비상장법인의 지분취득시 꼭 챙겨야하는 간주취득세

BY 김동우 2022-05-30

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비상장법인의 주식 또는 지분을 취득할 때 일반적으로 양도소득세와 증권거래세가 발생합니다. 하지만 부동산 등 취득세 과세대상자산을 소유하고 있는 법인의 지분을 취득할 때에는 위 두 가지와는 별개로 간주취득세를 검토해야 합니다. 지방세법 제7조 제5항에서는 비상장법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 지분취득자에게 취득세를 과세하도록 규정하고 있으며, 이를 과점주주의 간주취득세라고 합니다. 법인의 지분취득행위는 원칙적으로 취득세 과세대상이 아닙니다. 이 점을 이용하여 부동산 등 취득세 과세대상자산을 직접 취득하는 대신 이를 소유하고 있는 법인의 주식 등을 취득하는 방법을 통해 취득세를 회피하는 행위를 방지하기 위해 만들어진 규정입니다.

이번 포스트에서는 과점주주 간주취득세의 요건 등을 비롯한 기본적인 내용부터 몇 가지 예규까지 함께 살펴보도록 하겠습니다.

1. 과점주주 간주취득세 과세요건은 무엇인가요?

취득세 과세대상 자산을 보유하고 있는 법인의 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 과점주주가 된 날 현재의 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다(지방령 §11 ①). 또한, 과점주주가 된 이후 지분을 추가로 취득한 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과합니다(지방령 §11 ②). 따라서 취득세 과세대상자산을 보유하고 있는 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 되거나, 과점주주가 된 이후 지분을 추가로 취득한 경우에 간주취득세 과세대상이 됩니다.

2. 법인의 최초설립시 과점주주가 된 경우에도 간주취득세 과세대상이 되나요?

지방세법 제7조 제5항에서는 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 않는다고 규정하고 있습니다. 따라서 법인 설립시 과점주주가 되는 것은 과점주주 간주취득세 과세대상은 아닙니다. 하지만 해당 규정에서는 그 거래형태에 대해 세부적으로 규정하지 않고 주식 또는 지분 취득으로만 명시하고 있어 증자·매매·증여·상속 등으로 인한 일체의 취득행위를 통해 주식 등을 취득하는 행위로 인해 과점주주가 되는 경우에는 과점주주 간주취득세 과세대상이 됩니다.

구 분	간주취득세 부과여부
지분 등의 모든 취득(일체의 취득)	O
법인 설립시 주식 등을 최초로 취득한 경우	×

3. 증자시 신주인수권포기로 인하여 과점주주가 되는 경우도 간주취득세 과세대상인가요?

증자를 하면서 일부 주주가 신주인수권을 포기하여 신주를 인수한 주주 등이 과점주주가 된 경우에도 과점주주 간주취득세 과세대상이 됩니다. 대법원에서도 증자에 의하여 과점주주가 되는 경우 뿐만 아니라 법인이 유상증자를 함에 있어 기존 주주들 중 일부가 신주 인수를 포기하고 나머지 주주들이 신주를 인수하여 과점주주가 된 경우에도 간주취득세가 적용된다고 판시(대법원 2011두12252, 2012.06.28.)한 바 있습니다.

4. 과점주주 간주취득세 과세대상이 되는 지분변동 유형

과점주주가 되어 간주취득세를 부담하게 되는 지분변동은 크게 세 가지 유형이 있습니다.

① 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우
② 과점주주가 된 후 지분율이 증가한 경우
③ 과점주주가 비과점주주가 된 후 지분을 다시 취득하여 과점주주가 된 경우
각각의 상황에 대해 지방세법시행령 제11조에서는 아래와 같이 규정하고 있습니다.

[법령] 지방세법시행령 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. <개정 2010. 12. 30., 2017. 3. 27.>

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. <개정 2015. 12. 31.>

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다. <개정 2017. 12. 29.> 지분율 변동에 따른 간주취득세 과세대상 여부를 간단한 사례를 통해 살펴보겠습니다.

[예시1] 최초로 과점주주가 된 경우

일 자	주주A 주식거래형태	간주취득세 과세여부
X2.01.01	지분 35% 취득	간주취득세 과세 제외(비과점주주)
X3.01.01	지분 20% 추가 취득(지분율55%)	55%를 모두 취득한 것으로 보아 과세¹⁾

1) 해당 지분(55%)을 법인 최초 설립시 취득한 경우에는 과세제외
예시1과 같이 최초로 과점주주가 된 경우에는 과점주주가 된 시점의 지분을 모두 취득한 것으로 보아 간주취득세를 과세하므로 과세되는 비율이 다른 케이스에 비해 상대적으로 높습니다. 따라서 지분변동이 예상되는 경우 미리 해당 법인의 지분구조를 먼저 파악한 뒤 과점주주가 되는지 여부를 확인하는 것은 필수적이라 할 수 있습니다.

[예시2] 과점주주가 된 후 지분을 추가취득 한 경우

일 자	주주A 주식거래형태	간주취득세 과세여부
X3.01.01	기존 지분율 70%	-
X4.01.01	지분 15% 매각(지분율 55%)	지분감소 거래이므로 과세 제외
X5.01.01	지분 10% 취득(지분율 65%)	과세제외[이전 최고지분율(70%) 미달²⁾]
X6.01.01	지분 15% 취득(지분율 80%)	증가된 지분율(10%)에 대해 과세³⁾

2) 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 3) 취득 후의 지분율(80%)가 기존 최고지분율(70%)을 초과하는 부분(10%)을 취득한 것으로 보아 간주취득세 과세
예시2의 경우 예시1과는 달리 이전 최고지분율을 초과하는 지분 취득만 과세대상이 됩니다. 따라서 이러한 경우에는 과점주주가 이전 최고지분율을 초과하지 않은 경우에는 과세대상이 아니기 때문에 지분내역을 검토하여 과거 최고지분율을 확인하는 것이 바람직할 것입니다.

[예시3] 비과점주주가 된 후 다시 과점주주가 된 경우

일 자	주주A 주식거래형태	간주취득세 과세여부
X3.01.01	기존 지분율 70%	-
X4.01.01	지분 40% 매각(지분율 30%)	지분감소 거래이므로 과세 제외
X5.01.01	지분 25% 취득(지분율 55%)	과세제외[이전 최고지분율(70%) 미달⁴⁾]
X6.01.01	지분 25% 취득(지분율 80%)	증가된 지분율(10%)에 대해 과세⁵⁾

4) 비과점주주가 되었다가 다시 과점주주가 되었으나, 이전 최고지분율(70%)에 미달하므로 과세제외 5) 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 취득세를 부과하므로 이전 과점주주 당시의 최고지분율(70%)을 초과하는 지분율(10%)을 취득한 것으로 보아 간주취득세 과세
예시3의 경우 과거지분구조를 살펴보지 않은 경우에는 예시1의 경우와 혼동하여 자칫하면 취득세를 과다 신고할 수 있는 위험이 있으니, 과거지분구조를 살펴서 접근하시기를 권장합니다.

5. 과점주주란 무엇이며, 과점주주집단의 총지분의 변동이 없는 경우에도 과세대상인가요?

간주취득세 과세대상이 되는 과점주주는 ‘주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’입니다. 따라서 해당 법인의 최대주주의 지분을 기준으로 과점주주 대상을 판정하지 않고 최대주주 및 그 특수관계인 지분합계를 기준으로 판단합니다. 따라서 지분거래의 결과 과점주주집단 총지분이 증가했다면 과세대상이고 그렇지 않다면 과세대상이 아닙니다. 판례에서도 과점주주 및 그의 특수관계인들이 발행주식 100% 전부를 소유하고 있는 회사의 유상증자에 참가하여 새로 주식을 취득하였으나 위 특수관계자를 포함한 과점주주 전체의 주식소유비율에는 변동이 없는 경우 간주취득세의 과세대상에서 제외된다고 판시하고 있습니다. (대법원2002두 1144, 2004.02.27.)

6. 과점주주에 해당하는 지분을 가지고 있으나, 그 권리를 행사할 수 없는 경우의 과세여부 판단

과점주주는 과점주주집단의 지분요건을 충족하고 그 권리를 실질적으로 행사할 수 있어야 합니다. 따라서 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는 지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단[(대법원2011두26046, 2016.3.10.) 판결 등 참조]하여야 하므로 과점주주의 지분요건은 충족했지만 그 권리를 실질적으로 행사할 수 없다면 과점주주 간주취득세의 과세대상이 될 수 없습니다.

7. 법인의 자기주식 취득으로 인해 과점주주가 된 경우에도 간주취득세 과세대상인가요?

과점주주 간주취득세는 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우 또는 증자 등으로 인해 과점주주가 되거나 기존 지분이 증가한 경우에 과세하게 됩니다. 즉, 과점주주 간주취득세 과세대상이 되는 지분증가의 원인은 지분의 취득에 있다는 것을 의미하며, 자기주식 취득은 법인이 자기회사의 주식을 취득한 것이지 과점주주등이 지분을 취득한 행위를 한 것이 아니므로 간주취득세 과세대상이 아닙니다. 대법원에서는 법인이 자기주식을 취득하는 경우 그 지분 비율이 증가하여 주주가 과점주주가 된 것일 뿐, 주주들이 법인의 주식을 취득한 것이라고 볼 수 없으므로 지방세법상 과점주주의 간주취득세 납부대상이 아니라고 판시하고 있습니다. (대법원2010두8669, 2010.09.30.)

8. 과점주주 간주취득세를 부담한 후 해당 자산을 실제 취득하는 경우에는 어떻게 되나요?

과점주주 간주취득세는 법인 소유의 취득세 과세대상 재산을 과점주주가 실제 취득하지는 않았지만 해당 법인을 통해 사실상 취득한 것으로 보아 도입된 규정입니다. 과점주주 간주취득세를 납부한 후 해당 재산을 과점주주가 실제로 취득하는 경우 과점주주는 지분을 취득하면서 간주취득세를 1차로 납부하게 되고, 해당 재산을 과점주주가 실제로 취득하게 되는 상황에서 취득세를 2차로 납부하게 됩니다. 이 경우 해당 과점주주는 동일한 재산에 대하여 취득세를 2회 납부하게 되는 이중과세 문제가 발생하게 됩니다. 따라서 이러한 경우에는 해당 자산을 취득하는 과정에서 발생하는 취득세에서 기 납부한 간주취득세를 공제하여 납부하여야 합니다. (대법원2006다 81257, 2009.04.23.)

9. 간주취득세 과세표준은 어떻게 되나요?

과점주주 간주취득세의 과세표준은 지분취득으로 인해 최초로 과점주주가 되거나 과점주주가 추가 취득하여 납세의무가 성립한 시점에 해당 법인이 보유하고 있는 취득세 과세대상자산의 총가액 중 과세대상지분율을 곱한 금액을 과세표준으로 합니다. 이 경우 취득세 과세대상자산의 총가액은 원칙적으로 신고한 가액에 의하되, 무신고 혹은 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적은 경우에는 법인의 결산서 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 산출한 금액을 과세표준으로 합니다.

[표1] 간주취득세 과세표준

구 분	간주취득세 과세표준
① 최초로 과점주주가 된 경우	법인의 취득세 과세대상 재산가액 × 과점주주지분율(총)
② 과점주주의 지분증가	법인의 취득세 과세대상 재산가액 × 과점주주지분율(증분)

이 경우 해당 취득세 과세대상자산의 총가액을 결산서 등에 기초하여 계산하는 경우의 장부금액은 감가상각을 하는 경우에는 감가상각을 반영한 장부금액으로 하고 감가상각을 하지 않은 경우에는 그 장부금액을 총가액으로 하면 됩니다. 하지만 재평가를 한 경우에는 해당 금액을 과세대상총가액에 산입할 것인지에 대해 심판원(조심2018지744, 2018.8.27)에서는 재평가금액도 취득세 과세대상자산의 총가액에 산입하는 것으로 판시한 바 있으므로 과세표준 검토시 참고하시면 도움이 될 것입니다. (조심2018지744, 2018.8.27)

지금까지 과점주주 간주취득세와 관련하여 기본적인 내용부터 깊이 있는 예규까지 검토해보았습니다. 해당 주제의 경우 일반기업입장에서는 전문가의 도움이 필요한 부분입니다. 이번 포스트에서 다룬 내용이 독자분들 업무에 도움이 되시기를 바랍니다.

감사합니다.

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