공익법인 등 의무이행 여부 보고

BY 장진혁   2022-07-14
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세법에서는 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대해 각종 혜택을 부여하고 있는 반면, 이러한 조세지원 제도를 탈세나 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위하여 공익법인이 지켜야 할 의무를 구체적으로 규정하고 있습니다.

그중 법인세법 시행령 제38조 제3항에 따른 해외 한국학교와 제4항에 따른 전문모금기관 중 기획재정부장관이 지정한 공익법인과 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호에 해당하는 공익법인의 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적 공개 등의 의무이행 여부를 매년 자체 점검하여 공익법인 등 의무이행 여부 점검결과 보고서를 주무관청 또는 관할세무서에 제출하여야 합니다.


1. 대상

(1) 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관

법인세법 시행령 제38조 제3항에 따른 해외 한국학교와 제4항에 따른 전문모금기관이 주무관청에 매 분기 종료일부터 1개월 전이 되는 날까지 기획재정부령으로 정하는 서류를 갖추어 신청을 한 경우 주무관청은 기획재정부장관에게 추천을 하고, 기획재정부장관은 매 분기 말일까지 지정하여 고시하여 공익법인이 되며, 이러한 공익법인은 의무이행 여부 점검결과 보고서 제출대상에 해당합니다.

(2) 공익성을 고려하여 정하는 기부금

법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 각목(마목에 해당하는 종교단체는 제외한다)에 해당하는 공익법인이 대상이 되며, 이러한 공익법인은 의무이행 여부 점검결과 보고서 제출대상에 해당합니다.

<관련법령>

법인세법시행령 제38조【한국학교 등의 요건 등】
③ 법 제24조 제2항 제1호 라목 9)에서 "대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 학교"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 학교를 말한다.
1. 기부금 모금액 및 그 활용 실적을 공개할 수 있는 인터넷 홈페이지가 개설되어 있을 것
2. 제14항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것
④ 법 제24조 제2항 제1호 바목에서 “대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 법인”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인을 말한다.
1. 기부금 모금액 및 그 활용 실적을 공개할 수 있는 인터넷 홈페이지가 개설되어 있을 것
2. 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것
3. 「상속세 및 증여세법」 제50조의 3 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 해당하는 서류 등을 해당 비영리법인 및 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것
4. 「상속세 및 증여세법」 제50조의 2에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것
5. 제6항에 따른 신청일 직전 5개 사업연도[설립일부터 신청일 직전사업연도 종료일까지의 기간이 5년 미만인 경우에는 해당 법인의 설립일부터 신청일이 속하는 달의 직전 달의 종료일까지의 기간(1년 이상인 경우만 해당한다)을 말한다. 이하 제6호에서 같다] 평균 기부금 배분 지출액이 총지출금액의 100분의 80 이상이고 기부금의 모집·배분 및 법인의 관리·운영에 사용한 비용이 기부금 수입금액의 100분의 10 이하일 것. 이 경우 총지출금액, 배분지출액 등의 계산에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.
6. 신청일 직전 5개 사업연도 평균 개별 법인(단체를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)별 기부금 배분지출액이 전체 배분지출액의 100분의 25 이하이고, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제10항에 따른 출연자 및 같은 영 제2조의 2 제1항에 따른 출연자의 특수관계인으로서 같은 항 제4호·제5호 또는 제8호에 해당하는 비영리법인에 대하여는 기부금 배분지출액이 없을 것
7. 제14항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것
⑤ 삭 제
⑥ 제3항 또는 제4항의 학교 또는 법인(이하 "학교등"이라 한다)에 대해서는 해당 학교등의 신청을 받아 주무관청이 매 분기 종료일부터 1개월 전이 되는 날까지 기획재정부령으로 정하는 서류를 갖추어 기획재정부장관에게 추천을 하고, 기획재정부장관은 매 분기 말일까지 지정하여 고시한다.

법인세법시행령 제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】
① 법 제24조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.
가. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
나. 「영유아보육법」에 따른 어린이집
다. 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「국민 평생 직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
라. 「의료법」에 따른 의료법인
마. 종교의 보급, 그밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)
바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “ 「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.
1) 다음의 구분에 따른 요건
가) 「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우 : 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것). 다만, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조 제8항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 요건을 갖춘 것으로 본다.
나) 사회적협동조합의 경우 : 정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것
다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관의 경우 : 설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것
2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것
3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(이하 “공익위반사항 관리·감독 기관”이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것
4) 비영리법인으로 지정·고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 사실이 없을 것
5) 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다.



2. 의무이행 사항

(1) 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관

기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관은 지정기간 동안 다음의 의무를 이행해야 합니다.

① 연간 기부금 모금액 및 그 활용 실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 해당 학교등 및 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개할 것. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제50조의 3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의 3 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용 실적을 공개한 것으로 봅니다.

② 해당 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것

(2) 공익성을 고려하여 정하는 기부금

이에 해당하는 공익법인은 지정기간 동안(⑥의 경우에는 지정일이 속하는 연도의 직전연도를 포함) 다음의 의무를 이행해야 합니다. 다만, ①~③은 법인세법시행령 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인만 해당합니다.

① 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것

② 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

③ 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(이하 “공익위반사항 관리·감독 기관”이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것

④ 공익법인이 실제 운영상 ①의 의무를 이행할 것

⑤ 기부금 모금액 및 활용실적을 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 등의 인터넷 홈페이지와 국세청의 인터넷 홈페이지에 공개할 것. 다만, 상속세및증여세법 제50조의 3 제1항 제2호에 따른 사항을 같은 법 시행령 제43조의 3 제4항에 따른 표준서식에 따라 공시하는 경우에는 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한 것으로 봅니다.

⑥ 해당 공익법인 등의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 공직선거법 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

⑦ 각 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것

⑧ 사업연도 종료일을 기준으로 최근 2년 동안 고유목적사업의 지출내역이 있을 것

상속세및증여세법 제50조의 2 제1항에 따른 전용계좌를 개설하여 사용할 것

상속세및증여세법 제50조의 3 제1항 제1호부터 제4호까지의 서류 등을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인 등과 국세청의 인터넷 홈페이지를 통하여 공시할 것. 다만, 상속세및증여세법시행령 제43조의 3 제2항에 따른 공익법인 등은 제외합니다.

상속세및증여세법 제50조의 4에 따른 공익법인 등에 적용되는 회계기준에 따라 주식회사등의외부감사에관한법률 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받을 것. 다만, 상속세및증여세법시행령 제43조 제3항 및 제4항에 따른 공익법인 등은 제외합니다.


3. 의무이행 보고

(1) 기획재정부장관이 지정하는 해외 한국학교, 전문모금기관

공익법인은 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내 주무관청에 의무이행 여부 등 내용을 보고해야 하며, 주무관청은 의무이행 여부 등을 보고하지 않은 공익법인에 대하여 보고기한으로부터 2개월 이내에 의무이행 여부 등을 보고하도록 지체 없이 요구하여야 합니다.

주무관청은 의무이행 여부 등을 보고 받은 경우에는 내용을 점검한 후 그 점검결과를, 보고받지 못한 경우에는 그 미보고 사실을 기획재정부령으로 정하는 서식에 따라 보고기한으로부터 3개월 이내에 국세청장에게 통보하여야 합니다.

(2) 공익성을 고려하여 정하는 기부금

공익법인은 매 사업연도 종료일부터 4개월 이내 국세청장1)에 의무이행 여부 등 내용을 보고해야 하며, 국세청장은 의무이행 여부 등을 보고하지 않은 공익법인에 대하여 보고기한으로부터 2개월 이내에 의무이행 여부 등을 보고하도록 지체 없이 요구하여야 합니다. 1) 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 지정기부금단체의 의무이행여부 점검기관이 주무관청에서 국세청장으로 변경됨.
국세청장은 보고받은 내용을 점검해야 하며, 그 점검결과 기부금 모금액 및 활용실적을 공개하지 않거나 그 공개 내용에 오류가 있는 경우에는 기부금 지출 내역에 대한 세부 내용을 제출할 것을 해당 공익법인에 요구할 수 있습니다. 이 경우 공익법인은 해당 요구를 받은 날부터 1개월 이내에 기부금 지출 내역에 대한 세부 내용을 제출해야 합니다.


4. 사후관리

공익법인이 제출한 의무이행 여부 점검결과 사업연도별로 천만원 이상의 상속세 및 증여세(가산세 포함)를 추징 당하는 등 기부금단체 지정취소 사유에 해당하는 경우 국세청장은 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청해야 합니다.

그리고 명단 공개일이 속하는 연도의 직전 연도 12월 31일을 기준으로 법인세법시행령 제39조 제1항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 공익법인(사회복지법인, 어린이집, 유치원, 학교, 기능대학, 평생교육시설, 의료법인)이 2회 이상 의무이행 여부 점검결과 의무 이행사항을 위반하거나 미보고 하는 경우 국세기본법 제85조의 5에 따라 불성실 기부금수령단체 명단공개 대상에 해당하게 되며, 이렇게 불성실 기부금수령단체로 명단이 공개된 경우에도 기부금단체 지정취소 사유에 해당하게 됩니다.

또한 법인세법시행령 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 공익법인이 목적 외 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하는 등 공익목적을 위반한 사실, 의무이행 여부 점검결과 의무 이행사항을 위반한 사실이 있거나 의무이행 여부 등을 보고하지 않아 보고 요구에도 불구하고 보고하지 않을 경우 국세청장은 그 지정의 취소를 기획재정부장관에게 요청해야 합니다.


5. 제출 방법

법인세법시행령 제39조 제1항 제1호에 따른 공익성을 고려하여 정하는 공익법인은 법인세법 시행규칙 별지 제63호의 10 서식을 작성하여 관할세무서에 제출하여야 하며, 법인세법시행령 제38조 제4항에 따른 전문모금기관은 별지 제63호의 11 서식, 법인세법시행령 제38조 제3항에 따른 해외 한국학교는 별지 제63호의 12 서식을 작성하여 주무관청에 제출하여야 합니다.

관할세무서 제출 대상의 경우 홈택스에 로그인하여 신청/제출 ⇒ 신청업무 ⇒ 공익법인의무이행보고(기부금단체 제출)를 통해 제출할 수도 있습니다.