신고시 이미 납부한 세액으로 본다(조특법 106의10 ②).
2) 세액공제
특례사업자는 신용카드업자가 납부한 부가가치세액에서 1%를 곱한 금액을 예정신고나 확정신고시 납부세액에서 공제할 수 있다(조특법 106의10 ④, 조특령 106의14 ④).
세액공제액 = 신용카드업자가 대리납부한 부가가치세액 × 1%
해당 공제금액을 차감한 후 납부할 세액 [「부가가치세법」 제37조 제2항에 따른 납부세액에서 조세특례제한법, 부가가치세법 및 국세기본법에 따라 빼거나 더할 세액(「부가가치세법」 제60조 및 「국세기본법」 제47조의2부터 제47조의4까지의 규정에 따른 가산세는 제외한다)을 빼거나 더하여 계산한 세액을 말한다]이 음수인 경우에는 영으로 본다(조특법 106의10 ④).
(7) 기타 규정
1) 대리납부대상이 된 사업자에 대한 지정통지
  • 기존사업자
    관할 세무서장은 사업자가 대리납부의 적용대상이 되는 특례사업자에 해당하는 경우에는 해당 규정을 적용하여야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 그 사실을 해당 사업자에게 통지하여야 한다. 이 경우 신용카드 등 결제금액에 대한 대리납부규정이 적용되어야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 해당 사업자가 통지를 받지 못한 경우에는 통지서를 수령한 날이 속하는 달의 다음 달 1일부터 이 규정을 적용한다(조특령 106의14 ⑤).
  • 신규사업자
    관할 세무서장은 신규로 사업을 시작하는 자가 신용카드 등 결제금액에 대한 부가가치세 대리납부규정의 적용대상에 해당하는 경우에는 사업자등록증을 발급할 때 그 사실을 통지하여야 하며, 해당 사업자의 최초 과세기간부터 신용카드 등 결제금액에 대한 부가가치세 대리납부규정을 적용한다(조특령 106의14 ⑥).
2) 정보제공
국세청장은 신용카드업자가 제1항에 따라 부가가치세를 납부할 수 있도록 신용카드업자에게 대리납부에 필요한 특례사업자에 대한 정보를 제공하여야 한다(조특법 106의10 ⑤).
3) 신용카드업자에 대한 경비지원
국세청장은 신용카드업자에게 신용카드 등 결제금액에 대한 대리납부에 필요한 경비를 지원한다(조특법 106의10 ⑥).

| 부가가치세 대리납부제도 흐름도 |

< 도표에 대한 설명 >
  • 대리납부 대상 사업자가 부가가치세 과세대상인 재화나 용역을 공급하고 소비자로부터 공급대가 110만원(부가가치세 10만원 포함)을 신용카드로 결제받음
  • 대리납부 대상 사업자는 신용카드업자에게 110만원의 대금을 청구
  • 신용카드업자는 신용카드결제금액(110만원)의 4/110에 해당하는 4만원을 부가가치세로 징수하고, 나머지 106만원을 대리납부 대상 사업자에게 입금
  • 신용카드업자는 징수한 부가가치세 4만원을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 관할 세무서장에게 납부
( 자료출처 : 국세청 보도자료, 신용카드사를 통한 부가가치세 대리납부 제도 시행 수정)
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