알아두면 유익한 지목변경 간주취득세

BY 송영관   2022-02-28
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취득할 때나 양도할 때는 명확한 개념이 보이기에 어려움 없이 그에 따른 세무신고를 하게 마련입니다. 상속이나 증여를 받을 때에도 마찬가지로 상속이 개시된 시기나 증여 시기가 뚜렷하므로 이에 대한 세무신고를 비교적 누락 없이 자진신고를 하고 있지요. 그런데 요즘 들어 문제시되는 세금이 있으니 바로 지목변경에 따른 간주취득세입니다. 토지의 형질 등을 사용 목적에 맞게 변경하면서 까마득하게 놓치는 부분이 바로 이 간주취득세입니다. 토지의 형질 등을 변경할 때 토지매입 취득세, 각종 부담금, 인허가 관련 비용, 보유기간의 재산세를 부담했는데 갑자기 뭔 세금을 또 내랍니다(우리는 성실한 납세자라고요 ㅠ.ㅠ). 난 뭔가를 더 산게 없는데???... 사실 지방세법에서는 제7조 제4항에 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다는 규정이 있습니다. 이는 실제 취득한 것은 아니지만 취득한 것으로 보는 의제 규정으로, 바로 이 규정에 의해 세금이 부과되는 것입니다.
난 산게 없어요, 그냥 형질 변경하고 지목 바뀐 건데 세금을 내라?

다시 한 번 지방세법을 살펴보면, 취득의 종류에는 어떤 권리를 승계하지 않고 독자적으로 취득하는 원시취득과 물권변동이 없더라도 취득가액의 증가 등을 취득으로 의제하는 간주취득이 있는데 바로 이에 해당하는 것입니다.
즉, 외형적으로 실제 취득한 것은 없지만 지목변경에 따른 가치상승분을 취득으로 보고 그에 대한 부분에 대해 취득세를 부과한 것으로 이해하시면 되겠습니다. 얼핏 이해가 어려울 수 있으니 본격적으로 지목변경 간주취득세에 대해 알아보기에 앞서 관련법령을 간단히 살펴보고 넘어가겠습니다.

지목변경 간주취득세 관련법령

지목변경 간주취득세 관련 기본적인 사항을 짚고 넘어가서 법령에서 무엇을 어떻게 규정했는지를 보면 훨씬 이해하기가 쉬울 것입니다. ■ 지방세법 제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우 2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우
제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
■ 지방세법 시행령 제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준)
법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다. 1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다) 2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액을 말한다)
제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조제5항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다. 1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다) 2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.


지목변경 취득세 관련 묻고 답하기

언뜻 법령만 봐서는 잘 들어오지 않을 수 있으므로 법령 내용을 토대로 자주 질의하시는 사항에 관해서 묻고 답하기로 정리해보고자 합니다.
Q 건축물의 ‘용도변경’ 시에도 취득세가 부과되나요? A ‘지목변경’은 지적공부에 등록된 지목을 다른 지목으로 바꾸어 등록하는 것이고‘용도변경’이란 건축물의 사용목적에 따라 기본적으로 부여된 용도를 다른 용도로 사용하기 위해 용도를 바꾸어 등록하는 것을 말합니다.따라서 반드시 용도가 변경되었다고 하여 용도변경에 대한 취득세가 부과되는 것은 아니고 건축물의 부속토지 등이 변경되는 경우라면 취득세가 발생하게 됩니다.

Q 농지에 전원주택을 짓기 위해 농지를 사면서 취득세를 냈고, 현재 농지의 형질변경을 통해 지목이 바뀔 예정인데요, 이때도 취득세 또 내나요? A 처음에 납부하신 취득세는 농지를 취득하신 부분에 대한 취득세이고 이후 지목이 대지로 바뀌면서 간주취득세가 부과됩니다. 반드시 이 부분도 신고납부를 이행하셔야 합니다.

Q 간주취득세 과세표준은 항상 시가표준액이 기준일까요? A 그렇지 않습니다. 개인의 경우 해당 토지에 대한 지목변경 전후의 시가표준액 차이가 과세표준이 되지만 법인이라면 법인장부로 토지의 지목변경에 소요된 비용이 과세표준이 됩니다.

Q 농지전용부담금 등도 과세표준에 넣어야 되나요? A 개인의 경우 농지전용부담금 등을 납부하면 되지만 법인이라면 농지전용부담금과 같은 각종 부담금은 지목변경과 함께 수반되어 발생하는 것이었다면 과세표준에 포함하여야 합니다(지방세운영과-902, 2008.07.10.).


사례로 보는 지목변경 간주취득세 쟁점해설

ㆍ 지목변경 취득세 감면 적용

[사례] - 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택을 건축 - 공동주택을 짓기 위해서는 지목변경이 필수적으로 발생 - 지방세특례제한법 제33조 제1항에 의해 공동주택 및 필수적 발생분인 지목변경 쟁점
[질의] - 지방세특례제한법 제33조 제1항에 따라 지목변경한 토지도 감면 가능한지 여부
[해설] - 지방세특례제한법 제33조 제1항에서 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며
여기에서 공동주택을 건축하는 경우 해당 부속토지의 취득에 대하여 면제대상에서 제외하는 것은 건축하는 공동주택에 대하여만 특례를 적용한다는 의미로 보아야 할것입니다.
- 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것[(대법원2008두11372, 2009.8.20.) 판결, 같은 뜻임]인 바, - 지방세특례제한법 제33조제1항에서 규정한 취득세 면제대상인 ‘건축한 공동주택’이란 사회통념상 신축 취득하는 공동주택만을 의미하는 것으로 ‘건축’의 범위를 특별한 사업 없이 지목변경까지 확장해석 할 이유가 없을 뿐더러 명확하게 부속토지를 제외하고 있는 이상 지목변경을 건축의 개념에 포함하여 감면하기엔 무리가 있다고 판단되고
지방세법 제7조제14항에서 건축물을 건축하면서 그 건축물에 부수되는 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우 지목변경이 수반된다면 건축물에 포함하도록 2019년 명확하게 개정보완된 것으로 개정이전에는 토지에 포함하는 것으로 보아야 하는 바 공동주택의 개념에는 더욱 해당할 수 없어 면제대상에 해당되지 않는다고 보여집니다.

※ 다만, 취득세 면제나 감면 대상이 법에서 특정하는 주택, 농지 등으로 표현되지 아니하고 ‘취득하는 부동산’으로 규정되어 있는 경우 감면 가능


ㆍ 산업단지토지 조성사업 지목변경 취득일

[사례] - 취득자: A법인(산업단지 조성사업 사업시행자) - 산업단지 조성사업 준공인가일 : 2020.05.12.(지적부서의 지적공부정리일) - 등기완료일:2020.06.17.(공부상 지목변경일)
[질의] - 사례와 같은 경우 산업단지토지 조성사업 지목변경 취득일?
[해설] - 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 「지방세법」 제7조제4항에 따라 취득세 납세의무가 있으며, 「지방세법 시행령」 제20조제10항은 "토지의 지목이 사실상 변경된 날"과 "공부상 변경된 날" 중 빠른 날을 취득일로 보되, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 "그 사실상의 사용일"을 취득일로 본다고 규정하고 있습니다. ㆍ여기에서 말하는 "지목이 사실상 변경되었다 함"은 토지의 지목을 변경하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하여 사용하였음을 의미한다고 봄이 타당합니다.(지방세운영과-2527, 2014.8.1.) ㆍ사안의 경우, 도시개발사업에 따른 토지조성공사 준공 전에 쟁점 토지 구역에 주택개발사업이 착수되었는데, - 도시개발사업이란 "도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하는 사업"(「도시개발법」§2①)이므로, 그 자체로 토지의 지목을 변경하는 사업으로 보아야 하고, 쟁점 토지를 주택용지로 공급함으로써 도시개발사업 시행자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목변경을 완료하였다고 보이며, - 쟁점법인(도시개발사업 시행자이자 주택건설사업 시행자)과 쟁점법인 외 도시개발사업 공동시행자 간 토지지분 매매계약서에 토지조성공사 준공 시 확정측량에 따라 매매대금을 정산하기로 한 점 등을 고려할 때, 토지조성공사와 주택건축공사는 그 비용 등이 완전히 구분되는 별개의 사업이므로, 토지의 지목변경이 사실상 완료된 후 해당 토지에서 주택건축 공사가 진행되는 것으로 봄이 타당합니다(지방세운영-2527, 2014.8.1.). - 따라서, 쟁점 토지의 지목이 사실상 변경된 날은 조성공사가 사실상 완료되어 전ㆍ답이었던 토지가 주택건설사업에 공여될 수 있는 토지로 변경된 날이고, 지목변경 간주취득일은 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용 승낙일인 토지지분 매매계약일 중 빠른 날이므로, 그 당시 토지 소유자인 도시개발사업 시행자가 취득세 납세의무자라고 판단됩니다. - 사례의 경우 역시 행안부 유권해석 사례에 비추어 산업단지 조성사업 준공인가일인 2021.10.13.에 지목변경이 완료되었다고 보입니다.
[정리] 사실상의 지목변경일 : ①, ②, ③ 중 빠른날
 ① 토지의 지목이 사실상 변경된 날
 ② 공부상 변경된 날
 ③ 그 사실상의 사용일


ㆍ 지목변경 면적에 법인과 개인분이 섞여 있는 경우

[사례] - 22.2월경 주상복합건물 신축 후 그 부속토지(10필지) 지목변경 - 지목변경필지(10필지)의 소유자가 법인도 있고, 개인도 있음 - 법인 장부가액에는 소유자 구분 없이 지목변경에 들어간 비용으로 기장
[질의] - 사례와 같은 경우 과세표준 산정 방법?
[해설] - 공사를 한 주체가 법인이어서 그 법인의 장부에 의하여 지목변경에 투입된 비용을 확인할 수 있는 경우에는 그 가액을 지목변경 비용으로 보아, 토지의 소유자별로 안분하여 과세할 수 있으나 - 법인의 장부에 의하여 객관적으로 지목변경에 투입된 비용이 모두 확인되지 아니한 경우에는 안분 등의 방법으로 법인 장부가액을 과세표준으로 삼을 수 없다고 보이고, - 지방세법 제10조 제3항 후단에 따라 신고가액과 지방세법 시행령 제17조에 따라 산정된 시가표준액 중 높은 가액을 기준으로 지목변경에 따른 과세표준을 산출하는 것이 법적으로 타당해 보입니다. - 따라서 지목변경을 위해 지급된 비용이 법인의 장부(공사를 대행한 법인의 장부나, 토지소유자 중 법인의 장부에서 확인되는 경우)에서 모두 확인되는 경우라면 지방세법 시행령 제17조 단서를 적용하여 법인장부가액을 기준으로 간주취득세를 산출하고 이후 납세의무는 각 토지의 소유자별로 안분하여 과세하면 될 것으로 판단됩니다.


최근 유권해석 동향

지금까지 사례별 지목변경 간주취득세의 쟁점사항을 살펴보았는데요. 주로 과세표준 적용과 취득시기가 주요 쟁점이 되는 것을 확인할 수 있었습니다. 그렇다면 이에 더해 최근 행정안전부 유권해석이나 심판례 등을 통해 지목변경 간주취득세에 관한 내용을 추가로 파악해 보도록 하겠습니다.


ㆍ 지목변경 간주취득세 전반

행정안전부 (부동산세제과-378, 2021.02.02.)
지목변경 간주취득세 과세방법 질의에 대한 회신

ㆍ임야 등 ‘대’가 아닌 토지에서 공동주택 등을 건축함에 따라 지목변경이 발생되는 경우라면, 지방세법 제7조제4항에 따른 지목변경 취득세를 적용하는 것이 타당함 ㆍ토지소유주가 수탁자로서 건축주인 위탁자의 건축에 따라 지목변경이 발생한 경우, 해당 지목변경 간주취득세의 납세의무자는 수탁자인 토지 소유주로 보는 것이 타당함 ○ 임야 등에 건축이 이루어지는 경우로서 순수 지목변경을 위한 비용(절토·성토비용 등)은 지목변경 취득세 과세표준에 포함하고, 건축이 수반되는 비용(조경공사, 도로포장비용 등)은 건축물 취득세 과세표준에 포함해야 함
[해설] 비록 공부상 지목의 변동이 없다 하더라도 토지에 조경 등을 조성·설치함으로써, 해당 토지의 가치가 상승되었다면 지목변경 취득세를 부과하는 것이 합리적이라는 해석으로 지목이 대(대지) → 대(건축물의 부속토지)인 경우라도 취득세가 과세되는 것에 유의해야 합니다.


ㆍ 사실상 지목변경이 이루어졌으나, 관계법령에 따라 공부상 지목변경이 불가한 경우 취득세 과세대상 해당여부 → 과세

(부동산세제과-872, 2021.03.26)
관계법령에 따라 공부상 지목변경이 불가한 경우 취득세 과세여부 질의 회신

「산지관리법」 등 관계법령에 따른 허가를 받고 해당 토지가 기존의 산지(임야)가 아니라 태양에너지발전시설용 토지(잡종지 등)로 사실상 지목이 변경됨으로써 가액이 증가된 경우라면 지적 공부상의 지목변경이 수반되지 않는 경우라 하더라도 취득세 납세의무가 있다고 판단됨

[해설] 지목변경 간주취득세는 반드시 공부상의 지목변경만을 살펴야 할 것이 아니라 (지목변경 or 가치증가) ⇒ 사실상 지목변경 인지 여부를 검토해야 합니다.


ㆍ 지목변경공사를 하면서 부담한 기반시설 설치비용 및 기반시설 부담금의 과세표준 포함여부 → 포함

(조심2021지433, 2021.11.23)
지목변경공사를 하면서 부담한 기반시설 설치비용 및 기반시설 부담금이 지목변경 취득세 과세표준에 포함되는 비용에 해당하는지 여부

택지를 개발하면서 택지개발에 필수적으로 수반되는 시설로서 토지에 설치한 시설물은 토지와 구별되는 별개의 지장물이나 건축물에 해당하지 아니하는 이상 토지를 택지로 변경하여 가치 상승을 일으키는 토지의 부합물이므로 토지의 지목변경과 관련하여 발생한 비용에 해당된다고 하겠음

[해설] 택지 등의 토지를 개발하면서 필수적으로 수반되는 시설물과 부담금은 토지의 지목변경과 관련하여 발생한 비용으로서 반드시 취득세 과세표준에 포함하여 신고하여야 할 것입니다.

마치면서

지금까지 지목변경 간주취득세에 대해 자세히 알아보았습니다.

도입부에서 말씀드렸다시피 토지에 대한 형질변경 등의 이유로 지목이 변경된 경우 취득세, 각종 부담금, 재산세 등 그동안 납부한 비용이 있는데 이 이상 뭐 낼 게 있을까 싶어 놓칠 수 있는 세금으로 생각됩니다. 그러나 지목변경 간주취득세는 지방세법 상 명확하게 간주취득세의 개념으로 부과되는 것으로 과세관청이 고지하지 않았다거나 생각지 못했다는 사정만으로 선처를 구하는 것은 어렵다고 보입니다. 그러므로 항상 토지 개발 등의 사업이나 농지 전용 시에는 간주취득세에 대한 부분을 염두에 두고 검토해 나가야 빈틈없이 대비할 수 있을 것입니다.

코로나로 인해 매일 기하급수적으로 환자가 쏟아지고 있습니다. 이럴 때일수록 더욱 개인 위생과 방역규칙을 준수하면서 건강한 겨울나기를 보내셨으면 하면서 포스팅을 마칩니다. 더불어 이번 포스팅도 유익했기를 바랍니다. 감사합니다.