법인 합병·분할관련 지방세 쟁점분석과 대응전략

BY 전동흔   2021-08-23
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1. 의의

법인에 대한 M&A 등 기업 간 구조조정을 지원하고자 여러 세제상 혜택을 부여하고 있다. 취득세에서는 합병 등의 경우 형식적 취득으로 보아 비과세하다가, 통합취득세 이후에는 취득세 세율특례를 적용하되 적격합병 등의 경우에는 취득세를 감면하도록 하였다.

그러나 2019년도 지방세특례제한법(§57의2) 개정으로 M&A 등 기업구조조정에 따라 발생되는 취득세와 등록면허세 감면을 축소함으로써 세부담이 증가되었다.
또한 구조조정 등 취득세 감면과 관련하여 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함) 또는 주식을 처분하는 경우에도 경감받은 취득세를 추징하도록 사후 관리요건이 강화되었다.
그리고 금융기관 간의 합병으로 양수받은 재산에 대해서는 취득세의 50%를 경감하고, 합병으로 양수받아 3년 이내에 등기하는 재산에 대해서는 2021년 12월 31일까지 등록면허세의 50%를 경감하도록 개정된 것이다.
- 적격합병 등 : 취득세 100% 면제 → 50% 감면축소(지특법§57의2①)
- 사업포괄양도에 따른 재산(조특법§37①) : 취득세 면제 폐지
- 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따른 재산 : 취득세 면제 → 75% 감면축소
종전에는 법인의 합병 등 기업구조조정에 따른 과세요건이 성립되는 경우라도 취득세 등 전액 감면이 되어 별도 납세의무에 다소 관심이 없었던 것이 사실이다.
그러나 취득세 등 지방세 감면축소로 인한 세부담이 증가하면서 합병이나 법인분할에 따른 취득의 형태를 어떻게 인식할 것인지 여하에 따라 취득세 등 부담이 달라지게 되어 이에 대한 법인의 대응이 필요하게 되었다.
아래에서는 법인 합병·분할에 따른 지방세 쟁점을 분석하고 향후 법인의 대응방향을 모색하고자 한다.


2. 법인 합병·분할관련 제도현황

(1) 합병분할관련 지방세 제도

취득은 매매, 법인에 대한 현물출자 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다(지법§6 제1호), 합병의 경우 형식적 취득으로 보아 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득에 대하여는 세율의 특례가 적용된다(지법§15① 제3호). 그리고 대도시내 법인합병으로 인한 부동산 취득과 관련하여 존속법인을 기준으로 신설법인여부를 판단하며, 법인분할의 경우 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 한 대도시의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법」 제46조제2항제1호가목부터 다목까지의 요건을 갖춘 경우만 해당함)로 법인을 설립하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니한다(지령§27④).
또한 토지분 재산세의 과세구분과 관련하여 농지와 임야는 1990년 5월 31일 이전부터 소유(1990년 6월 1일 이후에 해당 농지 또는 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함)하는 것으로 한정하고, 목장용지 중 도시지역의 목장용지 및 제2항 제5호 각 목에서 규정하는 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 목장용지 및 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함)하는 것으로 한정하여 분리과세 적용대상으로 하고 있다(지령§102⑥).
또한 학교등 비영리사업법인이 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지는 분리과세대상이나(지령§102⑧제1호) 합병에 의한 취득예외규정을 두고 있지 아니하고 합병을 새로이 취득한 것으로 의제하기 때문에 1996.1.1.이후 합병하는 경우에는 분리과세배제가 된다[(대법원2018두37519, 2018.06.15.), (대법원2016두50877, 2016.12.15.)참조].
[판례] 법인합병과 분리과세 적용대상 판단(대법원2018두37519, 2018.06.15.) 취득’과 ‘소유’는 그 개념 본질상 분리하여 해석·적용할 수 없고, 인격합일설에 의하더라도 합병의 효력이 발생하는 시점은 합병등기를 마친 때이므로, 그 합병의 효력이 발생하기 전부터 각 토지를 소유하고 있었다고 볼 수 없다. 학교 등을 운영하는 비영리사업자가 1996. 1. 1. 이후 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 토지에 관하여 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지와 마찬가지로 분리과세대상으로 한다는 규정을 두고 있지 아니한 이상, 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하고 있다는 이유만으로 정책적 고려에 따른 입법조치가 있었던 경우와 마찬가지로 분리과세대상에 포함된다고 해석할 수는 없다.


(2) 적격 합병·분할과 감면

「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세 50%(중소기업간합병 60%)를 감면하며(지특법§57의2①), 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제1항을 말함)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여는 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세 75%를 경감한다.(지특법§57의2③제2호)
그리고 구조조정의 일환으로 「지방세법」 제7조제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다(지특법§57의2⑤). 여기서 취득세 등 감면요건은 적격합병이나 적격분할(인적분할 및 분적분할)에 한정하여 적용하는 것이다.


(3) 합병·분할관련 이론

법인합병에 대하여 보면 첫째, 소멸법인의 자산을 양도·양수하는 형태로 보는 방법(현물출자설, 자산양도설) 둘째, 소멸법인의 인격 그 자체를 승계하는 형태로 보는 방법(인격승계설)으로 나누어 볼 수가 있다. 이 때 『인격승계설』의 입장에서 취득의 형태를 보게 되면 소멸법인의 인격이 존속법인의 인격으로 승계되므로 소멸법인의 부동산을 존속법인이 새롭게 취득한 것이 아니라 소멸법인의 명의를 존속법인의 명의로 변경한 것에 불과한 것이므로 취득이라는 행위 자체가 없어 납세의무가 발생되지 않는다는 것이다.

이에 반하여 『현물출자(자산양도)설』의 입장에서 취득의 형태를 보게 되면 법인합병은 소멸법인의 소유자산을 존속법인에게 양도하게 됨으로써 존속법인은 소멸법인 소유자산을 취득하게 되므로 새로운 취득의 지위에 서게 된다는 것이다. 다만 지방세법상 합병의 성격과 관련하여 대법원판례는 법인합병을 법인격을 포괄적으로 승계하는 것으로 보지 아니하고 『자산양도설』의 입장에서 판시하고 있다(대법원2010두6007, 2010.07.08. 판결 등 참조).


3. 쟁점사항 분석

(1) 합병·분할시 형식적 취득과 취득행위의 존부

『합병』의 경우 법리상 인격승계설을 취하는 것이 아니라 자산양도설의 입장에서 해석을 하기 때문에 취득의 개념과 관련하여 보면 그 자체가 『일종의 취득』으로 보게 되는 것이다. 구 지방세법상에서는 『합병』에 대하여 취득행위에는 해당되지만 형식적인 취득으로 보아 비과세 대상으로 하였다. 따라서 지방세법은 소유권 이전의 형식에 의한 취득의 모든 경우를 취득세 과세대상으로 파악하여 존속·신설법인이 소멸법인의 자산을 이전받는 형식 자체를 취득세의 과세대상인 ‘취득’으로 파악하는 것으로 보고 있다(대법원2010두6007, 2010.07.08. 판결 등 참조).
이와 같이 지방세법의 입법적 구조는 합병의 성격을 인격합일설이 아닌 자산양도설의 입장에서 판단하고 있으므로 합병이라는 행위에 의거 취득행위가 발생되는 이상 합병에 따라 소멸법인의 재산을 취득하게 됨으로써 취득세 납세의무가 발생한다. 다만 지방세법상에서는 이를 형식적인 취득의 일종으로 보아 취득세에 대하여 과세특례를 적용하고 있다. 그러므로 감면 추징요건인 『의무사용 기간요건』을 충족하기 위해 취득 후 사용 개시를 하여 의무적으로 사용하여야 하나 사용 기간 2년을 충족하지 못한 채 합병을 원인으로 감면받은 부동산을 존속법인에게 이전한 것으로 보는 것이다.[(대법원2015두50481, 2015.12.10.) 참조]
[판례] 합병이후 추징요건구비시 감면의 효력 지속성(대법원2015두50481, 2015.12.10.) 지방세법은 소유권 이전의 형식에 의한 취득의 모든 경우를 취득세 과세대상으로 파악하여 존속·신설법인이 소멸법인의 자산을 이전받는 형식 자체를 취득세의 과세대상인 ‘취득’으로 파악하는 것으로 보이는 점(대법원2010두6007, 2010.07.08. 판결 등 참조), 상법 제530조 제2항, 제235조는 합병 후 존속한 회사가 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 규정하고 있으므로 합병 전 회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 모두 흡수합병으로 인하여 존속하는 회사에게 포괄적으로 승계된다. 그런데 이 처분은 ○○미즈맘이 이 사건 부동산의 취득일로부터 2년 이내에 합병을 통해 이를 처분함으로써 조세감면 효과가 소멸하여 감면 세액을 추징하여야 함을 전제로 ○○미즈맘의 의무를 승계한 합병 후 존속회사인 원고에게 과세한 것이므로 원고에게 승계될 조세감면 혜택이 존재하지 아니함.


(2) 법인 합병·분할 취득의 무상성

(가) 법인합병취득과 무상성

지방세법상 취득의 개념에 대하여 ‘매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다’라고 규정하고 있다(지법§6 제1호). 취득의 원인 중 합병으로 인한 취득의 경우에는 취득세 특례세율이 적용된다. 이 경우 취득세의 표준세율에서 중과기준세율(2%)를 공제한 후 세율에 감면율(50%)를 적용하게 되는 것이므로, 표준세율 적용에 있어 유상취득인지 아니면 무상취득인지가 중요하게 된다. 합병인 경우 형식적 취득에 대하여 무상취득으로 보고 있다.[(대법원98두19193, 2000.10.13.) 참조]
[판례] 합병 등 무상취득시의 과세표준 적용(대법원98두19193, 2000.10.13.) 법인의 합병으로 인하여 취득한 토지가 법인의 비업무용 토지로 되어 그 합병으로 인한 취득이 취득세 중과대상인 취득에 해당한다고 하더라도 이때의 취득은 무상취득으로 봄
(나) 법인분할취득과 유상성

법인의 분할에는 인적분할과 물적분할로 구분된다. 물적분할의 경우 현물출자에 가까운 모습을 취하는 형태의 유상취득으로 보고 과세표준 등을 결정함이 타당하고, 인적분할의 경우 “무상취득”에 해당된다는 것이 그간의 행정안전부 유권해석의 입장이다. 그런데 인적분할이나 물적분할 모두 법인분할이라는 공통점이 있어 물적분할에 따른 자산취득을 “유상취득”이 아닌 “무상취득”으로 보아야 한다는 견해가 제기되고 있다. 즉, 물적분할의 경우에도 어떤 대가의 지급에 따라 자산취득이 발생한다기 보다는 상법상 분할의 효과 또는 결과로서 발생하는 것에 불과하다는 점 등을 고려하면 무상취득으로 해석될 가능성도 있지 않을까 하는 논거이다. 법인의 분할로 인한 취득형태가 무상취득인지 유상취득인지 여부와 관련한 그 간의 사례를 보면 다음과 같다.

① 행정안전부 유권해석 사례에서는 인적분할을 『무상취득』으로 인정하고 있으나 물적분할의 경우 유상취득 또는 무상취득으로 혼재되어 있다. [사례] 인적분할의 경우 적용 과표(행자부 세정과-1892, 2007.05.23.) 분할신설법인이 분할로 인하여 취득하는 유형고정자산을 제외한 재산의 취득세 과세표준 산정에 있어서 물적분할에 의한 경우는 유상승계취득으로 보아 법인장부상 가액이, 인적분할에 의한 경우는 무상승계취득으로 보아 시가표준액이 됨.

[사례] 물적분할과 무상승계취득 과표(행자부 지방세특례제도과-1803, 2016.07.27.) 물적분할의 경우 지방세관계법상 명확한 규정은 없지만 인적·물적분할 구분 없이 분할에 의하여 설립되는 회사가 분할을 원인으로 분할되는 회사의 부동산을 취득하고 분할회사의 주주에게 새로운 주식을 교부하는 등 절차적 행위에 해당되기 때문에 회사는 무상으로 부동산을 취득하는 것으로 보아야 할 것임.

② 조세심판원 사례는 인적분할과 물적분할을 전부 유상취득으로 보고 있다[(조심2018지446, 2019.09.05.), (조심2019지2033, 2019.09.05.) 참조]. 이는 인적분할을 무상승계취득으로 보는 종전 조세심판원 사례와 차이가 있다.[(조심2013지210, 2013.10.22.); (행정자치부 세정과-1892, 2007.05.23.) 등]. [사례]인적분할과 취득세 세율적용(조심2018지446, 2019.09.05.) 청구법인은 2016.12.1. 주식회사 ○○○이 분할되어 설립되면서 동 회사로부터 토지를 취득하고 분할대가로 본인의 주식 100%를 분할존속법인의 주주인 주식회사 ○○○에게 교부하였고 청구법인의 주식 32.3%는 ○○○에게 양도된 것으로 나타나는바, 토지를 취득한 것은 증여 등으로 취득한 것과 상이한 점 등에 비추어 지방세법 제11조 제1항 제2호에 따른 무상취득의 방법으로 토지를 취득한 것으로 보기는 어려움.

[사례] 물적분할과 취득세 과세표준과 유상세율(조심2019지2033, 2019.09.05.) “무상취득”이란 금전, 용역 등 일체의 대가나 반대급부를 제공하지 않고 취득하는 것을 말한다고 보아야 하는 점, 동부건설의 물류사업용 부동산을 취득하면서 청구법인의 주식을 교부하였는바 물적분할시 이를 대가의 지급이 없는 취득이라고 보기는 어려움.


(3) 법인 합병·분할시 취득세 과세표준 및 세율 적용

(가) 법인의 합병취득과 과세표준 및 세율 적용

현행은 취득세의 과세표준을 취득당시의 가액으로 하며, 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 하는 것이 원칙이다. 다만 법인의 합병으로 인한 취득의 경우에는 무상취득에 해당한다는 대법원 판례에 따라 일반적으로 시가표준액을 취득세 과세표준으로 사용하고 있는 실정이다. 종전에는 법인합병의 경우 취득세가 전액 감면되었으나 2019년부터는 취득세를 50% 감면(지특법§57의2①)하는 동시에 취득세 세율적용은 무상취득이지만 세율의 특례(1.5%)를 적용하고 있다(§15① 제3호참조). 합병의 경우 결과적으로 실질적인 세부담은 시가표준액을 과세표준으로 하고 세율은 0.75%가 적용되는 것이다.

(나) 법인분할 취득시 과세표준

법인분할 유형과 관련된 구분의 실익은 그 해당되는 법인분할이 승계취득에는 변함이 없으나 피분할회사에 대하여 분할로 『이전받는 부동산의 취득 대가를 지급하는 것이 있는지』 여하에 따라 무상승계취득과 유상승계취득으로 구분하였다[(행정자치부 세정과-1892, 2007.05.23.) 참조]. 그런데 법인의 물적분할이 포괄승계이므로 개별승계인 매각이나 증여와 다른 점은 별론으로 하더라도 『분할』의 경우 피분할회사에 부동산 등 이전시에 상응하는 주식을 교부하고 있어 현물출자와 동일하여 유상취득으로 보기 때문에 사실상 취득가격인 법인장부가액을 취득세 과세표준으로 적용하고 있는 것이다.
법인분할 전 법인에 피합병시 부동산에 대해 장부가액을 시가(감정평가액)로 변경하였기 때문에 장부가액이 시가표준액에 비해 높은 상황에서 분할을 하는 경우 “유상취득”인지 “무상취득”인지에 따라 해당 과표 및 세율의 차이로 상당한 취득세 세부담 차이가 발생하게 되는 것이다.

[사례] 피합병법인이 보유하고 있는 토지가액이 100억원으로 취득당시 장부가액으로 기재되어 있고 합병일 현재 공시지가는 60억원, 공정가치로 감정평가한 가액은 120억원인 경우 취득세 세부담 비교를 하면 다음과 같음


(4) 합병분할의 감면요건과 추징 : 적격성

지방세특례를 적용하여 감면을 받는 경우에는 사후관리규정을 두고 있어서 일정요건을 충족하지 아니하는 경우에는 추징하게 된다. 대부분의 지특법 감면적용 규정에서는 『해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우』에 감면받은 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.

그런데 법인의 구조조정의 일환으로 취득세 감면받은 부동산을 합병법인이나 분할존속법인에게 이전하게 되는 경우 이를 매각으로 보아 추징사유에 해당하는지 여부가 쟁점이다. 법인분할의 경우 상법(§530의10)상 분할로 인하여 설립되는 회사 또는 존속하는 회사는 분할하는 회사의 권리와 의무를 분할계획서가 정하는 바에 따라서 승계한다고 규정하고 있어서, 분할계약서에 정한 바에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상의 관계나 공법상의 관계를 불문하고 그 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 분할로 인하여 존속하는 회사에게 포괄승계되는 것이다[(대법원2010다44002, 2011.08.25.) 판결 참조].

그리고 법인분할의 경우 당초 지방세법상 물적분할과 인적분할에 의한 구분의 실익이 있으나 감면적용대상은 적격분할과 비적격분할에 대한 구분이 선행되어 적격분할의 경우에 감면을 적용하는 것이다. 즉, 법인 분할로 인한 취득시 감면 적용대상에 해당하는지 여부에 대하여는 인적·물적분할에 불구하고 적격분할로 인한 요건을 충족시 감면토록 하며, 법인분할도 분할전 법인의 소유 부동산 등을 분할후 법인에게 이전하게 되므로 분할을 원인으로 한 부동산의 이전이 매각에 해당하는지 여부가 추징대상 판단과 관련이 있게 된다.

그러나 합병의 경우 형식적인 취득이지만 부동산의 이전행위를 수반한다는 측면에서 지방세법에서는 그 동안 『자산양도설』에 입각하여 법리를 정립하였기 때문에 법인분할도 형식적이지만 부동산 이전행위가 있는 것으로 보아 지방세관계법으로 규정하고 있다. 그러므로 감면 추징대상의 요건인 『의무사용기간요건』을 고려할 때 감면대상법인이 합병·분할로 감면받은 자산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것인지 여부를 그간 사례를 살펴보면 다음과 같다.

① 행정안전부 유권해석 사례는 합병이나 법인분할의 경우 『매각』으로 보아 추징사유로 보고 있다.[행자부 (지방세특례제도과-2200, 2016.08.23.) 등] [사례] 감면 법인의 합병시 추징요건 판단(행자부 지방세특례제도과-2200, 2016.08.23.) 추징대상이 되는 ‘매각·증여’라 함은 유상·무상을 불문하고 취득자가 아닌 타인에게 소유권이 이전되는 모든 경우를 의미하는 것이라 할 것인바, 이와 관련하여 대법원에서도 합병으로 인해 존속·신설법인이 소멸법인의 자산을 이전받는 형식 자체를 취득세의 과세대상인 ‘취득’으로 판단하고 있는 점(대법원 2010.7.8.자 2010두6007 판결 등 참조), 나아가 정당한 사유를 명시하고 있지 않아 유예기간 내에 소유권이 이전되는 경우라면 기업의 합병에 의한 것인지 여부는 추징을 판단하는 고려사항이 아니라 할 것임. 산업단지 내에서 공장을 증축하여 감면받은 법인이 합병계약에 따라 그 감면 부동산을 유예기간 내에 소유권을 이전한 경우라면 당해 부동산은 취득세 추징대상임.

[사례] 물적분할시 감면 추징사유(행자부 지방세특례제도과-1803, 2016.07.27.) 부동산 등에 ‘자산의 승계’를 통한 물적분할은 무상으로 부동산을 취득하는 것에 해당되고, 감면 유예기간 이내에 소유권 이전이 되었다면 당해 부동산은 취득세 추징대상에 해당함.

② 조세심판원 사례는 법인분할(물적분할 등)은 『매각』으로 보지 아니하나[(조심2017지733, 2017.09.13.) (조심2019지2363, 2020.01.22.) 참조] 법인합병의 경우 『매각』으로 보아 추징대상으로 보고 있어 종전 조세심판원 사례[(조심2018지799, 2018.11.21.) 참조]와 서로 차이가 있다[(조심2018지1379, 2019.06.27) 참조]. [사례] 법인분할과 추징대상 판단(조심2017지733, 2017.09.13.) 「법인세법」제47조 제1항에 따라 물적분할하여 신설법인을 설립한 이상 그 사업용 재산 및 부채 등은 당연히 신설법인에게 승계되어야 하는 점, 신설법인이 건축물을 해당 용도인 2차 전지제조업 등에 직접 사용하고 있는 사실에 비추어 청구법인이 건축물을 해당 용도로 직접 사용한 날부터 2년 미만인 상태에서 증여하였다고 보는 것은 잘못임

[사례] 매각과 법인분할시 추징사유(조심2018지364, 2018.06.22.) 「지방세특례제한법」제57조의2 제3항 제2호는「법인세법」제46조 제2항 등에 따른 적격분할의 경우 분할신설법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제한다는 규정으로 적격분할에 해당되는지 여부에 따라 분할법인이 납부하여야 하는 지방세가 달라지는 것은 아닌 점, 분할신설법인에게 회사 분할에 따라 이 건 토지를 비롯한 분할대상 부분의 자산·부채를 포괄적으로 이전하였으므로 토지의 소유권이전은 매각에 해당하지 아니함

[사례] 법인분할과 매각 등 추징사유 법인분할은 상법에 규정된 절차에 따라 분할법인의 권리·의무를 분할신설법인이 포괄승계하는 점에서 상대방에게 대가를 받고 물건 또는 권리 등을 이전하는 특정승계에 해당하는 매각과는 상이하다 할 것이고, 청구법인이 분할의 대가로 분할신설법인의 주식 등을 교부받는 점에서 쟁점부동산을 무상으로 증여한 것으로 보기어려운 점 등에 비추어 청구법인이 물적분할에 따라 쟁점부동산의 소유권을 분할신설법인에게 이전하였다 하더라도 쟁점부동산을 매각ㆍ증여한 것으로 보기는 어려움(조심2019지2363, 2020.01.22.)

지방세 감면 추징규정중 ‘매각·증여’란 유상·무상을 불문하고 취득자가 아닌 타인에게 소유권이 이전되는 모든 경우를 추징대상(행자부 지방세특례제도과-326, 2014.12.26.)으로 보지만, 물적분할의 경우 인적·물적분할 구분 없이 분할에 의하여 설립되는 회사가 분할을 원인으로 분할되는 회사의 부동산을 취득하고 분할회사의 주주에게 새로운 주식을 교부하는 등 절차적 행위에 해당되기 때문에 매각이나 증여와는 차이가 있다. 법인분할과 관련된 별도의 추징요건을 규정하고 있지 아니한바, ‘매각’이란 상대방에게 대가를 받고 물건이나 권리 따위를 넘기는 특정승계를 의미하는 것이므로 법인분할에 따른 자산의 승계로 보기는 어렵다[(조심2016지855, 2017.05.11.)참조]. 그러나 직접 사용을 불가능하게 하는 사유로서 소유자 지위의 변경을 가져오는 이전행위를 전제하는 ‘매각’은 상대방에게 재산을 이전하고 그 대가로 대금을 받는 매매뿐만 아니라 어떠한 형태로든 그 대가를 취득하는 특정승계나 ‘사업양수도와 같은 포괄승계’ 등도 모두 포함한다는 판례와 구분된다.[(대법원2018두44920, 2018.09.13.) 참조]

또한 합병의 경우도 「상법」상 절차에 따라 피합병법인의 권리·의무를 존속법인이 포괄승계하는 점에서 상대방에게 대가를 받고 물건 또는 권리 등을 이전하는 특정승계인 매각과는 상이하며 합병의 대가로 피합병법인의 주주가 존속법인의 주식 등을 교부받는 점에서 당사자 일방이 무상으로 재산 등을 상대방에게 수여하는 증여와도 상이하기 때문에 합병으로 인한 소유권 이전은 매각이나 증여로 볼 수는 없는 것이다[(조심2017지966, 2017.12.28.), (조심2017지1043, 2018.01.08.) 참조].
[사례] 법인합병에 따른 이전과 감면추징사유(조심2018지1379, 2019.06.27) 청구법인은 이 건 건축물이 포함된 태양광 모듈 제조부분을 분할하여 이 건 합병법인에게 이전하였으므로 이 건 건축물을 매각한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 합병법인과의 분할합병계약에 따라 청구법인의 태양광 모듈 제조 사업부문을 합병법인에게 이전하고 그 대가로 교부금 OOO을 지급받았을 뿐이어서 성격상 건축물을 금전을 받고 매각한 것과 차이가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 건축물을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 그로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보는 것이 타당함

[사례] 합병과 매각처분에 위한 추징사유(조심2018지799, 2018.11.21) 합병으로 인하여 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 이내인 상태에서 쟁점부동산의 소유권을 피합병법인으로부터 이전받았지만, 합병은「상법」상 절차에 따라 피합병법인의 권리·의무를 존속법인이 포괄승계하는 점에서 상대방에게 대가를 받고 물건 또는 권리 등을 이전하는 특정승계인 매각과는 상이하며, 합병의 대가로 피합병법인의 주주가 존속법인의 주식 등을 교부받는 점에서 당사자 일방이 무상으로 재산 등을 상대방에게 수여하는 증여와도 상이함


(5) 분할합병시 인식방법에 따른 과세기준

상법상(§530의2)의 규정에 의거 회사는 분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립할 수 있고 나아가 회사는 분할에 의하여 1개 또는 수개의 존립 중의 회사와 합병("分割合倂"이라 함)도 가능하며, 회사는 분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립함과 동시에 분할합병할 수 있는 것이다. 이 경우 『분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립함과 동시에 분할합병』하는 경우 『분할인지 아니면 합병으로 보아야 하는지』 또는 『분할과 합병의 행위』가 각각 2개의 행위로 결합된 것인지 여부가 쟁점이다. 왜냐하면 법인분할과 합병은 그 성격이 달라 취득의 개념상 각각의 취득행위로 볼 수 있기 때문이다 그러면 법인분할이라는 사실과 법인 합병이라는 사실에 기인하여 각각의 취득에 따라 취득세를 각각 감면받고 납부하여야 하는 문제가 제기된다.

이에 대하여 상법(§530의10)상에서는 분할 또는 분할합병으로 인하여 설립되는 회사 또는 존속하는 회사는 분할하는 회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서가 정하는 바에 따라서 승계한다고 규정하고 있다. 즉 회사의 분할합병이 있는 경우에는 분할합병계약서에 정한 바에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상·공법상의 관계를 불문하고 그 성질상 이전을 허용하지 않는 것을 제외하고는 분할합병으로 인하여 존속하는 회사에게 포괄승계된다는 것이다[(대법원2010다44002, 2011.08.25.) 판결 참조].

이에 따라 지방세기본법상 합병은 승계납세의무를 부담하고 분할합병의 경우 연대납세의무를 부담하도록 하고 있으며(지기법§44②) 이는 회사분할로 채무자의 책임재산에 변동이 생겨 채권 회수에 불리한 영향을 받는 채권자를 보호하기 위하여 부과된 법정책임을 정한 것으로, 수혜회사와 분할 또는 분할합병 전의 회사는 분할 또는 분할합병 전의 회사채무에 대하여 부진정연대책임을 진다.[(대법원2016다34687, 2017.05.30.) 판결]

그러나 『분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립함과 동시에 분할합병』하는 경우 『분할』과 『합병』이 각각 2개의 행위로 결합된 것이고 법인분할과 합병은 그 성격이 지방세법상 취득의 개념에 비추어 볼 때 각각의 취득행위에 해당하는 이상 감면범위와 과세기준은 각각 적용되어야 할 것으로 보인다.


4. 대응방향

법인합병을 무상승계취득의 일종으로 보고 있으나(대법원 98두19193, 2000.10.13. 참조) 실제 법인합병 과정에서 시가인 공정가치로 평가한 주식을 피합병 법인의 주주에게 교부하는 사례에 비추어 보면 법인세 과세표준과 차이가 있다. 또한 기업들은 취득세 과세표준을 부동산 공시가격 수준으로 신고납부하고 있어 상대적으로 세부담 등을 경감받고 있는 것이다. 특히 부동산 공시가격이 시세에 현저하게 미치지 못하는 등 현실화되지 아니한 상태에서는 실제 시가 상당액의 가치와 시가표준액의 괴리가 발생하게 된다. 그러나 기업의 구조조정의 일환으로 M&A가 이루어지고 사실상 취득행위가 아닌 형식적인 부동산의 양도 행위가 발생하는 등의 상황을 볼 때, 법인합병이나 법인분할의 경우라도 합병·분할으로 인한 대가를 피합병법인 등의 주주들에게 주식가액으로 교부하고 있는 점을 감안할 필요가 있다. 또한 법인세법상 비적격합병의 경우에는 시가로 평가된 장부가액으로 승계취득한 것으로 보나, 적격합병의 경우에는 시가로 평가하되 종전 피합병법인의 장부가액으로 승계취득하는 것으로 보고 있다. 이는 당해 연도에는 합병차익이 발생하더라도 일시에 과세하지 아니하고 5년에 걸쳐서 이연하여 과세하는 등의 혜택을 부여하기 위한 특례규정이며 이는 지특법상의 감면요건과 연계된다(법법§44의3①참조)

다만, 지방세의 경우 합병과 법인분할에 대한 취득행위의 유무, 취득형태의 유상성여부 및 법인의 합병분할시 부동산 이전행위를 매각 등으로 보는지 여부가 정립되어 있지 아니하여 이에 대한 적용상의 유의점을 확인하는 등 기업의 대응이 필요하다고 사료된다.