비영리법인이 처분하는 고정자산에 대한 세금(1)

BY 장진혁   2022-03-21
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비영리법인이 받는 회비, 기부금, 목적사업과 관련된 국고보조금 등을 제외하고 재화 또는 용역을 제공하고 그에 따른 대가를 받는 사업은 일반적으로 수익사업에 해당될 여지가 많습니다. 비영리법인이 회원들에게 회비 이외에 학술대회 등 세미나를 개최하면서 받는 참가비, 증명서 등을 발급하고 받는 발급수수료, 학술연구용역을 제공하고 받는 용역수입, 간행물에 실리는 광고수입 등의 경우 법인세법상 수익사업에 해당하며, 비영리법인이 이러한 수익사업을 영위하는 경우에는 세금이 발생하게 됩니다.

그리고 수익사업을 영위하지 않는 경우에도 비영리법인이 보유하고 있는 고정자산을 처분하면서 이익이 발생할 수 있습니다. 이러한 처분이익에 대해서 세금이 발생할까요?

먼저 비영리법인에게 부과되는 법인세 과세소득과 법인세 납세의무자에 대해 알아보도록 하겠습니다.

1. 법인세 과세소득

법인세는 법인이 얻은 소득에 대하여 그 법인에게 부과되는 조세입니다. 이러한 법인세 과세소득에는 각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득, 청산소득이 있으며, 비영리법인의 경우 각 사업연도의 소득과 토지 등 양도소득에 대하여만 법인세를 부과합니다.

구분 각 사업연도의 소득 토지 등 양도소득 청산소득
내국법인 영리법인 국내외 원천의 모든 소득
비영리법인 국내외 원천소득 중 일정한 수익사업에서 발생한 소득
외국법인 영리법인 국내원천소득
비영리법인 국내원천소득 중 일정한 수익사업에서 발생한 소득


1) 각 사업연도의 소득

비영리법인은 법인세법 제4조와 같은 법 시행령 제3조에서 열거한 수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지며, 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 일반 영리법인과 일반적으로 동일합니다.


2) 토지 등 양도소득

비영리법인이 토지 등을 양도하는 경우 고정자산처분이익에 대해 각사업연도소득에 대한 법인세(처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용한 경우 제외. 다만, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 2018년 2월 13일 이후 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 전입 이후 처분으로 인하여 생기는 수입만 비과세)가 과세되며, 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물, 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세됩니다. 다만, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대해서는 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세하지 아니합니다.

ㆍ 토지 등 양도소득의 법인세 계산

토지 등 양도소득에 대한 법인세의 계산구조는 다음과 같습니다.
     o 토지 등 양도소득 = 양도가액 - 양도당시의 세법상 장부가액      o 토지 등 양도소득에 대한 법인세 = 토지 등 양도소득 × 세율 ㆍ 세율

토지 등 양도소득에 대한 법인세율은 다음과 같습니다. 이 경우 하나의 자산이 다음의 규정 중 둘 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용합니다.

구 분 세 율
주택과 주택을 취득하기 위한 권리 20%(미등기의 경우 40%)
비사업용 토지 10%(미등기의 경우 40%)
투기지역 내의 부동산 10%

미등기 토지 등이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말합니다. 다만, 다음의 경우에는 미등기토지 등에서 제외합니다.

㉠ 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 ㉡ 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 경우 ㉢ 법인이 직접 경작하던 농지로서 소득세법 시행령 제153조 제1항의 규정에 해당하는 농지의 교환 또는 분합에 해당하는 경우
ㆍ 양도차익과 양도차손의 통산

법인이 각 사업연도에 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 규정을 적용받는 둘 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 양도소득을 합산한 금액으로 합니다. 이 경우 양도한 자산 중 양도 당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 양도차손을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산합니다.

2. 법인세 납세의무자

법인세의 납세의무자는 법인이며, 여기에는 국세기본법에 의해 법인으로 보는 단체도 포함됩니다.


1) 내국법인과 외국법인

내국법인이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말하며, 외국법인이라 함은 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)을 말합니다.


2) 영리법인과 비영리법인

영리법인은 경제적 이익을 목적으로 설립되고 이윤의 극대화를 위해 노력하며 그 과실을 구성원이나 사원 개개인에게 배분하는 것을 기본원리로 합니다. 반면 비영리법인은 민법 제32조의 규정에 의거 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 설립되는 법인을 말합니다.

[ 관련법령 ]

1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 소득세법 제16조 제1항에 따른 이자소득 3. 소득세법 제17조 제1항에 따른 배당소득 4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 소득세법 94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
2) 법인세법시행령 제3조【수익사업의 범위】 ① 법 제4조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업 2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업 가. 유아교육법에 따른 유치원 나. 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교 다. 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다) 라. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교 마. 평생교육법 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
- 중략 -
16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제14호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

3) 법인세법 기본통칙 4-3…3【수익사업과 비수익사업의 구분】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

1. 수익사업에 속하는 것 가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입 나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입 다. 학교에서 전문의를 고용하여 운영하는 의료수입 라. 주무관청에 등록된 종교단체 등의 임대수입. 다만, 영 제2조 제1항 제7호에 해당되는 경우는 제외한다. 마. 전답을 대여 또는 이용하게 함으로써 생긴 소득 바. 정기간행물 발간사업. 다만, 특별히 정해진 법률상의 자격을 가진 자를 회원으로 하는 법인이 그 대부분을 소속회원에게 배포하기 위하여 주로 회원의 소식, 기타 이에 준하는 내용을 기사로 하는 회보 또는 회원명부(이하 "회보 등"이라 한다)발간사업과 학술, 종교의 보급, 자선, 기타 공익을 목적으로 하는 법인이 그 고유목적을 달성하기 위하여 회보 등을 발간하고 이를 회원 또는 불특정 다수인에게 무상으로 배포하는 것으로서 통상 상품으로 판매되지 아니하는 것은 제외한다. 사. 광고수입 아. 회원에게 실비 제공하는 구내식당 운영수입 자. 급수시설에 의한 용역대가로 받는 수입 차. 운동경기의 중계료, 입장료 카. 회원에게 대부한 융자금의 이자수입 타. 유가증권대여로 인한 수수료수입 파. 조합공판장 판매수수료수입 하. 교육훈련에 따른 수입료수입
2. 비수익사업에 속하는 것 가. 징발보상금 나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입 다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가 상당액을 제외한다) 라. 외국원조수입 또는 구호기금수입 마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액