대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세의 동시 적용

BY 황범석 2020-06-18

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다주택 중과세 제도가 도입되면서 조정지역의 주택 양도에 따른 양도소득세 신고 업무가 매우 어려워졌다. 특히 양도소득세 과세 대상주택을 비과세 대상으로 판단하는 경우 그 세액의 차이가 매우 크고 그에 따른 가산세의 부담까지 발생하여 전문가에게 있어서도 주택의 비과세 판정은 상당히 부담스러운 것이 사실이다.

특히 양도소득세 계산에 있어 과거 관행과 다른 해석이 발생하는 경우라면 이러한 부담은 배가 된다. 새로 생성되는 예규 등을 빠짐없이 확인한다는 것은 매우 어려운 일이기 때문이다. 그러나 새로 생성된 예규를 체크하지 않고 관행대로 양도소득세를 신고했다간 낭패를 볼 수 있다.

2019년 2월 14일 국세청에서 생성된 (서면부동산-3457, 2019.02.14.)(이하 ‘쟁점예규’) 예규가 상기에서 언급한 과거 관행과 다른 해석이 발생한 경우다.

국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하기 위하여 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 않는다.

또한 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우 역시 1세대 1주택의 특례( 소득세법시행령 제155조)를 두어 양도소득세를 부과하지 않고 있다.

이러한 주택의 비과세 규정 중 소위 말하는 대체취득 비과세 규정과 장기임대주택 비과세 규정이 이슈가 되고 있어 아래에서 설명하고자 한다.

[표] 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세 비교

구분	대체취득 비과세	장기임대주택 비과세
조항	소득세법 시행령 제155조 제1항	소득세법 시행령 제155조 제20항
정의	대체취득 비과세란 1주택자가 종전 주택 취득 후 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 되는 경우에도 신규주택을 취득하고 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우 이를 1세대 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세하는 것	장기임대주택 비과세란 소정의 요건을 충족한 장기임대주택과 일반주택 1채가 있는 경우 일반주택을 양도할 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 양도소득세를 비과세하는 것
취지	거주이전의 자유 보장	장기임대주택에 대한 혜택 부여
효과	1세대 1주택자가 아님에도 비과세 적용	1세대 1주택자가 아님에도 비과세 적용

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 대체취득 비과세 특례를 적용할 수 있는 것인데(부동산납세과-33, 2015.01.21.) 이는 결국 장기임대주택과 종전에 거주하던 주택 그리고 신규주택을 보유한 1세대 3주택자가 종전 주택을 양도하는 경우 양도소득세의 비과세 적용이 가능하다는 것이다(대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세 동시 적용 가능).

과세관청은 2015년 이전부터 예규를 통해 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세의 동시 적용이 가능하다고 하였고 현재도 그 태도에 대해서는 변함이 없다.

그러나 2019년 과세관청은 쟁점예규를 생성함에 따라 그 계산방법에 변화를 주었다.

과거 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세가 동시에 적용되는 경우 양도가 9억 이하는 비과세, 9억 초과는 최대 80%의 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세를 계산하였다. 그러나 과세관청은 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세가 동시에 적용되는 경우(즉 1세대 3주택자로서 비과세 받는 경우) 양도가 9억원 이하는 비과세, 9억원 초과는 장기보유특별공제 배제 및 20%의 세율을 중과를 적용하여 양도소득세를 계산해야 한다는 쟁점 예규를 생성하였다.

그리고 현재 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세를 동시에 적용한 건 중 9억 초과분에 대한 추징이 발생하고 있다.

쟁점예규를 반박하자면,

1세대 1주택으로 보는 주택에 대해서는 80%의 장기보유특별공제를 적용하는 것이라고 법에 명시되어 있는데( 소득세법 제95조 및 소득세법시행령 제159조의 3) 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세가 동시에 적용되는 주택 역시 1세대 1주택으로 보는 주택에 포함되는 것이고 그에 따라 9억 초과분에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되는 것이 옳다는 주장이 가능하다.

또한 하나의 주택을 9억 미만 주택과 9억 초과 주택이 따로 존재하는 것으로 의제하여 9억 미만 주택에 대해서는 비과세를 적용하고 9억 초과 주택에 대해서는 중과세 대상주택으로 보아 양도소득세를 계산하는 것은 논리상 맞지 않는다는 주장 역시 가능할 것으로 사료된다.

상기와 같이 의견에 대립이 발생할 수 있는 사안이기 때문에 9억 초과분에 대해서 중과세를 적용하여 장기보유특별공제를 배제하고 20%의 중과세율을 적용하여 과세를 당한 납세자는 억울하다며 조세심판원에 불복하였다. 그러나 2020년 4월 24일 조세심판원은 과세관청의 손을 들어주어 이에 대해 기각결정(납세자 패소)하였다(조심2020서489, 2020.03.24.).

조세심판원은 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점,
「소득세법」 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 기본세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는 반면에 취득 당시 기준으로 일시적으로 3주택에 해당한다는 등의 사유로 위 규정의 적용을 배제하라는 명문규정이 없는 점[(조심2019서2998, 2019.11.13.) 참조),
1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법시행령」 제167조의 3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등을 사유로 하여 납세자의 주장을 배척하였다.

조세심판원의 결정이 합리적인지 불합리한지에 대한 의견은 해당 사안을 바라보는 관점에 따라 다를 것이다.

그러나 국세청에서 예규를 생성하고 그에 따라 과세한 사안에 대해 심판원 결정문까지 국세청의 손을 들어주었기 때문에 9억 초과 주택을 양도하는 경우로서 대체취득 비과세와 장기임대주택 비과세를 동시에 적용한 납세자는 세금의 추가고지에 대해 대항할 방법이 많지 않아 보인다.

다만 심판원에서 기각 결정난 사안에 대해서 법원의 판결을 받지 않았기 때문에 완전히 해당 사안이 정리된 것이라 볼 수 없다.

법원이 어떻게 판결을 내릴지 기대된다.

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