고용노동부 진정취하 조건으로 근로자에게 지급하는 합의금 등에 대한 원천징수는 어떻게 할까?

BY 강민   2022-06-16
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직장생활을 하거나 사업을 운영하다보면 주변에서 근로자가 연차수당, 연장, 휴일근로수당, 퇴직금 등을 적게 받았다고 하여 고용노동부에 진정을 넣거나 심지어 소송까지 가는 이야기를 듣곤 합니다.

급여를 지급하고 업무지시를 하는 사업주와 급여를 받고 근무를 제공하는 임직원의 입장이 다르다 보니 회사와 근로자와의 갈등이 발생하는 것은 어찌보면 당연한 것이나, 그 갈등이 원만히 해결되지 않고 다툼이 되어 고용노동부에 진정을 제출하고 심지어 소송까지 치닫는 경우도 많이 발생합니다.

위와 같이 근로자가 고용노동부에 진정을 제기하는 경우 등 노무문제가 발생하면 대부분의 중소기업은 소송까지 가기보다 중간에 서로 협의하여 합의금 등을 수수하고 종결하게 됩니다. 물론 소송 중간에 협의하기도 합니다.

이러한 경우 회사에서는 근로자에게 합의금 등을 지급할 때 원천징수를 해야 하는지 원천징수는 얼마나 해야하는지에 대한 실무상 어려움이 있어 이와 관련된 유의사항에 대해 살펴보도록 하겠습니다.


1. 근로자와의 다툼으로 인해 지급하는 금품의 성격 판단

현재 세법에서는 근로자(퇴사한 근로자 포함)가 회사와의 다툼으로 인해 받는 금품에 대한 소득구분 및 원천징수에 관해 구체적으로 열거하지 않고 있어, 예규 및 심판례등을 참고하여 근로자에게 지급하는 금품의 실질 성격에 따라 소득구분을 하고 그에 따라 원천징수를 해야 합니다.

예를들어 근로자에게 지급하는 금품의 성격이 연장근로수당에 관한 것이라면 근로소득으로 원천징수를 해야하고, 퇴직금 성격이라면 퇴직금으로 원천징수를 해야 합니다. 다만, 근로자와 회사의 다툼에 있어 지급하는 금품의 성격이 매우 다양하고 복잡하기 때문에 회사 재경실무자가 그 성격을 판단하기가 어려운 경우가 많습니다.

이에 실무에서 참고할만한 예규등을 정리한 아래 표를 참고하여 회사가 근로자에게 지급하는 합의금의 실제 성격을 확인 후, 합의서에 금품의 성격을 기재하여 명확히 할 필요가 있습니다.

구 분 내 용 비 고
근로소득 고용노동부의 시정조치에 따라 초과근무수당 미지급분을 근로자에게 추가 지급하는 경우 근로소득에 해당 함 (원천세과-247, 2014.07.02)
통상임금의 잘못된 산정으로 임금지급청구소송이 제기 되고 법원의 판결에 따라 추가 지급하는 금전은 근로소득에 해당함 (사전법령소득-143, 2019.04.18)
노동위원회의 차별적처우 시정판정에 따라 근로자가 지급받는 내부성과급은 근로소득에 해당하는 것임 (서면소득-5035, 2021.07.30)
근로자가 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당 해고기간의 급여를 일시에 지급받는 경우에는 해고기간에 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로 봄 소법 기본통칙 20-38-3
휴일ㆍ연장 근로수당의 지급을 청구하는 소송에서 법원의 화해권고결정에 따라 지급받는 금전의 소득구분은 화해조서의 내용 기타 관련 소송기록을 종합적으로 검토하여 지급되는 금전의 법적 성격에 따라 구분하는 것임 (사전법령소득-431, 2020.06.10)
퇴직소득 퇴직한 근로자가 퇴직금 산정이 잘못되었다는 이유로 회사를 상대로 퇴직금 추가지급청구소송 진행 중 법원의 조정결정에 따라 추가로 지급받는 금원은 퇴직소득에 해당하는 것임 (서면소득-3126, 2018.10.18)
이 사건 퇴직금 규정에 따라 원고에게 부담하는 퇴직금 채무를 정산하는 성격이 포함되어 있다고 할 것이어서, 이를 단순히 원고 등과 AAA 등 사이의 관련 분쟁을 취하하고 원만히 해결하는 것에 대한 사례의 뜻으로 지급한 금품이라고 볼 수 없다 (특정합의금은 퇴직금상당액과 기타소득인 사례금이 복합되어 있음을 인정) (수원지법2020구합66795, 2021.11.25)
기타소득 지방노동위원회 화해로 부당해고 및 퇴직금 진정을 취하하는 조건으로 지급받는 위로금「소득세법」 제21조 제1항 제17호에 따른 기타소득에 해당하는 것임 (소득세과-339, 2013.05.29)
쟁점금액 중 해고기간의 급여상당액을 제외한 나머지 금액은 그 지급사유가 향후 소송 등을 제기하지 아니하는 조건 등으로 지급된 사례금에 해당하는 것으로 판단되나, 해고기간의 급여상당액은 기타소득(사례금)에서 제외하는 것이 타당하다고 판단됨 (조심2017서5116, 2018.06.22)
부당해고 기간 동안의 임금상당액에 더하여 임금 소급지급분에 대한 지연이자를 함께 지급하는 경우 추가로 지급하는 지연이자 상당액은 기타소득에 해당함 (사전법령소득-225, 2018.06.12)
퇴직금지급청구소송을 제기하여 승소함에 따라 법원의 판결에 의하여 소송촉진 등에 관한 특례법 제2조에 규정하고 있는 법정이자를 지급받는 경우 동 법정이자는 기타소득에 해당하는 것임 (원천세과-290, 2011.05.19)
퇴직금 지급청구소송을 제기하여 퇴직금과 지급지연 손해배상금을 받는 경우에 있어서 당해 지급지연 손해배상금은 기타소득인 위약금과 배상금에 해당 함 소법 기본통칙 21-0-1 ④
비과세 법원의 조정에 따라 해임기간 동안의 급여상당액과 별도로 지급하는 정신적인 고통에 대한 위자료는 과세대상이 아님 (원천세과-431, 2012.08.17)
해고무효소송 중 법원의 화해결정에 따라 지급한 화해금은 소득세 부과 대상에 해당하지 않음 (현재 기본통칙과 반대되는 최근 새로운 판례로 추후 과세관청의 예규등을 확인 후 적용하는 것이 바람직) (수원지법2020구합66795, 2021.11.25)

위 표와 같이 근로자와의 다툼으로 인해 지급하는 금품의 원인과 성격에 따라 근로소득, 퇴직소득, 기타소득 또는 비과세로 구분될 수 있고, 그 성격의 구분이 명확하지 않을 때에는 그 원인과 법적의무 등을 고려하여 당사자 간 사회통념상 타당한 범위에서 합의를 하는 것이 바람직할 것으로 보입니다.


2. 근로자에게 지급하는 금품의 소득구분에 따른 원천징수등

위와 같이 근로자와 다툼으로 인해 지급하는 금품의 성격 및 소득구분을 판단하였다면 각각의 소득구분에 따라 원천징수와 지급명세서 제출을 해야합니다.

구 분 내 용
근로소득 √근로소득의 귀속시기는 ‘근로제공일’이고 지급시기는 ‘판결 등에 따른 확정일(부주의, 오인으로 인해 미지급한 경우 제외)’로 하여 판결일등의 다음달 말일까지 재연말정산을하여 원천세신고 및 지급명세서를 제출해야 함.
√회사는 지급의무가 확정된 판결일 등에 필요경비(손금)처리 함
*소법 기본통칙 20-38-3, 소법 기본통칙 137-0-1, (기획재정부 조세법령운용과-599, 2020.05.13.) (서면1팀-100, 2006.01.25.)
퇴직소득 √퇴직소득의 귀속시기는 ‘퇴직한 날’이고 지급시기는 ‘판결 등에 따른 확정일’로 하여 판결일의 다음달 말일까지 퇴직소득세를 재정산하여 원천세신고 및 지급명세서를 제출해야 함.
√회사는 지급의무가 확정된 판결일 등에 필요경비(손금)처리 함
*(원천세과-512, 2012.09.28.),( 원천세과-649, 2011.10.12.), (대법원2015두41708, 2015.08.13. )
기타소득 √진정서 취하조건으로 지급하는 합의금은 기타소득인 사례금으로서 ‘지급받은 날이 귀속시기’에 해당하고 지급일 다음달 10일까지 원천세신고 및 지급일 익년 2월말까지 지급명세서를 제출해야 함
√퇴직금지급청구소송을 승소함에 따라 법원의 판결에 의하여 소송촉진특례법 에 따른 법정이자는 기타소득으로 ‘지급을 받은 날이 귀속시기’에 해당하고 지급일 다음달 10일까지 원천세신고 및 지급일 익년 2월말까지 지급명세서를 제출해야 함
(*원천세과-290, 2011.05.19.)
비과세 √부당해고등으로 인한 정신적 또는 신분상 명예훼손 등에 대한 보상은 비과세에 해당하므로 별도의 원천징수나 지급명세서 제출의무가 없으며 회사는 관련 자료와 증빙을 보관해야 함

이번 포스트에서는 근로자와의 다툼으로 인해 회사가 지급하는 금품등에 대한 성격, 소득구분 판단과 그에 따른 원천징수의무등 내용을 간단히 살펴보았습니다.

회사와 근로자와의 다툼에 있어 회사가 지급하는 금품의 원인과 성격이 다양하고 복합적이어서 재경실무자는 반드시 실제 지급하는 금품의 법적성격과 실제성격 등을 확인하여야 합니다. 만약 그 판단이 어려운 경우 전문가의 의견을 확인한 후 소득구분, 원천세 및 지급명세서 신고를 하는 것이 바람직합니다.