분양받은 지식산업센터 기숙사 부가세 매입세액공제를 받아도 될까?

BY 강민   2021-10-28
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몇 년 전부터 지식산업센터 시행사가 건축물 중 일부를 기숙사를 지어 분양하는 것이 유행이였고 최근에도 기숙사를 분양하는 광고를 종종 볼 수 있습니다.

이러한 지식산업센터 기숙사를 분양받은 수분양자의 경우 계약금, 중도금 및 잔금에 대해 매입세액공제를 받을 수 있는지 여부와 준공 후 주택 사용 등에 따른 부가세 면세전용 여부에 대한 문의가 많아져 이에 대한 내용을 정리해보았습니다.

다만, 기숙사와 관련된 부가세 매입세액공제 및 주택전용에 따른 부가세 과세여부는 개별 사실관계에 따라 달라지는 경우가 많아 아래내용을 참고하여 임차인 현황 등을 확인 후 부가세를 신고할 것을 권해드립니다.


1. 지식산업센터와 기숙사

지식산업센터란 건축물에 ‘제조업, 정보통신업 등 열거된 업종’과 ‘지원시설’이 복합적으로 입주할 수 있는 집합건물을 말하고, 지원시설에는 기숙사 등 종업원의 복지증진을 위해 필요한 시설이 포함되어 있어 지식산업센터 시행사는 지식산업센터 중 일부를 기숙사로 신축하여 분양하고 있습니다. ( 산업집적법 제2조 4호)

그리고 주택법에 따르면 기숙사는 준주택에 해당하고, 준주택이란 주택 외의 건축물과 부속토지로 ‘주거시설로 이용가능한 시설’ 등을 말합니다. 참고로 오피스텔도 주택법 상 준주택에 해당합니다. ( 주택법 제2조 4호)

위 내용을 종합하면 기숙사는 종업원의 복지증진을 위해 주거시설로 이용가능한 시설을 의미한다고 할 수 있습니다.


2. 지식산업센터 기숙사의 부가세 매입세액 공제여부

일반적으로 사업자가 과세사업을 위해 지출하는 경우 이에 관한 부가세 매입세액공제를 받을 수 있고, 면세사업 및 토지 등과 관련된 매입세액은 불공제됩니다. ( 부가가치세법 제38조, 부가가치세법 제39조)

주택임대의 경우 원칙적으로 면세대상에 해당하여 이와 관련된 부가세는 매입세액공제(환급)를 받을 수 없으나, 사업을 위한 주거용으로 사용하는 건물은 예외적으로 면세대상이 아니어서 부가세 매입세액공제를 받을 수 있습니다. ( 부가가치세법시행령 제41조 ①)

부가가치세법시행령 제41조 【주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 면세하는 것의 범위】
① 법 제26조 제1항 제12호에 따른 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 “주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대로 하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다. 1. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호에 따른 주민공동시설의 면적은 제외한다) 2. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

따라서 사업자가 과세사업을 위해 취득한 기숙사로서 주택으로 사용하지 않고 사업을 위한 주거용으로 사용하는 건물에 해당하는 경우 세금계산서를 받아 부가세를 환급받을 수 있습니다.

다만 실무에서 기숙사를 주택으로 사용하는지 아니면 사업을 위한 주거용으로 사용하는지에 대해 판단이 쉽지 않고 사실관계에 따라 달라지므로 유의해야 합니다.

법령과 예규 등에 비추어보면 기숙사를 주택이 아닌 사업을 위한 주거용으로 인정받아 부가세를 공제받기 위해서는 ‘임차인이 기숙사에서 상시 거주하는 것이 아니고 임차인이 사업을 위해 사용해야만 합니다’. (서면3팀-1141, 2004.06.15.); (부가46015-2290, 1993.09.22)

이와 관련하여 아래와 같은 사항을 참고하여 기숙사에 관한 증빙을 갖추는 것이 바람직 합니다.

기숙사가 주택인지 사업을 위한 주거용 건물인지 판단에 관한 참고사항
○ 임대차계약 시 임차인이 사업을 위한 종업원 기숙사로 사용하는 특약조건을 추가하는 것이 추후 임차인이 기숙사를 임의로 상시 주거용으로 사용하는 경우를 방지할 수 있음 ○ 임대인이 사업자인 임차인에게 세금계산서를 발행하는 경우에는 사업용으로 사용 되는 것으로 추정 될 수 있으므로 부가세 매입세액공제를 받기 위해 바람직함 ○ 임차인의 종업원이 기숙사로 사용하는 경우 주택이 아닌 기숙사로 보아 부가세 매입세액 공제 가능 (법규부가2012-306, 2012.10.15.) ○ 사업자가 기숙사를 임차해 ‘사업을 위한 주거용’으로 사용하지 않고 임직원 개인의 주거용으로 사용하는 주택(사택)에 대해서 부가세 매입세액이 불공제 됨 (국심99서820, 1999.12.01.) ○ 임차인이 전입신고를 하는 경우 임차인이 상시 거주하는 주택으로 추정될 수 있으므로 임차인의 전입신고가 없는 것이 부가세 매입세액 공제를 받기 위해 바람직함

3. 지식산업센터 기숙사 주택전용에 따른 부가세 문제

지식산업센터 기숙사를 분양받은 수분양자의 경우 대부분 기숙사 용도로 사용할 것을 예상하여 사업자등록증을 발급받아 계약금, 중도금 및 잔금을 지급하며 세금계산서를 발급받고 이에 대해 부가세 매입세액공제를 받는 것이 일반적입니다.

위와 같이 기숙사가 준공되기 전까지는 사업자가 사업자등록증을 발급받아 부가세 환급신청을 한 경우 특별한 사정이 없는한 과세관청은 기숙사로 사용할 것으로 보아 부가세 환급에 어려움이 없습니다.

다만, 기숙사가 준공된 이후에 임차인이 기숙사를 상시 주거용으로 사용하는 때에는 주택으로 전용된 것이므로 반드시 기존에 환급받은 부가세 상당액을 다시 신고납부해야 하고 이를 놓친경우 가산세까지 부담하게 되어 큰 곤란을 겪을 수 있습니다.

기숙사가 상시 주거용으로 사용되는 주택으로 면세전용 시 부가세 계산 ( 부가가치세법 제29조 ⑪)
주택 전용 시 공급가액 = 건물 취득가액 x ( 1 – 5% x 경과된 과세기간 수 )

* 건물 취득가액은 당초 건물 취득시 수취한 매입세금계산서 공급가액 합계를 말함
* 건물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과 시에는 20으로 함
* 경과된 과세기간을 계산할 때에 기중에 건물을 취득한 경우 취득시 과세기간을 포함하되 기중에 건물을 주택으로 전용한 경우 전용시 과세기간을 제외 함

따라서 지식산업센터 기숙사를 취득한 자는 매 부가가치세 신고 시 반드시 임차인 현황을 살펴보고 주택으로 전용이 되었는지를 확인하여 부가세 신고에 유의해야 합니다.