˝연구원˝이 매출활동에 관여 했다고?....˝세액공제 NO!˝ 왜?

BY 한성욱   2019-08-28
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기업들이 연구활동에 힘쓴다면 이로 인해 새로운 기술이 탄생하여 사회발전에 기여할 뿐만 아니라 국가경쟁력에 이바지하게 되므로 현행 세법은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 제도를 통해 각종 개발에 투입된 일정 비용을 세금으로 공제해 주고 있습니다.

"연구ㆍ인력개발비 세액공제"는 연구ㆍ인력개발을 위해 사용한 비용이 있는 경우에 일정금액을 법인세 또는 소득세에서 공제해 주는 조세특례제한법상의 제도로서 신 성장동력연구ㆍ인력개발비, 원천기술연구ㆍ인력개발비, 일반연구ㆍ인력개발비로 구분되며, 중소기업의 경우 일반적으로 신청하는 일반연구ㆍ인력개발비 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25
에 대한 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 비용의 25% 또는 직전 과세연도에 발생한 비용보다 초과 지출한 비용의 50% 중 큰 금액으로 연구ㆍ인력개발비 세액공제 적용이 가능합니다.

이 외 신성장동력연구ㆍ인력개발비 및 원천기술연구ㆍ인력개발비 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2) 그밖의 경우: 100분의 20[그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 “코스닥상장중견기업”이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.
의 경우에는 해당 과세연도 발생비용의 최대 30%까지 법인세 또는 소득세에서 공제받을 수 있습니다. 예를 들어 기업부설연구소에 전담연구원을 10명을 두고 있는 중소기업의 경우 연구원에게 지급한 급여의 25% 정도를 세액공제를 받을 수 있습니다. 연봉 5000만원의 연구원이 10명이라고 한다면 1억원이 넘는 세금을 공제받을 수 있다는 것입니다.

또한 조세특례제한법상 중복적용이 배제되는 다른 공제ㆍ감면제도들과 달리 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 다른 세액공제 및 세액감면과 중복공제가 되며, 수도권 안에서 창업한 경우에도 공제가능하고 농어촌특별세(감면세액의 20%)도 비과세됩니다.

또한 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 세액은 향후 5년간 이월공제 가능하므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 기업에 적용되는 여러 가지 조세특례제도 가운데서 단연 최고의 세제혜택으로 꼽을 수 있습니다.

이처럼 연구ㆍ인력개발비 지출한 기업 입장에서는 세제상 혜택이 매우 크다보니 연구개발을 하지 않거나 연구ㆍ개발한 결과물의 효과가 미비함에도 불구하고 세금을 내지 않으려는 목적으로 허위신청하여 해당 공제혜택을 받고 있습니다. 이를 방지하고자 과세관청은 사후검증 결과 부당행위가 확인되면 과소 납부한 세금을 추징, 가산세를 부과하고 있습니다.

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 과세당국과 다툼이 많은 부분은 기업부설연구소에서 전담으로 연구하는 연구원의 인건비입니다. 이번 포스트에서는 세액공제 대상이 되는 인건비 범위에 대하여 알아보겠습니다.


▢ 의류제조업을 영위하는 법인의 수석디자이너인 부사장 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 있나요?

연구 및 인력개발비세액공제대상 인건비는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사하는 연구원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 연구보조원에게 지급하는 인건비를 말하는 것입니다.

[ 관련예규 ]

연구 및 인력개발비 세액공제 인건비 여부 연구 및 인력개발비세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 "연구업무 전담부서" 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에게 지급하는 인건비를 말하는 것임.
- (법인, 서면인터넷방문상담2팀-882, 2006.05.18.) -

의류 제조업을 영위하는 법인의 총괄 디자이너로 근무하고 있는 부사장의 인건비가 연구ㆍ인력개발비세액공제 대상인지 여부는 해당 부사장이 "오로지 고유디자인 개발에만 전념해야 세액공제 대상으로 인정할 수 있는 것"으로서 디자인 업무 이외에도 경영업무 전반에 관여한 것으로 판단된다면 세액공제는 적용할 수 없을 것입니다.

[ 관련판례 ]

부사장 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제 당초 총괄 디자이너로 채용되었다 하더라도 디자인 관련 부서뿐만 아니라 여러 부서의 직원 채용과 관련하여 결재를 해 온 점, 주례 팀장회의에 참석하여 부서별 업무보고를 받고 있는 점, 과거 상무이사의 직위에 있을 당시에도 여러 팀의 업무를 총괄한 적이 있는 점 등에 비추어 부사장에게 지급한 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 보기 어려움.
- (법인, 조심2017서4119, 2017.12.05., 기각) -


▢ 연구원이 연구전담이 아닌 매출활동을 동시에 수행하는 경우 연구원의 인건비가 연구 및 인력개발비세액공제대상에 해당하나요?

기업부설연구소 연구원 중 A연구원은 자체연구개발 뿐만 아니라 외부에서 위탁받은 용역매출에도 투입되고 있는바, 연구소의 연구원 중 자체연구개발에만 전적으로 투입된 연구원의 인건비만 연구 및 인력개발비세액공제대상에 해당하는 것인지? 아니면 자체연구개발활동 및 외부에서 위탁받은 용역매출을 동시에 수행하는 연구원들의 인건비는 투입시간을 근거로 해서 안분하여 세액공제를 받아야 할까요?

연구의 정의는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스를 개발하기 위한 활동을 말하되, 기술개발촉진법 제2조 제1호 기술개발촉진법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "기술개발"이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

2. "도입기술의 소화개량"이라 함은 외국으로부터 도입된 기술을 분석하여 이를 보완하고 발전하게 하여 새로운 기술을 창조하는 활동을 말한다.

3. "신기술"이라 함은 국내에서 최초로 이루어진 기술개발의 성과와 도입기술의 소화개량에 의한 새로운 기술로서 지식경제부장관이 인증하는 것을 말한다.
의 기술개발을 말하는 것으로 해당 규정에 의하면 기술개발이라 함은 "신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험과정까지를 포함한다"라고 되어 있습니다.

아래 판례에 의하면 연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 매출활동인 외부에서 위탁받은 연구개발용역에 일부 관여하였다 하더라도 이를 이유로 연구원이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 보기는 어렵다고 볼 수 있습니다.

[ 관련판례 ]

연구원이 수익활동인 개발과정에 일부 관여한 경우 연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 수익활동인 설계과정에 일부 관여하였다 하더라도 해당 연구원에게 지급한 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 포함됨.
- (법인, 국심2007서1150, 2008.07.15.) -

하지만 연구원이 자체연구개발활동과 매출활동을 동시에 수행하는 경우 그 실질적 내용이 연구원으로서 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 매출활동에 일부 관여하는 것이 아니고 사업활동으로서 수익을 목적으로 계속ㆍ반복적으로 매출활동에 기여한 것이라면 해당 연구원은 전업적으로 연구개발활동 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
3. 반복적인 정보수집 활동
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
7. 위탁받아 수행하는 연구활동
만을 하는 것이 아니므로 인건비 전액이 세액공제 대상이 되지 않는 것이 타당할 것입니다.

▢ 연구원을 신규로 채용하였으나 한국산업기술진흥협회에 전담연구원 신고를 3개월 지연한 경우 3개월간의 인건비에 대해서 세액공제를 받을 수 있나요?

연구소 등이 한국산업기술진흥협회로부터 연구개발전담부서로 확인을 받은 이후 연구개발과제를 전업적으로 수행하는 직원의 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 되는 것이 원칙이나 연구원으로 등록되지 않은 자도 실제 연구소 소속으로 직접적으로 연구업무에 종사하는 연구원이라면 세액공제 대상에 해당합니다.

[ 관련예규 ]

연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비 조세특례제한법 제10조 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 하는 것으로 같은법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사한 직원을 포함하는 것입니다.
- (법인, 서면인터넷방문상담2팀-2279, 2006.11.09.) -


▢ 사용자(기업)이 부담하는 직원의 국민연금 부담금과 건강보험료 부담분 두가지 모두 세액공제 대상이 되나요?

조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 하고 있으며 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 근로의 대가로서 지급되는 일반적인 급여와 해당 급여에 부가하여 지출되는 4대보험(건강보험ㆍ국민연금ㆍ고용보험ㆍ산재보험)의 사용자부담금은 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하고, 퇴직금과 같이 근로계약이 종료되는 시점에 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 볼 수 없어 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비 범위에서 제외되는 것입니다.

여기서 「소득세법」 제12조 제3호 너목 소득세법 제12조 【비과세소득】

다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너. 「국민건강보험법」,「고용보험법」또는「노인장기요양보험법」에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료
에서 열거하고 있는 비과세소득 중 건강보험ㆍ국민연금ㆍ고용보험료 사용자부담액은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 연구전담부서에서 근무하는 연구요원의 인건비로 봄이 타당할 것임이나, 2013. 1. 1. 「소득세법」을 일부개정하여 근로소득ㆍ퇴직소득의 비과세 규정을 일부 정비하면서 국민연금보험료 사용자부담금에 대한 비용은 현재 시점에 발생하지만 근로자에게는 퇴직시 또는 연금 수령시에 지급되기 때문에 납입(적립) 당시에는 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 비과세소득에서 제외하였습니다.

이에 국민연금 사용자부담금은 납입 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없고 퇴직(연금)소득에 해당하므로 2013.1.1. 이후에는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 과세관청은 일관되게 해석하여 왔습니다.

그러나 2013. 1. 1. 소득세법 개정은 국민연금보험료 사용자부담금이 비과세소득에서 제외되었을 뿐 국민연금보험료 사용자부담금의 소득구분자체가 달라진 것이 아니고 수혜자인 근로자의 입장에서는 회사가 사용자부담금을 납입(적립)하는 시점에 소득세가 비과세 대상이던 것이 아예 과세제외 대상으로 변경된 것일 뿐 달라진 사항이 없으며 이를 부담하는 사용자 입장에서도 근로자가 근로를 제공함에 따라 지급해야 하는 급여액에 부가하여 지출해야 하는 비용임에는 변함이 없을 것입니다.

연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 국민연금법에 의하여 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당할 것이므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되어야 할 것입니다.

[ 관련판례 ]

기업부설연구소의 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부 「조세특례제한법」 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못임.
- (법인, 조심2016광1337, 2016.12.16.) -


▢ 고유디자인개발 전문인력이 있는 경우 연구소 또는 연구전담부서의 설립이 없이도 세액공제가 가능한가요?

연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 고유디자인의 개발을 위한 비용은 기업부설연구소나 연구개발전담부서가 없더라도 연구개발비로 공제 가능한 것이며,

고유디자인의 개발을 위한 비용에는 고유디자인의 개발과 관련이 있는 전문디자이너에 대한 디자인 위탁개발용역비, 자체고용디자이너의 인건비, 디자인설계기기의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료 구입비 등이 포함되는 것이나, 디자인실에 관련된 일반 직원관련 비용, 소모품비, 복리후생비, 운반비, 전문도서인쇄비, 지급수수료, 건물임차료, 수선비, 통신비 등은 해당하지 않습니다.

[ 관련예규 ]

고유 디자인 개발을 위한 비용의 연구인력개발비 세액공제 여부 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제1항과 관련한 별표6의 제1호 사목란의‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에는 디자인부서에 소속되어 고유디자인 개발에 직접적으로 참여한 게임소프트웨어 그래픽디자이너의 인건비를 포함하는 것임.
- (조특, 법인세과-535, 2014.12.08.) -

하지만 출판사의 편집 디자인은 독창적인 형상ㆍ모양ㆍ색채 또는 이들의 결합에 의하여 창작되는 고유디자인을 개발하는 것으로 보기 어려우며 잡지 같은 간행물에 들어가는 글, 그림, 사진 등의 편집ㆍ배치 작업을 디자인의 개발로 본다면 사실상 모든 간행물의 제작이 이에 포함될 수 있어 일반적인 편집업무와의 구분이 모호해지고 디자인 개발이라는 개념의 범위가 지나치게 넓어지는 것으로 보일 수 있습니다.

따라서 출판사의 편집디자인은 고유한 디자인의 개발이 있었다고 보기 어렵기 때문에 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 고유디자인의 개발을 위한 비용은 아닌 것입니다.

[ 관련판례 ]

잡지를 출판하는 청구법인의 디자인 관련 경비가 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인지 여부 청구법인이 발행한 월간지는 독창적인 형상ㆍ모양ㆍ색채 또는 이들의 결합에 의하여 창작되는 고유디자인을 개발하는 것으로 보기 어려운 점, 타 잡지와 구성, 글꼴, 색감이 다르다는 사실만으로는 고유한 디자인의 개발이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음.
- (법인, 조심2016서2469, 2016.11.10.) -



연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받기 위해서는 연구원의 자격과 인원에 대한 인적요건과 연구개발활동을 수행하는데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설 등 물적 요건을 갖추어 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 설립신고 후 한국산업기술진흥협회로부터 인정받아야 하며, 신고한 연구전담요원, 연구보조원은 연구소 및 전담부서 내에 상주하여 근무하면서 연구개발 관련 업무만을 전담해야 합니다.

또한 과세관청의 사후검증 및 소명안내에 대처를 위해 연구개발인력, 연구개발비 내역, 연구개발활동 실적, 연구개발과제수행 현황 등의 자료를 평소에 잘 구비해야 할 것입니다.