[세무조사시 쟁점이 될 수 있는 부가가치세 이슈] 공통매입세액 안분계산 적용대상 해당 여부

BY 산티아고   2022-09-05
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과․면세 겸업자가 지출하는 매입세액은 과세사업과 면세사업 중 어느 쪽에 사용되었는지 여부를 명확하게 구분할 수 있는 경우보다는 그렇지 않은 경우가 훨씬 많습니다. 여기에 더하여 사업의 일부분을 다른 사업자에게 위탁(아웃소싱)하거나 혹은 다른 사업자의 사업 일부분을 수탁받아 자기의 사업과 함께 수행하는 경우에는 공통매입세액 해당 여부의 판단이 더욱 어려워지게 됩니다.

세무조사에서는 과세사업과 면세사업에의 관련성을 명확하게 판단하기 어려운 경우 해당 매입세액을 모두 공통매입세액으로 보고 안분계산을 적용하여 과세하려는 시도가 빈번하게 발생합니다. 이하에서는 공통매입세액 안분계산 적용대상 해당 여부의 판단 기준과 적용 방법 등에 대하여 실제 사례를 통해 알아보겠습니다.


공통매입세액 안분계산 Flow

위와 같은 업무 흐름에서, 공통매입세액 안분계산 적용대상에 해당되는지 여부를 판단함에 있어 가장 중요한 단계는『(3) 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되었거나 사용될 것인가?』 부분일 것입니다.


판례에 제시된 판단기준

부가가치세법 제40조는 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액 안분기준에 따라 안분하여 계산하도록 규정하고 있습니다.

바꾸어 말하면, 과세사업 또는 면세사업등 중 어느 하나에만 사용되는 경우 또는 공통으로 사용되더라도 실지귀속을 구분할 수 있는 경우에는 안분계산 규정을 적용하지 않는 것입니다.

이 때, 과세사업과 면세사업등에의 공통사용 여부 또는 실지귀속의 여부는 당해 재화나 용역이 대내적으로 어떤 사업 부문에 사용되어 실질적으로 효용을 미쳤느냐에 따라 좌우된다고 할 것입니다 [(서울행법2015구합50832, 2015.8.28.) 판결].


사 례

[사례1] (조심2011서944, 2013.9.24.) - A는 서울 지하철을 운영하는 지방공기업(서울시 100% 출자)으로, 여객운송업(면세)과 역사내 점포 임대 및 광고업(과세)을 영위 - 쟁점 매입세액은 역사내 스크린도어 시설물 설치에 관련된 것임(A는 전부 과세사업 관련 매입세액으로 보아 공제) - 스크린도어의 설치․운영은 공모절차에 따라 선정된 민간사업자를 통해 이루어지며, 민간운영기간이 종료된 후 시설물 소유권이 A에게 귀속됨 - 민간사업자는 자기 자금으로 시설물 설치 후 민간운영 개시일에 A에게 공급한 시설물 에 대해 000억원을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하였고(쟁점 매입), A는 민간사업자에게 시설물 설치․운영 대가로 제공한 광고수익권(시설물을 광고사업에 이용할 수 있는 권리)에 대해 같은 날짜에 같은 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하였음
[사례2] (대법원2016두52606, 2017.1.25.) 판결 - B는 슈퍼마켓을 운영하는 사업자로서 상품유통업(상품 종류에 따라 과세․면세 혼재)과 물류대행업(과세)을 함께 영위 - 상품유통업은 B가 협력업체로부터 구입한 상품을 직영점을 통해 최종소비자에게 판매하거나 다른 사업자가 운영하는 상품취급점 등에 판매하는 방식으로 이루어짐. 협력업체는 상품을 B가 지정한 장소(직영점 또는 상품취급점 등)에 납품할 책임이 있는데, 협력업체가 희망하는 경우 B의 물류센터에 입고하고 B가 자신을 대신하여 직영점 등으로 배송하는 대가를 B에게 지급할 수 있음. 즉, B는 협력업체에게 물류대행용역을 공급하고 그 대가로 물류대행수수료 수취 - B는 물류센터에 입고된 상품을 직영점 등으로 배송하는 데 필요한 제반 업무를 다른 물류업체에 위탁하여 수행하며, 쟁점 매입세액은 다른 물류업체에 지급하는 물류용역비에 관련된 것임(B는 당초신고시 공통매입세액으로 보아 안분계산하였다가, 나중에 전부 과세사업 관련 매입세액에 해당함을 이유로 경정청구)
[사례3] (대법원2013두17336, 2013.12.26.) 판결 - C는 시내버스 여객운송업(면세)과 광고업(과세)을 함께 영위 - 광고업은 광고주가 제작한 광고물을 자신의 시내버스에 부착한 채 운행하는 방식으로 이루어짐 - 쟁점 매입세액은 버스 구입비, 유류비, 수리용 부품비 등에 관련된 것임(C는 공통매입세액으로 보아 안분계산)
[사례4] (대법원2007두10389, 2009.7.9.) 판결 - D는 월간지, 단행본 등 출판사업(면세)과 광고업(과세)을 함께 영위 - 광고업은 월간지, 단행본 등에 광고주가 제공한 광고를 게재하는 방식으로 이루어짐 - 쟁점 매입세액은 광고를 게재하는 지면 제작과 관계없이 월간지 기사의 제작과 관련된 출력비, 아트비 등으로 사용된 것임(D는 공통매입세액으로 보아 안분계산)

안분대상 공통매입세액 해당여부의 판단

(1) 이슈제기 가능한 견해

[사례1]에서 스크린도어 시설물은 지하철 이용승객의 안전사고를 방지하기 위한 승강장 안전시설 확충을 주된 목적으로 하여 설치된 것이고 부수적으로 그 시설물의 일부분이 광고용으로 사용되고 있으므로, 그 경제적 효과만 놓고 보면 여객운송업과 광고업(또는 시설물 임대업)에 공통적으로 효용을 미치는 공통매입세액으로 볼 수도 있습니다.

[사례2]의 물류용역비 중 ‘물류센터 경유 상품’과 관련된 업무(보관, 배송 등)에 상당하는 부분은 물류대행업에만 효용을 미치는 것으로 볼 수 있지만, 일부 업무(주문, 반품, 전표처리, 전산마감처리 등)는 ‘협력업체 직접 배송 상품’을 포함하여 B가 협력업체로부터 구입하는 모든 상품과 관련성이 있어 이에 상당하는 부분은 상품유통업과 물류대행업에 공통적으로 효용을 미치는 공통매입세액으로 볼 수 있습니다.

[사례3]의 버스 구입․운행․유지비 등은 여객운송업에만 직접적인 효용을 미치는 면세사업 관련 매입세액으로 볼 수 있습니다. 다만, 시내버스를 이용한 광고는 시내버스의 운행을 전제로 하고 있으므로 광고업에도 간접적인 효용을 미친다는 견해도 가능해 보입니다.

[사례4]의 월간지 기사 제작 및 편집 관련 비용은 출판사업에만 효용을 미치는 면세사업 관련 매입세액으로 볼 수 있습니다.

(2) 조세심판원/법원의 판단 결과와 이유

[사례1]에서 조세심판원은 다음과 같은 이유를 들어 쟁점 매입세액은 A의 과세사업인 시설물 임대와 직접 관련된 매입세액이라고 판단하였습니다. • 민간사업자는 시설물을 완공하여 A에게 공급하는 동시에, 민간운영기간(20년 내외) 동안 시설물 전체를 유지․관리․운영하는 조건으로 이를 광고수익사업에 이용할 수 있는 권리를 부여받은 점, 양자간 실시협약에 따라 민간사업자는 자신의 인력, 조직, 비용을 투입하여 광고는 물론이고 승객 안전 증진을 위한 목적에도 맞게 시설물을 운영․관리하여 온 점, 민간운영기간에 승객에게 피해가 발생한 경우 민간사업자가 피해보상을 합의하고 배상금을 지급해 온 점 등을 종합할 때, A가 민간사업자로부터 시설물을 공급받고, 같은 날 이를 민간사업자에게 승객 안전 증진(유지) 조건으로 광고사업용으로 장기임대한 것으로 볼 수 있음 • A의 입장에서는 시설물의 설치, 정상 작동만으로도 승객 안전 증진의 효과가 발생하고 별도의 용역 제공이 특별히 요구되는 것도 아니므로, 민간사업자가 광고사업에 활용하기 위하여 A로부터 시설물 임대용역을 공급받고 이를 정상적으로 운영․유지․보수하는 과정에 시설물 설치의 근본 목적인 승객 안전 증진 기능도 함께 담당한 것으로 볼 수 있음 • 스크린도어 설치에 따른 승객 안전 증진의 효과에도 불구하고 이용승객 증가 또는 요금인상 등 여객운송사업에 미치는 효과는 사실상 측정하기 어려운 반면, 이를 이용한 시설물 임대사업에는 매출 증가의 효과가 직접적으로 나타남 • 만약, A가 자신의 자금으로 스크린도어를 설치하였다면, 조세특례제한법상 영세율 적용대상인 도시철도건설용역의 공급(매입)에 해당하게 되어 다른 지하철 운영 사업자의 사례와 같이 실질적으로 부가가치세를 부담하지 않았을 것인 점, A가 시설물 임대용역을 공급하면서 받은 임대수익은 그 전체가 매출세액의 대상이 되고, 이와 관련한 쟁점 매입세액은 공통매입세액으로 보아 그 일부(A의 사업 특성상 공제가능한 부분은 10% 내외)만 공제가능한 매입세액이 된다면 A에게만 불합리한 결과가 되는 점 등을 고려할 필요가 있음
[사례2]에 대해 1심법원은 물류대행업(과세) 관련 매입세액으로, 2심법원은 공통매입세액으로 보아 서로 엇갈린 결정을 내렸는데, 최종적으로 대법원이 1심법원의 판단과 같이 물류대행업(과세) 관련 매입세액에 해당하는 것으로 판결하였습니다. • 쟁점 물류용역비는 B가 협력업체로부터 위탁받은 물류대행용역을 제공하는 데 소요되는 비용으로서 쟁점 매입세액은 물류대행업으로 인한 매출세액에 대응하는 것으로 볼 수 있으며, B가 상품유통업을 영위하는 데 쟁점 물류용역비가 필수적으로 소요되는 것은 아님 • 참고로, 2심에서는 쟁점 물류용역에 일부 상품유통업(과세․면세 겸영)에 관한 업무도 포함되어 있음을 이유로 공통매입세액으로 판단한 바 있음
[사례3]에서는 1심법원과 2심법원은 모두 공통매입세액으로 판단하였으나, 대법원은 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 판결하였습니다. • 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서, 광고업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 필요로 하는 것 • 광고물 설계․제작․설치․관리에 소요되는 비용은 광고주가 전적으로 부담하고 있어 광고물의 부착에 따라 버스구입비 등이 추가로 소요되는 것이 아님 • 참고로, 1심, 2심에서는 광고업이 시내버스의 운행을 전제로 하고 있고, 그 운행에 소요되는 비용을 광고주가 아닌 C가 부담한다는 이유 등을 들어 공통매입세액으로 판단한 바 있음
[사례4]에 대해 대법원은 쟁점 매입세액은 면세사업인 출판사업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 판결하였습니다. • 쟁점 매입세액 관련 비용은 광고를 게재하는 지면의 제작과 직접적인 관련 없이 월간지 기사의 제작과 관련된 출력비, 아트비 등으로 사용된 것이어서 면세사업인 출판사업과 관련하여 지출된 매입세액을 보아야 함 • 광고용 필름은 광고주가 제작하고 있어 D로서는 인쇄공정을 제외하고는 별도의 광고제작비용이 소요되지 않고, 쟁점 매입세액 관련 비용은 월간지 기사 제작 부서에서 지출하였으며, 출판사업과 광고사업에 공통으로 소요되는 인쇄비, 용지대 등과 관련된 매입세액은 이미 공통매입세액으로 안분하여 공제된 바 있음

시사점

① [사례1]과 같이 자기 사업의 일부분을 외부에 아웃소싱한 경우에는 대내적으로 효용이 미치는 사업을 구분하기에 앞서 어느 주체가 그 효용을 제공하고 있는지를 먼저 판단할 필요가 있습니다.

▶ [사례1]에서 시설물 설치에 따른 효용이 승객안전증진과 광고사업에 모두 미친다는 점은 부인할 수 없음.
그런데, 효용을 제공하는 주체가 누구인지 살펴보면, 승객에게 안전증진의 효용을 제공한 주체는 A가 아니라 민간사업자임(따라서, 민간사업자의 시설물 설치 관련 매입세액은 민간사업자 대내적으로 광고사업과 승객안진증진에 함께 효용을 미치는 것임).이에 따라, A의 쟁점 매입세액은 A 대내적으로는 전적으로 A의 시설물 임대 사업에만 효용을 미치고 있다는 결론이 도출될 수 있음

② 동일한 경제적 효과를 발생시키는 거래에 있어서도 납세자가 선택한 거래형태․방식에 따라 공통매입세액 해당 여부가 달라질 수 있다는 점을 감안할 필요가 있습니다.

[사례1]에서 스크린도어를 민간자본이 아니라 지하철 운영 사업자의 자금으로 설치하였다면 여객운송업과 광고업에 공통적으로 효용을 미치는 공통매입세액으로 판단되었을 것임(물론, 조세특례제한법에 따라 영세율이 적용되어 세부담은 차이 없음)
[사례2]에서 협력업체로부터 구입한 상품을 물류센터로 납품받고(거래대금은 기존 매입가액에서 물류대행수수료 상당액을 차감한 가액으로 함) 그 이후의 업무는 자기 계산과 책임으로 수행하였다면 물류대행업을 영위하지 않았을 것이며, 물류용역비 관련 매입세액은 상품유통업의 과세상품과 면세상품에 공통으로 효용을 미치는 공통매입세액으로 판단되었을 것임
▶ 한편, 면세사업인 의료업(종합병원)과 과세사업인 부동산임대업 등을 겸영하는 사업자가 사업장내에 주차장을 설치하여 내방 고객에게 이용하도록 했던 사례에서 주차장 설치 관련 매입세액은 공통매입세액으로서 안분계산 적용대상에 해당됨.그런데, 이 사업자가 주차장 설치 직후 주차장 전부를 주차장 운영회사에 임대하는 방식으로 운영한 경우에는 주차장 설치 관련 매입세액을 과세사업인 주차장 임대업에 관련된 매입세액으로 보아 전부 공제대상에 해당됨(조심2014서1330, 2014.7.18.)
③ 관련 재화 또는 용역이 여러 사업에 걸쳐 효용을 미치는 경우로서 각각에 귀속되는 효용의 차이가 큰 경우에는 보다 직접적이고 실질적으로 효용이 귀속되는 사업이 어느 것인지를 식별하여 해당 사업에 관련된 매입세액으로 판단할 필요가 있습니다.

[사례2]에서 쟁점 물류용역비 관련 용역이 물류대행업과 상품유통업 모두에 효용을 제공하지만, 상품유통업에는 필수적으로 소요되는 것은 아니므로 과세사업(물류대행업) 관련 매입세액으로 보는 것이 타당함
[사례3]에서는 버스 구입․운행․유지 비용이 여객운송업과 광고업 모두에 영향을 미치기는 하지만, 여객운송업 쪽에 보다 직접적이고 필수적인 요소로 작용함으로써 더 큰 효용을 제공하는 점을 감안하면 면세사업(여객운송업) 관련 매입세액으로 보는 것이 타당하다는 결론에 이르게 됨