비영리법인 중 공익법인과 관련하여 개정되어 시행되는 사항

BY 장진혁   2020-12-10
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1. 공익법인 의무지출제도 확대

2021년부터는 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인의 경우에도 의무지출제도가 시행됩니다. 다만, 종교법인, 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조에 따른 운영기관 및 법률에 따라 직접 설립된 기관은 제외합니다. 이러한 공익법인은 공익목적사업용 자산을 제외한 수익사업용자산의 1%(성실공익법인 등이 발행주식총수 등의 10%를 초과하여 보유하고 있는 경우에는 3%)에 상당하는 금액을 정관상 목적사업에 직접사용해야 합니다. 만약 이러한 공익법인이 미달하게 사용하는 경우 미달사용금액의 10%를 가산세로 부과합니다.

수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 재산(직접 공익목적사업용 재산은 제외한다)의 [총자산가액 - (부채가액 + 당기순이익)]
상속세 및 증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】
② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

<중략>

7. 공익법인등(자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(「소득세법」에 따라 소득세 과세대상이 되거나「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】
⑱ 법 제48조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다.
1. 제43조의 3 제1항 및 제2항에 따른 공익법인등
2. 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호바목에 따른 지정기부금단체등 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관
⑲ 법 제48조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 출연재산가액”이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 성실공익법인등에 해당하거나 제43조 제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 재산(직접 공익목적사업용 재산은 제외한다)의 [총자산가액 - (부채가액 + 당기 순이익)]
⑳ 법 제48조 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 1을 말한다. 다만, 법 제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 성실공익법인등이 발행주식총수 등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3을 말한다

상속세 및 증여세법 제78조【가산세 등】
⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.
1. 제48조 제2항 제5호에 따라 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 운용소득 중 사용하지 아니한 금액
2. 제48조 제2항 제5호에 따라 매각대금을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 매각대금 중 사용하지 아니한 금액
3. 제48조 제2항 제7호에 해당하는 경우: 기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액
공익법인이 금융자산에서 꾸준히 운용소득이 발생하여 그 운용소득으로 직접 공익목적사업에 사용하고 있다면 큰 문제가 되지 않겠지만 채권 등 여러 금융상품으로 운용하면서 실제 손실이 발생할 수 있으며, 임대업을 하면서 오랜기간 공실이 발생하여 수입이 발생하지 않을 수 있습니다. 또한 금융상품을 장기로 운영하여 매해 수입이 발생하지 않고 몇 년에 한번씩 수입이 발생하는 경우도 있습니다. 이런 경우 앞으로는 운용소득이 없더라도 기존에 가지고 있는 재산을 처분하여 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 경우가 발생하게 되므로 주의가 필요합니다.

예를 들어 기본재산으로 100억원을 출연받아 이를 정기예금에 들어 매년 1억 5천만원의 이자수익이 발생하여 운용소득인 이자수익의 70%인 1억 5백만원을 장학금으로 지급하고 있다면 출연재산가액 100억원의 1%인 1억원 이상을 직접 공익목적에 사용하여 문제가 되지 않습니다. 하지만 만약 이자수익이 1억원이 발생하여 장학금으로 7천만원을 지급해 왔다면 이전까지는 운용소득의 70% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하기 때문에 문제가 되지 않았으나 의무지출금액인 1억원보다 3천만원을 미달사용함으로써 3천만원의 10%인 3백만원을 가산세로 납부해야 합니다.

2. 공익법인의 범위 정비

2021년부터는 문화재단, 장학재단, 학술단체 등은 법인세법 개정으로 지정기부금단체에서 제외되었으며, 앞으로도 현행처럼 기부금을 받기 위해서는 기획재정부로부터 지정기부금단체로 별도로 지정받으셔야 합니다. 그리고 기부금단체 추천기관이 2021년부터는 주무관청에서 국세청으로 변경됩니다.

법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】
개정 전 2018.02.13. 개정 후
① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.


아. 가목 내지 사목의 지정기부금단체 등과 유사한 것으로서 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체 등
① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

아. 삭제


법인세법 시행규칙 제18조【지정기부금단체 등의 범위】
개정 전 2018.03.21. 개정 후
① 영 제36조 제1항 제1호 아목에서 "기획재정부령이 정하는 지정기부금단체등"이란 별표 6의 2에 따른 비영리법인 및 단체를 말한다. ① 삭제


법인세법 시행규칙 제18조의 3【지정기부금단체등의 범위】
개정 전 2020.03.13. 개정 후
⑥ 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 기획재정부장관이 지정한 단체(이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)가 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년이 경과한 후에도 지정기부금단체등으로 지정받기 위해서는 영 제39조 제1항 제1호 바목 및 이 조 제5항에 따라 주무관청이 재추천하고 기획재정부장관이 새로 지정하여야 한다.

④ 영 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 기획재정부장관이 지정한 기관(이하 이 조에서 “지정기부금단체등”이라 한다)이 지정기간이 경과한 후에도 지정기부금단체등으로 지정받기 위해서는 영 제36조 제1항 제1호 바목 및 이 조 제2항에 따라 국세청장에게 추천신청서류를 제출하고 제3항에 따른 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 새로 지정해야 한다.

3. 공익법인 외부회계감사 대상 확대

전에는 회계연도말 자산총액이 100억원 이상이거나 주식 등으로 보유하고 있어 성실공익법인에 해당되고자 하는 경우에는 외부회계감사의무가 있으나 2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터는 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원 이상이거나 기부금 모금액이 20억원 이상인 경우에는 외부회계감사 대상에 포함되었습니다. 다만, 종교 및 학교 등의 사업을 영위하는 공익법인은 제외합니다.

2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 결산을 통해 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원 이상이거나 기부금 모금액이 20억원 이상인 경우에는 2020년도 결산내용을 가지고 2021년 초에 별도로 회계감사를 받아야 합니다. 그러므로 이에 해당될 것으로 예상되는 공익법인은 공인회계사 회계감사를 받아야 하므로 미리 준비가 필요합니다. 회계감사를 받은 공익법인은 감사인이 작성한 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제출하여야 하며, 회계감사 대항 공익법인이 의무를 이행하지 않은 경우 아래 산식에 따른 가산세를 부과합니다.

(해당 사업연도 수입금액 + 출연재산가액) × 0.07%
상속세 및 증여세법 제50조【공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무】
③ 공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등은 그러하지 아니하다.
1. 자산 규모 및 수입금액이 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등
2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등

상속세 및 증여세법 시행령 제43조【공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 등】
③ 법 제50조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등”이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인등을 말한다.
1. 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것
2. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것
3. 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것

④ 법 제50조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 공익법인 등"이란 제12조 제1호 및 제2호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말한다.

상속세 및 증여세법 제78조【가산세 등】
⑤ 세무서장 등은 공익법인 등이 다음 각 호에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액을 합친 금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액(제1호에 해당되어 계산된 금액이 100만원 미만인 경우에는 100만원으로 한다)을 상속세 또는 증여세로 징수한다. 다만, 공익법인 등의 특성, 출연받은 재산의 규모, 공익목적사업 운용 실적 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제50조 제1항 및 제2항에 따른 외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니한 경우
2. 제51조에 따른 장부의 작성·비치 의무를 이행하지 아니한 경우
3. 제50조 제3항에 따른 회계감사를 이행하지 아니한 경우

4. 공익법인 공시의무 대상 확대

그동안 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 경우에만 공익법인 공시의무가 있었습니다. 하지만 2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터는 자산총액이 5억원 미만이면서 수입금액과 출연재산 합계액이 3억원 미만인 경우라도 2020년도 결산서류를 간편서식에 의해 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 국세청 홈택스를 통해 공시해야 합니다.

그로인해 종교법인을 제외한 모든 공익법인이 결산서류 등을 공시해야 합니다. 하지만 자산총액이 5억원 미만이고 수익금액이 3억원 미만인 소규모 공익법인의 경우에는 2022년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도분의 공시에 대하여는 가산세를 부과하지 않으므로 2022년 12월 31일 이전까지는 자율적으로 공시여부를 결정할 수 있습니다.

또한 공익법인에 대한 과세관청의 관리가 강화되면서 공시한 결산자료에 대해 과세관청으로부터 수정공시 요청이 발생하고 있습니다. 국세청 홈택스에 공인인증서로 로그인하시면 수정공시 대상일 경우 안내창이 뜹니다. 국세청 홈택스에 공인인증서로 로그인하셔서 수정사항이 있는지 확인하셔서 수정사항이 있는 경우 해당 내용을 반영하셔서 재공시가 필요합니다. 재공시를 하는 경우 기존에 공시한 내용을 불러오셔서 수정할 부분만 수정하셔서 공시하면 됩니다. 그리고 재공시에 따른 가산세는 없으며, 과세관청의 재공시 요구에 응하지 않을 경우 가산세가 발생하므로 과세관청의 재공시 요구가 있는 경우 반드시 재공시 하셔야 합니다.

상속세 및 증여세법 제50조의 3【공익법인등의 결산서류등의 공시의무】
① 공익법인 등(사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 다음 각 호의 서류 등(이하 이 조에서 "결산서류 등"이라 한다)을 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다. 다만, 자산 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 대통령령으로 정하는 바에 따라 간편한 방식으로 공시할 수 있다.

1. 재무제표
2. 기부금 모집 및 지출 내용
3. 해당 공익법인 등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항
4. 출연재산의 운용소득 사용명세
5. 제50조 제3항에 따라 회계감사를 받을 의무가 있는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표
6. 주식보유 현황 등 대통령령으로 정하는 사항

② 국세청장은 공익법인 등이 제1항에 따라 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시 내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에 대하여 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있다.

③ 국세청장은 공익법인 등이 공시한 결산서류 등을 대통령령으로 정하는 자에게 제공할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따른 결산서류 등의 공시 및 그 시정 요구의 절차 등은 대통령령으로 정한다.

상속세 및 증여세법 시행령 제43조의 3【공익법인 등의 결산서류 등의 공시의무】
① 법 제50조의 3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인등을 말한다.

② 법 제50조의 3 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 법 제50조의 3 제1항에 따른 결산서류등(이하 이 조에서 “결산서류등”이라 한다)의 공시대상 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등을 말한다. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인 등은 제외한다.

③ 법 제50조의 3 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 공익법인 등의 주식 등의 출연·취득·보유 및 처분사항
2. 공익법인 등에 주식 등을 출연한 자와 그 주식 등의 발행법인과의 관계
3. 주식 등의 보유로 인한 배당현황, 보유한 주식 등의 처분에 따른 수익현황 등
4. 법 제16조 제2항, 제48조 제1항 및 같은 조 제2항 제2호에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하고 있는 성실공익법인 등의 경우에는 보유주식에 대한 의결권의 행사 결과
5. 법 제50조 제3항에 따른 외부감사를 받는 공익법인 등의 경우에는 출연받은 재산의 공익목적사용 현황

④ 법 제50조의 3 제1항에 따른 공익법인 등은 국세청의 인터넷 홈페이지에 접속하여 기획재정부령으로 정하는 표준서식(법 제50조의 3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등의 경우 기획재정부령으로 정하는 간편서식을 말한다)에 따라 작성된 결산서류 등을 직접 공시해야 한다.

⑤ 국세청장은 법 제50조의 3 제2항에 따라 공시요구를 하거나 오류시정을 요구할 때에는 문서로 하여야 하며, 요구를 이행하지 아니하는 공익법인 등에 대하여는 법 제78조 제11항에 따라 가산세를 부과하고 해당 공익법인 등의 주무부장관에게 관련사실을 통보하여야 한다.

⑥ 법 제50조의 3 제3항에서 “대통령령으로 정하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 결산서류등의 제공을 신청한 자를 말한다.
1. 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조 제1항 또는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조 제1항에 따라 설립된 연구기관
2. 법 제50조의 3에 따라 공시의무를 이행한 공익법인 등

⑦ 국세청장은 국세청의 인터넷 홈페이지에 공시하는 방법, 제4항에 따른 표준서식과 자율서식의 작성방법, 공시하지 아니하거나 허위공시할 때의 처리 등 공익법인 등의 결산서류 등의 공시에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다.

상속세 및 증여세법 제78조【가산세 등】
⑪ 세무서장 등은 공익법인 등이 제50조의 3에 따른 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 공시 내용에 오류가 있는 경우로서 국세청장의 공시 또는 시정 요구를 지정된 기한까지 이행하지 아니하는 경우에는 공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 그 공익법인 등의 자산총액의 1천분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 다만, 제50조의 3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인 등의 2022년 12월 31일 이전에 개시하는 과세기간 또는 사업연도분의 공시에 대하여는 본문에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.
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