공익법인 종합부동산세 줄이기

BY 장진혁   2022-09-22
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공익법인이 공익활동을 위해 소외계층 지원사업 및 일시적 쉼터 등의 활용목적으로 주택을 보유한 경우가 있습니다. 이전에는 법인이 보유한 주택에 경우에도 6억원까지 공제가 가능해 공익법인이 공시시가 6억원 이하인 주택을 보유한 경우에는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않았습니다.

하지만 2020년 6월 17일 주택시장 안정을 위한 관리방안의 후속조치로 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 보유함으로써 세부담을 회피하는 것을 방지하기 위해 법인이 보유하는 주택에 대한 과세를 강화하였습니다.


1. 법인 종합부동산세 과세 강화

(1) 종합부동산세란

종합부동산세는 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 국내에 소재한 재산세 과세대상인 주택 및 토지를 유형별로 구분하여 합산하여 과세관청에서 고지하는 세금입니다. 1차로 부동산 소재지 관할 시·군·구에서 관내 부동산을 과세유형별로 구분하여 재산세를 부과하고, 2차로 각 유형별 공제액을 초과하는 부분에 대하여 주소지 관할세무서에서 종합부동산세를 부과합니다.

(2) 종합부동산세 계산방법

개정 이전의 종합부동산세는 법인이 보유하고 있는 주택의 공시가격의 합계에서 6억원을 공제한 후 공정시장가액비율을 곱하여 계산된 종합부동산세 과세표준에 대해 누진세율을 적용하여 2주택 이하인 경우에는 0.5% ~ 2.7%를, 3주택 이상 또는 조정지역 2주택 이상인 경우에는 0.6% ~ 3.2%의 세율을 적용하여 과세하였으며, 전년 대비 급격히 세부담이 증가되는 것을 방지하기 위하여 세부담 상한이 적용되었습니다.

하지만 개정을 통하여 법인이 보유한 주택에 대해 기본공제 6억원을 폐지하였으며, 종합부동산세율은 2주택이하인 경우 3%, 조정대상지역의 2주택자와 3주택 이상이면 조정대상지역 여부와 관계없이 6%의 종부세율이 적용됩니다. 또한 법인의 경우 세부담 상한 적용이 배제되어 급격히 세부담이 증가될 수 있습니다.

<주택분 종합부동산세 세율>
과세표준 2주택 이하 3주택 이상, 조정지역 2주택 이상
개정 이전 현행 세율 개정 이전 현행 세율
개인 법인 개인 법인
3억원 이하 0.5% 0.6% 3.0% 0.6% 1.2% 6.0%
3 ~ 6억원 이하 0.7% 0.8% 0.9% 1.6%
6 ~ 12억원 이하 1.0% 1.2% 1.3% 2.2%
12 ~ 50억원 이하 1.4% 1.6% 1.8% 3.6%
50 ~ 94억원 이하 2.0% 2.2% 2.5% 5.0%
94억 초과 2.7% 3.0% 3.2% 6.0%

(3) 개정으로 인한 종합부동산세 증가분

사례 1) 공시지가 6억원의 주택을 1채 보유하고 있는 경우
(단위 : 원)
구분 개정 이전 현행
공시가격 600,000,000 600,000,000
공제금액 600,000,000 -
공정시장 가액비율 60% 60%
과세표준 - 360,000,000
세율 0.5% 3.0%
종합부동산세액 - 10,800,000

이 경우 개정 이전에는 종합부동산세 납부액이 없다가 개정 이후 10,800,000원1)의 종합부동산세를 부담하게 되어 세부담이 급격히 상승하게 됩니다. 1) 이중과세 문제를 방지하기 위해 재산세로 부과된 세액 중 종합부동산세 과세표준금액에 부과된 재산세 상당액을 차감해 주지만 해당 본문에서 종합부동산세 계산시 이 부분은 반영하지 않았습니다.

사례 2) 조정지역에 합산하여 공시지가 10억원인 주택을 2채 보유하고 있는 경우
(단위 : 원)
구분 개정 이전 현행
공시가격 1,000,000,000 1,000,000,000
공제금액 600,000,000 -
공정시장 가액비율 60% 60%
과세표준 240,000,000 600,000,000
세율 0.6% 6%
종합부동산세액 1,440,000 36,000,000

이 경우 개정 이전에는 종합부동산세 납부액이 1,440,000원이었던 것에서 개정 이후 36,000,000원으로 종합부동산세가 증가하여 추가로 34,560,000원을 부담하게 됩니다.


2. 공익법인 일반세율 적용 신청

(1) 신고기한 및 혜택

상속세 및 증여세법에서 정하는 공익법인의 경우에는 주택분 종합부동산세 부과시 단일 최고세율 3% 또는 6%가 아닌 개인과 동일하게 일반세율을 적용받을 수 있습니다. 이러한 공익법인과 사회적기업 육성법에 따른 사회적기업 및 협동조합 기본법에 따른 사회적협동조합, 종중의 경우 합산배제 신고기한인 9월 16일부터 9월 30일에 신청이 가능하며, 대상자는 매년 신청해야만 개인과 동일하게 일반 누진세율 및 기본공제 등 적용이 가능합니다.

<특례 적용 전·후의 종합부동산세 혜택 비교>
구 분 특례 적용 전 특례 적용 후
기본공제 없음 6억원
세율 1 ~ 2주택(조정지역 2주택 제외) 3% 0.6% ~ 3.0%
3주택 이상(조정지역 2주택 포함) 6% 1.2% ~ 6.0%
세부담 상한 1 ~ 2주택(조정지역 2주택 제외) 없음 150%
3주택 이상(조정지역 2주택 포함) 300%


사례 1) 공시지가 6억원의 주택을 1채 보유하고 있는 경우 (단위 : 원)
구분 특례 적용 전 특례 적용 후
공시가격 600,000,000 600,000,000
공제금액 - 600,000,000
공정시장 가액비율 60% 60%
과세표준 360,000,000 -
세율 3.0% 0.6%
종합부동산세액 10,800,000 -

일반세율 적용신청을 하는 경우 10,800,000원이었던 종합부동산세 부담액이 0원이 되어 종합부동산세 부담이 없습니다.


사례 2) 조정지역에 합산하여 공시지가 10억원인 주택을 2채 보유하고 있는 경우 (단위 : 원)
구분 특례 적용 전 특례 적용 후
공시가격 1,000,000,000 1,000,000,000
공제금액 - 600,000,000
공정시장 가액비율 60% 60%
과세표준 600,000,000 240,000,000
세율 6% 1.2%
종합부동산세액 36,000,000 2,880,000

일반세율 적용신청을 하는 경우 종합부동산세액이 36,000,000원에서 2,880,000원으로 감소하여 33,120,000원의 부담이 줄어들게 됩니다.


(2) 신청방법

법인 일반세율 특례신청은 홈택스, 손택스 및 서면을 통해 관할세무서에 신청할 수 있습니다.

● 홈택스 이용시
① 홈택스 공인인증서 등을 통해 로그인 후 신고/납부 클릭 후 우측하단 일반신고 중 종합부동산세 법인 주택분 일반세율 적용 신청 클릭
② ‘법인 주택분 일반세율 적용신청’ 클릭
③ 사업자등록번호 입력 후 조회 클릭 후 저장 후 다음이동 클릭

④ 해당하는 적용 법인 구분 체크 후 법인 세부 구분 체크 후 수록하기 클릭 후 다음이동 클릭(상속세 및 증여세법에 따른 공익법인의 경우 법인 구분에서 ⑥번 체크 후 법인 세부 구분에서 ⑬번에서 ㉮ ~ ㉲ 중 해당되는 부분 체크)

⑤ 신청서 제출 클릭


● 서면 제출시
종합부동산세법 시행규칙 별지 제2호의 3서식 법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서를 제출하여 사업장 관할 세무서에 제출하면 됩니다.