비영리법인이 처분하는 고정자산에 대한 세금(2)

BY 장진혁 2022-03-28

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지난 시간에는 법인세 과세대상과 납세의무자에 대해 알아보았습니다.
이번 시간에는 본격적으로 고정자산 처분에 대한 세금에 대해 알아보도록 하겠습니다.

1. 일반적인 경우

법인세법에서는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업으로 보고 있으나 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법인세법상 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 목적사업에 해당하여 과세소득에서 제외하고 있습니다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 양도차액을 계산하여 전입 이후 발생한 처분 수입만 비과세합니다.

수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우

㉠ 2018.01.31. 시가 1,200 전입한 경우

※ 비과세 처분수입 = 양도가액－최초 취득시 취득가액 = 1,500－1,000 = 500
　 그러므로 양도차액 500에 대해 전부 비과세 한다.

㉡ 2018.03.01. 시가 1,200 전입한 경우

※ 비과세 처분수입 = 양도가액－고유목적사업 전출시 시가 = 1,500－1,200 = 300
　 그러므로 양도차액 500에 대해서 300은 비과세 하고 200에 대해서만 과세한다.
비영리법인이 고정자산의 처분일 현재 해당 고정자산을 고유목적 사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부의 판단에 있어 고유목적사업에 사용한 기간은 그 고정자산을 취득한 날부터 기산하고, 증여로 인한 취득일 경우에는 소유권이전 등기일을 취득일로 합니다. 그리고 법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 사용한 날부터 기산합니다.

2. 수익사업과 목적사업에 공통으로 사용하는 경우

건물의 일부를 목적사업에 사용하면서 나머지를 임대하는 부동산을 처분하는 경우에는 어떻게 해야 할까요?

비영리법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 부동산을 처분하는 경우 양도차익은 양도가액에서 세무상 장부가액을 차감하여 산정합니다. 이렇게 계산한 양도차익은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업에 해당하는 사용면적비율로 안분하여 수익사업 부문에 해당하는 양도차익에 대해 법인세를 납부하여야 합니다. 이때 고유목적사업에 사용여부는 고정자산 처분일 현재를 기준으로 판단하므로 오랜 기간 고유목적사업에 사용한 고정자산이라도 해당 고정자산 처분시점에 수익사업에 사용하고 있다면 과세대상에 해당하는 것입니다. 그리고 수익사업 부분에 대한 양도차익에 대해서는 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 설정할 수 있습니다.

사용용도	사용기한	수익 or 목적
목적사업	고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적에 사용한 경우. 단, 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우는 안분 필요	목적사업
목적사업	그 외	수익사업
수익사업	관계없이	수익사업

3. 토지 등 양도차익에 대한 법인세

비영리법인이 수익사업과 목적사업에 사용하는 지 여부에 관계없이 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물, 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세됩니다. 다만, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니합니다.

그러므로 대통령령으로 정하는 주택 등을 목적사업에 3년 이상 사용하여 각사업연도소득에 대한 법인세 부과대상에 해당하지 않는 경우에도 토지 등 양도차익 대한 법인세는 부과되며, 토지 등 양도차익에 대한 법인세 계산시에는 각사업연도소득에 대한 법인세 계산과는 달리 고유목적사업준비금은 적용하지 않습니다.

[ 관련법령 및 예규 ]

1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득 3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득 4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 소득세법 94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
2) 법인세법시행령 제3조【수익사업의 범위】 - 중 략 -
② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.
3) 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의 2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 가. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 나. 「소득세법」 제104조의 2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 다. 그밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 4. 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액
4) (법인세과-454 , 2009.04.14) [ 제 목 ] 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산 해당 여부
[ 요 지 ] 종교단체가 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하는 주택을 양도하는 경우 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단 할 사항임
[ 회 신 ] 비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 주택을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단 할 사항이며, 내국법인이 「법인세법 시행령」 제92조의2 제2항 각호의 1에 해당되는 주택을 제외한 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100 분의 30을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 추가하여 납부하여야 하는 것임

4. 자산양도소득에 대한 법인세 신고특례

법인세법 제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인은 다음 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 자산양도소득이라 한다)의 경우에는 법인세법 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준을 신고하지 않을 수 있으며, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않습니다.

1) 신고특례 적용대상 자산

① 소득세법 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 법인세법 시행령 제99조의 2 제1항으로 정하는 주식 등(대주주의 상장주식과 장외거래주식, 비상장주식 등을 말하며 2023년 1월 1일 이후 양도분 부터는 해당 특례를 적용하지 못한다) ② 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ③ 소득세법 제94조 제1항 2호 및 제4호의 자산(부동산에 관한 권리 및 기타자산)

2) 과세표준과 세액 계산

법인세법 제60조에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 소득세법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부해야 합니다. 이 경우 소득세법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 토지 등 양도차익에 대한 법인세를 적용하지 않습니다. 그러므로 중과세율이 적용되지 않는 경우에는 신고특례 이외에 토지 등 양도차익에 대한 법인세를 추가로 신고해야 합니다.

이 경우 부동산 등 양도소득 특례 신고 방법을 적용하여 신고한 부동산 등의 양도차익은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금·손금에 포함하지 않습니다.

과세표준 = 양도가액 － 취득가액 － 자본적지출액 － 양도비 － 장기보유특별공제 - 양도소득기본공제
양도가액, 필요경비 및 양도차익은 소득세법 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용하여 계산합니다.

3) 세액의 신고 납부

위 방식으로 계산한 법인세는 소득세법 제105조 내지 제107조의 규정에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하며, 이 경우 비영리법인의 양도소득 과세표준 예정신고를 제출하여야 합니다. 또한 해당 사업연도의 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 법인세법 제62조의 2 제6항의 규정에 따라 법인세 과세표준에 대한 신고 등을 하여야 합니다.

그리고 소득세법 규정에 따라 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에도 법인세법 제60조 제1항에 따라 과세표준 신고를 할 수 있으며, 이 경우 예정신고 납부세액은 납부할 세액에서 공제합니다.

[ 관련법령 ]

1) 법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】 ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1. 삭 제 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 ② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다. ④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다. ⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의 3을 준용한다. ⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2) 법인세법시행령 제99조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례】 ① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주식 등"이란 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 나목(주식 등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호·제5호에 규정된 자산을 말한다. ② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. ③ 법 제62조의 2 제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(보건업 외에 제3조 제1항에 해당하는 수익사업은 제외한다)에 직접사용한 자산을 제외한다. 1. 법령에서 직접사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 2. 행정관청으로부터 허가·인가 등을 받은 경우에는 그 허가·인가 등을 받은 사업 3. 제1호 또는 제2호 외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 ④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. ⑥ 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

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