지방세특례제한법 상 사례별 창업중소기업 감면 길잡이

BY 송영관   2021-04-20
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지방세법에서 가장 중요한 실무이슈를 꼽으라면 단연 지방세특례제한법 제58조의3에서 규정한 창업중소기업 감면을 들 수 있을 겁니다. 우리나라는 기업수로 비교했을 때 약 90퍼센트 정도가 중소기업규모로 구성되어 있어 중소기업이 기업형태의 대부분을 차지하고 있다고 봐도 과언이 아닙니다. 국가 및 지자체에서는 이러한 중소기업 및 벤처기업을 적극적으로 육성·지원하려는 취지로 조세특례제한법 및 지방세특례제한법 등에서 각종 세제 혜택을 부여하고 있고, 취득세와 재산세·등록면허세에 대한 감면제도를 두고 있습니다. 따라서 이번에는 실무상 매우 중요한 위치를 차지하고 있는 지방세특례제한법 상 창업중소기업 지방세 감면에 대해 알아보고자 합니다.

지방세특례제한법 상 창업중소기업 등에 대한 감면 이해

창업중소기업 감면에 대한 세부 내용을 알아보기에 앞서 해당 내용을 간략히 살펴보고 넘어가겠습니다.

1. 감면요건

① 감면대상자
창업중소기업(과밀억제권역 외만 해당) 또는 창업중소벤처기업

② 감면대상 및 감면범위

해당 사업에 직접 사용하는 사업용 부동산(2016년 이전은 사업용 재산) 취득세 75% 경감
창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 최초로 확인받은 날)부터 4년(2019년 이후 청년창업기업의 경우에는 5년) 이내에 취득하는 사업용 부동산 재산세 3년간 면제, 그 다음 2년간 50% 경감 (따라서 총 5년 간 감면)
◆ 창업하는 창업중소기업의 법인설립 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)
◆ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인일부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기
등록면허세 면제


2. 창업중소기업 등의 범위

① 창업중소기업: 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 「중소기업창업 지원법」제2조 제1호에 따른 창업한 중소기업(창업중소기업)을 말합니다.
② 창업벤처중소기업: 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(창업벤처중소기업)을 말합니다. 더욱 자세한 요건은 아래와 같습니다.
㉠ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)
㉡ 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의 100분의 5(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이 100분의 5 이상을 유지하는 경우로 한정한다) 이상인 중소기업

3. “창업” 여부 확인 방법

창업에 해당하는지 여부를 확인하기 위해서는 다음의 step1과 step2를 단계별로 살펴보아야 합니다.

[step 1]: 창업을 하려는 자의 사업장이 ㉠ 신규 사업자, ㉡ 기존 사업자, ㉢ 폐업 후 사업을 재개하는 자인지 여부를 파악합니다.
㉠ 신규 사업자 : step2로 이동
㉡ 기존 사업자 ㉮ 기존 사업과 신규 사업에 대하여 다음의 정보를 파악
ⓐ 사업장 소재지[동일장소(갑장소) 또는 다른 장소(을장소) 여부]
ⓑ 기업형태(개인사업자 또는 법인사업자 여부)
ⓒ 기존 사업장 유지 또는 기존 사업장을 폐업하는지 여부
ⓓ 업종(동종업종 또는 이종업종 여부)
㉯ 창업여부 확인 참고자료에서 창업에 해당 시 step2로 이동
㉢ 폐업 후 사업을 재개하는 자
㉮ 폐업 전의 사업과 동종업종 또는 이종업종의 기업을 설립하는지 여부를 파악 후 이종업종 설립 시 step2로 이동
㉯ 동종업종을 영위하기 위해 설립하는 경우는 창업에 해당하지 않음.

[step 2]: 창업을 하려는 자의 사업장이 ㉠ 신규사업장 인지 ㉡ 기존 사업장 인지 여부를 파악합니다. ㉠ 신규 사업장 : 창업
㉡ 기존 사업장 : 기존 사업장 영위 업종과 이종업종을 영위하는 경우 창업


<유형별 창업 여부 확인 참고자료>
주체 사업장소 사례 창업여부
A개인이 갑 장소에서 갑장소에서의 기존사업을 폐업하고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 조직변경
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
갑장소에서의 기존사업을 폐업 않고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 형태변경
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
A법인이 갑 장소에서 갑장소에서의 기존사업을 폐업하고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 위장창업
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
갑장소에서의 기존사업을 폐업 않고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 형태변경
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
A개인이 을 장소에서 갑장소에서의 기존사업을 폐업하고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 법인전환
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
갑장소에서의 기존사업을 폐업 않고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 창 업
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
A법인이 을 장소에서 갑장소에서의 기존사업을 폐업하고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 사업승계
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
갑장소에서의 기존사업을 폐업 않고 B법인 설립하여 동종업종 제품을 생산 창 업
B법인 설립하여 이종업종 제품을 생산 창 업
A가 (법인 개인) 을 장소에서 다시 A명의로 동종업종 제품을 생산 다시 A명의로 동종업종 제품을 생산 사업이전
다시 A명의로 이종업종 제품을 생산 창 업
갑장소에서의 기존사업을 폐업 않고 다시 A명의로 동종업종 제품을 생산 사업확장
다시 A명의로 이종업종 제품을 생산 업종추가
주)1. 업종구분은 한국표준산업분류의 세분류(4자리)를 기준으로 함
2. “갑” 장소는 기존사업장, “을” 장소는 신규사업장
3. “갑” 장소와 “을” 장소는 사회통념과 창업지원법의 취지 등을 감안할 때 공장확장으로 인정할 수 없을 정도의 거리를 충분히 유지한 경우
4. “B”법인은 “A”가 출자한 법인임
5. “기존사업을 폐업하고”란 사업자등록을 반납 또는 취소 조치함을 말함


감면 관련 묻고 답하기

감면에 대한 이해를 바탕으로 창업중소기업의 범위에 대해 알아보았는데요. 이번에는 주로 문의하는 기본적이면서도 핵심적인 사항에 대해 알아보기로 하겠습니다.
Q. ‘창업일’은 어떻게 되나요?
A. 법인이 창업 하는 경우에는 법인설립등기일으로, 개인이 창업하는 경우에는 「부가가치세법」제8조에 따른 사업자등록일을 기준으로 합니다.
Q. 사업용 재산에 비영업용승용자동차가 포함 되나요?
A. 2015년 이후 법조문이 개정되어 사업을 영위하기 위하여 취득·등기한 사업용 재산이라고 규정되지 않아 비영업용승용차는 사업용 재산에서 제외됩니다.
Q. 골프회원권도 감면이 가능 할까요?
A. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인 투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여 취득세 등을 감면하도록 규정하고 있는 것이라 골프회원권은 사업용 재산으로 보지 않아 감면대상이 아닙니다(같은 뜻, (세정과-1683, 2004.06.22.))
Q. 농어촌특별세는 어떻게 과세 되나요?
A. 취득세분 농어촌특별세는 과세되나, 취득세 경감분과 등록면허세 면제분은 비과세 됩니다(농특법§4 3호).


사례별 창업감면 살펴보기

자주 묻는 사항 이외에 실제 발생하는 다양한 사례를 모아보도록 하겠습니다. 케이스가 매우 방대하나 대표적인 사례들로 구성하였으니 잘 살펴보시기 바랍니다.
외주업체에 대한 아웃소싱 → 감면O

(조심2013지318, 2014.01.27)
창업중소기업이 제조공정의 일부를 외주업체에 용역의뢰하면서 형식상 임대차계약서를 작성한 경우 이를 임대한 것으로 보아 기 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부


‘직접 사용’이라 함은 해당 재산을 제3자에게 임대 또는 위탁하여 자신의 사업에 사용하는 것도 포함하는 것이지만, 이 경우 임대 또는 위탁하는 방법으로 당해 사업에 부동산을 직접 사용한다고 보기 위해서는 당해 사업자가 해당 부동산을 그 사업수행에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있을 정도의 제3자에 대한 지휘, 통제 및 관리 감독의 권한을 가지고 있어야 할 것이다.
직원 숙소용 주택의 사업용 재산 다툼 → 감면X

(감심2012-131, 2012.09.13)
직원 숙소용으로 취득하고 현재 사용 중인 이 사건 주택이 구 「조세특례제한법」상 감면 대상인 사업용 재산에 해당하는지 여부


창업벤처중소기업이 사업을 위해 4년 이내에 취득하는 직원숙소가 사업용 재산이 되기 위해서는 청구법인의 사업과의 연관성 정도가 중요한데 직원들에게 숙소를 제공하지 않는다해도 사업수행이 어렵다고 할 수없어 사업과 연관성이 적고, 일반인 분양아파트는 직원숙소로 한정된 주택이 아니므로 사업용 재산이라고 볼 수 없어 처분청의 취득세 등을 부과처분한 것은 잘못이 없다.
동종사업에 대한 판단 → 실질과세원칙 기준

(대법원2016두30576, 2016.04.15)
창업중소기업 영위업종의 형식과 실질이 다른 경우 동종업종 여부


창업중소기업 동종업종 여부는 사업자등록증 등 형식적 기재에도 불구하고 실제 영위하는 업종의 내용에 따라 판단하여야 하고, 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용을 판단하기 위하여는 한국표준산업분류상의 분류기준을 고려하여야 한다.
업종을 추가한 경우 → 감면X

(조심2010지781, 2011.09.21)
법인 설립후 창업에 해당하지 아니하는 업종으로 영위하다가 추후 다른 업종을 추가한 경우 「조세특례제한법」상 창업으로 볼 수 있는지 여부


법인 스스로 창업에 해당하는 벽지제조업은 등기부상 형식적으로 기록한 것이고 벽지제조와 관련한 품목을 제조한 사실이 없다고 인정하고 있는바, 창업에 해당하는 종목들을 창업일 이후에 목적사업에 추가하였다면 창업에 해당되지 않으므로, 취득세 등을 부과고지한 처분은 타당하다.
법인전환 → 감면X

(조심2010지429, 2011.02.14)
청구법인을 창업중소기업으로 보아 이 건 토지에 대한 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구 주장의 당부


종전기업을 폐업함과 동시에 같은 장소에서 새 법인을 설립하고 목적사업 또한 동일하게 유지하고 있다면, 한국표준산업분류표상 업종 코드가 다르다고 하여 창업중소기업으로 인정 받을 경우가 아니라 법인 전환을 위한 것이었다고 판단되는 바, 토지에 대한 취득세 부과된 처분에 잘못이 없다.
사업승계 → 감면O

(행심2004-351, 2004.11.30)
창업중소기업에 해당되지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 면제하지 아니한 것이 적법한지 여부(취소)


개인사업자로 등록 후, 사업을 영위하지 않았음이 부가가치세 과세표준확인서에서 알 수 있고, 법인을 동일장소에 설립하고 개인사업주의 명의로 건축허가 및 착공신고필증을 받았으나, 건축관계자변경신고필증을 법인으로 변경하였는 바, 사실상 독립된 법인을 설립하여 사업을 영위한 것으로, 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에 의거 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다.

마치면서

지금까지 지방세특례제한법에서 말하는 창업중소기업 감면에 대해 기본적인 사항에서부터 대표적인 사례까지 살펴보았습니다. 지방세에서 말하는 창업중소기업에 대한 판별은 실제 현황을 중심으로 법 요건을 충실히 충족하여야 하므로 이에 대한 세밀한 검토 후 적용하는 것이 중요하다 할 것입니다. 계속되는 코로나 환경으로 안팎으로 어려운 상황이 계속되고 있습니다만, 조금만 더 서로 배려하는 자세를 가지고 인내한다면 다시 좋은 환경은 돌아올 것으로 믿습니다. 환절기 건강 조심하시길 바라면서 이번 포스트가 실무에서 조금이나마 도움이 되었으면 합니다. 감사합니다.