최근 법인지방소득세관련 주요쟁점 분석 및 대책

BY 전동흔   2021-12-16
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1. 의의

지방소득세가 독립세로 전환되기 이전에는 부가세(surtax)방식으로 과세되었기 때문에 국세인 법인세 등 산출세액에 10%를 곱하여 지방소득세 신고납부세액을 계산했다. 그러나 2014년 이후 지방소득세가 독립세로 전환되면서 국세인 법인세 등의 과세표준을 동일하게 사용하되 독자적으로 지방소득세 세율을 적용하고 그에 따른 지방소득세 감면 등 특례를 적용하여 지방소득세를 산츌하는 방식으로 전환되었다. 지방소득세가 부과세방식으로 과세되는 경우에는 법인세 등 최종 산출세액에 10%를 적용하면 그에 따른 법인세 등 감면이나 이월공제 등 효과가 반영되면서 산출세액을 산정하게 되었다. 이에 반하여 독립세방식인 현행 지방소득세의 경우에는 지방소득세 감면이나 이월공제에 대하여는 지방세법이 아닌 지방세특례제한법령에서 별도로 규정하고 있어 이에 별도 규정이 없는 경우에는 감면 등을 적용할수 없는 문제가 발생하게 되는 것이다. 개인지방소득세의 경우 지방세특례제한법에서 조세특례제한법상의 특례규정을 그대로 규정하고 있기 때문에 소득세 산출세액의 10%를 적용하는 종전 부가세방식과 현행 개인지방소득세 산출세액이 거의 동일하나 법인지방소득세의 경우에는 상황이 달리지게 된다. 왜냐하면 법인지방소득세의 경우 세율은 법인세 세율의 1/10의 수준이나 지방세특례제한법상 별도의 법인지방소득세에 대한 감면, 이월공제 등 특례규정이 없기 때문이다. 따라서 법인지방소득세의 산출세액은 법인세의 10%에 해당되지 아니하고 공제 등의 여부에 따라 달라지게 되는 것이다.
이와 같은 법인지방소득세의 세액 산출구조상의 차이점에 따라 여러 가지 법인지방소득세 신고납부 등의 쟁점이 발생하게 된다. 대표적인 예로 이월공제 적용을 들 수 있다. 종전에는 법인세 산출세액의 10%를 법인지방소득세로 하기 때문에 이월공제를 적용받을 수 있었으나, 2014년 독립세로 전환되면서 법인지방소득세는 지방세특례제한법상 이월공제 규정이 없기 때문에 납세의무자는 지속적으로 이월공제 대상이라고 신뢰를 하였음에도 불구하고 지방세특례제한법의 개정으로 인한 불측의 불이익을 받게 되었다. 그러나 처분청에서 이와 같은 감면배제는 세제개편에 따른 반사적 이익에 불과하다고 봄에 따라 감면대상이라는 납세의무자들의 기대에 반하게 되고 나아가 이월공제 등 감면을 받지 못하는 문제가 발생되는 것이다. 이에 여기서는 최근 법인지방소득세 부담 등과 관련하여 제기된 여러 쟁점을 분석하고 이에 대한 향후 대응방안을 제시하고자 한다.


2. 주요쟁점 분석

(1) 법인지방소득세 이월공제의 적용과 신의칙

내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하며(구 지법 §103의19), 부칙(§15) 규정에서는 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다라고 규정하고 있다. 이에 따라 개정전 지방세법령에 의거 법인지방소득세에서 아직 이월공제되지 않은 법인세 이월공제액을 2014년 이후 법인지방소득세 산정시 지방세법 부칙 규정을 적용하여 감면이월공제받는 것이 신의칙 측면에서 가능한지 여부가 쟁점이다. 이에 대하여 최근 조세심판원 결정(조심2020지643, 2020.12.21. 등 다수)에서는 개정전 지방소득세에서 경감되었다고 하더라도 개정후에는 이월공제대상이 아니라는 기각 결정을 한 바 있다.

[사례] 법인지방소득세의 이월세액 공제 적용(조심2020지643, 2020.12.21.) 2014.1.1. 개정 전 「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없음
(가) 법인지방소득세의 감면적용 배제와 입법취지

법인지방소득세의 감면분을 배제한 입법취지는 주택분 취득세 감면을 영구세율로 전환함에 따른 세수보전분을 확충하기 위함*인바, 2014.1.1. 법률 제12153호로 「지방세법」이 개정되기 전까지는 내국법인이 신고납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되므로 내국법인이 「조세특례제한법」 등에 따라 법인세를 감면받은 경우 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하여 이에 따른 법인지방소득세도 감면의 효과를 보게 되는 것이지만, 2014년 이후에는 독립세로 전환된 이상 원칙적으로 법인지방소득세 감면의 적용을 배제하는 취지이다.

* 2013.9.24. ‘지방재정 건전화를 위한 기능 및 재원조정 방안 마련’이라는 제목 하에 취득세율 인하에 따른 지방세수 등 감소액 보전 및 중앙정부 복지분담률 확대로 인한 중앙-지방간 기능 및 재원 조정을 위하여 ‘지방소비세 전환율을 현행 5%에서 2015년까지 11%로 단계적으로 확대’하고, ‘지방소득세 과세체계를 현행 부가세 방식에서 국세와 과세표준을 공유하는 방식으로 전환하고 법인세분 지방소득세에 대한 세액공제·감면을 정비(약 1조원세수증대 예상)

(나) 지방세법 『부칙』에 대한 신의칙과 법인지방소득세의 감면 이월적용 가능성

개정된 「지방세법」 부칙 제15조에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있어, 내국법인이 각사업연도 중 신고·납부한 법인지방소득세 중 법인세를 감면받음에 따라 감소하게 되는 법인지방소득세를 환급받는 것이 가능한지 여부가 쟁점이다. 지방세법(§103의19) 상의 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”는 의미는 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 상당하고(대법원2019두58698, 2020.3.12.), 「지방세법」이 납세자에게 불리하게 개정되어 법인세와 달리 법인지방소득세의 경우 이월 세액공제를 받지 못하게 된 경우에는 부칙의 일반적 경과규정에 따라 종전의 규정에 따라 세액공제를 하는 것이 타당하다라는 하급심 판례등이 다수 제기되었다[(수원고법2019누13158, 2020.6.10.) 판결, (서울행법2018구합87279, 2019.11.19.) 판결 참조). 이에 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 종전의 규정을 적용하여, 2014년 이후 법인지방소득세에서 이월세액공제액을 공제하는 문제는 단순한 반사적 이익이라기 보다는 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”는 의미가 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라는 의미에 비추어 볼 때 내국법인의 경우 이월된 세액공제액의 상당하는 부분은 종전과 같이 법인지방소득세에서도 적용되어야 할 것으로 사료된다.

[판례] 외국납부세액에 대한 법인지방소득세 공제범위(대법원2019두58698, 2020.3.12.)지방세법 제103조의19의 신설 이유가 법인지방소득세의 과세표준을 법인세의 과세표준과 동일하게 하는 데 있다고 볼 여지가 없지 않으나, 구 지방세법 제103조의19를 신설할 당시 입법자의 의도가 법인세에 관하여 외국납부세액의 공제를 택한 내국법인에 대하여 세액공제 등을 전혀 고려하지 않고 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 법인세의 과세표준과 동일하게 하려 한 것이라고 보기 어려움
(다) 개인지방소득세의 이월공제 등 감면신청 근거규정

법인지방소득세와는 달리 개인지방소득세의 경우에는 「조세특례제한법」에 따라 소득세가 이월과세를 적용받는 경우에는 이 장에서 규정하는 개인지방소득세의 이월과세 내용에도 불구하고 그에 해당하는 개인지방소득세에 대하여 이월과세를 적용하고(지특법 §167의 2 ②), 「지특령」 제2조제6항 및 제126조제1항에 따른 지방세 감면 신청은 별지 제1호 서식에 따른다(지특칙(§2①). 그러므로 개인지방소득세 이월과세 신청을 별도로 하는 경우 지방세의 감면을 받으려는 자는 [별지] 제1호 서식(지방세감면신청서)에 따라 지방세 감면신청서 작성하여 제출하여야 하는 것이다.


(2) 연결법인의 외국납부세액 공제방식과 세부담 비교

각 연결사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」 제76조의 13에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하나 이에 불구하고 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 「법인세법」 제57조에 따라 외국납부세액공제를 하는 경우 해당 연결사업연도의 법인지방소득세 과세표준의 계산에 관하여는 제103조의 19 제2항부터 제4항까지의 규정을 준용하도록 규정하고 있다(지법 §103의 34 ①). 이에 따라 외국납부세액을 공제하는 경우 해당 연결사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 15년(소급시 10년)공제를 할 수 있는바, 외국납부세액공제방식에 따라 법인지방소득세 산출세액을 국별한도와 일괄한도계산방식으로 비교하면 [사례1]과 [사례2]와 같이 구분할 수 있다.


[사례1] 일괄한도 적용시의 외국납부세액공제 한도
구분 ①국내소득 ②국외B국 소득(결손) ③국외C국소득(결손) 총계(1+2+3)
소득금액 2억 6,000만원 2억원 5억 5,000만원 6억 1,000만원

연결법인의 법인세 과세표준인 6억 1,000만원에 대한 산출세액을 ‘1억 200만원’으로 전제했을 때 일괄한도방식의 외국납부세액공제 한도액은 58,524,590원이 된다.

※ 산출세액(1억 200만원) × 국외소득(5억 5,000만원 - 2억원) / (총 소득금액 6억 1,000만원) = 58,524,590원


[사례2] 국별한도 적용시의 외국납부세액공제 한도
구분 ①국내소득 ②국외B국 소득(결손) ③국외C국소득(결손) 총계(1+2+3)
소득금액 2억 6,000만원 -2억원 5억 5,000만원 6억 1,000만원
국외 B국 결손금 안분 6,500만원* 0 -1억 3,500만원 -

연결법인의 법인세 과세표준인 6억 1,000만원에 대한 산출세액을 ‘1억 200만원’으로 전제했을 때 국별한도방식의 외국납부세액공제 한도액은 69,226,229원이 된다.

※ 산출세액(1억 200만원) × 국외소득(5억 5,000만원 - 1억 3,500만원) / (총소득금액 6억 1,000만원)= 69,226,229원
* -2억원 × 2억 6,000만원 / (2억 6,000만원 + 5억 5,000만원) = 6,500만원


상기 [사례1]과 [사례2]를 비교하면 일괄한도계산방식의 경우 국외에서 발생한 결손금 2억원이 전부 국외C국에서 발생한 소득금액 5억 5천만원에서 차감되어 계상되지만 국별한도계산방식의 경우에는 국외에서 발생한 결손금 2억원이 국내에서 발생한 소득 2억 6천만원과 국외C국에서 발생한 소득금액 5억 5천만원에서 소득금액 비율로 안분하여 차감된다. 따라서 국외소득에서 결손발생시에는 『국별외국납부한도방식』이 일괄한도방식보다 외국납부세액공제 적용시 더 많은 세액공제가 가능하게 된다. 구 지방세법 제103조의 19를 신설할 당시 법인세에 관하여 외국납부세액의 공제를 택한 내국법인에 대하여 세액공제 등을 전혀 고려하지 않고 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 법인세의 과세표준과 동일하게 하려 한 것이라고 보기 어려운 점을 감안할 때(대법원2019두58698, 2020.3.12.참조), 국별외국납부세액한도 방식으로 결손금 발생법인의 법인세 과세표준을 산출하는 것이 법인지방소득세 공제한도도 높기 때문에 보다 많은 세제혜택을 받을 수 있다고 보여진다.

[판례] 외국납부세액에 대한 법인지방소득세 공제범위(대법원2019두58698, 2020.3.12.)지방세법 제103조의19의 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다”는 의미는 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 상당함. 구 지방세법 제103조의19의 신설 이유가 법인지방소득세의 과세표준을 법인세의 과세표준과 동일하게 하는 데 있다고 볼 여지가 없지 않으나, 구 지방세법 제103조의19를 신설할 당시 입법자의 의도가 법인세에 관하여 외국납부세액의 공제를 택한 내국법인에 대하여 세액공제 등을 전혀 고려하지 않고 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 법인세의 과세표준과 동일하게 하려 한 것이라고 보기 어려움
※ 조세심판원결정[(조심2019지3694, 2020.7.28.), (조심2019지3642, 2020.11.3)]도 동일한 취지임


(3) 법인지방소득세 환급기산일과 불복절차의 필요성

지방세환급금과 지방세환급가산금에 관한 납세자의 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸하며, 지방세환급금 또는 지방세환급가산금과 관련된 과세처분의 취소 또는 무효확인 청구의 소 등 행정소송을 청구한 경우 그 시효의 중단에 관하여는 「민법」 제168조 제1호에 따른 청구를 한 것으로 의제한다(지기법]§64①). 또한 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제6호 및 제7호에 해당하는 경우는 제외)하거나 취소함에 따라 발생한 지방세환급금의 경우에는 그 지방세 납부일의 다음 날, 「지방세법」 제103조의 62에 따라 법인지방소득세 특별징수세액을 환급하는 경우에는 지방자치단체의 장이 지방세환급금으로 결정한 날부터 30일이 지난 날의 다음 날을 각각 기산일로 하여 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사의 예금이자율 등을 고려하여 법정이율에 따라 계산한 금액(=지방세환급가산금)을 지방세환급금에 가산하여 지급하여야 한다(지기법 §62①).

그런데 해외펀드가 국세(특별징수분 법인세) 불복소송을 제기한 후 승소하여 환급을 받았으나 지방소득세 불복을 당초 납부일로부터 5년이내 하지 아니한 경우 환급을 받을 수 있는 지방소득세 환급청구 기산일을 언제로 하는지가 쟁점이다. 이에 대하여 행정안전부 해석사례(행안부 지방세정책과-1908, 2021.4.29.)는 법인세와 별도로 지방소득세에 대하여 5년이내 경정청구 등 불복을 제기하지 아니한 이상 소멸시효가 도과되었다고 보있다.

[사례] 법인지방소득세 환급 소멸시효기간 소득세와 법인지방소득세는 부과주체, 과세요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로 소득세만 부당이득반환청구의 소를 제기하였을 뿐 지방소득세는 별도 소제기가 없었다면 지방소득세의 소멸시효 중단없이 진행되어 완성되었다고 할 것임(행안부 지방세정책과-1908, 2021.4.29)
이는 종전 지방소득세의 경우 소득세나 법인세의 납부세액을 기초로 표준세율(10%)을 적용하여 지방소득세(소득세분, 법인세분) 납부세액을 계산하였으므로 국세의 세액 경정이 되는 경우에는 이에 따라 지방소득세 세액도 변경되는 구조인 것이다. 즉, 법인세분 또는 소득세분 지방소득세가 과세된 경우 그 과세표준이 되는 법인세액이나 소득세액이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정이 있기 전까지는 지방소득세 과세처분도 유효한 것이고, 부과처분 내용이 적법하게 유지되고 있으므로 지방소득세 부과처분은 적법한 것이라고 본 것이다. 지방세법 제94조 제2항의 규정에 의하면 소득세법과 법인세법에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정·경정 또는 소득세법 제85조의 2법인세법 제72조에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 지방소득세액을 환급하거나 추징하도록 규정하고 있으므로 추후 법인세 등이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정된 경우에는 이의신청 등에 대한 결정에 불구하고 지방소득세도 취소 또는 감액되어야 할 것이다[(조심2014지690, 2014.6.3.); (조심2013지372, 2013.5.24.) 다수]. 그러나 2014년 이후 지방소득세는 국세와는 다른 독립적인 세금이며 부가세(surtax)체계가 아닌 이상 소득세나 법인세의 과세표준이 변경되었다고 하여 당연히 지방소득세가 자동적으로 변경되는 것이 아니라 경정청구 등에 의거 경정 결정이 있어야 하는 것이다(대법원2000다25590, 2000.10.27. 참조).

[판례] 국세와 지방소득세의 별개 처분성(대법원2000다25590, 2000.10.27.) [1] 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제38조의2의 결손금소급공제는 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 이 경우의 환급청구권은 납세자의 신청에 기하여 관할 세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 비로소 확정되므로 위 환급세액의 성질은 과오납의 성질을 가지는 것이라 볼 수 없으며, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제178조 제2항에서 법인세의 결정·경정이라 함은 납세의무자가 과세표준신고를 하지 않아 과세관청이 조사하여 결정하거나 과세표준신고는 하였지만 그 신고에 오류·탈루가 있어 이를 시정하여 결정하는 것을 말하므로, 법인세법 제38조의2의 결손금소급공제에 의한 환급세액의 결정은 구 지방세법 제178조 제2항의 결정·경정에 해당한다고 볼 수 없고, 구 지방세법 제178조 제2항이 1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되어 결손금소급공제에 의한 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우가 법인세할 주민세의 환부 대상에 추가되었다고 하더라도 개정된 규정은 시행 후(1999. 1. 1.) 최초로 법인세를 환급 받는 분부터 적용하도록 되어 있으므로 이와 달리 볼 것도 아니다.

[2] 법인세할 주민세는 비록 법인세액을 그 과세표준으로 하는 것이지만 이는 지방세로서 국세인 법인세와는 그 부과주체, 과세요건, 부과절차 등에 있어서 서로 다른 별개의 조세이므로, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제38조의2에 의한 환급결정이 있었다 하더라도 그에 따라 법인세할 주민세가 당연히 환부되어야 하는 것은 아니다.

국세의 과세표준이 변경되어 국세인 소득세와 법인세가 경정되어 환급된 경우 지방소득세도 환급되는 것인지 여부에 대하여 살펴보면 다음과 같다.
내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 하며(지법 §103의 19), 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장은 제98조에 따라 수시부과하거나 제103조의 13에 따른 특별징수한 세액이 개인지방소득세 총결정세액을 초과하는 경우에는 이를 환급하거나 지방세에 충당하는 등의 조치를 취하여야 한다고 규정하고 있는바(지법 §100 ②), 국세인 소득세 등의 과세표준이 변경된 경우에는 그에 따라 지방소득세 과세표준도 변경되는 것이다.
또한 지방세환급금과 지방세환급가산금에 관한 납세자의 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸하며 그 소멸시효에 관하여는 『이 법 또는 지방세관계법』에 별도의 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」을 따른다(지기법§64①). 법인분 지방소득세는 법인세법(특별징수분)의 규정에 의하여 부과되는 법인세액을 과세표준으로 하여 당해 시·군 내에서 법인세(특별징수분)의 납세의무가 있는 법인이 납세의무를 지는 것이어서 법인세(특별징수분)의 납세의무의 존재를 전제로 하고 있는 것이다. 법인세법에 의하여 부과되는 법인세에 대하여 『납세의무의 확정』에 대한 변경이 있게 되는 경우에는 수정신고나 경정청구를 할 수 있는 것인바, 과세표준의 변경이 발생되어 본세인 국세가 경정결정된 경우는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때를 포함하므로 국세 소송에 의해 과세표준이 변경된 경우도 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구하여 권리 구제를 받을 수가 있는 것이다(지기법§50② 참조). 따라서 소득세, 법인세 등의 과세표준이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정된 경우에는 이의신청 등에 대한 결정에도 불구하고 지방소득세도 취소 또는 감액되어야 할 것이라고 사료된다.(조심2013지372, 2013.5.24. 참조)

[사례] 경정결정과 지방소득세의 경정결정 가능성 소득세법과 법인세법에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정·경정 또는 소득세법 제85조의 2법인세법 제72조에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 소득분의 세액을 환급하거나 추징하도록 규정하고 있으므로 추후 법인세가 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정된 경우에는 심판청구에 대한 결정에도 불구하고 지방소득세도 취소 또는 감액되어야 할 것임(조심2013지372, 2013.5.24.)
최근 행정안전부(행안부 지방세정책과-1908, 2021.4.29)에서 국세의 환급결정에 따른 지방소득세 환급시 불복청구를 하지 아니한 경우 소멸시효가 적용되어 환급청구권이 소멸되었다고 해석을 하였으나 국세 환급 통보시 지방소득세 환급청구권 소멸시효가 그 통보일로부터 기산하도록 개정을 추진중에 있다. (지법 제103조의59 개정안)

현 행 개 정 안
제103조의59
<신 설>
제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보)
「지방세기본법」 제64조제1항에도 불구하고 제3항에 따른 환급의 경우(같은 법 제38조제2항에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 하는 경우는 제외한다) 지방세환급금에 관한 소멸시효는 제1항제5호 또는 제2항제5호에 따른 통보를 받은 날부터 기산한다.

[참조] 국세 환급통보에 따른 지방소득세 환급청구권 소멸시효 개선 등 (안 법§103의59)
(1) 개정개요

현 행 개 정 안
□ 지방소득세 관련 국세의 통보 및 환급
○ 국세 경정 통보 시
감액경정은 제외  
○ 소득세 환급 통보 시
(개인)지방소득세 환급 의무
<신 설>
□ 지방소득세 관련 국세의 통보 및 환급
○ 국세 경정 통보 시
감액경정도 포함 ※ 납세자 권리 보장 강화, 실무상 감액경정도 통보대상 포함 중
○ 소득세·법인세 환급 통보 시
(개인·법인)지방소득세 환급 의무
국세 환급 통보 시 지방소득세 환급청구권 소멸시효가 다시 기산되도록 규정

(2) 개정이유
- 현행 규정상 국세 환급이 있는 경우 지방소득세를 환급하도록 하고 있으나, 환급청구권 소멸시효에 대해서는 별도의 규정이 없어 지방소득세 환급에 어려움이 발생
(3) 적용시기
- 2022.1.1. 이후 세무서장 등이 법인세·소득세를 환급하여 지방자치단체의 장에게 통보하는 분부터 적용한다.
[지침] 지방소득세 환급가산금 기산일 적용 요령 (행안부 지방세정책과-643, 2017.4.14.)
법인세 및 소득세 소송, 심판결정 등으로 인해 납부의 기초가 된 신고·부과를 경정·취소하여 환급하는 경우에도, 국세 결정·경정자료에 따른 환급으로 보아 7호를 적용해야 하는지?

○ 국세 소송, 심판결정 등에서 경정 또는 취소처분을 받은 경우는 과세관청에 귀책사유가 인정된다 할 것이므로, 자치단체에서 과세한 지방소득세도 국세와 같이 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정 또는 취소해야 할 것임. 따라서, 이와 같은 경우는 해당 자치단체의 당연 경정사유로 보아, 제7호(환급결정일부터 30일 지난날)규정에 불구하고 제1호(납부일)를 적용해야 함


(4) 법인지방소득세의 경정청구 세액의 범위

지법(§103의25 ①제2호)에 따르면 『내국법인의 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우』에는 관할 지방자치단체의 장이 경정 결정하여 부과고지하는 것이며 과다신고로 인한 환급시에는 「지기법」 제60조에 따라 지방자치단체의 장이 지법(§103의 27 ② 각호)의 세액(지방세법 및 「지방세기본법」에 따른 가산세 포함)을 환급하거나 지방세에 충당하여야 한다. 또한 지기법(§50 ①)의 규정에서는 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 『최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말함)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구』를 할수 있는바, 지칙 [별지 제14호 서식]상 지방세 과세표준 및 세액 등의 결정 또는 경정 청구서 서식상에 관련 세목과 산출세액, 납부세액을 기재하는 것이다.
법인지방소득세의 경정청구를 신청할 때 환급세액은 가산세를 포함한 총 부담세액에서 환급세액을 계산하여 세액으로 환급받는지 아니면 가산세는 제외하고 표준산출세액 기준으로 환급세액을 계산해서 환급받는지를 살펴보면 다음과 같다.


[사례] 이전에 신고 납부했던 법인 지방소득세에서 외국납부세액을 과표에서 제외하여 지방세 환급을 받는 경정청구를 하는데 이미 한번 수정신고를 하면서 과소신고 가산세와 납부불성실가산세를 납부한 상황입니다.
(단위 : 억 원)
기신고 경정청구(1) 경정청구(2)
과세표준 10,000 9,000 9,000
표준산출세액 220 198 198
가산세 50
총부담세액 270
환급신청세액 22 72


이 경우 가산세가 있을 경우 환급받을 세액은 지법(§103의27 ②각호)의 세액(지방세법 및 「지방세기본법」에 따른 가산세 포함)이므로 가산세도 포함하여 경정청구를 하여야 한다. 환급을 청구할 대상 가산세는 당초 표준산출세액인 220억원과 가산세 50억원의 합인 270억원이고 경정청구할 표준산출세액이 198억원인 경우 가산세는 50억원이 아니라 50억원×[198/220]=45억원이 되어 198+45= 243억원을 경정세액으로 하는 것이다.

3. 향후 대책

종전에는 주로 법인지방소득세 안분기준과 이에 따른 가산세문제가 쟁점이 되었으나 독립세가 된 이후에는 지속적으로 법인지방소득세의 감면과 관련한 쟁점들이 제기되고 있다. 특히, 2014년 이전에 발생된 이월공제의 적용에 대하여는 법인세와 동일한 계산방식 적용에 대한 논거의 타당성이 주요한 쟁점이 될 것이다. 또한 각 기업에서는 연결법인 외국납부세액의 공제방식을 비교하여 세부담의 적정성을 평가하는 것을 검토할 수 있으며, 법인지방소득세 환급금 기산일과 소멸시효는 추후 입법적으로 보완될 것으로 전망된다.