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스톡옵션의 세무이슈와 관련 세법 규정

김희진, 2024.07.01
주식매수선택권(스톡옵션, Stock Option)이란 회사가 임직원 및 기타 기여한 자에게 미리 정한 가격(행사가격)으로 신주 또는 자기주식을 매수할 수 있는 권리나 주식의 시가와 행사가격의 차액을 청구할 수 있는 권리를 부여하는 제도를 말한다. 국내 세법에서는 이러한 주식매수선택권의 부여ㆍ행사로 취득한 주식과 관련된 과세 및 특례조항을 「법인세법」, 「소득세법」, 「조세특례제한법」에서 정하고 있으므로 주식매수선택권 행사과정에서 발생하는 세무이슈와 관련된 세법 규정들을 알아보고자 한다.
법인 관점에서의 주식매수선택권 시점별 세무조정 및 세무이슈
1. 주식매수선택권 부여시점
주식매수선택권을 부여한 회사는 회계상 용역제공기간에 걸쳐 주식보상비용을 기간 인식하고 자본조정계정인 주식선택권을 계상한다. 이때 회계상 용역제공기간 동안 계상한 주식보상비용은 「법인세법」상 손익귀속시기가 미도래하였으므로, 인식한 비용을 손금불산입 기타 처분 세무조정하여야 한다.
관련 예판
신주발행방식에 의하여 주식매입선택권을 부여하는 경우 손금으로 계상한 비용은 손금불산입(기타)처분함(서이46012-11095, 2002.05.24.), (서면2팀-2484, 2004.11.29., 등 외 다수).
덧붙여, 「상법」에서는 주식매수선택권 부여 시 행사가액의 하한을 제한하고 있다. 「상법」제340조의 2 제4항에 따르면, 신주를 발행하는 경우 주식매수선택권의 행사가액은 부여일을 기준으로 실질가액과 권면액 중 큰 금액 이상으로 정해져야 한다. 또한 주식매수선택권의 행사로 자기주식을 양도하는 경우에는 행사가액은 주식선택권 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액 이상이 되어야 한다.
행사가액 규정 신주발행형 자기주식양도형
상법 제340조의 2 제4항 부여일 기준으로 높은 가액
① 주식의 실질가액
② 주식의 권면액
부여일 기준으로 주식의 실질가액 이상
2. 주식매수선택권 행사시점
임직원이 용역제공을 완료하고 주식매수선택권을 행사하면, 회사는 임직원이 납입한 현금과 주식선택권 누적 계상액을 자본금과 주식발행초과금으로 대체하는 회계처리를 수행한다. 주식매수선택권 행사는 결과적으로 손익계산서상 비용(급여항목)이 자본(주식선택권)으로 대체된 “자본거래”로 볼 수 있으며, 순자산의 증가는 없으므로 스톡옵션 행사로 인해 회사가 세무상 인식할 비용은 없다. 다만, 「법인세법」에서는 주식매수선택권의 행사로 인한 법인보상비용에 대하여 세무상 비용을 인정하는 특례를 두고 있다.

주식매수선택권 행사 관련 법인세법상 손금 특례 규정 ①
「법인세법 시행령」제19조 제19의 2호에 따르면, ① 「상법」제340조의 2, ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의 3「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화를 위한 특별조치법」제56조에 따른 주식매수선택권, ④ 「근로복지기본법」제39조에 따른 우리사주매수선택권이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음의 금액은 손금산입이 가능하다. 다만, 해당 법인의 발행주식 총수의 10% 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.
법인세법상 주식매수선택권의 손금 인정액 계산 가. 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액 ① 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액 ② 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액 나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액
이때, 임직원이 상여금으로 주식매수선택권 대신 주식가치에 상당하는 금전을 지급받는 경우에도 아래의 요건을 모두 충족하면 세법상 주식기준보상이라 규정하고, 상여금을 지급한 법인은 지급액만큼을 법인세법상 손금으로 할 수 있다(법칙 §10의 2 ①).
법인세법상 손금처리가 가능한 주식기준보상의 요건
1. 주식 또는 주식가치에 상당하는 금전으로 지급하는 것일 것
2. 사전에 작성된 주식기준보상 운영기준 등에 따라 지급하는 것일 것 3. 임원이 지급받는 경우 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의로 결정된 급여지 급기준에 따른 금액을 초과하지 아니할 것 4. 「법인세법 시행령」제43조 제7항에 따른 지배주주등인 임직원이 지급받는 경우 정당한 사유 없이 같은 직위에 있는 지배주주등 외의 임직원에게 지급하는 금액을 초과하지 아니할 것
최근 주식시장의 변동성 확대로 양도제한조건부주식(Restricted Stock, RS)나 양도제한조건부주식단위(Restricted Stock Unit, RSU) 등의 주식과 연계하여 이루어지는 새로운 형태의 보상제도가 도입되고 있는 추세이다. 이러한 새로운 형태의 보상제도는 상법상 주식매수선택권에 해당하지 않기 때문에 주식매수선택권으로서 손금으로 인정받는 것은 불가능하나, 위 법인세법상 ‘주식기준보상’의 요건을 충족한다면, 법인의 비용으로 인정받을 수 있다.
관련 예판
RSU(Restricted Stock Unit)가 「법인세법 시행규칙」제10조의 2를 충족하는 주식기준보상인 경우(주식기준보상은 같은 조 제3항 제1호 적용 제외), 주식기준보상을 지급한 해외모법인에 국내 자회사가 보전하는 금액은 같은 법 시행령 제19조 제19호에 따라 손금에 산입되는 것임(법인세과-153, 2011.2.25.).
주식매수선택권 행사 관련 법인세법상 손금 특례 규정 ②
「법인세법」에서는 모회사 주식에 대한 주식매수선택권을 임직원에게 부여하거나 지급할 때, 지급한 법인에 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액을 손비로 인정하는 규정도 특례로 두고 있다.
법인세법 시행령 제19조 제19호
임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 “주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액 가. 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은 「상법」제542조의 3에 따라 부여받은 경우만 해당한다) 나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것
위 특례는 모회사가 부여한 주식매수선택권의 행사비용을 자회사가 보전하는 경우를 자회사의 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용으로 보아 회사의 손금으로 인정한 것으로 이해할 수 있다.
주의할 것은 해외모법인은 「법인세법 시행규칙」제10조의 2 제2항의 다음 요건을 모두 갖추어야 한다는 점이다.
1. 외국법인으로서 발행주식이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장 또는이와 유사한 시장으로서 증권의 거래를 위하여 외국에 개설된 시장에 상장된 법인 2. 외국법인으로서 영 제19조 제19호 각 목 외의 부분에 따른 주식매수선택권등(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)의 행사 또는 지급비용을 보전하는 내국법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 상장법인은 제외한다)의 의결권 있는 주식의 100분의 90 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 법인
주식매수선택권과 관련한 세무이슈사항
ISSUE 1 | 주식매수선택권 및 주식기준보상의 부여한도 10% 초과 여부 판정 시 산정 대상의 범위
주식매수 선택권 등은 법인의 발행주식총수 10% 내의 범위에서 부여하거나 지급되어야 한다.
이때 부여받는 ‘직원’이 아닌 부여하는 ‘법인’ 기준으로 초과 여부를 판단하고, 주식매수선택권이 이미 행사되어 소멸하였거나, 요건 미충족으로 부여취소가 된 수량은 제외하고 계산해야 한다는 점을 유의해야 한다.
예판 내용
(조심2017부3326, 2018.09.12.)외 다수 ‘법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위’는 주식매수선택권의 부여 주체인 ‘법인’을 기준으로 판단하는 것이 타당하며, 청구법인의 주장내용과 같이 ‘인별 10%한도 규정’으로 확대해석하는 근거로 보이지 않음.
(기준법령법인-306, 2019.06.05.) 「법인세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제20조 제1항 제3호를 적용함에 있어서 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여한 주식매수선택권은 누계로 판단하는 것이며 해당 누계에는 「상법 시행령」제30조 제6항에 따라 이사회 결의에 의하여 주식매수선택권의 부여가 취소된 것 등은 제외되는 것임.
(서면법인-682, 2023.04.07.) 외 다수 「법인세법 시행규칙」제10조의 2 제3항 제2호에 해당하는지 여부를 판정함에 있어 해외모법인이 임직원에게 부여한 주식매수선택권과 RSU 중 이미 행사가 완료되어 소멸한 주식매수선택권과 가득조건이 충족되어 해외모법인의 주식이 지급됨으로써 이미 소멸한 RSU는 한도계산 시 산정대상에서 제외하는 것임.
ISSUE 2 | 주주식매수선택권 행사에 관한 손금인정액 계산 방법
법인이 임직원에게 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우, 임직원에게 지급한 금전지급액이 법인세법상 손금으로 인정되기 때문에 세법상 손금인정액을 별도로 계산할 필요가 없다.
다만, 법인이 임직원에게 주식매수선택권을 부여하는 경우에는 행사시점 주식의 시가와 매수가액의 차액만큼을 세법상 비용으로 인정하므로, 주식매수선택권 행사시점의 주식의 시가를 산정할 필요가 있다.
이때, 주식매수선택권 행사시점의 주식 시가는 「법인세법 시행령」제89조 규정을 준용하여 산정한다.
상장주식의 주식매수선택권을 행사한 경우의 주식의 시가는 거래일의 거래소 최종 시세가액으로 한다. 한편 비상장주식의 시가는 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 불특정 다수인 사이에서 통상적으로 성립되는 거래가격을 따르고, 이러한 제3자 간 거래가격이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」에 따른 보충적 평가방법을 적용하게 된다.
예판 내용
(사전법령법인-107, 2021.02.26.) 비상장 내국법인이 임직원에게 부여한 주식매수선택권의 행사시기가 도래하여 임직원이 주식매수선택권을 행사하는 경우, 행사 당시 해당 비상장주식의 「법인세법」제52조 제2항에 따른 시가를 산정함에 있어서 비상장주식의 사설 장외거래 사이트에서 매도자와 매수자의 호가를 기준으로 형성되어 있는 시세는 시가로 볼 수 없으며,
금융감독원의 전자공시시스템에 공시된 자료에 해당 비상장주식에 대한 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우로서 해당 주식거래일 이후 주식매수선택권 행사일까지의 기간이 비교적 단기간이며, 해당 기간 동안 주식의 거래가 없고, 시가의 변동을 초래할 만한 특별한 사실이 없는 경우에는 그 거래가액을 시가로 볼 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우 이에 해당되는지 여부는 구체적인 거래현황과 기업가치의 변동 등 실질내용에 따라 사실 판단할 사항임.
(사전법령법인-147, 2021.05.25.) 내국법인의 주주들이 해당 내국법인의 주식을 경영권과 함께 양도하고, 양도의 대가로 다른 법인의 주식 또는 현금을 지급받는 계약을 체결한 경우로서 해당 주식의 거래가격에 경영권 이전대가가 포함되었다면 그 거래가격은 해당 법인의 소속 임직원이 주식매수선택권을 행사할 때의 시가로 볼 수 없는 것이며, 주식의 거래가격에 경영권 이전대가가 포함되었는지 여부는 사실판단할 사항임.
한편, 예규에서는 신주발행형 및 자기주식교부형 주식매수선택권 행사에 관하여 시가와 행사가액의 차액을 법인의 손금으로 인정하는 것으로 하고 있다.
유형 관련 예규
신주발행형 내국법인이 임직원에게 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 경우로서 약정된 주식매수 시기에 임직원이 주식매수선택권을 행사함에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 시가와 행사가액과의 차액을 주식을 발행하는 사업연도의 손금임(서면법인-935, 2020.10.30.).
자기주식교부형 내국법인이 「상법」제340조의 2에 따라 임직원에게 신주발행형 또는 자기주식교부형 주식매수선택권을 부여한 경우로서 임직원이 행사기간 내에 해당 주식매수선택권을 행사한 경우, 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 2 가목에 따라 해당 주식매수선택권 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금에 산입하는 것임(기획재정부 법인세제과-387, 2021.08.26.).
ISSUE 3 | 주식매수선택권 행사의 부당행위계산부인 규정 적용 여부(법인령 §88)
주식매수선택권은 특수관계자인 임직원에게 주식을 시가보다 낮은 가액으로 매수할 수 있는 권리를 부여하는 것으로, 저가양도 거래에 해당하지만 법인세법상 부당행위계산부인 규정은 적용하지 않는다. 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제3호에서는 자산을 특수관계자에게 저가로 양도하는 경우 부당행위계산에 해당한다고 규정하면서도, 단서로 시행령 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 해당 법인에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용 제외하도록 하고 있다.
반면, 법인세법상 손금요건(법인령 §19 19호의 2)을 충족하지 않는 주식매수선택권등은 부당행위계산부인의 규정이 적용된다.
법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2011.6.3. 개정)
1 ~ 5. (생략) 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2009.2.4.개정) 가. 제19조 제19호의 2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 (2018.2.13. 개정)
근로자 관점에서의 주식매수선택권 세무이슈
1. 근로자의 주식매수선택권 소득 귀속시기
주식매수선택권의 행사 여부는 전적으로 이를 부여받은 자의 선택에 맡겨져 있으므로 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다고 볼 수 없다. 이에 따라 「소득세법」에서는 주식매수선택권의 부여시점이 아닌, 행사시점에 소득이 발생하는 것으로 보아 소득세 납세의무를 부여하고 있다. 대법원도 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득함으로써 비로소 해당주식의 시가와 주식매수선택권 행사가격의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 되는 것으로 보는 입장이다(대법원2007두5189, 2007.11.15., 판결).
관련 예판
소득세의 과세대상이 되는 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되어야 하고, 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없는바 주식매수선택권은 그 행사의 여부가 전적으로 이를 부여받은 임직원의 선택에 맡겨져 있으므로 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다고 볼 수 없고 그 주식매수선택권의 행사에 의하여 비로소 그로 인한 소득이 발생한 것으로 보아야 할 것이다((대법원2007두5189, 2007.11.30., 판결), (대법원2001두7176, 2003.12.26., 판결) 등 참조).
2. 주식매수선택권 행사이익의 소득 구분
한편 기업으로부터 근로제공 기간 중에 부여받은 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익이 근로제공 기간 중에 행사하여 얻은 것인지 아니면 퇴직 후에 행사하여 얻은 것인지의 여부에 따라 근로소득 또는 기타소득으로 구분할 수 있다.
법인의 임원 또는 종업원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액)은 근로소득에 해당한다. 하지만 법인으로부터 퇴직 전에 주식매수선택권을 부여받은 거주자가 해당 법인과 고용관계가 없는 상태인 퇴직 후에 해당 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익은 기타소득에 해당한다.
한편, 주식매수선택권은 원칙적으로 타인에게 양도할 수 없는 것이나, 예외적으로 주식매수선택권 행사할 수 있는 자가 사망한 경우에는 그 상속인이 이를 행사할 수 있다. 이때, 상속인이 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익(「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세가 과세된 금액을 차감한것을 말한다)은 기타소득에 해당한다.
법령 및 예규 내용
근로소득
(소득령 §38 ① 17호)
소득세법 시행령 제38조 【근로소득의 범위】 ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다. 17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조 제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “해당 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)
기타소득
(소득법 §21)
소득세법 제21조 【기타소득】 ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ금융투자소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익
(원천세과-559, 2011.9.5.) 피상속인이 부여받은 주식매수선택권을 상속인이 행사하는 경우 당해 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익(상속세가 과세된 금액을 차감한 것을 말함)은 기타소득에 해당함.
(서면1팀-504, 2006.4.21.) 거주자가 비상근감사로서 고용관계나 이와 유사한 계약에 의하여 독립적인 자격 없이 그 계약에 의한 직무를 수행하고 근로제공의 대가로 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익은 근로소득에 해당하는 것이며, 개인사업자인 공인회계사로서 독립된 자격으로 당해 벤처기업에 용역을 제공하고 그 대가로 부여받은 주식매수선택권을 행사하여 얻는 이익은 사업소득에 해당 하는 것임.
3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 처분 시 양도소득세 과세 원칙(소득령 §163 ⑬)
「소득세법」에서는 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 양도 시, 일반주식과 동일하게 개인에게 양도소득세를 부과하고 있다. 이때 주식매수선택권 행사로 취득한 주식의 취득가액은 실제 매수가격이 아닌 주식매수선택권 행사 당시의 시가를 적용하여 양도차익을 계산해야 함에 유의하여야 한다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식매수선택권을 행사하는 당시의 해당 주식의 시가보다 높은 경우에는 자산 취득에 든 실지거래가액인 행사가액을 취득가액으로 본다.
소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ⑬ 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.
관련 예판
「소득세법 시행령」제163조 제13항에 따라 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 「소득세법」제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 하는 것이며, 귀 질의의 사실관계와 같이 행사가액이 시가보다 높은 경우의 취득가액은 같은 호 가목에 따라 자산 취득에 든 실지거래가액인 행사가액으로 하는 것임(서면자본거래-5444, 2021.09.08.).
조세특례제한법상 벤처기업 주식매수선택권 과세특례 제도
1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례(조특법 §16의 2)
앞서 살펴본 바와 같이, 「소득세법」에서는 개인이 주식매수선택권을 행사하는 시점에 시가와 행사가액의 차이만큼의 소득이 실현된 것으로 보아 소득세 납세의무를 부과한다. 다만, 벤처기업의 우수 인재 유입을 위하여 벤처기업의 임원 등에게 부여된 주식매수선택권에 대해서는 일정한 범위에서 소득세를 비과세하는 특례를 「조세특례제한법」에서 정하고 있다. 주식매수선택권 행사이익은 벤처기업 임원 등의 재임 또는 재직기간 동안 형성된 소득임에도 불구하고 「소득세법」은 주식매수선택권의 행사일이 속하는 연도를 소득의 귀속연도로 하여 일시에 과세함에 따라 임원 등은 초과 누진세율을 적용받아 과도한 조세를 부담하게 될 우려가 있어 행사이익의 일정한 부분에 대해서는 소득세를 부과하지 않으려는 것이다.
벤처기업의 주식매수선택권 요건(벤처기업법 §16의 3)
  • 벤처기업은 정관이 정한 바에 따라 주주총회의 결의로 기업의 설립ㆍ기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 임직원 또는 벤처기업이 30%를 초과하여 인수한 기업의 임직원 또는 기술을 갖춘 자 등에게 미리 정한 가격(“행사가격”)으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 해당기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(주식매수선택권)를 부여할 수 있음. 주식매수선택권의 행사가액은 다음 가액 이상이어야 함.
    ① 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 시가와 주식의 권면액 중 높은 금액
    ② 현금이나 자기의 주식을 양도하는 경우에는 부여일 기준으로 한 주식의 시가
  • 부여받은 자는 주주총회결의 등으로 주식매수선택권을 부여받은 날로부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 행사할 수 있음.
  • 주식매수선택권을 부여하려는 벤처기업은 주식매수선택권 부여에 관한 주주총회결의 등을 한 경우 중소벤처기업부장관에게 그 내용을 신고하여야 함.
법령을 살펴보면, 벤처기업의 임원 또는 종업원(자회사 임직원 포함)이 2024년 12월 31일 이전에 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법 제340조의2 또는 제542조의 3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스 상장기업으로부터 받은 경우로 한정)을 행사함으로써 얻는 이익 중 연간 2억원 이내의 금액은 비과세한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적금액은 5억원을 초과하지 못한다. 2022년 12월 31일 법 개정 시 벤처기업의 우수인재 유치를 지원하고자 본 조의 비과세 한도 금액을 연간 5천만원에서 2억원으로 상향조정하여 2023년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용하도록 하고, 2022년 12월 31일 이전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익에 대한 소득세 비과세 한도에 관하여는 동 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 하는 한편, 본조에 따라 비과세를 적용받을 수 있는 벤처기업별 총 누적금액 5억원 한도를 신설하여 2023년 1월 1일 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용하도록 하며, 이 경우 2022년 12월 31일 이전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 누적금액에 포함하지 않도록 하였다.

해당 특례 적용 시, 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도 「조세특례제한법」제16조의 4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있다(서면법령소득-5539, 2021.10.21., 외 다수). 또한 임원 등이 아닌 외부 전문가에게 부여된 주식매수선택권을 행사하여 취득한 이익에는 비과세 혜택이 부여되지 않음을 유의해야 한다.

한편, 원천징수의무자는 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례를 적용받기 위해서 비과세 특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

한편, 주식매수선택권 행사이익 납부특례(조특법 §16의 3) 또는 주식매수선택권 행사이익 과세특례(조특법 §16의 4)를 적용받기 위해 특례적용대상명세서를 원천징수 관할세무서장에게 제출한 경우에는 비과세 특례적용명세서를 제출할 필요가 없다.
2. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 분할납부 특례(조특법 §16의 3)
조세특례제한법 제16조의 3에서는 벤처기업 임원 등이 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 행사이익(단, 소득세 비과세되는 금액 제외)을 5년간 분할납부 할 수 있는 특례를 규정하고 있다. 원칙적으로 회사는 주식매수선택권 행사에 따라 당해 주식을 교부하는 때에 주식매수선택권 행사이익에 대하여 원천징수하여야 한다. 다만, 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 주식매수선택권 행사이익에 대한 납부특례의 적용을 신청한 경우 소득세를 원천징수하지 아니하며, 이때 현금으로 받는 경우는 제외한다. 분할납부 특례를 신청한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액 확정신고 시 분할납부세액을 납부하여야 한다. 한편 해당 특례는 비거주자가 주식매수선택권을 행사하는 경우에는 납부특례를 적용받을 수 없음에 유의하여야 한다.
관련 예판
분할납부방법
분할납부방법에 대하여 구체적으로 살펴보면, 주식매수선택권 행사이익 관련 소득세액의 5분의 4(2016년 이전 부여분은 3분의 2) 해당 금액(분할납부세액)을 제외하고 납부하여야 한다. 이후, 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권 행사일이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도(2016년 이전 부여분은 2개 연도) 종합소득세 확정신고를 할 때 분할납부세액의 4분의 1(2016년 이전분 2분의 1) 해당액을 각각 납부하면 된다.
사례  주식매수선택권 17.1.1. 부여 ⇨ 18.5.1. 행사(소득세 5,000,000원)

(출처 : 국세청 홈페이지)
3. 벤처기업 주식매수선택권 양도소득세 과세선택 : 과세이연(조특법 §16의 4)
「조세특례제한법」제16조의 4에서는 벤처기업 임직원이 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사할 때 얻은 이익을 근로소득 또는 기타소득으로 과세하지 않고 이연하여, 이후 주식 양도 시 양도소득세로 과세하는 특례를 규정하고 있다. 동 특례를 적용받기 위한 적격주식매수선택권의 요건은 다음과 같다.
1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」제16조의 3에 따른 주식매수선택권으로서 아래 요건을 모두 갖출 것 ① 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것 ② 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것 ③ 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의 3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것 2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계가 5억원 이하일 것
다만, 주식매수선택권의 행사가액이 부여 당시의 시가보다 낮은 경우에는 그 차액인 시가 이하 발행이익에 대하여는 특례에도 불구하고 주식매수선택권 행사시점에 근로소득 혹은 기타소득으로 과세함에 주의하여야 한다.
양도소득금액 계산
적격주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하지 않으므로, 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세하는데 그 계산방법은 다음과 같다.
양도소득금액 = A – B - (C – D)
- A : 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식의 양도가액
- B : 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액과 적격주식매수선택권 부여 당시의 시가 중 큰 금액
- C : 제16조의 2(비과세특례)에 따라 비과세되는 금액
- D : 시가 이하 발행이익에 대하여 제16조의 2에 따라 비과세를 적용받은 금액
계산식을 살펴보면 취득가액을 행사 당시의 실제매수가액으로 하고 있어 주식매수선택권의 행사로 인하여 얻은 소득을 행사시점이 아닌 주식 양도시점으로 과세시기가 이연된다. 아울러 행사시점에 과세되었다면 주식매수선택권 행사이익은 근로소득 또는 기타소득으로 분류되었을 것이나 특례를 적용받아 양도소득세로 과세되는 효과가 있다.
한편, 본 특례를 적용받아 적격주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하지 않는 경우에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 법인이 부담하는 비용으로서 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액에 대하여는 벤처기업의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다. 단, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 부여 당시 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우는 앞서 언급한 차액에서 발행이익(부여 당시 시가와 행사가액의 차액)을 제외한 금액을 손금에 산입하지 않는다.
본 특례를 적용받는 임직원은 금융투자업자에게 옵션행사일 전에 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고, ‘특례적용신청서’ 등을 벤처기업에 제출하여야 한다.

I 양도소득세 과세특례 적용절차 I
또한, 벤처기업은 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용 대상 명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출하고, 금융투자업자는 매분기 다음 달 말일까지 스톡옵션 전용계좌의 거래현황을 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하면 된다.
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